NBPF16

Član 15 porodice prelomne tačne neuroblastoma, znan i kao NBPF15, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom NBPF15 sa hromosoma 1, sekvenca 1q21.1. Gen je dug 18.762 bp, sa iRNK od 3837 bp. Predviđa se da je njegova subćelijska lokacija u jedru i citopćazmi. Sadrži ono što je poznato kao NBPF- ponavljanje, što je dvoegzonsi dio sekvence koji je karakterističan za svih člana 21porodice NBPF gena. Ponavljanje se smatra egzomima predaka, a porodica NBPF povezana je s evolucijom primata.

Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je aminokiselina, a molekulska težina 77 563 Da.

1020304050 MVVSAGPLSSEKAEMNILEINEKLRPQLAEKKQQFRNLKEKCFLTQLAGF LANRQKKYKYEECKDLIKFMLRNERQFKEEKLAEQLKQAEELRQYKVLVH AQERELTQLREKLREGRDASRSLNEHLQALLTPDEPDKSQGQDLQEQLAE GCRLTQHLVQKLSPENDNDDDEDVQVEVAEKVQKSSAPREMQKAEEKEVP EDSLEECAITCSNSHGPYDSNQPHKKTKITFEEDKVDSTLIGSSSHVEWE DAVHIIPENESDDEEEEEKGPVSPRNLQESEEEEVPQESWDEGYSTLSIP PEMLASYQSYSSTFHSLEEQQVCMAVDIGRHRWDQVKKEDQEATGPRLSR ELLDEKEPEVLQDSLDRCYSTPSGCLELTDSCQPYRSAFYVLEQQRVGLA IDMDEIEKYQEVEEDQDPSCPRLSRELLDEKEPEVLQDSLDRCYSTPSDY LELPDLGQPYSSAVYSLEEQYLGLALDVDRIKKDQEEEEDQGPPCPRLSR ELLEVVEPEVLQDSLDRCYSTPSSCLEQPDSCQPYGSSFYALEEKHVGFS LDVGEIEKKGKGKKRRGRRSKKKRRRGRKEGEDDNPPCPRLYGVLMEVEE PEVLQDSLDRCYSTPSMYFEQPDSFQHYRSVFYSFEEEHISFALYVDNRF FTLTVTSLHLVFQMGVIFPQ

Struktura Protein se sastoji od 670 aminokiselina. Gen sadrži pet domena nepoznate funkcije, zvanih DUF1220. DUF1220 domeni nalaze se u svim članovima NBPF porodice gena, iako se broj razlikuje između svakog člana. Repetitivna struktura sa visokom konzerviranošću međugenskih i unutasrgenskih sekvenci, kako u kodirajućim tako i u nekodirajućim regijama. Omogućava da se homologna rekombinacija lahko dogodi između različitih alela. Smatra se da je repetitivnost, kao i kod ostalih članova porodice gena NBPF, proizašla iz segmentnih duplikacija na hromosomu 1.

Predvuđena svojstva Svojstva NBPF16 koja su predviđena pomoću bioinformatičkih alata: Molekulska težina: 76 kD Izoelektrična tačka: 4,43 Posttranslacijske modifikacije: nijedna nije predviđena. Nema predviđenog signalnog peptida ili mjesta cijepanja signalnog peptida. Nema interakcijskih proteina ili partnera za vezivanje.

Ekspresija Nema dostupnih podataka o ekspresiji gena ili ih uopće nema, ali većina indikacija ukazuje na to da je on sveprisutno eksprimiran u cijelom tijelu.

Funkcija Funkcija NBPF16 nije u potpunosti shvaćena. On je član NBPF porodice proteina, koji su povezani sa mogućim ulogama u onkogenezi i gena suprfesije tumora.

Homologija Ortolozi

Izvan primata, e postoje veliki ortolozi. Ovi ortolozi prikupljeni su iz BLAT-a. and BLAST searches

Rod i vrstaUobičajeno imeIdentitet sekvenceSličnost sekvenceDužina (AA) Homo sapiensČovjek100%100%670 Pan troglodytesČimpanza90%92%509 Macaca mulattaRezus-makak57%68%620 Gallus gallusKokoš36%54%1394 Rattus norvegicusSmeđi pacov34%67%2324 Bos taurusGovedo34%50%816 Xenopus laevisAfrička kandžasta žaba33%52%728 Mus musculusKućni miš32%55%2446

Paralozi Budući da postoji 21 drugi član porodice NBPF gena, postoji 21 paralog NBPF16. Svi pokazuju visoku konzerviranost i repetitivne strukture.

Reference

Dopunska literatura

Kategorija:Geni na hromosomu 1 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika