Lyon à la fin du Moyen Âge (Moyen Âge tardif) a lié son sort à la France avec sa soumission au roi Philippe le Bel, en 1312 par le traité de Vienne. Elle reste toutefois encore longtemps à la marge des grands conflits de ce temps, ne subissant pas les horreurs de la guerre de Cent Ans. Le pape Innocent IV viendra y trouver l'exil, la ville étant indépendante et le pape ayant été poliment refusé au sein du Royaume par Saint Louis. La cité ne connaît pas d'essor économique sur une période qui n'est pour elle, que la continuation d'un long Moyen Âge.
Elle est totalement sous domination de l'Église catholique, qui y sacre deux de ses papes. L'abbaye d'Ainay est alors une des plus puissantes du royaume de France.
Elle sort du Moyen Âge pour entrer dans la Renaissance autour des années 1460, avec l'essor rapide des foires de Lyon.
Description topographique et sociologique Au début du , la ville de Lyon est délimitée par le Rhône au sud-est et par ses remparts autour du plateau de Fourvière à l'ouest et au sommet de la colline de La Croix-Rousse au nord, reprenant ainsi en grande partie les limites de la ville antique pourtant bien plus étendue que la ville médiévale, ce qui laisse à côté des quartiers centraux densément peuplés, des espaces ruraux ou faiblement peuplés à l'intérieur des murailles.
La ville est fondamentalement divisée en deux, séparée par la Saône, qui forme jusqu'en 1312 une frontière entre le royaume de France et l'Empire. Les habitants, même dans les actes officiels, gardent durant cette période l'habitude de nommer la rive droite de la Saône « le Royaume » et la rive gauche « l'Empire ».
Durant la fin du Moyen Âge, la morphologie urbaine change très peu, la ville traversant de nombreuses crises qui empêchent ses habitants d'opérer de grands travaux. Les chantiers édifices majeurs progressent peu et les crises démographiques ne poussent pas à l'extension du bâti. La ville est alors divisée en quartiers, chacun centré sur le couvent d'un ordre religieux.
La « part du Royaume » Le plateau de Fourvière est rural, revêtu seulement de quelques maisons de campagnes entourées de vergers, de vignes et de ruines pillées. Il est ceint d'une muraille allant de Pierre Scize à Saint-Georges, qui sera renforcée en 1360 sous les ordres du roi de France Jean le Bon. Au sommet du plateau se trouve le sanctuaire Saint-Thomas-de-Fourvière, petit cloître légèrement fortifié, et au sud, en dehors de la ville, le cloître de Saint-Just entouré d'une muraille indépendante. À cette époque subsiste encore quelques vestiges romains visibles, qui servent très largement de sources de matériaux de construction..
La ville sur la rive droite de la Saône est dense et coincée entre la rivière et la colline de Fourvière sur un replat ne dépassant pas les et réduit à une vingtaine de mètres seulement à Pierre-Scize au nord et au Puy d'Ainay au sud. Les pentes de la colline sont surtout recouvertes de vignes et de vergers. Les maisons sont bâties jusqu'au bord de l'eau, si bien qu'il n'y a pas de quais ni de chemin de halage..
Le cloitre cathédral vignette|gauche|redresse=0.7|alt=Plan ancien du Vieux Lyon, au bord de la Saône (située dans la partie basse), détaillant l'architecture des bâtiments. Une cathédrale est située au centre du plan.|Plan du groupe cathédral de Lyon, à l'époque de la Renaissance. Gravure extraite de l’Histoire des églises et chapelles de Lyon de Jean-Baptiste Martin, 1908.
Cette partie de la ville est, au sud, dominée par le cloître de la cathédrale Saint-Jean. Cette cité presque autonome, le « Grand Cloître » contient sur quatre hectares la cathédrale Saint-Jean, les églises Saint-Étienne, Sainte-Croix et l'église paroissiale Saint-Romain, le palais archiépiscopal, les hôtels des dignitaires du chapitre et des chanoines, les logements des officiers de l'Église et des serviteurs, l'auditoire, des prisons... Le « groupe cathédral » est entièrement fermé par d'épais remparts édifiés par l'archevêque Guichard en 1165..
Le quartier Saint-Georges Le groupe cathédral isole partiellement les quartiers Saint-Georges et Saint-Pierre-le-Vieux plus au sudCe quartier est bien décrit dans Grégoire Ayala, Lyon, les bateaux de Saint-Georges : une histoire sauvée des eaux, Éd. lyonnaises d'art et d'histoire : Institut national de recherches archéologiques préventives, 2009, Lyon, 127 , , aux pages 70 à 75., du reste de la ville. Ces quartiers abritent une population pauvre composée majoritairement de pêcheurs et de reveyransFabricants et réparateurs de bateaux.. Autour de la place du Gourguillon se regroupent quelques charpentiers qui forment un artisanat moins modeste, et qui domine de nombreux affaneurs pauvres. Ce quartier est la voie de sortie des voyageurs pour se rendre en direction du Languedoc par la porte Saint-Georges et le chemin de Fontanières, ou en direction de l'Auvergne et de l'Aquitaine par la montée du Gourguillon vers la porte des Farges pour suivre la route des pèlerinages de Compostelle ou du Puy-en-Velay. Cette fonction entraine la présence dans le quartier de quelques aubergistes et notaires. Les rives du quartier sont bordées de maisons sauf sur une grande largeur, le port Sablet, situé en amont de l'église de la commanderie Saint-Georges, qui fait office d'église paroissiale.
Au nord du cloître canonial, en face du pont, se situe le cœur de la ville : les riches quartiers du Palais, du Change et de Saint-Paul.
Du Palais de Roanne à Saint-Paul Le quartier du Palais, autour du palais de Roanne est le siège de l'administration royale et est habité par des juristes et des officiers royaux. Son artère principale, la rue du Palais (l'actuelle rue Saint-Jean) qui part de la porte froc du cloître pour aller au change abrite de nombreux notaires, hommes de loi et clercs. Plusieurs grandes familles lyonnaises résident également sur cette artère dont Les Viste Thomassin, Burle ou Jullien. Le quartier comprend pour servir cette élite de nombreux artisans spécialisés. Ce quartier est le siège des fabricants d'armes (frenier, furbisseur, cutellier, armeour), d'artisans du cuir et d'orfèvres. Ce quartier comprend également un établissement d'étuves, situé le long de la Saône..
Les quartiers du Change et de Saint-Paul sont des quartiers commerçants et de changeurs, qui voient passer tous les voyageurs allant de Bourgogne, France ou Flandres à la Provence ou l'Italie. Au niveau de l'ancienne rue Nonvial (au niveau de l'actuelle place Saint-Paul) se concentrent les artisans de bouche, la maysel, là où les bouchers travaillent. S'y rendent également tous les fermiers et éleveurs des Monts d'Or et des plateaux du nord-ouest lyonnais. Plus près du pont rues Lainerie et Chevrerieactuelle rue de l'argile. se concentrent les travailleurs du cuir et des tissus, des fourrures et des habits, qui ont pour clientèle des voyageurs de passages ayant besoin de chaussures neuves ou d'habits chauds..
Bourgneuf et Pierre Scize Au-delà, la ville s'arrête à la porte de Bourgneuf, à la boucle de la rivière. Ce quartier est une seule artère longue, étroite et très peuplée. Elle contient en effet, un grand nombre d'auberges où s'arrêtent les voyageurs traversant LyonOn trouve ainsi les établissements de La cloche, La Pomme, Le Chapeau rouge, Les Trois rois ou Le Dauphin., la plupart près de l'église Saint-Paul. Cette clientèle permet au quartier de développer une communauté de petits artisans vendant de la nourriture ou des effets nécessaires pour les grands voyageurs ; travailleurs du cuir qui réparent chaussuresDe nombreux escoffiers confectionnent des escouffes et selles, tailleurs rapiéçant ou remplaçant des vêtements usés ou abimésAppelés également tisserants, fripiers ou coduriers. et maréchaux-ferrants pour remettre en place les fers des montures. De nombreux notaires logent et travaillent également dans le quartier, les riches voyageurs ayant régulièrement besoin de leur service s'ils doivent établir un acte de vente d'une affaire conclue dans la cité. Enfin, ce quartier est l'un des rares à disposer d'un messagerNommé un chevaucheur., employé autant par le consulat pour transmettre des courrier aux villes du nord que par des marchands ayant besoin de communiquer rapidement. Cette population est complétée par une foule de petites gens, pêcheurs, affaneurs et pauvres.
Ensuite se situe le quartier de Pierre Scize, dominé par le château de l'archevêque..
Le pont du Change est jusqu'au , le seul pont sur la Saône, reliant ainsi la rive droite à la Presqu'île. Il forme l'axe principal de la ville et l'on trouve à ses deux débouchés les deux quartiers les plus denses et les plus riches : le quartier du Change en rive droite et le quartier de Saint-Nizier sur la presqu'île.
La « part de l'Empire » vignette|La façade de l'église Saint-Nizier, dont le clocher nord sert de beffroi à la cité.
Sur la presqu'île, l'urbanisation est hétérogène, avec des espaces de champs, de vergers, de vignes, entrecoupés de pôles lotis. L'enceinte protège la ville au sud d'Ainay et en haut des pentes de la côte Saint-Sébastien (l'actuelle Croix-Rousse). La densité de population est difficile à estimer, les terriers de l'archevêché ayant disparu. En de nombreux endroits, les édifices religieux ou civils sont rebâtis, le développement des ordres mendiants lyonnais y étant pour beaucoupOn peut ainsi compter sur le seul territoire de la presqu'île la reconstruction des Saint-Bonaventure des Cordeliers, de Saint-Jean-Baptiste des jacobins, l'agrandissement des églises des augustins et des carmes, la construction d'une nouvelle chapelle pour les célestins.
La place des Jacobins tire son nom du sobriquet local désignant les Dominicains. La place des Cordeliers désigne l'emplacement du couvent franciscain ; les disciples de François d'Assise portaient en effet une corde autour des hanches pour tenir leur coule. La place porte encore les vestiges de la présence franciscaine: la basilique Saint-Bonaventure. La place des Célestins correspond au couvent de l'ordre éponyme, installé en 1307 à l'emplacement du théâtre postérieur. Avant les Célestins, les Templiers y tiennent une commanderie.
Quartier Saint-Nizier Le quartier de Saint-Nizier est le centre du noyau urbain primitif de la Presqu'île. Semblable au quartier Saint-Paul, il regroupe les métiers de bouche, une halle et les métiers nobles (drapiers, etc.). C'est là que s'installe le pouvoir bourgeois qui s'oppose au pouvoir religieux de l'autre côté de la rivière.
La Grande Charrière et la rue Mercière qui relie le pont de Saône à l'unique pont sur le Rhône forment les axes principaux de ce quartier, abritant les métiers du cuit les plus nobles tels que les chapeliers, gantiers, selliers, etc. Dans les artères des quartiers Saint-Nizier et Granetterie, on retrouve de nombreux notaires aisés, les barbiers - c'est-à-dire les médecins - ainsi que de nombreuses grandes familles lyonnaises qui séjournent dans le quartier : les Pape, les Nièvre, les Varey, les Durche ou les Chaponnay. Ce quartier est le seul à abriter un changeur, des métiers d'art tels que les fondeurs de verre, les potiers d'étain et dorier. Les marchands de la rue Mercière sont les seuls à proposer des étoffes précieuses et des épices. Sur la rue Longue, qui ferme le quartier au nord, se regroupent les armuriers de la Presqu'île..
vignette|gauche|Faîte du fronton de l'église Saint-Nizier.
Le grand ouvrage de l'époque dans ce quartier est la reconstruction complète de l'église Saint-Nizier, portée par son chapitre et sa fabrique où passent les plus influents bourgeois de la cité. Ainsi, le clocher nord, achevé en 1460 devient le beffroi de la ville. C'est dans cette église et dans la chapelle Saint-Jacquème tout proche, que le consulat tient ces séances et organise ses cérémonies officielles..
À l'arrière de l'église Saint-Nizier, les rues qui irradient depuis le cimetière forment un quartier plus pauvre, dont l'essentiel des habitants vivent des métiers de la construction.