thumb|Mezinárodní vesmírná stanice 19. prosince 2006. Pohled z odlétajícího raketoplánu Discovery (mise STS-116). Seznam pilotovaných letů s lidskou posádkou v letech 2000–2009 zahrnuje 58 orbitálních a 3 suborbitální pilotované kosmické lety. V uvedeném období proběhla poslední mise na stanici Mir, lety k Mezinárodní vesmírné stanici, nehoda raketoplánu Columbia, lety čínských kosmických lodí Šen-čou a první soukromé suborbitální lety.
Roku 2000 začala nová etapa kosmických letů – v červnu odletem 28. expedice skončilo čtrnáctileté osídlení stanice Mir. Naopak začátkem listopadu na Mezinárodní vesmírnou stanici (ISS) přiletěla Expedice 1, čímž začalo trvalé osídlení nové stanice. Výměna posádek a výstavba ISS byly náplní většiny ruských a amerických pilotovaných letů následujících let. Výjimkou byly jen čtyři samostatné mise amerických raketoplánů – let STS-99 roku 2000, dvě servisní mise k Hubbleovu vesmírnému dalekohledu a let STS-107 raketoplánu Columbia, který při přistání lodi skončil zničením raketoplánu a smrtí posádky. Zatímco americká vesmírná agentura NASA používala k letům do vesmíru raketoplány Space Shuttle, ruský Roskosmos disponoval kosmickými loděmi Sojuz.
V prvním desetiletí 21. století proběhly také první tři čínské pilotované kosmické lety – mise Šen-čou 5, 6 a 7 – a první tři suborbitální lety soukromé kosmické lodě – mise SpaceShipOne 15P až 17P.
Seznam letů Červeně označené lety jsou lety, při kterých se stala katastrofa s následkem smrti posádky. Zeleně označené lety jsou suborbitální lety.
Pokračování ze seznamu pilotovaných vesmírných letů 1987–1999 Znak miseLoďMise, posádka Foto posádky Cíl letu Shrnutí mise Ref.Rok 2000 80px|Znak mise STS-99 Endeavour Start: 11. února 2000Přistání: 22. února 2000 STS-99 Kevin Kregel Dominic Gorie Gerhard Thiele Janet Kavandiová Janice Vossová Mamoru Móri 150px|Zleva sedí Móri, Thiele, stojí Vossová, Kregel, Gorie, Kavandiová Experimenty na oběžné dráze ZeměTrojrozměrné radiolokační interferometrické mapování zemského povrchu a další experimenty. Sojuz TM-30 Start: 4. dubna 2000 Přistání: 16. června 200028. základní expedice (EO-28) Sergej Zaljotin Alexandr Kaleri 75px|Alexandr Kaleri Vesmírná stanice MirServisní mise, jeden výstup do vesmíru, poslední výprava ke stanici Mir. 80px|Znak mise STS-101 Atlantis Start: 19. května 2000 Přistání: 29. května 2000STS-101 James Halsell Scott Horowitz Mary Weberová Jeffrey Williams James Voss Susan Helmsová Jurij Usačov 150px|Zleva sedí Horowitz, Halsell, stojí Weberová, Williams, Usačov, Voss, Helmsová Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Zásobovací mise, servisní činnosti, zvýšení oběžné dráhy komplexu, jeden výstup do vesmíru. 80px|Znak mise STS-106 Atlantis Start: 8. září 2000 Přistání: 20. září 2000STS-106 Terrence Wilcutt Scott Altman Daniel Burbank Edward Lu Richard Mastracchio Jurij Malenčenko Boris Morukov 150px|Vpředu zleva: Jurij Malenčenko, Terrence Wilcutt a Scott Altman; vzadu: Daniel Burbank, Edward Lu, Richard Mastracchio a Boris Morukov Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Zásobovací mise, jeden kosmický výstup. 80px|Znak mise STS-92 Discovery Start: 11. října 2000 Přistání: 24. října 2000STS-92 Brian Duffy Pamela Melroyová Leroy Chiao William McArthur Peter Wisoff Michael López-Alegría Kóiči Wakata 150px|Vzadu zleva: Chiao, Lopez-Alegria, McArthur, Wisoff, Wakata; vpředu: Melroyová, Duffy Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Montážní mise, připojení příhradové konstrukce Z1, čtyři výstupy do vesmíru. 80px|Znak Expedice 1 Sojuz TM-31 Start: 31. října 2000 Přistání: 6. května 2001Expedice 1 William Shepherd Jurij Gidzenko Sergej Krikaljov 150px|Zleva Sergej Krikaljov, William Shepherd a Jurij Gidzenko Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Přílet posádky Expedice 1, která poprvé dlouhodobě zabydlela stanici. Posádka Expedice 1 se na Zemi vrátila v březnu 2001 raketoplánem Discovery při misi STS-102. Sojuz TM-31 byl ke stanici půl roku připojen jako záchranný člun, na Zemi se vrátil s 1. návštěvní expedicí v květnu 2001. 80px|Znak mise STS-97 Endeavour Start: 30. listopadu 2000 Přistání: 11. prosince 2000STS-97 Brent Jett Michael Bloomfield Joseph Tanner Carlos Noriega Marc Garneau 150px|Vpředu zleva: Michael Bloomfield, Marc Garneau, Brent Jett; vzadu: Carlos Noriega a Joseph Tanner Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Montážní mise, připojení příhradové konstrukce P6 se solárními panely, tři výstupy do vesmíru. Rok 2001 80px|Znak mise STS-98 Atlantis Start: 7. února 2001 Přistání: 20. února 2001STS-98 Kenneth Cockrell Mark Polansky Robert Curbeam Thomas Jones Marsha Ivinsová 150px|Sedící zleva:Mark Polansky a Kenneth Cockrell; vzadu: Robert Curbeam, Marsha Ivinsová a Thomas Jones Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Montážní mise, připojení laboratoře Destiny, tři výstupy do vesmíru. 80px|Znak mise STS-10280px|Znak Expedice 2 Discovery Start: 8. března 2001 Přistání: 21. března 2001STS-102 James Wetherbee James McNeal Kelly Andy Thomas Paul William Richards Expedice 2 Jurij Usačov James Voss Susan Helmsová 150px|Posádka STS-102 s posádkami ISS Expedice 1 a 2 Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Použití transportního modulu MPLM Leonardo, přílet posádky Expedice 2 na stanici a návrat posádky Expedice 1 na Zemi, dva výstupy do vesmíru. Expedice 2 přistála v srpnu 2001 při misi STS-105 raketoplánu Discovery. 80px|Znak mise STS-100 Endeavour Start: 19. dubna 2001 Přistání:1. května 2001STS-100 Kent Rominger Jeffrey Ashby Christopher Hadfield Scott Parazynski John Phillips Umberto Guidoni Jurij Lončakov 150px|Sedící zleva: Kent Rominger a Jeffrey Ashby; vzadu: Jurij Lončakov, Scott Parazynski, Umberto Guidoni, Chris Hadfield a John Phillips Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Použití transportního modulu MPLM Raffaello, instalace staničního manipulátoru Canadarm2, dva výstupy do vesmíru. 80px|Znak 1. návštěvní expedice na ISS Sojuz TM-32 Start: 28. dubna 2001 Přistání: 31. října 20011. návštěvní expedice (EP-1) Talgat Musabajev Jurij Baturin Dennis Tito 150px|zleva: Dennis Tito, Talgat Musabajev a Jurij Baturin Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Přílet 1. návštěvní expedice na ISS, v posádce byl i první vesmírný turista Dennis Tito. Celá tříčlenná posádka se po týdnu vrátila Sojuzem TM-31. Sojuz TM-32 zůstal u stanice půl roku připojený jako záchranný člun a na Zemi se vrátil v říjnu 2011 s posádkou 2. návštěvní expedice. 80px|Znak mise STS-104 Atlantis Start: 12. července 2001 Přistání: 25. července 2001STS-104 Steven Lindsey Charles Hobaugh Michael Gernhardt James Francis Reilly Janet Kavandiová 150px|Sedící zleva: Charles Hobaugh, Steven Lindsey; vzadu: Michael Gernhardt, Janet Kavandiová a James Reilly Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Montážní mise, instalace přechodové komory Quest, tři výstupy do vesmíru. 80px|Znak mise STS-10580px|Znak Expedice 3 Discovery Start: 10. srpna 2001 Přistání: 22. srpna 2001STS-105 Scott Horowitz Frederick Sturckow Daniel Barry Patrick Forrester Expedice 3 Frank Culbertson Michail Ťurin Vladimir Děžurov 150px|Posádka STS-105 s posádkami ISS Expedice 2 a 3 Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Zásobovací mise, použití transportního modulu MPLM Leonardo, přílet posádky Expedice 3 na stanici a návrat posádky Expedice 2 na Zemi, dva výstupy do vesmíru. Posádka Expedice 3 se ze stanice vrátila v prosinci 2001 raketoplánem Endeavour při misi STS-108. 80px|Znak 2. návštěvní expedice na ISS Sojuz TM-33 Start: 21. října 2001 Přistání: 5. května 20022. návštěvní expedice (EP-2) Viktor Afanasjev Claudie Haigneréová Konstantin Kozejev 150px|zleva: Konstantin Kozejev, Viktor Afanasjev a Claudie Haigneréová Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Přílet 2. návštěvní expedice na ISS. Celá tříčlenná posádka se po 9 dnech a 18 hodinách vrátila Sojuzem TM-32 na Zemi. Sojuz TM-33 zůstal u stanice připojen půl roku jako záchranný člun, na Zem se vrátil v květnu 2002 s posádkou 3. návštěvní expedice. 80px|Znak mise STS-10880px|Znak Expedice 4 Endeavour Start: 5. prosince 2001 Přistání: 17. prosince 2001STS-108 Dominic Gorie Mark Kelly Linda Godwinová Daniel Tani Expedice 4 Jurij Onufrijenko Carl Walz Daniel Bursch 150px|Posádka STS-108 s posádkami ISS Expedice 3 a 4 Mezinárodní vesmírná stanice (ISS) Zásobovací mise, použití transportního modulu MPLM Raffaello, přílet posádky Expedice 4 na ISS, návrat posádky Expedice 3 na Zemi, jeden kosmický výstup. Posádka Expedice 4 se ze stanice vrátila v červnu 2002 raketoplánem Endeavour při misi STS-111. Rok 2002 80px|Znak mise STS-109 Columbia Start: 1. března 2002 Přistání: 12. března 2002STS-109 Scott Altman Duane Carey John Grunsfeld Nancy Currieová Richard Linnehan James Newman Michael Massimino 150px|zleva doprava Michael J. Massimino, Richard M. Linnehan, Duane G. Carey, Scott D. Altman, Nancy J. Currie, John M. Grunsfeld and James H. Newman Hubbleův vesmírný dalekohled (HST)Čtvrtá servisní mise raketoplánu k Hubbleovu vesmírnému dalekohledu. Výměna obou velkých solárních panelů dalekohledu, výměna energetické jednotky PCU (Power Control Unit), výměna kamery FOC (Faint Object Camera) za ACS (Advanced Camera for Surveys) a doplnění chladicího systému, pět výstupů do otevřeného prostoru. 80px|Znak mise STS-110 Atlantis Start: 8. dubna 2002 Přistání: 19. dubna 2002STS-110 Michael Bloomfield Stephen Frick Jerry Ross Steven Smith Ellen Ochoaová Lee Morin Rex Walheim 150px|Zleva nahoře: Steven L. Smith, Rex J. Walheim, Jerry L. Ross a Lee M.E. Morin; dole: Stephen N. Frick, Ellen Ochoaová, Michael J. Bloomfield Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Montážní mise k ISS, připojení příhradové konstrukce S0, čtyři výstupy do vesmíru. 80px|Znak 3. návštěvní expedice na ISS Sojuz TM-34 Start: 25. dubna 2002 Přistání: 10. listopadu 20023. návštěvní expedice (EP-3) Jurij Gidzenko Roberto Vittori Mark Shuttleworth 150px|zleva: Jurij Gidzenko, Roberto Vittori a Mark Shuttleworth Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Přílet 3. návštěvní expedice s vesmírným turistou Markem Shuttleworthem na ISS. Celá tříčlenná posádka se po 8 dnech vrátila Sojuzem TM-33 na Zemi. Sojuz TM-34 zůstal u stanice připojen půl roku jako záchranný člun, na Zem se vrátil v listopadu 2002 s posádkou 4. návštěvní expedice. 80px|Znak mise STS-11180px|Znak Expedice 5 Endeavour Start: 5. června 2002 Přistání: 19. června 2002STS-111 Kenneth Cockrell Paul Scott Lockhart Franklin Chang-Diaz Philippe Perrin Expedice 5 Valerij Korzun Peggy Whitsonová Sergej Treščov 150px|Zleva: Perrin, Lockhart, Cockrell a Diaz Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Zásobovací mise, použití transportního modulu MPLM Leonardo, přílet posádky Expedice 5 na ISS, návrat posádky Expedice 4 na Zemi, tři kosmické výstupy, připojení mobilního systému pro Canadarm2. Posádka Expedice 5 se ze stanice vrátila v prosinci 2002 raketoplánem Endeavour při misi STS-113. 80px|Znak mise STS-112 Atlantis Start: 7. října 2002 Přistání: 18. října 2002STS-112 Jeffrey Ashby Pamela Melroyová David Wolf Piers Sellers Sandra Magnusová Fjodor Jurčichin 150px|Zleva: Sandra Magnusová, David Wolf, Pamela Melroyová, Jeffrey Ashby, Piers Sellers a Fjodor Jurčichin Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Montážní mise k ISS, připojení příhradové konstrukce S1, tři výstupy do vesmíru. 80px|Znak 4. návštěvní expedice na ISS Sojuz TMA-1 Start: 30. října 2002 Přistání: 4. května 20034. návštěvní expedice (EP-4) Sergej Zaljotin Frank De Winne Jurij Lončakov 150px|Zleva: De Winne, Zaljotin, Lončakov Mezinárodní vesmírná stanice (ISS)Přílet 4. návštěvní expedice na ISS. Celá tříčlenná posádka se po týdnu vrátila Sojuzem TM-34 na Zemi. Sojuz TMA-1 zůstal u stanice připojen půl roku jako záchranný člun, na Zem se vrátil v květnu 2003 s posádkou Expedice 6. 80px|Znak mise STS-11380px|Znak Expedice 6 Endeavour Start: 24. listopadu 2002 Přistání: 7. prosince 2002STS-113 James Wetherbee Paul Scott Lockhart Michael López-Alegría