vignette|Le professeur Gilles-Eric Séralini, ici en 2015, auteur de l'article qui déclencha l'affaire en 2012. L’affaire Séralini est déclenchée par la publication d'un article scientifique. dont l'auteur est Gilles-Éric Séralini, (en français « Toxicité à long terme d'un herbicide Roundup et d'un maïs génétiquement modifié tolérant au Roundup »). L'article présente les conclusions d'une étude de la toxicité à long terme (deux ans) du Roundup (un herbicide à base de glyphosate) et du NK 603 (un maïs génétiquement modifié pour le rendre tolérant au glyphosate) sur des rats de laboratoire. Les auteurs affirment que les rats femelles ayant ingéré du maïs OGM et/ou du Roundup sont morts significativement plus rapidement que ceux du groupe témoin. Les auteurs concluent également que les rats mâles et femelles testés développent significativement plus de tumeurs que les témoins et que l'ingestion de maïs OGM et/ou de Roundup provoque des problèmes hormonaux et de toxicité au foie et aux reins.

Le , jour de la publication initiale dans la revue scientifique à comité de lecture , une est orchestrée par une agence de communication, qui propose à des journalistes français l'exclusivité des résultats sous des conditions d'embargo d'information. Elle entraîne une agitation médiatique et politique, notamment à l'encontre du groupe Monsanto.. La publication de l'étude a été accompagnée par la sortie d'un livre de Gilles-Éric Séralini, d'un livre de Corinne Lepage, et d'un documentaire, Tous cobayes ?.

Les conclusions de l'article, et la mise en scène médiatique qui les a accompagnées, ont fait l'objet de critiques à la fois scientifiques et médiatiques.Rachel Mulot, Hervé Ratel, Olivier Hertel et Loïc Chauveau, « OGM : première analyse critique de l'étude choc », Sciences et Avenir, 19 septembre 2012.Olivier Hertel, « OGM : « Je n'ai jamais vu ça. Il faut envoyer une commission d'enquête dans le labo où cela a été fait ! » », Sciences et Avenir, 19 septembre 2012. « VIB exceptionally sceptical about the Séralini research », communiqué de presse du , 20 septembre 2012. Jonathan Amos, « French GM-fed rat study triggers furore », BBC News, 19 septembre 2012. Debora MacKenzie, « Study linking GM crops and cancer questioned », New Scientist, 19 septembre 2012. « Expert reaction to GM maize causing tumours in rats », communiqué de presse du Science Media Centre (SMC), 19 septembre 2012.Jean-Yves Nau, « Maïs OGM Monsanto, l'étrange affolement du gouvernement français », Slate.fr, 19 septembre 2012.« Étude choc sur les OGM : coup de pub ou scandale sanitaire ? », lemonde.fr, 21 septembre 2012. Dan Charles, « As Scientists Question New Rat Study, GMO Debate Rages On », The Salt, NPR, 20 septembre 2012. Andrew Pollack, « Foes of Modified Corn Find Support in a Study », The New York Times, 20 septembre 2012, B5.. L'étude est qualifiée par l'Autorité européenne de sécurité des aliments (AESA) comme étant d'une « L'EFSA publie son examen initial de l'étude sur le maïs GM et les herbicides », communiqué de presse de l'AESA, 4 octobre 2012..

En , dans la revue Food and Chemical Toxicology, l'étude est rétractée. Son rédacteur en chef Wallace Hayes et le tiers expert Bruce Chassy étaient tous deux liés financièrement à Monsanto au moment du retrait de l'article. L'étude est republiée en dans Environmental Sciences Europe.

Résultats allégués par les auteurs Selon les auteurs de l'article, les résultats mis en évidence par ces travaux sont les suivants : les femelles exposées au Roundup et/ou au NK 603 présentent une mortalité deux à trois fois plus importante que les témoins et des mortalités plus précoces ; une différence de mortalité est aussi visible sur trois groupes de mâles ; tous les résultats sont hormono- et sexe-dépendants ; les femelles développent des tumeurs plus souvent et plus importantes que les témoins ; les équilibres hormonaux sont modifiés par l'OGM et le Roundup ; chez les mâles les congestions et nécroses du foie sont 2,5 à 5 fois plus fréquentes ; de même les néphropathies moyennes à sévères sont 1,3 à 2,3 fois plus fréquentes ; les mâles présentent des tumeurs palpables quatre fois plus grosses ; les données biochimiques montrent des problèmes rénaux chez tous les sexes et traitements, 76 % des pathologies sont liées aux reins.

Mécanismes proposés Pour le Roundup, ils justifient l'absence de relation dose-effet, normalement attendue en toxicologie, en supposant que le Roundup serait un perturbateur endocrinien plus toxique à faibles doses qu'à fortes doses.

Ces mécanismes sont en contradiction avec des études financées par le producteur du maïs testé, Monsantohttp://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0273230011001516, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0273230012000943, . D'autre part si les effets des perturbateurs endocriniens peuvent être non linéaires., .

Le mécanisme décrit par Séralini dans le NK 603 (réduction de la production d'un antioxydant) est une hypothèse basée sur l'analyse de la variation des niveaux d’acides phénoliques mesurés.

Financements L'étude a bénéficié de financements gérés par le CRIIGENAFP, « L'équipe Séralini accuse l'EFSA de « mauvaise foi » », lemonde.fr, 26 octobre 2012.. Ces financements proviennent de l'association Consommateurs et entreprises responsables (CERES)Benjamin Neumann, « Le fondateur d'Auchan traque les risques des OGM », L'Expansion, 30 avril 2008., qui regroupe des entreprises de l'agroalimentaire et les groupes de la grande distribution Auchan et Carrefour., et de la Fondation Charles Léopold Mayer pour le progrès de l'Homme, ainsi que le sénateur UMP de la Moselle François Grosdidier, ce dernier précisant à ce propos que AFP, « L'étude du Séralini sur les OGM cofinancée par le sénateur Grosdidier », libération.fr, 26 septembre 2012..

Résumé des arguments critiques Cette étude va faire l'objet d'une réfutation par nombre des scientifiques, agronomes, mathématiciens, et agences sanitaires, et par certains membres d'académies françaises. La bibliothèque scientifique en ligne Science Direct a publié les lettres de critiqueshttp://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0278691512005637, mais aussi de soutiensLetter to the Editor, Marcel Roberfroid http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0278691514000039, envoyées à l'éditeur, ce qui se fait habituellement dans le cadre du débat scientifique. À la suite de ces critiques, les auteurs de l'étude ont publié un droit de réponse pour discuter des critiquesAnswers to critics: Why there is a long term toxicity due to a Roundup-tolerant genetically modified maize and to a Roundup herbicide http://www.gmoseralini.org/wp-content/uploads/2013/01/Seralinial-AnswersCritics-FCT_2013.pdf. À la suite du retrait de l'étude, les auteurs publieront un second droit de réponse dans la revue afin d'y dénoncer les « doubles standards » éthiques et scientifiques appliqués par l'éditeur de Food and Chemical ToxicologyG.E. Séralini, R. Mesnage, N. Defarge, J. Spiroux de Vendômois Conclusiveness of toxicity data and double standards , Food and Chemical Toxicology, Available online 18 April 2014 pour avoir maintenu des articles favorables aux OGM (Hammond & al, 2004B. Hammond, R. Dudek, J. Lemen, M. Nemeth, Results of a 13 week safety assurance study with rats fed grain from glyphosate tolerant corn, Food and Chemical Toxicology 42 (2004) 1003–1014 et Zhang & alMin Zhang, Qin Zhuo, Yuan Tian, Jianhua Piao, Xiaoguang Yang, Long-term toxicity study on transgenic rice with Cry1Ac and sck genes, Food and Chemical Toxicology, Volume 63, January 2014, Pages 76–83, 2014), mais pouvant être, selon eux, critiqués sur les mêmes points que leur étude (protocole, durée, souche de rat).

Durée de l'étude Les auteurs de l'étude déclarent que celle-ci fut conduite sur une période plus longue que celles faites pour les autorisations de mise sur le marché, ce qui a été admis par le toxicologue Gérard Pascal, qui déclarait au Monde :

Cette situation est régulière. Dans la procédure d'autorisation d'une substance, il est d'abord testé la toxicité à forte dose et à faible durée, comme la dose létale médiane. Une fois cette mesure connue, les études à long terme doivent vérifier l'absence d'effet à long terme d'une faible dose, ce qui permet de calculer la dose journalière admissible et des limites maximales de résidus. Dans le cas des OGM, la dose létale médiane n'existe pas : aucune dose d'OGM à court terme ne provoque de mortalité ou de pathologie.

Parmi les études recherchant les effets sur la santé animale d'une alimentation contenant des OGM, celles s'intéressant spécifiquement aux effets à long terme et sur plusieurs générations sont peu nombreuses. Elles ont été recensées dans un article de revue publié par la revue en Avis en réponse à la saisine du 24 septembre 2012 relative à l'article de Séralini et al. (Food and Chemical Toxicology, 2012) et Recommandation relative à l'article de G.-E. Séralini et al., Haut Conseil des biotechnologies, 19 octobre 2012... Aucune de ces études ne porte spécifiquement sur le NK 603.

Souche de rats utilisée Ces résultats ont été critiqués par une partie de la communauté scientifique car obtenus avec une lignée de rats (souche dite « de Sprague- ») habituellement utilisée en toxicologie. mais développant fréquemment des tumeurs, particulièrement lorsque leur alimentation n'est pas contrôlée. Or, l'étude ne précise pas le régime alimentaire des rats, ni les mesures des niveaux de contamination du maïs (Roundup, mycotoxines, contaminants industriels). Gilles-Éric Séralini rétorque que Eduardo Febbro et Hervé Kempf, « Séralini répond à ses détracteurs », Reporterre, 4 octobre 2012.. De plus, le Séralini affirmeSophie Verney-Caillat, « Tumeurs sur des rats : les réponses à vos questions sur les OGM », Rue89, nouvelobs.com, 21 septembre 2012. que ces rats sont de la même souche que ceux utilisés par l'industrie des biotechnologies et de la chimie pour réaliser leurs propres tests, mais sur une durée plus courte, dite « sub-chronique » où ce choix est pertinent puisque cette souche développe beaucoup plus de tumeurs endocrines que les autres, ce qui permet de tester rapidement la cancérogénicité ou le caractère de perturbateur endocrinien d'une substance, et ce en seulement cinq semaines.

Dans le fond, le problème n'est pas tant la souche de rat que l'interprétation des données, puisque les tumeurs sont très fréquentes chez cette souche de rats. À deux ans, la santé de cette souche de rats est très affectée. y compris dans les études antérieures sans rapport avec l'introduction des OGM dans la biosphère.. Le premier OGM destiné à la consommation animale, le soja tolérant au Roundup (Roundup Ready), fut mis sur le marché en 1996, et de nombreux travaux bien antérieurs à cette date montrent les mêmes pathologies que celles attribuées aux OGM par Séralini... L'étude de Zhang et al. sur un riz OGM a été acceptée par le même journal dans l'édition de : pour une durée de 78 semaines les auteurs ont utilisé trois groupes de 60 rats Sprague-Dawley chacun : un groupe consommant l'aliment riche en riz OGM, un groupe avec un aliment témoin contenant du riz non OGM et un témoin sans riz. Les auteurs ont pris soin de signaler le poids et la consommation alimentaire de chaque groupe, ce qui permet d'évacuer un éventuel biais lié aux surpoids des animaux. Les auteurs concluent à l'absence d'effet négatif sur la santé des animaux.

Cette souche de rats est par ailleurs connue pour développer bien plus de tumeurs s'ils reçoivent une nourriture trop riche. L’étude de Hubert et al. sur 120 rats. a montré que le taux de mortalité à deux ans en fonction de l’alimentation et du sexe varie de 0 % a 75 %. La santé générale des animaux est aussi considérablement améliorée en réduisant l'apport calorique, la cause de mortalité la plus courante étant pour tous les groupes les tumeurs du même type que celle mise en évidence par Séralini.