Caper je balíček programovacího jazyka R určený pro fylogenetické analýzy. Užívá se pro statistické komparativní analýzy znaků a bere v potaz fylogenetickou autokorelaci. Evoluce zkoumaných znaků může být závislá na fylogenezi organismů a použití běžných statistických metod (např. lineární regrese či ANOVA), pro práci s daty zatíženými fylogenetickou autokorelací, není vhodné a může vést k nesprávným interpretacím.
Balíček caper pro takové případy aplikuje dvě blízce příbuzné metody: Phylogenetic independent contrasts (PGI; fylogeneticky nezávislé kontrasty) a phylogeny generalized least squares (PGLS; metoda nejmenších čtverců zobecněná pro fylogenetická data). Mimo to ale zahrnuje i další funkce užitečné pro fylogenetické analýzy (např. výpočet Pagelova D) či porovnávání různě parametrizovaných modelů.
Reference
Kategorie:Statistický software