Le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient ou MERS-CoV (acronyme anglais de Middle East respiratory syndrome-related coronavirus, anciennement 2012-nCoV ou nCoV pour novel coronavirus) est le nom d'une forme de coronavirus hautement pathogène découvert en 2012 au Moyen-Orient, provoquant en particulier un symptôme de pneumonie aigüe, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient.
Le virus est prévalent chez les dromadaires (Afrique et Moyen-Orient) et sa transmission à l'humain est bien documentée ; en revanche la contagion interhumaine reste limitée. Les formes humaines sont proches à plus de 99 % de la souche des dromadaires.
Symptômes Les symptômes de l'infection par MERS-CoV peuvent être l'insuffisance rénale aigüe et une pneumonie aigüe sévère, souvent d'issue fatale . Chez les humains, le virus a un fort tropisme pour les cellules épithéliales bronchiques non ciliées, et il a été montré qu'il échappe facilement aux réponses du système immunitaire inné et perturbe la production d'interféron (IFN) dans ces cellules.
Enjeux Le MERS-CoV présente des caractéristiques pouvant le faire classer parmi les causes de maladies émergentes éventuellement susceptibles d'évoluer en pandémie. L'OMS et de nombreux spécialistes l'ont donc rapidement ciblé dans leur veille écoépidémiologique.
Histoire Selon les données épidémiologiques disponibles, cette souche de coronavirus est apparue dans la péninsule arabique, au Moyen-Orient.
Le premier cas humain est un Saoudien de mort le lors d'une hospitalisation pour pneumonie aiguë et subséquente.
Ce virus a été nommé « nouveau coronavirus » quand il a été découvert (en 2012 dans les expectorations d'un malade) car il diffère fortement des cinq autres coronavirus humains déjà découverts. Quatre de ces virus ne causent que de simples rhumes, anodins, mais le cinquième, le virus du SRAS, apparu en 2002, est nettement plus pathogène. Il est rapidement classé parmi les bétacoronavirus.
En raison de son caractère hautement pathogène et des symptômes qu'il provoque, ce virus a été comparé dès les premiers rapports le concernant au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), avec suspicion d'une origine animale. Les deux premiers patients étant tombés malades à plus de deux mois d'intervalle, on suppose que le premier n'a pas infecté le second, et qu'il doit exister un réservoir animal, comme cela est le cas avec la plupart des virus infectant l'Homme ; s'ensuit la mise en place rapide d'un dispositif international de veille et de réponse épidémiologique.
Premier cas humain identifié Ce saoudien de est mort à Djeddah (Arabie saoudite) le lors d'une hospitalisation pour pneumonie aiguë et subséquente. Ce cas a été rapporté par Ali Mohamed Zaki de l'Hôpital Soliman Fakeeh de Jeddah, sur ProMED-mail (le réseau international de veille sur les maladies émergentesFAS, Portail ProMED (the FAS policy initiative calling for global monitoring of emerging diseases), qui est un programme de biosécurité hébergé par la [http://www.fas.org/index.html FAS (Federation of american scientists; Fédération des scientifiques américains)) le . Le virus n'est pas encore identifié, mais au vu des symptômes, les experts évoquent rapidement la possibilité qu'il s'agisse d'un virus grippal d'un paramyxovirus ou d'un coronavirus. La piste du coronavirus est rapidement confirmée et l'information a rapidement été portée à la connaissance des réseaux de veille épidémiologique spécialisés dans la détection d'éventuelles maladies émergentes, via les réseaux ProMed notamment, puis de l'OMS et de l'OIE, de l’ (ISIDISID, Portail de l'International Society for Infectious Diseases (ISID), consulté 2013-05-14) et le réseau « Infectious Animal and Zoonotic Disease Surveillance » et beaucoup d'autres de par le monde, puis par les médias.
Deuxième cas humain identifié Il a été rapporté en par l'agence britannique de protection de la santé United Kingdom's Health Protection Agency (HPA), Organisme public non ministériel anglais.. C'est un homme, Qatari, de , tombé malade après un voyage en Arabie saoudite, porteur du même virus, et traité en soins intensifs dans un hôpital de Londres. Au même moment, d'autres cas possibles font l'objet d'enquêtes, et le degré de virulence et contagiosité du virus n'est pas encore clair. Ce patient a été traité pour une maladie respiratoire, mais il a aussi développé une insuffisance rénale aiguë.
Autres cas confirmés La plupart des cas sont situés dans la péninsule arabique, mais, le , un premier cas est confirmé en France par le Centre national de référence de l’Institut Pasteur. Le ministère français de la santé affirme alors qu'il s'agit du seul cas confirmé en France, tout en précisant que l'homme revenait d'un séjour à Dubaï.
Le , un second cas est annoncé en France (le voisin de chambre du premier cas). À peu près au même moment, deux autres décès sont signalés dans la région d'Al-Hassa (Arabie saoudite). En , lors d'une réunion d'urgence, l'OMS déclare : « Le nouveau coronavirus semble préférer la saison chaude (l'été) pour se répandre et contaminer ses hôtes. Sur la planète, on constate que celui-ci s'est facilement étendu (géographiquement et en une seule année) ; ce n'est plus seulement le Moyen-Orient qui en est affecté. Les voyageurs ne s'inquiètent pas assez du virus ; cela facilite l'évolution de la contagion et même une mutation. Les conséquences sont malheureusement observables sur notre carte de surveillance épidémiologique. Voilà que plusieurs pays d'Europe de l'Ouest sont touchés. Ce virus pourrait donc muter, s'adapter aux différents climats et différentes saisons. Ainsi, il provoquerait une véritable pandémie en se transmettant très facilement d'homme à homme. De plus, MERS-CoV tue dans 1 cas sur 2 ».
En , premier cas mortel de l'année de ce virus constaté en Allemagne sur un patient de de retour des Émirats arabes unis.
Réactions de l'OMS L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a annoncé qu'elle était et qu'elle a .
L'agence du Royaume-Uni pour la protection de la santé travaille au séquençage génétique de ce virus, à partir des ARN viraux obtenus à partir du patient du Qatar.
Zoonose Les coronavirus sont fréquemment zoonotiques, c'est-à-dire que, comme les virus grippaux, ils peuvent à la fois infecter une ou plusieurs espèces animales et l'être humain et passer d'une espèce à l'autre, parfois en devenant inhabituellement pathogènes, par exemple parce que le système immunitaire du « nouvel hôte » n'y est pas adapté.
Dans ces circonstances, les écoépidémiologistes recherchent une espèce-réservoir (oiseau et/ou mammifère en général) et s'il existe des circonstances écoépidémiologiques pouvant expliquer ou faciliter la diffusion du « nouveau » virus (maladie émergente), et s'il existe éventuellement un risque pandémique.
Le virologue Ron Fouchier, du centre médical Érasme de Rotterdam (Pays-Bas), spécialiste des virus respiratoires hautement pathogènes, émet rapidement l'hypothèse qu'il s'agit d'un virus de la chauve-souris qui s'est adapté à l'Homme.
Un scientifique saoudien ayant isolé le virus lui en avait envoyé un échantillon pour savoir s'il pouvait s'agir d'un paramyxovirus. R. Fouchier lui a demandé s'il l'avait déjà testé comme potentiel coronavirus (ce qui est possible grâce à un test développé par le US CDC qui permet de tester tous les coronavirus alors connus). Durant le transfert du virus au laboratoire néerlandais de R. Fouchier, ce test a confirmé qu'il s'agissait effectivement d'un coronavirus. Fouchier, disposant du matériel nécessaire, en a séquencé le génome (et l'a au passage breveté malgré les protestations de responsables saoudiens qui n'avaient pas formellement autorisé le transfert du virus.
Biogéographie du virus Pour ce qui concerne les épidémies touchant l'homme, la biogéographie du virus est anthropiquement fortement liée aux transports. Elle est par contre encore mal connue pour ce qui concerne les souches sauvages.
Fin 2019, pour mieux comprendre la répartition du coronavirus MERS-CoV et les facteurs de risque infectieux pour l'Homme et d'autres mammifères ou espèces, une base de données a été créée pour enregistrer et documenter les cas de MERS-CoV détectés dans le monde, en signalant notamment les transmissions zoonotiques.
La base a été construite à partir de 3 moteurs de recherche spécialisés : PubMed, Web of Science et Scopus ; en y conservant 208 (extraction + géoréférencement) avec pour chaque cas des précisions contextuelles.
A sa création elle comprenait . Elle permet une épidémiosurveillance ciblée du MERS-CoV, pouvant notamment aider à anticiper des risques zoonotiques d'épidémie voire de pandémie.
Données épidémiologiques complètes
thumb|upright=1.5|Nombre de cas confirmés
Une nouvelle forme de coronavirus émerge vers l'Arabie Saoudite en . En , le premier foyer « familial » est confirmé au Royaume-Uni, à Manchester, chez un patient ayant récemment voyagé au Moyen-Orient et au Pakistan, c'était le au niveau mondial 2013) (consulté le 13 février 2013). Le fils de cet homme a ensuite contracté le virus, ce qui a fourni la première preuve solide de la transmission interhumaine 2013) (consulté le 13 février 2013). Le père est mort le .
Le , après un mois de silence, six nouveaux cas sont confirmés en Arabie Saoudite. En , le MERS-Cov se répand de plus en plus vite en Arabie Saoudite (faisant craindre aux autorités et à l'OMS une possible mutation du virus). Le , un premier cas est confirmé en Égypte.
Selon l'OMS le , il y avait 293 cas confirmés, dont 93 morts, essentiellement en Arabie saoudite. Selon les autorités saoudiennes au , il y avait 361 cas et 107 décès. Le , à Atlanta aux États-Unis, un premier cas est déclaré ; le CDC craint une grave épidémie.
Pays touchés et évolution
En , ce coronavirus est jugé encore très actif en Arabie saoudite.
Au , plus de 15 pays sont touchés par le MERS-CoV, pour un total ci-dessous de 937 cas dont 341 décès. Il est pourtant peu contagieux d'après le CDC.
Au Moyen-Orient Arabie saoudite (pays le plus touché) = 688 cas confirmés / 282 décès (prouvés scientifiquement) Jordanie = 5 cas confirmés / trois décès (prouvés scientifiquement) Émirats arabes unis = 18 cas confirmés / huit décès (prouvé scientifiquement) Qatar = 14 cas confirmés / six décès Égypte = 1 cas confirmé / aucun décès En Afrique Tunisie = 7 cas confirmés / trois décès (prouvé scientifiquement) En Europe Grande-Bretagne = 3 cas confirmés / deux décès (prouvés scientifiquement) Allemagne = 1 cas confirmé / un décès France = 2 cas confirmés / un décès (prouvés scientifiquement)
Italie = 3 cas confirmés / aucun décès Pays-Bas = 3 cas confirmé / aucun décès
Dans le monde Philippines = 2 cas / aucun décès Australie = 1 cas (suspect) / aucun décès États-Unis = 2 cas Corée du Sud = 186 cas, 35 décès ()http://french.yonhapnews.co.kr/national/2015/07/08/0300000000AFR20150708001400884.HTML d'autres pays semblent touchés Thaïlande = 1 cas
Le virus a continué à s'étendre dans le monde.
Près d'un an plus tard, au , l'OMS annoncait un total mondial de 1 293 contaminés (+34 % par an) et 458 morts (+31 % par an), répartis dans 25 payshttp://www.asahi.com/articles/ASH6J7DFYH6JULBJ01Y.html?iref=comtop_6_03, soit une létalité d'un peu plus d'un cas sur 3.
En France