L'histoire du Bayern Munich commence en 1900. Le club accède à l'élite en 1965, deux ans après la création de la Bundesliga. À ce moment-là, le grand club munichois est le TSV Munich 1860 ce qui donne lieu à des derbys de haute qualité. Mais il se fait très vite remarquer et dépasse son rival, notamment en coupes d'Europe (victoire en Coupe des coupes en 1967) et en championnat (victoire en 1969).
L'histoire du club est intimement liée à celle des trois figures emblématiques du football allemand des années 1970 : Franz Beckenbauer, le libéro et capitaine de l'équipe d'Allemagne, Gerd Müller, l'habile chasseur de buts, et le gardien Sepp Maier. À eux trois, ils forment l'ossature, aussi bien en sélection qui ne cesse de remporter titre sur titre (Euro 72 et Coupe du monde 74), que du Bayern. Le triplé bavarois succède au palmarès de la Coupe des clubs champions européens à celui du grand Ajax Amsterdam vainqueur des trois éditions précédentes : en 1974 (face à l'Atlético de Madrid) et s'impose comme la référence en remportant de nouveau cette compétition en 1975 (face à Leeds United) et enfin en 1976 (face à l'AS Saint-Étienne). Cette année-là, le club remporte aussi sa première Coupe intercontinentale contre le club brésilien du Cruzeiro EC.
Cette période glorieuse lui permet d'être le plus célèbre des clubs allemands, statut confirmé dans les années 1980 et 1990, où le Bayern continue de glaner les titres nationaux en s'imposant dix fois en championnat entre 1980 et 1999 et jouant trois finales de Coupe des clubs champions en 1982, en 1987 et en 1999 sans jamais s'y imposer ; seule une Coupe UEFA en 1996 est à mettre à l'actif de son palmarès européen. Le Bayern construit sa légende toujours sur des grands joueurs comme Karl-Heinz Rummenigge, Lothar Matthäus ou Jürgen Klinsmann.
Les années 2000 assoient la suprématie du club qui remporte six championnats en neuf ans dont le dernier en 2008, et le doublé Ligue des champions-Coupe intercontinentale en 2001. Cette période est associée aux noms de Stefan Effenberg, Michael Ballack ou encore Oliver Kahn. Depuis les années 1990, grâce à une gestion excellente du club par ses dirigeants Karl-Heinz Rummenigge, Franz Beckenbauer et son président du conseil de surveillance Uli Hoeness, il est l'un des clubs les plus sains d'Europe. Il continue de fournir la majorité des joueurs à l'équipe d'Allemagne.
Lors de la saison 2007-2008, le Bayern devient le septième club européen a réalisé le triplé Championnat-Coupe d'Europe-Coupe nationale après le Celtic Glasgow (1967), l'Ajax Amsterdam (1972), le PSV Eindhoven (1988), Manchester United (1999), le FC Barcelone (2009) et l'Inter Milan (2010).
Origine du FC Bayern München
Histoire du Bayern Munich Succès dès le début (1900-1932) 200px|vignette|gauche|Premier match du Bayern en 1901 contre le FC Nuremberg.
100px|vignette|droite|Willem Hesselink, premier entraîneur du club.
Le berlinois Franz John lance l'histoire du club. 17 noms figurent sur le protocole signé en au restaurant "Gisela" dans le centre de Munich. Ils sont les premiers joueurs, beaucoup les suivent 1900 bis 1932: Von Beginn an erfolgreich sur fcb-erlebniswelt.de. Malgré le nom de « Bayern » et les couleurs bleu et blanc (celles de la Bavière), la fondation du club n'est pas une affaire bavaroise. Ses fondateurs viennent de Saxe, du Nord de l’Allemagne et de la Prusse et il leur est reproché d’être étrangers. Parmi les fondateurs, on compte également un nombre très important de Juifs allemands, un phénomène qui n’est pas rare à l’époque. Ces sports anglais offrent aux Juifs une alternative aux disciplines « nationalistes », « patriotiques » et parfois antisémites comme la gymnastique. Le Bayern est implanté dans le quartier munichois de Schwabing, le fief des artistes et des intellectuels. Parmi ses membres, il compte surtout des étudiants, des artistes, des commerçants et des professions libéralesQuand les nazis effacèrent le caractère juif du Bayern de Munich sur lemondejuif.info, le 25 mai 2013.. Lors de sa création en 1900, le club est composé de onze étudiants, commerçants et cols blancs de Schwabing, quartier bohème de la villeFiche du club par le site de l'UEFA.
À cette époque, le football en Allemagne n’est pas encore le sport des travailleurs, mais un sport des classes moyennes avec une tendance élitiste. Jusqu’à la Première Guerre mondiale, certains joueurs portent une cravate pendant le match et l’on soigne une certaine culture bohème. Le club n’accepte que des joueurs ayant un degré d’études élevé. Les joueurs du Bayern sont alors « bourgeois » et élitistes, mais en même temps cosmopolites et libéraux. Ils se distinguent du provincialisme contrairement à d’autres disciplines sportives et parmi leurs joueurs, il y a de jeunes Allemands venus de tous les coins du Reich. Le Bayern de Munich est la première adresse des étudiants non-bavarois pratiquant le football après leur arrivée dans la capitale bavaroise. Mais le recrutement du Bayern ne se limite pas aux joueurs allemands, le meilleur d’entre eux est le néerlandais Willem Hesselink, qui durant le milieu des années 1900, le rôle à la fois de joueur, d'entraîneur et de président.
150px|vignette|gauche|William Townley, entraîneur avant et après la Première Guerre mondiale.
Afin de résoudre des problèmes d'espace et de considérations économiques, le Bayern absorbe le Münchener SC en , mais le club conserve son indépendance. La seule condition est de porter le maillot du SMC avec un short rouge et maillot blanc. Dès 1907, les Rouges et Blancs s'installent dans la Leopoldstraße. Pour l'inauguration, un match contre l'équipe locale du FC Wacker a lieu pour une victoire 8-1 du Bayern. Invaincu, les Bavarois défendent cet honneur l'année suivante. Le , devient le premier joueur du club à jouer pour l'équipe nationale lors d'une défaite 3-0 contre la Belgique.
Pendant les années 1910, une réforme structurelle a lieu, séparant pour la première fois joueurs et dirigeants. L’importance du nombre de personnes d’origine juive parmi les membres reste un facteur constant. Kurt Landauer, membre depuis 1901, d’abord comme joueur puis comme collaborateur au sein de l’administration du club et à partir de 1913 comme président en est l'exemple. L’introduction de la journée de huit heures permet aux allemands de se consacrer davantage au sport, et le football s’y prête parfaitement. Le Bayern profite bien évidemment de cette évolution, mais y contribue également sous la présidence de Landauer qui contracte pour l’équipe A du Bayern une assurance accidents. De surcroît, ce dernier mise sur la jeunesse et créé un système de formation très moderne pour l’époque qui permet au Bayern de devenir l’une des meilleures équipes du football allemand. La réputation croissante du club au-delà des frontières nationales résulte aussi des matchs internationaux fréquents que le président organise pour son club.
En 1920, le club compte 700 membres, un chiffre considérable, mais largement inférieur à ceux d'autres clubs de Bavière comme le 1. FC Nuremberg () ou la SgVgg Fürth (). Tandis que le Bayern enregistre toujours des succès sportifs, le club subisse les conséquences de la grande inflation en Allemagne au début des années 1920. En , la direction augmente la cotisation des membres à 200 RM par mois et à 600 RM en , mais la solidarité des membres et les liens étroits entre le club et des commerçants munichois permettent au Bayern de tenir bon. Lors de la saison 1925-1926, le club participe pour la première fois au Championnat d'Allemagne et le remporte en 1932. Beaucoup de fans font le pèlerinage à vélo pour voir la finale au Franken-Stadion de Nuremberg. Le Bayern l'emporte 2-0 contre l'Eintracht Francfort sur des buts de Rohr et Krumm. Outre le président Kurt Landauer, il faut aussi citer l’entraîneur Richard Kohn et le responsable des équipes juniors, Otto Beer, tous juifs.
Le « club des juifs » et reconstruction (1933-1965)
La « prise du pouvoir » par les nationaux-socialistes, le , met fin à l’essor du Bayern et surtout à son caractère international. Les matchs contre des clubs étrangers deviennent de plus en plus rares. Le Bayern, considéré comme le « club des juifs », est « aryanisé » comme les magasins de Munich. Les membres juifs sont contraints de quitter le club, comme le président Kurt Landauer qui démissionne de son poste le et perdit son travail quelques jours plus tard. Otto Beer, le responsable des équipes juniors, émigre en Suisse, suivi par Landauer le , après avoir connu pendant 4 semaines le camp de concentration de Dachau à la suite de la « nuit de Cristal ».
150px|vignette|gauche|, entraîneur en 1954.
Après que , Ludwig Goldbrunner et aient renforcé l'équipe olympique en 1936 à Berlin, l'avènement du régime nazi met une fin brutale au développement du club. Au cours des douze années de nazisme, le Bayern est ostracisé 1933 bis 1965: Harte Zeiten und Wiederaufbau sur fcb-erlebniswelt.de. En , le Bayern joue contre l’équipe nationale suisse à Zurich pour « afficher » la puissance allemande alors que l’armée subit défaite sur défaite sur le front russe. Parmi les spectateurs, Kurt Landauer assiste au match de son club sans pouvoir se rapprocher des joueurs, des agents de la Gestapo les accompagnant pour empêcher tout contact. Malgré la « mise au pas » du Bayern, ce dernier reste considéré comme un « club juif », une « tare » aux yeux du régime nazi. Sa nazification prend bien plus de temps que celle de son rival munichois, le TSV Munich 1860, qui bénéficie de la protection du nouveau régime. Pendant la Deuxième Guerre mondiale, la plupart des joueurs du Bayern sont envoyés au front, tandis que leurs collègues de l’autre club accomplissent une sorte de service de travail obligatoire qui leur permet de rester à Munich et de jouer pour leur club. En , le Bayern perd son siège, détruit par une bombe. Néanmoins, l'équipe montre un bon esprit et le , quelques jours avant la fin de la guerre, elle bat le Munich 1860 3-2. 56 membres du club perdent la vie sur le champ de bataille, y compris les joueurs internationaux allemands Josef Berg Maier et . Sept membres sont aussi tués, pour des raisons politique ou religieuse, par le régime nazi. Kurt Landauer survie à la guerre en Suisse et revient à Munich le . Le , il retrouve son poste de président du Bayern. Le fait d’avoir à la tête du club une personnalité que les nazis poursuivent est certainement un atout au moment où le sport allemand en général doit prouver aux alliés qu’il renoue avec des structures démocratiques.
200px|vignette|droite|Zlatko Čajkovski, premier entraîneur du Bayern en Bundesliga.
Le capitaine de longue date, , devenu entraîneur du club durant la guerre voit les ravages causés par la guerre à la cohésion de ses joueurs. Il est présent six semaines après la fin du conflit, le , pour leur premier match et une défaite 4-3 contre les rivaux locaux du FC Wacker Munich.
En 1957, les Reds remportent leur premier trophée avec la Coupe d'Allemagne 1-0 contre le Fortuna Düsseldorf devant dans le Rosenaustadion à guichets fermés d'Augsbourg. Jobst marque le but de la victoire. Mais le club, conduit à partir de 1962 par le constructeur Wilhelm Neudecker, vit ensuite une série de défaites et doit accepter l'année suivante de ne pas être autorisé à jouer dans la nouvelle ligue formée par la Fédération. Le TSV Munich 1860 est choisi alors qu’à l’évaluation sur 12 saisons faite pour qualifier les clubs, il est classé derrière le Bayern mais sélectionné en tant que champion sortant.