thumb|Vendeur de pommes, , 1858. L'histoire de la pomme commence à la préhistoire dans les plateaux d'Asie centrale pour parvenir à la pomme domestique (Malus pumila) consommée aujourd'hui, cultigène issu de l'espèce Malus sieversii.
Préhistoire La variété la plus ancienne cultivée porte le nom de Malus sieversii dont le génome montre ses origines au Kazakhstan, cette présence est confirmée pour environ 50 millions d'années par une analyse génétique en 2010.
La diffusion de la pomme en Europe coïncide avec l'expansion humaine et l'arrivée de l'agriculture du Néolithique.
Antiquité La culture de la pomme s’est surtout propagée autour de la Méditerranée. Elle était déjà bien connue des civilisations égyptienne et grecque. Le pommier figure parmi les arbres que fit planter le pharaon Ramsès II (-1304 — -1213) dans son jardin du delta. On parle de la pomme dans les festins olympiens (Homère dans l’Iliade et l’Odyssée, vers ).
Hésiode, poète grec du , auteur d’ouvrages Les Travaux et les jours, enseigne les travaux des champs selon les jours et les saisons de l’année. Il parlait déjà de la greffe du pommier.
Palladius, agronome latin vers 450 , dans ses écrits, fait ressortir la grande richesse de l'espèce.
La première pomme célèbre fut celle d’Appius Claudius Caecus (/). Cet homme d’État et écrivain romain donna son nom à la pomme appienne (appiana mala) qui, selon André Leroy, est sans parenté avec la pomme d’api.
Puis c'est à Théophraste, philosophe grec en 287 , de décrire 6 variétés de pommes. Caton l'Ancien, grand écrivain latin, dans son livre De re rustica, en -160, sur l’agriculture, ne compte également qu’une demi douzaine de variétés.
Varron (Marcus Terentius Varro) écrivain latin (116/27 ), chargé par César d’organiser la première bibliothèque publique de Rome, rédigea un traité d’économie rurale Rerum rusticarum. Il y indique que chaque région possédait ses pommiers.
Pline l’Ancien (23/79 ), un siècle plus tard, écrivain et naturaliste romain, auteur de l’Histoire naturelle Naturae Historiarum libri en trente sept volumes, considéré comme le plus illustre apôtre de la science romaine, décrivait dix sept variétés.
Pour les Gaulois, le pommier, mot d’origine celtique, était un arbre sacré comme le chêne, sans doute parce qu'il est souvent chargé de gui sacré vénéré par les druides. Les Celtes, qui envahirent la Gaule au cours du millénaire, appréciaient beaucoup la pomme. Ce fruit représentait un symbole dans leurs traditions. La mythologie celtique associe la pomme au paradis d'Avalon, Merlin enseigne sous un pommierHenry Wasserman, Raymond Buren, Maxime Préaud, Michel Pastoureau et col, La Pomme : Histoire, symbolique & cuisine, 1998, Sang de la Terre, 246 p. .
Développement en Normandie thumb|Marchande de pommes au four, dans les rues de Paris, au . Après le déclin dû aux invasions barbares, comme les Huns, paradoxalement originaires des mêmes régions que la pomme, 32 variétés sont créées entre le et le . Ce renouveau s'effectue principalement en Normandie. En effet, dès la fin des invasions « vikings » le clergé et la noblesse y encouragent la plantation de pommiers. Ainsi, avant son annexion par la France en 1204, ce pays est une véritable pépinière de pommiers. Après son invasion, elle devient le verger de la France. À partir du , l'usage de la poire commence à concurrencer celui de la pomme, aboutissant au à l'opposition entre la poire, fruit délicat fondant des aristocrates et la pomme, fruit du paysan (coupe-faim dont la mastication sonore rend le fruit grossier).
Au , soixante-dix espèces de pommes sont reconnues par Pierre Le LectierLe Lectier, 1628 : Catalogue..
À la veille de la Révolution, le catalogue des Chartreux de Paris, ne comptabilisait plus que 42 variétés, la poire étant devenue plus populaire.
En Amérique Au Canada, ce sont les premiers colons qui ont introduit le pommier et d’autres arbres fruitiers de la France en Amérique du Nord. Le premier pommier aurait fait son apparition à Port-Royal en Nouvelle-Écosse vers 1610. C'est Louis Hébert, un apothicaire, qui planta un pommier en premier à Québec en 1617. Depuis, la pomiculture s’est solidement implantée au Québec. En 1670, les Jésuites implantèrent des pommiers sur le Mont-Royal à Montréal. Aux États-Unis, c’est par le Mayflower, bateau transportant les pères pèlerins fondateurs de la colonie de Plymouth, au Massachusetts, que le premier pommier gagna l’Amérique, en 1620. Il y a eu plusieurs légendes et croyances autour du pommier et une des plus connues est probablement la légende américaine de « Johnny Appleseed » de son vrai nom, John Chapman. Cet homme, né en 1774, s'était donné une mission : celle de planter, d'élever et de propager les pommiers. Il aurait planté plus de à travers l'Ohio, l'Indiana et l'Illinois. Il se promenait en donnant ses semences de pommes dans l'espoir de voir se multiplier cet arbre à l'infini.
Révolution industrielle Pendant tout le , des échanges entre les pays (France, États-Unis, Belgique, Hollande...) et de nouveaux semis (à Rouen, Oullins près de Lyon, Angers...), renforcent considérablement le nombre de variétés. 550 sont comptabilisées en 1873André Leroy, 1873 : Dictionnaire de Pomologie, Tomes 3, Pommes A-L, variétés 1 à 258 : histoire, description, figure des fruits anciens et des fruits modernes les plus généralement connus et cultivés; 444 p. illustrées, A. Leroy ed., AngersAndré LEROY, 1873 : Dictionnaire de pommologie, tomes 4, Pommes M-Z, variétés 259 à 527 : histoire, description, figure des fruits anciens et des fruits modernes les plus généralement connus et cultivés, suivi d'un supplément synonymique; 438 p. illustrées, A. Leroy ed., Angers.
Avec la révolution industrielle, on assiste au réel début de la productivité pomologique. Les producteurs plus éloignés des centres urbains doivent produire plus de fruits qui supportent mieux le voyage et se conservent plus longtemps. L'urbanisation avec la disparition des vergers autour des villes fait disparaître une multitude de petits producteurs, et un grand nombre de variétés tombent dans l'oubli.
Ce mouvement s'amplifie après la Seconde Guerre mondiale. En effet, pour favoriser la production agricole intensive, des primes d'arrachage sont offertes aux agriculteurs qui détruisent leurs pommiers. En 1960, le Catalogue officiel des espèces et variétés est créé par le Montpellier. Il institue la liste des variétés autorisées à être commercialisées. Une seule pomme française y est classée I et peut entrer dans le circuit classique de la distribution moderne (supérettes, supermarchés, hypermarchés et autres géants de la distribution...). Les autres variétés ( à travers le monde) ne pouvant y entrer ne sont plus cultivées que ponctuellement et par de rares petits producteurs qui disparaissent petit à petit sous la pression économique. La biodiversité semble gravement atteinte.
Conservation des espèces anciennes Des associations pomologiques vers la fin des années 1970... sont créées.
De cette façon, plusieurs centaines de variétés de pommes sont sauvegardées : 725 (486 de pommes à couteau, 210 de pommes à cidre et 29 de pommiers à fleurs) dans l'ensemble des 37 vergers conservatoires de Haute-Normandie. (plus de 400 dans le Verger Conservatoire de l'Autoroute des Pommiers -A29 en Haute Normandie-, 136 dans le Verger Conservatoire du Jardin des Plantes de Rouen...) ; 700 dans le Conservatoire du Centre régional de ressources génétiques de Villeneuve-d'Ascq (région Hauts-de-France) ; 280 dans le verger conservatoire de Luçon-Pétré (Vendée) ; plus de 200 dans le verger conservatoire du VernetLe verger conservatoire du Vernet près de Vichy (Auvergne).
Malgré cela, certaines variétés, cachées dans de petits vergers, ne sont pas recensées ou conservées.
Recherche agronomique thumb|Pollinisation contrôlée d'une fleur de pommier. La pollinisation contrôlée permet de créer des hybrides ayant des qualités spécifiques héritées des deux parents choisis par l'hybrideur. Depuis que la recherche agronomique a amélioré ses connaissances sur la sexualité et la génétique des plantes, les chercheurs de tous les pays industrialisés tentent d'obtenir par croisement des variétés de plus en plus résistantes aux maladies tout en améliorant les qualités organoleptiques.
Ainsi, la pomme Ariane par exemple, ou plutôt l'hybride X6407 est le fruit de presque 60 ans d'hybridation. En 1943, à l'université de l'Illinois, le docteur Hough croise le Malus floribunda, une espèce de pommier résistant aux races communes de la tavelure du pommier mais produisant de petits fruits immangeables, avec de la Rome Beauty, une variété ancienne de pomme commerciale.
À partir de 1979 et pendant 23 ans, Yves Lespinasse, de l'INRA, croise à son tour d'autres variétés telles que Jonathan, Prima, Golden Delicious avec ce premier croisement pour améliorer ses qualités gustatives et visuelles. En 2002, Ariane est inscrite au catalogue officiel des variétés puis commercialisée.