vignette|Logo de Natura 2000.|alt=Logo de Natura 2000. alt=Vue depuis les falaises calcaires du parc départemental des Rives du Loup|vignette|Vue depuis les falaises calcaires, site des Rivières et Gorges du Loup (Alpes-Maritimes).
Le réseau Natura 2000 en France est la partie française du réseau Natura 2000 paneuropéen. Il rassemble les aires protégées de France désignées en vertu des deux directives de l'Union européenne dites Directive Oiseaux et Habitats, Faune, Flore. Il existe donc, réglementairement parlant, deux types de sites, bien qu'ils se superposent souvent : les zones de protection spéciale (ZPS) créées en application de la directive Oiseaux de 1979. Elles visent à protéger les espèces d'oiseaux, et leurs sites de nidification. les zones spéciales de conservation (ZSC) issues de la directive Habitat de 1992, dont l'objectif est de protéger les habitats naturels rares ou fragiles présents sur le territoire européen.
La France a choisi d'utiliser principalement une gestion de ses sites au travers de contrats, donnant lieu à des subventions pour des actions en faveur de la conservation de la nature ou des chartes pour le maintien en l'état des sites.
Les activités potentiellement néfastes sont soumises à une évaluation et peuvent être interdites.
Le réseau Natura 2000 est doté d'un site web sur lequel est consultable en temps réel le nombre de sites et les surfaces par pays.
Contexte naturel La France accueille 123 espèces d'oiseaux protégés par le réseau Natura 2000, ce qui représente 62 % des espèces d'oiseaux protégés que l'on peut trouver en Europe. Pour le reste de la faune dite d'intérêt communautaire, 20 % des espèces sont présentes en France, pour les plantes c'est 10 % et pour les habitats, 57 % des types d'habitats d'intérêt communautaires.
Historique
La France s'est dotée d'outils réglementaires efficaces à partir de 2001, au moyen de deux décrets : décret du . relatif à la procédure de désignation des sites Natura 2000 et modifiant le code rural (articles R. 214-15 à R. 214-22) ; décret du . relatif à la gestion des sites Natura 2000 et modifiant le code rural (articles R. 214-23 à R. 214-39).
Historiquement, après une période de « gel » de la procédure de désignation des sitesPour plus de détails, voir les problèmes d'application de la directive Habitats en France., une réflexion nationale a permis de déterminer la méthode de désignation à mettre en œuvre en France, en application de la directive et de la directive directive du Parlement européen et du Conseil du concernant la conservation des oiseaux sauvages (version codifiée), selon des règles de désignation (et de gestion) traduites dans le droit français dans une section spécifique du Code de l'environnement (France)Voir articles L. 414.1 à L. 414.7 et articles R. 414-1 à R. 414-29 du Code de l'environnement (France).
Le réseau de sites Natura 2000 français a été particulièrement long à se mettre en place, souvent du fait des polémiques et du mauvais accueil réservé à ce qui a été perçu comme une confiscation des terres. Aussi la Cour de justice des Communautés européennes a sanctionné la France à trois reprises, malgré des avancées significatives, pour le retard pris dans la constitution du réseau Natura 2000 : vignette|Massif des Maures vu depuis Gonfaron, dans la plaine des Maures.
le , pour le retard pris par la France dans la transposition en droit national des deux directives Habitats et Oiseaux. ; le , pour insuffisance de propositions de zones spéciales de conservation (ZSC). ; le , pour insuffisance de désignation de zones de protection spéciale (ZPS), notamment pour ne pas avoir classé une superficie suffisante de la plaine des Maures (département du Var) en ZPS.
À la suite de ces deux condamnations, les rapports entre la France et la Commission européenne sont devenus plus difficiles encore lorsque cette dernière a envoyé en 2004 à l’État français une mise en demeure, puis un avis motivé lui demandant de compléter rapidement son réseau de sites. Cet avis était assorti de menaces de sanctions, notamment de suspension des fonds structurels européens pour les régions qui ne se mettraient pas en conformité avec la directive Habitats.
Pour respecter ses engagements et éviter cette condamnation, la France a transmis en 2006 à la Commission européenne plus de , se traduisant par un accroissement de la surface du réseau de + 14 % au titre de la directive Habitats-faune-flore et de + 167 % au titre de la directive Oiseaux. Cet effort considérable permet à la France de présenter, au , un réseau plus cohérent au regard des enjeux de sauvegarde de la biodiversité de son territoire.
En , le réseau français de sites Natura 2000 comptait couvrant d'hectares (hors milieux marins), soit 12,4 % du territoire métropolitain terrestre, comprenantLes chiffres clés de Natura 2000 en France, septembre 2007. : s d'intérêts communautaires (SIC) proposés, soit d'hectares ; de protection spéciales (ZPS) représentant d'hectares.
La liste des sites français a été validée par la Commission européenne le , communiqué de presse du ministère de l'Écologie et du Développement durable., qui a classé définitivement les deux derniers contentieux pour insuffisance de désignation de sites Natura 2000 en France.
Le site internet européen « baromètre Natura 2000 » permet de suivre l'évolution du nombre de sites et de leur surface par pays, depuis 2011. Des ajustements manuels ont été faits régulièrement ce qui limite l'utilité des statistiques présentées.
La superficie terrestre couverte par le réseau Natura 2000 augmente lentement mais régulièrement, selon les chiffres présentés sur le baromètre européen.
Dans le domaine marin, une forte augmentation a eu lieu en 2014/2015 avec la création de sites en haute mer. L'élargissement s'est poursuivi avec l'ajout de huit nouveaux sites en 2018.
En , le réseau Natura 2000 compte en France dont marins, comprenant : 403 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux ; zones spéciales de conservation (ZSC) pour les habitats et les espèces.
La superficie totale est de , ce qui représente 13 % de la surface terrestre du territoire de la France.
Évaluation périodique L'article 17 de la directive Habitats impose une évaluation tous les six ans de l'état de conservation des habitats et espèces, par domaine biogéographique. Des évaluations ont eu lieu en 2013 et 2019. La directive oiseaux impose aux États-membres d'adresser à la commission européenne une synthèse sur les moyens mis en œuvre pour la protection des oiseaux, dans son article 12.
2007 Une première évaluation provisoire du réseau français a été menée pour la période 1995-2006 par divers experts regroupés par le MEDAD et le MNHN. Présentées en cette évaluation a porté sur naturels et Une synthèse brute de ce travail publiée par France nature environnement est consultable en ligne .le rapport dans son intégralité .. Elle montre que même dans les zones Natura 2000, un grand nombre d'habitats et d'espèces sont dans un mauvais état de conservation : 53 % des habitats qui inscrits au titre de Natura 2000 sont en état de conservation « défavorable ou mauvais », de même que 43 % des de faune suivies et 43 % des floristiques patrimoniales suivies. Une analyse plus détaillée de cette évaluation doit être néanmoins faite, tous les groupes d'espèces ne sont pas en mauvais état de conservation (les mammifères sont jugés en bon état de conservation, à l'inverse des amphibiens par exemple), des nuances doivent être apportées selon le domaine biogéographique considéré.
On rappellera également que les habitats et espèces inscrits au titre de Natura 2000 ne sont pas représentatifs de la biodiversité, mais des espèces rares, et qui plus est du territoire européen, ce qui ne reflète pas la situation de l'un ou l'autre des États membres de l'Union.
2015 En 2015, le réseau natura 2000 français comptait 1758 sites pour 12,5 % de la superficie du territoire terrestre métropolitain.
La mission d'évaluation faisait le constat d'un climat largement apaisé sur la question du réseau Natura 2000, mais recommandait l'amélioration des mécanismes budgétaires et de suivi financier et le maintien du budget pour éviter que des tensions ne ressurgissent.
2021 En 2021, le réseau français compte 1756 sites Natura 2000, pour une superficie terrestre de et pour le domaine marin, ce qui représente 12,96 % du territoire national français.
Selon l'analyse de Paul Rouveyrol et Maya Leroy, publiée en , il existe des différences de conservation entre région biogéographique : dans les régions atlantiques et continentales les habitats et espèces sont dans un état de conservation fortement dégradé, par comparaison les régions méditerranéenne et alpine sont dans un meilleur état de conservation. Il faut dire que ces régions sont mieux couvertes par le réseau Natura 2000.
En matière de résultats, les deux spécialiste du MNHN relèvent quatre points : Les espèces d'oiseaux spécialistes des milieux agricoles déclinent moins vite dans les sites Natura 2000 qu'en dehors, selon les données du STOC. Les communes dans lesquelles on trouve des ZPS ou ZSC ont perdu moins de surface de prairie permanente entre 2000 et 2010 que les autres. La quantité d'arbres de fort diamètre a plus augmenté dans les sites qu'en dehors. Les sites, aujourd'hui classés en Natura 2000, subissaient une urbanisation et un développement des grandes cultures moins rapide que dans le reste du territoire français. C'est toujours le cas, même s’il est difficile d'y voir un effet du classement.
En termes de moyens, les Mesures agro-environnementales et climatiques mobilisent la plus grosse part du budget, à l'échelle nationale.
Décentralisation L'État a progressivement décentralisé la supervision et le financement des contrats et de l'animation des sites, vers les conseils régionaux. Pendant la période de la PAC 2014-2020 (prolongée jusqu'à 2022), les conseils régionaux étaient qualifiés dautorités de gestion mais l'instruction des demandes de financement et l'organisation des CoPils restaient réalisées par les services de l'État. Puis la loi 3DS a délégué l'instruction des demandes de financement et l'organisation des CoPils aux conseils régionaux, pour la période 2023-2027.
Ce transfert de compétence n'a pas été souhaité par les régions. De nombreuses voix l'ont critiqué dans les collectivités territoriales ou les associations de protection de l'environnement.
Gestion Principes généraux Chaque site Natura 2000 est géré par une « structure porteuse » désignée lors de la création du site. Il ne peut s'agir que d'une collectivité territoriale ou d'un groupement de collectivités territoriales concerné(e) par le site. Si aucune collectivité ne s'engage, c'était l'État qui le prenait en charge, avant 2023, et le conseil régional ensuite.
Un comité de pilotage (dit Copil), équivalent du comité consultatif d'une réserve naturelle, doit veiller à la bonne application du droit et au bon déroulement de la gestion du site. Il regroupe des représentants des acteurs en présence sur le site : associations, agriculteurs, collectivités, pouvoirs publics, chasseurs, pêcheurs, etc. Selon le ministère de la transition écologique, 60 % des Copil étaient présidés par des élus locaux, en 2019, le reste étant par défaut présidé par les préfets. Après 2023, les présidents des conseils régionaux reprennent le rôle de président par défaut, tous les Copils sont donc présidés de-facto par des élus.