miniatura|Fronteres actuals de l'Equador i situació de les principals ciutats.
La història de l'Equador es pot dividir en tres grans períodes: el , des de l'arribada de l'ésser humà a la zona fins a la invasió i integració del territori a l'Imperi Inca (fins al 1535); el , durant el qual el territori actual de l'Equador correspongué aproximadament a la Reial Audiència de Quito (1535-1822); finalment el , des de la independència, integració a la Gran Colòmbia i posterior separació, fins a l'actualitat.
L'Equador pre-incaic El territori del que avui es coneix com l'Equador fou habitat per diverses cultures des d'uns 15.000 anys aC, i potser fins i tot des d'uns 30.000 anys. El període prehistòric (anterior a l'arribada dels conquistadors espanyols) s'acostuma a dividir en quatre grans etapes: el període paleoindi (fins a uns 3.500 anys aC), el període formatiu (del 3500 al 300 aC), el període de desenvolupament regional (300 aC - 800 dC) i el període d'integració (800 - 1534).
El període paleoindi comença amb l'arribada de l'ésser humà a la zona i s'acaba amb el primers processos de neolitització. La presència d'éssers humans a la zona andino-equatorial sembla remuntar-se a uns 30.000 anys aC i s'han trobat restes de projectils, especialment d'obsidiana, a prop de Quito, puntes de javelines i propulsors i, sobretot, restes humanes a Alangasí i Otavalo i els importants enterraments de Sumpa, a la península de Santa Elena, datats el 7000 aC Aquest conjunt funerari és potser el jaciment més important de l'Equador paleolític, ja que les altres restes trobades arreu del país són fragments humans quasi sense context o simplement proves de presència humana en determinades coves.
El període formatiu coincideix amb el procés de neolitització de les diverses cultures locals. És tema de debat si el procés s'inicià localment o fou introduït exteriorment, teoria sorgida a partir de les similituds de les tècniques ceràmiques trobades a la costa equatoriana amb les de l'Àsia (Japó, Sud-est asiàtic, Polinèsia). En qualsevol cas les novetats neolítiques s'expandeixen ràpidament de la costa cap a l'interior i entren en contacte amb les cultures amazòniques de l'altra banda de la serralada dels Andes. Sorgeixen també les primeres agrupacions urbanes, amb habitatges circulars o ovalades organitzades al volant de places, com les trobades a les excavacions de Real Alto i l'illa Puná (al golf de Guayaquil). El període està dominat per cultures assentades a la costa i s'acostuma a dividir en tres grans etapes: letapa primerenca on cal destacar la cultura Valdivia (3500 - 1500 aC), amb les seves famoses venus, instal·lada a la zona de la península de Santa Elena; letapa mitjana, amb les cultures Machalilla (2000 - 1000 aC) i Cerro Narrío (2000 - 600 aC); i letapa tardana amb la cultura Chorrera (900 - 300 aC), situada a la conca baixa del riu Guayas. En aquesta època les cultures assentades a la serra són menys importants, però podem destacar les de Cotocollao i Chaullabamba o Cerro Narrío.
miniatura|140px|
El període de desenvolupament regional (300 aC - 800 dC) s'inicia amb el que semblen importants moviments de població i es pot detectar un considerable procés d'aculturació. Les noves influències i tendències arriben per la costa (cultura de Bahía de Caráquez) i semblen progressar cap al nord (cultures de La Tolita i Jama-Coaque) i l'interior (cultures de El Ángel i Quito) i, posteriorment cap al sud (cultures Guanguala i Jambelí). Al mateix temps també arriben influències des de les terres peruanes: es poden observar les de la cultura chavín (sobre la cultura Chaullabamba) i posteriorment de la llunyana Tiahuanaco (sobre les cultures Narrío i Chordeleg). Totes aquestes influències i el desenvolupament posterior són molt evidents en la ceràmica, en la policromia, en el desenvolupament de nuclis urbans importants i en la metal·lúrgia. A la cultura de Bahía de Caráquez es troba per primera vegada la metal·lúrgia de l'or, i a la de La Tolita la del platí. En aquesta època s'intensifica l'estratificació social de les comunitats i es generalitzen els intercanvis comercials, que en alguns casos arriben a Mesoamèrica. En definitiva, en aquesta època s'assenten comunitats importants, socialment desenvolupades i amb identitats culturals prou fortes; són el que s'anomenen acabdillaments ètnics (señoríos étnicos o cacicazgos).
El període d'integració (800 - 1534) es caracteritza pel sorgiment, a la zona andina, d'una unitat cultural impulsada en bona part pel comerç i que donarà lloc a diverses confederacions de pobles amb un considerable desenvolupament social. Unes d'aquestes confederacions es formen inicialment a partir de la cultura de La Tolita i acaben abastant tota la zona andina del nord de l'actual Equador: són la confederació caranqui (dels caras o caranquis) i la confederació quitu, que tenia a Quito i els seus voltants un dels seus nuclis principals. Aquestes agrupacions polítiques, que els espanyols anomenaran amb l'equívoc nom de Regne de Quito, s'expandeix cap al nord fins a la zona de Pasto (actual Colòmbia), pel sud fins a la zona de Quevedo, amb contactes amb la rica cultura Milagro-Quevedo, i cap a l'orient per la vall del riu Napo (s'han trobat elements quitus a la desembocadura de l'Amazones). Una altra d'aquestes confederacions fou la confederació cañari, situada a la zona sud dels andes equatorians, més petita que la caranqui però més homogènia culturalment. Foren aquestes confederacions les que s'enfrontaren a l'amenaça que representava l'expansió inca, durant la segona meitat del .
La integració a l'Imperi Inca La conquesta inca miniatura|El jaciment arqueològic d'Ingapirca, assentament cañari i posteriorment inca.A començaments del l'Imperi Inca es trobava en una època de gran expansió; el Tahuantinsuyo s'estenia llavors fins a la costa nord de l'actual Perú i la zona de Cajamarca, on havia aconseguit sotmetre Chimor. Durant el govern de l'inca Pachacútec s'inicià una nova ofensiva cap a l'extrem nord de l'imperi (el Chinchaisuyo). L'ofensiva s'inicià pels volts de 1450 i a banda de les raons tradicionals polítiques i econòmiques, s'hi unien algunes raons de caràcter mitològic i dinàstic, ja que segons algunes tradicions els inques i els quitus compartien un origen comú en la figura mítica d'Quitumbe; a més les regions equatorials, domini del Sol segons els inques, tenien un component religiós de gran importància per ells.
Les accions conqueridores de Pachacútec alertaren a la confederació cañari, que presentà una forta oposició però acabà per sotmetre's a l'imperi. El fill de Pachacútec, Túpac Yupanqui, intentà consolidar aquestes conquestes i iniciar una nova ofensiva per arribar a les terres dels quitus. La resistència de la confederació quitu-caranqui fou ferotge, encapçalada pels seus cabdills Hualcopo Duchicela, Epiclachima i Pillahuasu, que culminà en una gran batalla a prop de Latacunga, on se segellà la conquesta inca. A continuació Túpac Yupanqui refundà la ciutat de Quito. La mort de Túpac Yupanqui i la proclamació com a inca del seu fill nascut a Tomebamba (actual Cuenca), Huayna Cápac, inicià una tendència a afavorir la zona septentrional de l'imperi, que més endavant provocarà greus conflictes amb la capital, Cusco. Huayna Cápac embellí la ciutat de Tomebamba i construí la fortalesa d'Ingapirca. En aquells moments es produí una revolta a la zona de Quito, encapçalada pel cabdill Cacha Duchicela, que culminà en la massacre de Yaguarcocha («llacuna de la sang», en quítxua).
Una vegada pacificat parcialment el territori, Huayna Cápac s'instal·là a Quito i, seguint el procediment habitual inca, desterrà massivament diversos pobles a altres zones allunyades de l'imperi. Per involucrar els nobles locals en l'aparell estatal, Huayna Cápac es casà amb una princesa quitu, Paccha (o Tuta Paclla) i amb la qual tingué un fill, Atahualpa.
La guerra civil entre Huàscar i Atahualpa El 1526 es reberen les primeres notícies de vaixells i homes estranys a la costa, que corresponen a la primera expedició exploradora de Bartolomé Ruiz i l'any següent morí Huayna Cápac. Sembla que la seva última voluntat fou dividir l'imperi en dos: la part principal seria per al seu primogènit Huàscar i l'altra part, que comprendria els territoris de l'antiga confederació quitu, seria per Atahualpa. Els primers anys no es produí cap enfrontament entre els dos germans, però finalment Huàscar exigí a Atahualpa la renúncia als territoris del nord i mobilitzà els seus exèrcits, que penetraren en el territori cañari i s'encaminaren cap a Quito. Les tropes d'Atahualpa, sota els seus generals, Quizquiz, Caracuchima i Rumiñahui, se'ls enfrontaren i s'inicià una llarga i esgotadora confrontació, amb diverses batalles de resultat incert. Finalment les tropes d'Atahualpa aconseguiren superar les de Huàscar i dirigir-se sense oposició cap a Cusco, on entraren poc després, proclamaren inca a Atahualpa i es lliuraren al saqueig i la venjança. Sabudes les noves de la victòria, Atahualpa sortí de Quito per dirigir-se a Cusco i ser nomenat inca de tot l'imperi. En el camí s'aturà a descansar a Cajamarca, on li arribaren les notícies del desembarcament de Francisco Pizarro.
La guerra entre els dos germans tingué gravíssimes conseqüències per l'Imperi Inca, i més si considerem que es produeix en el mateix moment que la primera expedició espanyola desembarcava a les seves costes. El conflicte provocà despoblacions massives i matances considerables; Atahualpa feu matar tota la població cañari masculina i exterminar tota la família del seu germanastre Huàscar. La divisió regnant dins de l'imperi (l'aristocràcia cusquenya mai va acceptar Atahualpa) serà hàbilment aprofitada per Pizarro, que s'oferirà com a alliberador dels partidaris de Huàscar enfront de l'usurpador Atahualpa. A més, les profundes enemistats entre pobles i ètnies segons els bàndols escollits serà una altra debilitat aprofitada pels espanyols.
L'arribada dels espanyols: chaupi punchapi tutayarca
El 1531 Francisco Pizarro aconseguí formar una expedició conqueridora des de Panamà, després d'haver explorat prèviament les costes colombianes, equatorianes i del nord del Perú durant el 1526. L'expedició rebé el reforç de Sebastián de Benalcázar, que se'ls uní a les costes manabites, i d'Hernando de Soto. Desembarcats a l'actual Tumbes l'expedició inicià l'ascens als Andes i arribà a Cajamarca el novembre de 1532, on en aquell moment es trobava Atahualpa.
Sembla que des del moment del desembarcament de Pizarro a Tumbes, aquest fou informat de la guerra civil tot just acabada i intercanvià missatges amb Atahualpa. Una vegada arribats a Cajamarca, Atahualpa els allotjà i el 16 de novembre els concedí audiència. En els relats de l'entrevista és difícil separar la part de realitat i la de llegenda, però el que sembla cert és que el capellà de Pizarro, Vicente Valverde, el comminà a reconèixer la religió catòlica, a permetre l'evangelització dels seus súbdits i a retre homenatge al rei Carles I, que els havia atorgat drets sobre aquelles terres. El discurs, traduït per un local que acompanyà l'expedició (segons la tradició anomenat Felipillo), indignà l'inca, que sembla que llençà a terra la Bíblia oferta per Valverde. Pizarro, interpretant el gest com una amenaça directa ordenà als seus homes, ocults no gaire lluny, un assalt desesperat. Aquests, muntats a cavall, amb arcabussos i un canó lleuger, capturaren a Atahualpa i els seus nobles i es llençaren a una matança indiscriminada durant tota la nit. Malgrat el rescat ofert pels inques, Atahualpa fou executat al garrot el 26 de juliol de 1533, després d'un simulacre de procés judicial. La veu chaupi punchapi tutayarca ("la nit ha arribat en ple dia") es difongué ràpidament per tot el Tahuantinsuyo.