thumb|Sel gemme composé de chlorure de sodium du Trias supérieur. L'histoire du sel du Jura fait référence à sa formation depuis le Trias supérieur, et son exploitation, sur ce qui est aujourd'hui le département du Jura, du bassin salifère de Franche-Comté.
Exploité dès la préhistoire et en tout cas dans l'Antiquité latine, le sel du Jura devient une source de richesse vers le quand l'abbaye d'Agaune (canton du Valais, en Suisse) reçoit en donation du roi de Bourgogne Sigismond des droits sur les salines de Salins. Au , ces salines passent sous le contrôle féodal de ce qui deviendra la seigneurie de Salins acquise par la lignée des Chalon-Arlay au . Aux les salines de Salins (seules alors en activité) sont restructurées en monopole royal par les Habsbourg espagnols : le roi de France capte ces droits après la conquête de la Franche-Comté au et le traité de Nimègue de 1678. L'exploitation du sel de Salins est de moins en moins productive et la nécessité de disposer de grandes ressources de bois pour les chaudières conduit au grand projet de la saline royale d'Arc-et-Senans près de la forêt de Chaux doloise, les eaux salées étant amenées de Salins par un saumoduc de . L'exploitation commence en 1779 et s'achève en 1895.
La période médiévale voit aussi l'exploitation des sources salées de Grozon et de Lons-le-Saunier : peu rentables, elles sont abandonnées au . À l'époque moderne l’exploitation reprend à Montmorot (près de Lons-le-Saunier) où s'édifie la Saline de Montmorot mise en activité en 1752 : elle fermera en 1966. Au milieu du on crée d'autres sites d'extraction du sel comme la saline de Grozon qui sera exploitée jusqu'en 1944 en association avec une extraction locale de charbon, ou le captage de Poligny pour alimenter l'usine Solvay de Tavaux près de Dole.
À la fin du , le sel du Jura n'est pratiquement plus exploité que dans le thermalisme (Lons-le-Saunier, Salins-les-Bains) mais le souvenir de son histoire qui a fortement marqué la région est mis en valeur par des initiatives comme le musée du sel de Salins-les-Bains ou l'aménagement de la saline d'Arc-et-Senans en centre de rencontres, les deux sites étant inscrits au patrimoine historique mondial de l'Unesco.
Le sel gemme du Jura
thumb|Carte des sites salifères du massif du Jura. Durant le Trias supérieur (), la mer Panthalassa qui recouvre tout l'est de la France (partie intégrante du supercontinent Pangée) se retire et laisse une lagune peu profonde de saumure d'eau de mer qui par évaporation forme une très importante couche de plus de d'évaporite (contenant du sel halite / sel gemme)... recouverte avec le temps par différentes couches de sédimentation (plus de de marne et de calcaire). Le massif du Jura se forme il y a (Priabonien) par la compression / plissement exercée par les Alpes vers l'ouest (voir géologie du massif du Jura). La couche d'évaporite remonte par endroits vers la surface selon la forme des plis et l’érosion. De l’eau s’infiltre dans le sol par endroits, circule dans les gisements de sel puis resurgit par résurgence.
Les principaux gisements de sel gemme du massif du Jura se répartissent en trois zones prépondérantes. La zone sud est la plus importante : elle se situe en bordure des premiers contreforts du Revermont, avec deux sites principaux Lons-le-Saunier-Montmorot et Salins-les-Bains, mais également avec des gisements à Tourmont, Grozon, Poligny. Plus au nord, près de Besançon une zone moins riche s'étend de Montferrand-le-Château à Châtillon-le-Duc avec les gisements de Pouilley-les-Vignes et Miserey-Salines. Une troisième zone se trouve au nord-est de la Haute-Saône près du Doubs et du Territoire de Belfort dans le bassin houiller keupérien de Haute-Saône dans le secteur de Villersexel et de la Porte de Bourgogne (la zone a été rattachée historiquement à la principauté de Montbéliard) : on repère en particulier Saulnot, Gouhenans, Athesans-Étroitefontaine ou encore MéleceyMusées des techniques et cultures comtoise p. 2 et 3 .
La production à grande échelle et sur une longue période a concerné essentiellement les sites du département du Jura avec au premier plan ceux de Salins (qui ne deviendra Salins-les-Bains qu'en 1926) et Lons-le-Saunier/Montmorot. Les autres zones ont eu une exploitation limitée dans le temps, essentiellement au . Cette production de sel s'est faite, avec des améliorations techniques au cours des siècles, par le dessèchement des eaux salées (les saumures) captées en profondeur et chauffées (on parle de sel ignigène).
Salins, centre emblématique du sel jurassien Remarque : durant toute la grande période des salines, la petite ville s'appelle Salins (elle ne prend son nom actuel de Salins-les-Bains qu'en 1926) ; c'est ce nom qui est utilisé ici.
Le développement de Salins avant le Moyen Âge
À l'époque gauloise et romaine, le sel jurassien est utilisé pour des salaisons réputées jusqu'à Rome comme en témoignent les écrits de Strabon ( – 25 apr. J.-C.) : « Ex Sequanis optima suilla salmenta Romam perfectur« » = « c'est de chez ce peuple que provient le meilleur porc salé qu'on expédie à Rome », .». Il s'agit assez vraisemblablement du sel de Lons-le-Saunier dont les sources sont plus faciles d'accès que celles de Salins, mais des traces anciennes liées à l'usage des eaux salées du site existent.
Dans les temps troublés des invasions barbares du , les Burgondes fondent le Royaume de Bourgogne en 443 qui englobe le secteur de Salins. En conflit avec les Francs de Clovis durant la guerre de Burgondie, le roi des burgondes saint Sigismond se réfugie dans l'abbaye d'Agaune qu'il a fondée selon la tradition en 515 en Valais actuel et à laquelle il fait don de ses importants biens du massif du Jura dont Salins et ses salines : cette donation de 522 (?) assure une grande prospérité au couvent dédié à saint Maurice durant près de quatre siècles d'autant que la possession est confirmée par une bulle du pape Adrien en 773 (?). C'est la première mention de Salins dans les textes historiques (« in Pago Bisuntinensi, Salinum cum Castra de Bracon Miegens »Document p.337 .) mais l'authentification des documents reste incertaine : nous n'avons que des copies tardives du rappelant les faits antérieursMémoires de l'Académie des Sciences, Arts et Belles-Lettres de Dijon . 1849 p. 334 ..
On possède peu d'informations sur Salins durant la période du Haut Moyen Âge : on sait par exemple que l'abbaye de Condat avait des intérêts dans la saline confirmés par une charte de Lothaire en 844 /854Histoire des Séquanois et de la province séquanoise, Dunod de Charnage, Volume 1, abbaye de Condat Lotarii primi Diploma, pro Abbatiâ Sanfii Eugendi : « Confirmamus monasterio sancti Eugendi Salinas et villas quae sunt circà, et ad portam deserviunt Salinas » . et que passait par Salins une antique voie qui allait de Dijon et de son abbaye Saint-Bénigne à Saint-Maurice-d'Agaune, en Valais : des routes du sel existaient déjà.
Le fief de Salins thumb|upright=0.5|Blason de la famille des Chalon-Arlay, . Le sort de Salins change autour de 940/942 quand l'abbaye d'Agaune est contrainte d'inféoder ses possessions du Jura à Albéric ou Aubry de Mâcon, comte de Mâcon : celui-ci est à l'origine de la seigneurie de Salins qui s'impose au avant de passer dans les mains du duc de Bourgogne en 1224 et finalement par échange dans celles de Jean de Chalon premier de la lignée des Chalon-Arlay, en 1237.
Cette possession assurera aux sires de Salins pendant plusieurs siècles une puissance dominatrice sur la région jurassienne assise grâce à des rentes sur le sel accordées aux diverses abbayes de la région comme Cluny, Balerne, Goailles, Rosières, Bonlieu, Buillon« Salins attire les investissements de toutes les abbayes de la région étudiée ici et même au-delà : les mieux loties parviennent à y posséder un pied-à-terre baptisé cellier, hospice ou maison, tandis que la plupart doivent s'estimer heureuses d'obtenir une rente en eau salée ou muire, en sel ou en argent » Réseau monastique et canonial de part et d'autre du Jura par René Locatelli Revue d'histoire ecclésiastique suisse, 1988 listesp. 113-114 . et aux vassaux et aux familiers comme les seigneurs de Joux, Usier, Pesmes, Montbéliard et Montfaucon. Les revenus du sel permettront aussi la construction de châteaux pour contrôler les routes du sel vers Pontarlier et la Suisse et vers le Vignoble (château de Vadans sur la route de Dijon près d'Arbois, château du Pin près de Lons-le-Saunier, château d'Arlay qui donne son nom à la familleLes salines de Salins au : cartulaires et livre des rentiers Par René Locatelli,Denis Brun,Henri Dubois .). Gaucher est le premier à porter le titre de sire de Salins : il est dit « Avoué de cette ville, par la grâce de Dieu : Dei gratia Advocatus oppidi Salinensis » dans un texte de 1084.
Aux mêmes époques d'autres sites salifères jurassiens sont exploités par des possesseurs monastiques comme Grozon ou Lons-le-Saunier avec les moines de Balerne et leur Puits salé. Ils sont abandonnés au au profit de Salins, plus productifMusée des techniques ..
L'exploitation traditionnelle du sel à Salins
Il semble qu'il n'existait au départ qu'une seule source salée à Salins, celle qui allait devenir la Grande Saunerie ou saunerie du Bourg-Dessus. Inféodée au par l’abbaye d'Agaune à Aubry , elle appartient depuis le à la famille de Chalon-Arlay avec l'acquisition de Jean de Chalon dit Jean l'Antique en 1237.
Une annexe de la grande saunerie constitue la « chauderette de Rosières » : concédée à l'abbaye de Rosières à la fin du , elle redevient propriété des comtes de Chalon en 1249Les Ouvrières des salines de Salins (Jura), , Paul Delsalle .. Elle continue à produire le sel dit « sel de Rosière » qui a une commercialisation particulière (ne pas confondre avec Rosières-aux-Salines en Lorraine).
Une troisième unité de production apparaît plus tardivement (elle n'est pas mentionnée dans les textes d'inféodation) : on l'appelle la Petite Saunerie ou la Saunerie du Bourg-Dessous ou encore le puits à muire. Elle appartient collectivement à un groupe de rentiers (ecclésiastiques, nobles, bourgeois)idem . Les méthodes de production ont peu changé pendant plusieurs siècles : il s'agissait toujours de capter les eaux salées souterraines et de les faire évaporer par chauffage dans des installations de surface. Les besoins en bois pour les chaudières et en main-d’œuvre étaient considérables comme les installations de la saline avec en particulier une galerie souterraine de excavée au dont les voûtes construites à partir du ont été remaniées jusqu'au .
Les sources d’eau salée sont captées par des puits d'une quinzaine de mètres de profondeur creusés au Moyen Âge. La « muire » est remontée en surface d'abord par un système de seau à balancier puis par un système de chaîne à godets activé par des manèges à chevaux remplacés vers 1750 par des engrenages animés par la force hydraulique de la rivière la Furieuse (localement ces chaînes sont appelées « signoles »). Les premières captations atteignaient une eau à de salinité, les signoles du Moyen Âge puisant l'eau salée à 15m de profondeur atteignent une salinité variante entre et au fil des saisons et des siècles. (pour comparaison la mer Méditerranée présente une salinité de ).
La phase suivante est l'asséchement du sel dans d’énormes poêles suspendues à des poutres métalliques par des chaînes au-dessus des braises comme le décrit encore l’encyclopédie de Diderot en 1765Encyclopédie de Diderot .. Les ateliers de dessèchement du sel construits en surface sont appelés des « bernes » et comportent en plus des poêles et des chaudières de braises des stocks de bois et de sel et des activités annexes comme des forges. On installera au à Arc-et-Senans et à Montmorot une phase de graduation destinée à l'évaporation naturelle d'une partie de l'eau dans de larges bassins.