vignette|Panneau indicateur de l’église protestante de Wolfisheim en Alsace.
Au un mouvement de renouveau suscité par Luther toucha aussi l'Alsace. Rejeté par les autorités de l'Église catholique, il a conduit au protestantisme. Celui-ci s’est maintenu à travers les siècles, partageant la foi chrétienne de toujours, mais incarnant une autre manière de vivre cette foi. Le protestantisme en Alsace, bien que minoritaire, a marqué l’histoire religieuse, culturelle et sociale de la région. Il s’est manifesté, en particulier, par quelques grandes figures telles que Martin Bucer, Jean-Frédéric Oberlin et Albert Schweitzer. À côté des Églises luthérienne et réformée, reconnues par l’État, et aujourd'hui unies, il est présent aussi par un ensemble de communautés libres.
Les origines thumb|upright|Martin Bucer. En lien avec l’action de Martin Luther et à la suite de son exclusion de l’Église, le mouvement évangélique s’affirme et des Églises et communautés séparées de Rome apparaissent dans l’Europe du . Les écrits de Luther sont également diffusés et réimprimés en Alsace. Des prédicateurs acquis aux idées luthériennes tels que Matthieu Zell, Wolfgang Capiton, Caspar Hedio et Martin Bucer, à l’œuvre à Strasbourg, répercutent le message. Ils sont soutenus par une grande partie de la population et par les autorités civiles, mais se heurtent à l’hostilité de l'évêque et d'un certain nombre de clercs en place Johann Adam, Evangelische Kirchengeschichte der Stadt Strassburg bis zur französischen Revolution, Strasbourg, 1922 ; du même, Evangelische Kirchengeschichte der elsässischen Territorien bis zur französischen Revolution, Strasbourg, 1928 ; Henri Strohl, Le Protestantisme en Alsace, Strasbourg, 1950 ( en 2000 ; Marc Lienhard, Foi et vie des protestants d’Alsace, Strasbourg-Wettolsheim, 1981.
Dans la mosaïque territoriale que l’Alsace était au , le protestantisme s’impose dans les villes telles que Strasbourg avec ses vingt-cinq villages, Mulhouse, Colmar et Munster. Ce fut le cas aussi, tout au long du siècle, dans le comté de Hanau-Lichtenberg et ses 136 villages, dans les comtés de Saarwerden et de La Petite-Pierre, dans les seigneuries de Fleckenstein et de Diemeringen et, pour le sud de l’Alsace, dans les territoires relevant du comte de Montbéliard et du Wurtemberg, ou encore dans la seigneurie de Ribeaupierre. Quelque quatre-vingt-dix des villages appartenant à des chevaliers d’Empire se rattachent également à la Réforme protestante. À la fin du , un tiers de l'Alsace était devenu protestant. Reconnaissant le droit des princes territoriaux d’introduire le protestantisme dans leurs territoires, la paix d'Augsbourg (1555) renforça le mouvement.
Les changements introduits par le protestantisme vignette|gauche|upright|Vue de l’ancienne Université de Strasbourg sise dans l’Église et le couvent des Dominicains. Vue d’une salle de cours. Page de titre de l’œuvre de Jacob Wimpheling, . Ils affectent la prédication, devenue centrale dans le culte. Avec des accents propres à Bucer comme l'insistance sur la sanctification, la prédication transmet les grands thèmes de Luther : la justification par la foi et la liberté chrétienne, le christocentrisme, le sacerdoce des croyants, la seule autorité de l’Écriture. Le nombre des sacrements est réduit à deux, la cène est distribuée sous les deux espèces. Le nombre de jours de fêtes est réduit. Les formes du culte sont simplifiées. Du latin on passe à l'allemand. Les processions et les pèlerinages disparaissent. Des pasteurs mariés, soumis à la juridiction civile, choisis par la base puis confirmés par les autorités civiles, sont mis en placeRené Bornert, La Réforme protestante du culte à Strasbourg au (1523-1598), Leyde, 1983..
En général, la Réforme prônée par Luther, Bucer et les autres ne bouleverse pas les institutions sociales et politiques existantes, mais elle met en œuvre ou favorise certaines évolutions. Ainsi l’assistance publique est réorganisée à Strasbourg, la mendicité est interdite, les pauvres valides sont envoyés au travail, les nécessiteux âgés et les malades de la cité bénéficient d’une aide de la collectivité. Par ailleurs, un tribunal matrimonial composé de laïcs remplace l’officialité. Les écoles liées aux chapitres et aux couvents disparaissent. De nouvelles écoles voient le jour dont la plus prestigieuse sera la Haute École de Strasbourg, animée par Jean SturmMatthieu Arnold, « Le projet pédagogique de Jean Sturm (1507-1589) : originalité et actualité », Revue d'histoire et de philosophie religieuses, 87 (2007), ; du même (dir.), Johannes Sturm (1507-1589). Rhetor, Pädagoge und Diplomat, Tübingen, 2009. et dans laquelle enseignent Bucer et Calvin. Ancêtre à la fois du Gymnase Jean-Sturm et de l’université, elle veut enseigner la sagesse, l’éloquence et la piétéMarc Lienhard, « La Réforme à Strasbourg. Les événements et les hommes », in Histoire de Strasbourg des origines à nos jours, t.2, .
Le réformateur le plus influent fut Martin Bucer (1491-1551), commentateur fécond de l’Écriture, organisateur zélé de la nouvelle Église, père de la confirmation protestante, opposant décidé aux dissidents de tout genre, mais du camp protestant et ouvert à un rapprochement avec les catholiquesGottfried Hammann, Entre la secte et la cité. Le projet d'Église du Réformateur Martin Bucer, Genève, 1984.. Avec Wolfgang Capiton, il écrivit la confession de foi propre à Strasbourg, la Confession tétrapolitaine. Celle-ci fut théoriquement appliquée jusqu'en 1598Bernard Vogler, « Tétrapolitaine », dans Encyclopédie de l'Alsace, vol. 12, Strasbourg, Éditions Publitotal, 1986, ..
Les tendances radicales vignette|upright|Pasteur strasbourgeois, vers 1650. La Réforme telle que la concevaient les prédicateurs évangéliques devait se faire d’un commun accord entre les ministres de l'Église et l’autorité civile. Mais des tendances radicales se firent jour. Certains estimaient que, sans attendre l’accord des autorités et sans tenir compte des traditions, il fallait obéir à la loi de Dieu, enlever les images dans les églises, supprimer le baptême des enfants et laisser le champ libre à une conception plus spirituelle de la cène que celle de Luther. Après la Guerre des paysans, des anabaptistes affluèrent à Strasbourg, ville ouverte et tolérante. Refusant le baptême des enfants, ils rebaptisent leurs adeptes (d'où le nom d'« anabaptistes »). Ils refusent de prêter serment aux autorités civiles et de monter la garde, et excluent tout service militaire pour un chrétien. À côté des anabaptistes, il y avait aussi des individus tels que Sébastien Franck, qui ne voulaient s’inféoder ni à l’Église officielle ni aux anabaptistes. Ils étaient attachés à la liberté de l'Esprit qu’ils opposaient aussi bien à la lettre de la Bible qu'à toute institution ecclésiale visible. En 1529 apparaît Melchior Hoffman, représentant d’une tendance qu’on peut appeler parce qu’elle se basait sur des révélations spéciales advenues à certains individus, en s’ouvrant à la perspective apocalyptique d’un établissement par la force de la cité de Dieu sur terre. D’abord assez tolérantes, notamment à Strasbourg, les autorités civiles et les prédicateurs finirent par s’opposer vigoureusement à ces diverses tendancesMarc Lienhard, La Réforme à Strasbourg, op. cit., Klaus Deppermann, Melchior Hoffman. , Göttingen, 1979..
Du vignette|gauche|upright|L’Alsace après le Traité de Westphalie. vignette|upright|Johann Conrad Dannhauer(Chapitre de Saint-Thomas). Le protestantisme, reconnu par les autorités civiles, s’est établi dans des Églises luthériennes et réformées. La distinction entre celles-ci, et qui remonte à Luther et Zwingli puis Calvin, concernait la compréhension de la sainte cène : affirmation de la présence réelle du corps et du sang du Christ dans les éléments chez les luthériens, conception plus spiritualiste chez les réformés. Ces derniers enseignent aussi la double prédestination, rejetée par les luthériens Marc Lienhard, Die Verwerfung der Irrlehre und das Verhältnis zwischen lutherischen und reformierten Kirchen. Eine Untersuchung zu den Kondemnationen der Berkenntnisse des 16.Jahrhunderts, Gemeinschaft der reformatorischen Kirchen Zürich, 1971, ; du même, Controverses et dialogues entre luthériens et réformés, in Marc Venard (dir.), Histoire du christianisme, t. VIII : Le Temps des confessions (1530-1630), Paris, 1992, . À la différence des Églises luthériennes, les Églises réformées sont dépourvues d’images et, jusqu’au , on n’y chante que les psaumes. Une discipline plus stricte régit la vie paroissiale. Après avoir penché vers des conceptions zwingliennes, Bucer et les Strasbourgeois se rapprochèrent de Luther. Dans la seconde moitié du , et dans la grande majorité des territoires acquis au protestantisme, un luthéranisme orthodoxe, se référant aux confessions de foi luthériennes telles que la Confession d’Augsbourg et la Formule de Concorde (1577), s’est mis en place pour deux siècles. Des localités d'Alsace qui relevaient du Palatinat et des villes comme Bischwiller, Sainte-Marie-aux-Mines ainsi que Mulhouse, se rattachèrent à la confession réformée se référant, en particulier au Catéchisme de Heidelberg.
Des ordonnances ecclésiastiques réglementaient la vie de l’Église et des fidèles Die evangelischen Kirchenordnungen des XVI. Jahrhunderts, begründet von Emil Sehling, , Elsass, 1. Teilband, Straßburg, Tübingen, 2011 ; 2. Teilband: Die Territorien und und Reichsstädte, 2013. Des pasteurs formés dans des universités, essentiellement à la Haute École de Strasbourg créée en 1538, devenue Académie en 1566 puis Université en 1621, sont au travail. Des visites pastorales, c’est-à-dire des inspections dans les paroisses, sont organisées par les autorités. à Strasbourg, chacune des sept paroisses entretient une école. Selon l’Ordonnance strasbourgeoise de 1598, les enfants sont tenus de la fréquenter. En 1614 il existe une école dans chacune des cinquante cinq paroisses du comté de Hanau-Lichtenberg.
Depuis les origines, le catéchisme tient une grande place dans l’éducation religieuse des jeunes August Ernst-Johann Adam, Katechetische Geschichte des Elsasses bis zur Revolution, Strasbourg, 1897. Une dizaine de manuels catéchétiques a vu le jour à Strasbourg entre 1528 et 1538, avant d’être supplantés pour des siècles par le Petit Catéchisme de Luther. La foi des fidèles s’exprime dans le culte par le chant. Des compositeurs de valeur émergent au , tels que Mathias Greiter (1495-1550) et Wolfgang Dachstein (1487-1553), puis Thomas Walliser (1568-1648). Les cantiques de Luther, de Paul Gerhardt et d’autres auteurs de l’orthodoxie luthérienne sont en usage.
L’orgue tient une place assurée dans les cultes. Au l’activité des facteurs d'orgue Silbermann père et fils rehausse la qualité des instruments. La piété personnelle des fidèles se nourrit de la Bible, mais aussi de livres d'édification tels que Le Vrai Christianisme de Jean Arndt au et le Betkämmerlein de Johann Friedrich Lenz au Marc Lienhard, La Foi Vécue. Études d’histoire de la spiritualité, Strasbourg, 1997, .
vignette|upright|Carte du Ban de la Roche, gravée par le pasteur Oberlin en 1776 (Musée Jean-Frédéric-Oberlin).
La Guerre de Trente Ans menace dangereusement l’existence du protestantisme alsacien. En dehors de Strasbourg et de Mulhouse, il faillit disparaître. La vie paroissiale et la religion furent désorganisées, la détresse matérielle, morale et religieuse était criante.
Après la fin de cette guerre, l’Alsace devenait progressivement française. La signature des traités de Westphalie par Louis XIV en 1648 assura la protection juridique des protestants d’Alsace, à la différence de leurs coreligionnaires de vieille France déclarés hors la loi par la suppression de l’Édit de Nantes en 1685.
vignette|gauche|upright|Protestants et catholiques en Alsace vers 1780.