Liste de cours d'eau s'écoulant dans le canton suisse du Jura. Les cours d'eau du canton du Jura s'écoulent dans deux bassins-versants différents : celui du Rhône et celui du Rhin.
Bassin du Rhin Il s'agit d'affluent du Rhin et de sous affluents : Birse Gabiare Lucelle Sorne Scheulte
Bassin du Rhône
Il s'agit du Doubs et de ses affluents : Allaine Creugenat Vendline
* Cours d'eau du canton du Jura suisse