220x124px|thumb|right|Miniatura del templo de Borobudur, IndonesiaLa historia de Indonesia es la historia del territorio que actualmente cubre la República de Indonesia, que nació el 17 de agosto de 1945 con la proclamación de la independencia de las Indias Orientales Neerlandesas por Sukarno y Muhammad Hatta.
Formación del archipiélago
Geológicamente, el área de Indonesia moderna (por conveniencia, en lo sucesivo, el archipiélago) es una reunión entre las tres grandes placas continentales: la placa euroasiática, la indoaustraliana y la del Pacífico (véase el artículo sobre la geología de Indonesia). El archipiélago indonesio, tal como existe hoy día se formó durante el derretimiento de los hielos después del final de la Edad de Hielo, hace aproximadamente 10000 años. Durante el Pleistoceno, cuando todavía estaba conectado a Asia continental, vinieron los primeros pobladores.
El Hombre de Java
En 1890, el científico Eugène Dubois se trasladó a Java, en donde dos años antes un minero había encontrado un cráneo fósil, y comienza buscando en el mismo lugar en el que había aparecido el fósil (Java central) para más tarde buscar en los depósitos fluviales del río Solo. Entre otros fósiles, en agosto de 1891 encontró un fragmento de un cráneo fósil y un fémur, conocido posteriormente como el "Hombre de Java", aunque en un primer momento pensó que se trataba de alguna clase de chimpancé extinto.
En 1894, Dubois publicó una descripción de sus fósiles, llamándolo Pithecanthropus erectus (actualmente Homo erectus), al que describía como mitad simio, mitad humano. En 1895 regresó a Europa, donde dio a conocer sus descubrimientos. Unos pocos científicos lo recibieron con entusiasmo, pero la mayoría se mostró en desacuerdo con su interpretación.
El "Hombre de Java" (Homo erectus erectus), fue el primer representante del Homo erectus en ser descubierto y supone que el archipiélago indonesio estaba habitado desde hace dos millones de años aproximadamente.
Población
thumb|300px|left|Mapa de la extensión de los pueblos austronesios.
El Homo sapiens, o sea los primeros humanos propiamente dichos, llegaron a esta región aproximadamente hace 45 000 años, viajando por mar desde el continente asiático hacia las islas del sudeste como Australia y Nueva Guinea. Estos primeros colonos eran pescadores con un alto nivel de habilidades marítimas, y por ende la tecnología necesaria para hacer travesías oceánicas que les permitieron llegar hasta las islas del pacífico y el índico.
La mayoría de la población actual es de origen austronesio. Tanto la evidencia lingüística como la evidencia arqueológica permite asegurar que los pueblos austronesios tuvieron su origen en el 3000 a. C., cuando los habitantes del litoral de China meridional, cultivadores de mijo y de arroz, comenzaron a instalarse en Taiwán.
La investigación interdisciplinar, con aportaciones de la arqueología, la etnobotánica y la lingüística, ha permitido reconstruir las trayectorias de difusión geográfica de las lenguas austronesias y de ciertas técnicas agrícolas. Hacia el 2000 a. C., dichas lenguas y técnicas comenzaron a difundirse desde Taiwán hasta las Filipinas, y luego desde estas hacia Célebes y Timor, para, desde allí, extenderse por otras islas del archipiélago de Indonesia. Hacia el 1000 a. C., otro movimiento de pueblos llevó la cultura austronesia desde Filipinas a Nueva Guinea y más allá, hacia las islas del Pacífico.
Mientras los austronesios expandían sus territorios, confinaron a los melanesios nativos a habitar las islas más orientales del archipiélago.
Los pueblos austronesios posteriormente se expandirían hasta la costa este de África. Desde el , mercaderes procedentes de islas de la actual Indonesia, en particular las islas de Java, Sumatra y Borneo alcanzaron Adén tras pasar por la India, y bajaron por la costa este de África hasta Madagascar y las Comoras. Fuentes árabes del dan testimonio de que en el , navegadores de las islas indonesias y malayas realizaban violentas incursiones con fines comerciales en el océano Índico.
La cultura Dong Son fue una de las que llegó a Indonesia, trayendo consigo técnicas de cultivo del arroz, el ritual del sacrificio del búfalo, la industria del bronce y prácticas megalíticas, entre otras cosas. Algunas de estas prácticas todavía se conservan hoy en día, incluyendo las zonas batak de Sumatra, las toraja de Sulawesi y varias islas menores de la Sonda. Los primeros indonesios eran animistas que honraban los espíritus de los muertos.
En el ya se encuentra consolidada la técnica de cultivo de los arrozales por medio del regadío. Esto permitió que se crearan ciudades y pequeños reinos en el Estos reinos (poco más que conjuntos de pueblos) evolucionaron creando sus propias religiones tribales. Este tipo de agricultura necesitaba una sociedad muy organizada, en contraste a la agricultura del arroz de secano, que es una manera de cultivo más sencilla y que no necesitaba una estructura social tan elaborada.
Civilizaciones hindúes y budistas
Primeros reinos
thumbnail|left|300px|Templo de Prambanan del reino de hindú de Medang (Isla de Java).
Las referencias al reino hindú de Dvipantara o Jawa dvipa, en los territorios de Java y Sumatra, aparecen en escritos del 200 a. C. El primer vestigio arqueológico descubierto en Indonesia está ubicado en el parque nacional de Ujung Kulon, Java Oeste, donde se encontró una de las primeras estatuas hindúes de Ganesha en la cima del monte Raksa en la isla Panaitan, que sería del También hay evidencia arqueológica de un reino en territorio de la Sonda, al oeste de Java, que data del siglo segundo, y de acuerdo con el Dr. Tony Djubiantono, jefe de la Agencia de Arqueología de Bandung, el Templo Jiwa en Batujaya (Karawang, Java Occidental), también habría sido construido en esa época. Un número de Estados hindúes y budistas florecieron y luego decayeron en toda Indonesia. En la época de la Europa renacentista, Java y Sumatra ya habían visto más de un milenio de civilización y dos grandes imperios. Un reino temprano fue el de Tarumanagara, que floreció entre los años 358 y 669 d. C. Situado en el oeste de Java cerca de la actual Yakarta, el rey que gobernó durante el , Purnawarman, estableció las primeras inscripciones conocidas en Java, la inscripción de Ciaruteun se encuentra cerca de Bogor. En este monumento, el rey Purnavarman inscribió su nombre e hizo una impresión de sus huellas, así como huellas de su elefante. La inscripción dice lo siguiente: "Aquí están las huellas del rey Purnavarman, el conquistador heroico del mundo". La inscripción está en sánscrito y todavía es legible después de 1500 años. Purnawarman aparentemente construyó un canal que cambió el curso del río Cakung, lo que permitió el drenado de una zona costera para destinarla a la agricultura y el asentamiento.
La historia política del archipiélago indonesio entre los siglos y fue dominada por el imperio Srivijaya basado en Sumatra. La dinastía Sailendra dominó por aquella época el centro de Java y construyó Borobudur, el monumento budista más grande del mundo. La historia de los siglos y no es muy conocida debido a la escasez de pruebas. Dos grandes estados dominaron este período: Majapahit en Java Oriental, el más grande de los Estados preislámicos de Indonesia y Malaca en la costa oeste de la península de Malaca, posiblemente el más grande de los imperios comerciales musulmanes.
Medang
Medang, fue un reino hindú situado en Java Central en torno a la actual Yogyakarta entre los siglos octavo y décimo. El rey Mpu Sindok trasladó este reino desde el centro de Java hacia la parte oriental de la isla. Este movimiento podría haber sido causado por la erupción del volcán Monte Merapi o por alguna lucha de poder.
El primer rey de Mataram fue Sri Sanjaya. El monumental templo hindú de Prambanan en las proximidades de Yogyakarta fue construido para el dios Daksa. Dharmawangsa, el último raja del reino de Medang ordenó la traducción del Mahabharata al javanés antiguo en 996.
El reino se derrumbó en el caos a finales del reinado de Dharmawangsa bajo la presión militar que le ejerció el Imperio malayo de Srivijaya. Uno de los últimos reyes más importantes de Mataram fue Airlangga que reinó desde 1016 hasta 1049. Airlangga era un hijo de Udayana y sobrino de Dharmawangsa. Él restableció el reino de Medang bajo el nombre de Kahuripan.
Srivijaya
thumb|left|300px|Templo budista de Borobudur
Srivijaya era una etnia malaya que reinó en Sumatra e influyó en gran parte del sudeste de Asia. Desde el siglo 7 d.C., este poderoso reino naval floreció como resultado del creciente comercio marítimo entre las islas de la región.
La primera prueba sólida de su existencia, corresponde a un monje chino, I-Tsing, quien escribió que visitó Srivijaya en el 671 durante 6 meses.
El comercio era el motor de Srivijaya y su epicentro estaba en la actual Palembang. Sin embargo, a pesar de su relevancia, no era un "Estado" en el sentido moderno, con límites definidos y un gobierno centralizado, sino que se trataba de una talasocracia (confederación de ciudades mercantes) que no llegó a extender su influencia más allá de la zona de islas del sudeste asiático.
Srivijaya ejerció su soberanía sobre grandes áreas de Sumatra, Java occidental, y gran parte de la península de Malaca. Al dominar Malaca y el estrecho de Sunda, el imperio controlaba tanto la ruta de las especias como el comercio local. Además fue un centro de referencia para el budismo, atrayendo a peregrinos y estudiosos de otras partes de Asia.
Si bien Srivijayan siguió teniendo un formidable poder naval hasta el , una serie de redadas en el debilitó su hegemonía e influencia, permitiendo la formación de reinos regionales, como Kediri, basados en la agricultura intensiva en lugar del comercio costero de larga distancia. El imperio además estaba en conflicto frecuente con los reinos javaneses, primero Singhasari y después Majapahit. El islam, por su parte, comenzó a tomar fuerza a través de los contactos entre los comerciantes árabes e indios, hasta que finalmente logró imponerse en la región de Aceh (norte de Sumatra), cuando a finales del , el reino de Pasai se convirtió al islam.
Srivijaya dejó de existir finalmente en el 1414, cuando Paramésuara, último príncipe del reino, se convirtió al islam y fundó el Sultanato de Malaca en la península malaya.
Singhasari y Majapahit
left|thumb|300px|Construcción característica de la arquitectura Majapahit.
A pesar de la falta de evidencia histórica, se sabe que Majapahit fue el más importante de los Estados preislámicos de Indonesia. El reino hindú de Majapahit fue fundado en el este de Java en el , y bajo la regencia de Gajah Mada experimentó lo que a menudo se conoce como la "Edad de Oro" en la historia de Indonesia, cuando su influencia se extendió a gran parte del sur de la Península de Malaca, Borneo, Sumatra y Bali, desde el 1293 hasta el 1500 aproximadamente.
El fundador del Imperio Majapahit, Kertarajasa, era un hijo del reino de Singhasari, también basado en Java. El creciente poder de Singhasari llamó la atención de Kublai Khan del Imperio Mongol, quién envió emisarios exigiendo tributo. Kertanagara, gobernante del reino Singhasari, se negó a pagar el tributo y el Khan envió una expedición punitiva que llegó a la costa de Java en 1293. Simultáneamente, el reino de Kediri, inició una invasión para conquistar Singhasari, consiguiendo matar al rey Kertanagara. En este contexto, el fundador de Majapahit se alió con los mongoles para vengarse de los invasores y, una vez que el reino Singhasari fue destruido, se volvió y obligó a sus aliados mongoles a retirarse en la confusión.