thumb|Salle de séquenceurs, chez BGI à Hong Kong.
BGI (), plus souvent nommé Beijing Genomics Institute avant 2008, est l'un des plus grands centres de séquençage de l'ADN au monde, le premier de cette tailleLone Frank, High-Quality DNA, Apr 24, 2011, The Daily Beast. ; il est notamment connu pour chercher les gènes de l'intelligence (s'ils existent) et avoir créé la plus grande plate-forme de séquençage du monde. Ces travaux sont favorisés par la faiblesse du cadre législatif et bioéthique dans le domaine de la génétique et du génie génétique en Chine.
Historique Yang Huanming et d'autres ont créé BGI en à Pékin en Chine, en le présentant comme un institut de recherche indépendant non-gouvernemental afin de participer au Projet génome humain en tant que représentant de la ChineThe dragon's DNA, Jun 2010, The Economist, http://www.economist.com/node/16349434
Après l'achèvement de ce projet, le financement s'est tari. BGI a alors déménagé à Hangzhou en échange d'un financement offert par le gouvernement municipal de Hangzhou.
En 2002, BGI a séquencé le génome du riz, ce qui a fait la une et la couverture du journal Science.
En 2003 BGI décodait le génome du virus du SRAS et créait un kit pour la détection du virus.
Cette même année 2003, BGI Hangzhou passait un accord avec l'Université de Zhejiang pour créer un nouvel Institut de recherche, le James D. Watson Institute of Genome Sciences, Zhejiang University. L'Institut Watson étant destiné à devenir un centre majeur pour la recherche et l'éducation en Asie de l'Est sur le modèle du Cold Spring Harbor Laboratory des États-Unis.
En 2007, le siège de BGI est transféré à Shenzhen, se présentant comme première institution de recherche citoyenne à but non lucratif gérée en Chine (), mais l'année suivante (2008, BGI-Shenzhen est officiellement reconnu comme un organisme d'ÉtatAbout BGI, BGI, http://en.genomics.cn/navigation/show_navigation.action?navigation.id=95.
En 2008, BGI publie le premier génome humain d'un individu asiatiqueYe, Jia (2008) An Interview with a Leader in Genomics — Beijing Genomics Institute Asia Biotech, Consulté 2013-01-14.
En 2010, BGI Shenzhen est certifié comme répondant aux exigences de la norme ISO9001 : pour la conception et la fourniture de services de séquençage à haut débit 2008 et cette même année, BGI achète 128 machines de séquençage et se présente comme le plus grand centre de séquençage génomique au mondeKevin Davies, (201109-27) The Bedrock of BGI: Huanming Yang Bio-IT World, Retrieved 14 January 2014. BGI aurait reçu en 2010 1,5 milliard de dollars en "fonds de collaboration" pour les 10 prochaines années de la part de la Banque chinoise de développement En 2010, BGI Americas s'installe à Cambridge, Massachusetts(2013) Introduction to BGI Americas BGI official web page ; Consulté 2014-01-14 et BGI Europe ouvre ses portes à Copenhague(2013) BGI Europe BGI official web page ; Consulté 2014-01-14.
En 2011 l'entreprise dit employer environ 4000 scientifiques et techniciens.
En 2013, BGI se présente comme étant en partie privé et en partie public, affirme entretenir des relations avec 17 des 20 plus grandes sociétés pharmaceutiques mondialesPharma and Biotech Services Introduction, BGI, http://en.genomics.cn/navigation/show_navigation.action?navigation.id=1618 et se présente comme offrant des services dans les domaines scientifiques, commerciaux, de l'agriculture et de la santé et informatiqueIndustry, BGI, http://en.genomics.cn/navigation/show_navigation.action?navigation.id=92. Les fonds de l'entreprise proviendraient à la fois d'investisseurs privés et du gouvernement chinois. Le laboratoire est aussi devenu le "Centre de Bio-informatique" de l'Académie chinoise des sciences.
Réalisations et principales productions Séquençage nouvelle génération de génomes de mammifères (dont humain) Séquençage du premier génome humain ancien Séquençage du premier génome diploïde d'un humain asiatique, dans le cadre du "Yan Huang project" Lancement d'une cartographie du pan-génome humain (estimation : 19 à 40 millions de bases qui ne sont pas dans le reference genome) Réalisation de 10 % du travail de l'International HapMap ProjectGibbs, R. A., Belmont, J. W., Hardenbol, P., Willis, T. D., Yu, F., Yang, H.... & Zhang, H. (2003). The international HapMap project]. Nature, 426(6968), 789-796 (PDF, 8 p). (la participation de BGI's au Projet génome humain a été de 1 % mais il était le seul institut à participer parmi les pays dits émergents Étude relative à la possibilité de séquencer le microbiome du système digestif humain (qui est estimé être environ 150 fois plus grande que le génome humain) Travail clé dans le Projet 1000 Genomes Premier séquençage par une institution chinoise du virus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), publié quelques heures seulement après le premier séquençage du virus fait par les Canadiens Rôle-clé dans l'analyse de l'épidémie due à un variant européen mortel de la bactérie E. coli (E. coli O104:H4)German Teams, BGI and Life Technologies Identify Deadly European E.coli Strain, March 23, 2012 | Bio-IT World, http://www.bio-itworld.com/news/06/02/2011/German-teams-BGI-Life-Technologies-Identify-E-coli-strain.html Séquençage de 40 vers à soie (souches domestiquées et sauvages) et identifie 354 gènes susceptibles d'être des gènes d'intérêt pour la domestication Séquençage en moins de 8 mois du premier génome de panda géant (Ailuropoda melanoleura), d'une taille égale à celle du génome humain. Ce séquençage a révélé que le panda géant possède un gène muté (T1R1 connu pour être impliqué dans la détection des saveurs salées) et que le panda ne dispose pas des gènes qui seraient nécessaire à la digestion du bambou, digestion qui est sans doute réalisée par son microbiote qui pourrait donc jouer un rôle clé dans la métabolisation de la lignine et cellulose du bambou, sa principale source de nourriture, grâce à un microbiome possédant ces gènes Contribution au projet sino-britannique de séquençage du génome du poulet Séquençage (en 2010) du génome de nombreuses plantes dont (riz, concombre, soja, Sorgho et d'animaux dont ver à soie, abeille, daphnie, lézard, panda géant et 40 autres espèces animales et végétales ainsi que plus de 1000 bactéries) En 2010 la revue Nature classe BGI Shenzhen en parmi les dix premiers établissements scientifiques de Chine publiant dans le journal Nature, et avec des résultats similaires pour d'autres grandes revues (les autres organismes étant des universités et l'Académie chinoise des sciences)BGI Shenzhen Ranked of Top 10 Institutions in NPI 2010 China, BGI, En 2014, BGI aurait produit plus de 500 porcs clonés pour tester de nouveaux médicaments (diabète de type II), ces porcs sont plus petits que la normale et les organes qui expriment un transgène connu pour rendre les cellules fluorescentes sous une lumière ultraviolette deviennent fluorescent sous cette lumièreShukman D (2014) 25576718 Chine clonage à « échelle industrielle» BBC News Science & Environnement, Consulté 14 janvier 2014
Projets en cours Human genetics
Yan Huang Project Ce projet tire son nom de ceux de deux empereurs qui auraient fondé le groupe ethnique dominant aujourd’hui la Chine. BGI prévoit dans ce cadre de séquencer le génome intégral d'au moins 100 individus chinois pour produire une première carte à haute résolution des polymorphismes génétiques des chinois. t. Le premier séquençage, dit "Yanhuang 1", est publié sur http://yh.genomics.org.cn.
Le projet 1000 génomes Ce projet international vise à séquencer les gènes de 1000 personnes, pour un coût de 30 à , pour mieux comprendre les facteurs génétiques impliqués dans certaines maladies humaines.
Diabetes-associated Genes and Variations Study (LUCAMP) Cancer Genome Project Ce projet est mené par BGI en collaboration avec 9 universités et instituts de recherche du Danemark.
BGI veut ici explorer les associations entre génome et variations génétiques impliquées dans des maladies complexes telles que le diabète et le cancer, via des études à grande échelle utilisant principalement deux méthodes : le reséquençage de gènes candidats, et le reséquençage de l'exome.
Cognitive Research Lab Ce laboratoire du BGI travaille avec Stephen Hsu sur le projet de découvrir les bases génétiques de l'intelligence humaineStephen Hsu is New Director of Research for MSU, sur la base du séquençage du génome de 1000 enfants ou jeunes ayant un QI de 130 ou plus, pour déterminer les gènes supposés déterminants pour l'intelligence ou certaines formes d'intelligence.
Animaux et plantes
BGI est leader dans ce projet international qui vise à séquencer le génome de 1000 plantes et animaux d'intérêts économiques et scientifiques en deux ans. L'entreprise a promis un montant initial de 100 millions de dollars pour démarrer le programme
En 2010, BGI avait déjà séquencé les genomes de 20 espèces animales et 9 espèces végétales, parfois pour plusieurs individus (dont 40 vers à soie).
Projet de séquençage de trois animaux extrêmophiles Les génomes de trois animaux extrêmophiles doivent être séquencésThree Extreme-Environment Animal Genomes Project
Projet international Génome des grands félins BGI en association avec des parcs zoologiques, des acteurs universitaires et de la protection de la faune, veut séquencer les génomes du Tigre de l'Amour, Tigre de Chine du sud, Tigre du Bengale, Lion asiatique, Lion d'Afrique, Léopard, léopard des neiges et d'autres félins. Le "Beijing Genomics Institute" a aussi séquencé les génomes et épigénomes d'un Ligre et Tigron, travail qui a montré que les deux félins hybrides ont des phénotypes différents en dépit d'être génétiquement identiques ce qui confirme l'importance de l'épigénome qui pourrait expliquer ces différences.
Les auteurs du projet espère pouvoir significativement contribuer aux progrès de la recherche dans le domaine de la Biologie de la conservation et ce projet a été annoncé pour l'année chinoise du tigreBGI
Symbiont Genome Project Ce projet, officiellement lancé le par BGI en collaboration avec Sidney K. Pierce de l'University de Floride du Sud et Charles Delwiche de l'Université du Maryland au College Park vis à séquencer le génome d' Elysia chlorotica, « animal photosynthétique » et de sa nourriture algale Vaucheria litorea, deux espèces entre lesquelles des transferts génétiques horizontaux ont été observésRumpho ME, Worful JM, Lee J, Kannan K, Tyler MS, Bhattacharya D... & Manhart JR (2008). Horizontal gene transfer of the algal nuclear gene psbO to the photosynthetic sea slug Elysia chlorotica. Proceedings of the National Academy of Sciences, 105(46), 17867-17871Schwartz JA, Curtis NE & Pierce SK (2010) , 37(1), 29-37.Pierce SK, Fang X, Schwartz JA, Jiang X, Zhao W, Curtis NE... & Wang J (2012) , 29(6), 1545-1556., qui interviennent dans l'association symbiotiqueMujer, C. V., Andrews, D. L., Manhart, J. R., Pierce, S. K., & Rumpho, M. E. (1996). Chloroplast genes are expressed during intracellular symbiotic association of Vaucheria litorea plastids with the sea slug Elysia chlorotica. Proceedings of the National Academy of Sciences, 93(22), 12333-12338.
Microorganismes
Ten Thousand Microbial Genomes Project
http://english.cas.cn/Ne/CASE/200908/t20090805_44705.shtml
Bioinformatique Le séquençage "de novo" implique d'aligner des milliards de séquences d'ADN pour reconstruire le génome entier. Un bioinformaticien de BGI a développé le premier algorithme basé sur la théorie des graphes nommé SOAPdenovo capable d'assembler un génome en 2 jours. En 2010, l'entreprise disposait d'un supercalculateur capable de traiter 10 téraoctets de données de séquençage toutes les 24 heures à partir des analyseurs. Le budget annuel de ce centre de bioinformatique était de 9 millions de dollars US en 2010