thumb|400px| Dijagram i TC-NER i GG-NER puteva. Ova dva puta se razlikuju samo u početnom prepoznavanju oštećenja DNK. Nukleotidni ekscizijski popravak je mehanizam popravka DNK. Oštećenje DNK nastaje konstantno zbog hemikalija (npr. interkalacijski agensi), zračenje i drugi mutageni. Postoje tri puta ekscizijskog popravka za popravku jednolančanog oštećenja DNK: popravak ekscizijom nukleotida (NER), bazni ekscizijski popravak (BER) i popravak neslaganja DNK (MMR). Dok BER put može prepoznati specifične neglomazne lezije u DNK, može ispraviti samo oštećene baze koje su uklonjene specifične glikozilaze . Slično tome, MMR put cilja samo neusklađene Watson-Crickovr bazne parove.
Nukleotidna eksciziona popravka (NER) je posebno važan mehanizam ekscizije koji uklanja oštećenje DNK izazvano ultraljibičastim svjetlom (UV). UV DNK oštećenje rezultira glomaznim DNK-aduktom – ovi adukti su uglavnom timinski dimeri i 6,4-fotoproizvodi. Prepoznavanje oštećenja dovodi do uklanjanja kratkog jednolančanog segmenta DNK koji sadrži leziju. Neoštećena jednolančana DNK ostaje i DNK-polimeraza je koristi kao šablon za sintetiziranje kratke komplementarnih sekvenci. Konačna ligacija za kompletiranje NER-a i formiranje dvolančane DNK izvodi se pomoću DNK-ligaze. NER se može podijeliti na dva potputa: globalni genomski NER (GG-NER ili GGR) i NER povezan s transkripcijom (TC-NER ili TCR). Dva potputa se razlikuju po tome kako prepoznaju oštećenje DNK, ali dijele isti proces za inciziju, popravak i ligaciju lezija.
O važnosti NER-a svjedoče teške ljudske bolesti koje su rezultat urođenih genetičkih mutacija NER proteina. Xeroderma pigmentosum i Cockayneov sindrom su dva primjera bolesti povezanih s NER-om.
Povezani geni s NER-om
Ljudski gen (protein) Mišji ortolog Kvaščev ortolog Potput Funkcija u NER-u GeneCards unos CCNH (Ciklin H) Ccnh CCL1 Oba CDK Aktivator kinaza podjedinica (CAK) CCNH CDK7 (Ciklin-zavisna kinaza (CDK) 7)) Cdk7 KIN28 Oba CAK podjedinica CDK7 CETN2 (Centrin-2) Cetn2 Nepoznato GGR Prepoznavanje štete; formira kompleks sa XPC CETN2 DDB1 (DDB1) Ddb1 Nepoznato GGR Prepoznavanje štete; formira kompleks sa DDB2 DDB1 DDB2 (DDB2) Ddb2/Xpe Nepoznato GGR Prepoznavanje štete; regrutuje XPC DDB2 ERCC1 (ERCC1) Ercc1 RAD10 Oba Zahvaćen u urezu na 3' strani oštećenja; formira kompleks sa XPF ERCC1 ERCC2 (XPD) Ercc2 RAD3 Oba Aktivnost Atpaze i helikaze; transkripcijski faktor podjedinica II H (TFIIH) ERCC2 ERCC3 (XPB) Ercc3 RAD25 Oba aktivnost ATPaze i helikaze; transkripcijski faktor podjedinica II H (TFIIH) ERCC3 ERCC4 (XPF) Ercc4 RAD1 Oba Zahvaćen u urezu na 3' strani oštećenja; strukturno specifična endonukleaza ERCC4 ERCC5 (XPG) Ercc5 RAD2 Oba Zahvaćen u urezu na 5' strani oštećenja; stabilizira TFIIH; strukturno specifična endonukleaza ERCC5 ERCC6 (CSB) Ercc6 RAD26 TC-NER Faktor elongacije transkripcije; uključeni u spajanje transkripcije i remodeliranje hromatina ERCC6 ERCC8 (CSA) Ercc8 RAD28 TC-NER Kompleks ubikvitin-ligaze; komunicira sa CSB-om i p44 TFIIH-a ERCC8 LIG1 (DNK ligaza I) Lig1 CDC9 Oba Finalna ligacija LIG1 MNAT1 (MNAT1) Mnat1 TFB3 Oba Stabilizira CAK kompleks MNAT1 MMS19 (MMS19) Mms19 MET18 Oba Interagira sa XPD i XPB podjedinicama TFIIH helikaza MMS19 RAD23A (RAD23A) Rad23a RAD23 GGR Prepoznavanje štete; formira kompleks sa XPC RAD23A RAD23B (RAD23B) Rad23b RAD23 GGR Prepoznavanje oštećenja, formira kompleks sa XPC RAD23B RPA1 (RPA1) Rpa1 RFA1 Oba Podjedinica kompleksa RFA RPA1 RPA2 (RPA2) Rpa2 RFA2 Oba Podjedinica kompleksa RFA RPA2 TFIIH (Faktor transkripcije II H]]) Gtf2h1-3 Tfb1 Ssl1 Tfb4 Oba Uključen u rez, formira kompleks oko lezija GTF2H1 GTF2H2 [https ://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=GTF2H3 GTF2H3] XAB2 (XAB2) Xab2 SYF1 TC-NER Prepoznavanje štete; komunicira sa XPA, CSA i CSB XAB2 XPA (XPA) Xpa RAD14 Oba Prepoznavanje štete XPA XPC (XPC) Xpc RAD4 GGR Prepoznavanje štete XPC
Također pogledajte Popravak ekscizije baze (BER) Popravak neusklađenosti (MMR)
Reference
Dopunska literatura
Article on the relation between TFIIH and NER
Vanjski linkovi
Kategorija:Popravak DNK