, anciennement Clostridium difficile, est une espèce de bactéries du genre . Il s’agit de bacilles gram positifs, anaérobies stricts, flagellée et sporulante. Cette espèce a été initialement appelée Clostridium difficile car associée au genre Clostridium mais l'analyse de son ARN ribosomique 16S en 2016 a conduit à l'en distinguerLawson, P. A. ,Reclassification of Clostridium difficile as Clostridioides difficile (Hall and O’Toole 1935) Prévot 1938 .
est le principal agent étiologique de la diarrhée nosocomiale chez les patients sous antibiothérapie, dont les formes les plus graves, la colite pseudomembraneuse et le mégacôlon toxique, peuvent s'avérer mortelles.
La diffusion dans le monde depuis 2001 de souches émergentes plus pathogènes et antibiorésistantesShah, D., Dang, M. D., Hasbun, R., Koo, H. L., Jiang, Z. D., DuPont, H. L., & Garey, K. W. (2010) [ Clostridium difficile infection: update on emerging antibiotic treatment options and antibiotic resistance]. Expert review of anti-infective therapy, 8(5), 555-564. pourrait être liée à l'utilisation accrue d'un additif alimentaire (sucre : tréhalose dont la bactérie peut faire son unique source de carbone), ainsi qu'au développement des antibiothérapies à base de quinolones et de céphalosporines de troisième génération.
Historique fut décrit en 1935 par Hall et O’Toole Hall I, O’Toole E. « » Am J Dis Child. 1935;49:390., qui lui attribuèrent l'épithète spécifique en raison des grandes difficultés qu’ils éprouvèrent à l’isoler et de sa croissance très lente en milieu de culture.
La pseudo-colite ulcéromembraneuse a été décrite vers 1974 pour la première fois. D’abord attribuée aux staphylocoques, la responsabilité du est établie à partir de 1978 JG Bartlett, TW Chang, M Gurwith, SL Gorbach, AB Onderdonk. « » N Eng J Med. 1978;298:531-4. Larson HE, Price AB, Honour P, Borriello SP. « » Lancet 1978;1(8073):1063-6. .
Un article paru début 2018 dans la revue Nature montre comment l'ajout apparemment anodin de tréhalose comme additif alimentaire à divers aliments a favorisé la virulence épidémique de Clostridium difficile.. Ces bactéries sont capables d'utiliser de faibles doses de tréhalose comme source unique de carbone pour leur métabolismeBallard Jd (2018) Pathogens boosted by food additive ; Epidemic strains of the bacterium Clostridium difficile have now been found to grow on unusually low levels of the food additive trehalose, providing a possible explanation for C. difficile outbreaks since 2001 (Le tréhalose alimentaire accroît la virulence de l'épidémie de Clostridium difficile)| News and views | Nature| 3 janvier 2018.
Épidémiologie Cette épidémie est des plus sévères du début du , tuant entre par an dans le mondeDidier Raoult, Épidémies : Vrais dangers et fausses alertes - De la grippe aviaire au Covid-19, Michel Lafon, 2020. – Avant-propos : « L’énorme épidémie de Clostridium difficile, pour sa part, tue entre par an dans le monde. » Ch. 10 : « Le quatrième grand tueur est Clostridrium difficile […] Il fait au moins par an en Europe, et aux États-Unis. ». Son incidence a pratiquement triplé aux États-Unis en une décennie. Elle est estimée à 84 pour Kelly CP, LaMont JT. « » New Eng J Med. 2008;359:1932-40.. Sa sévérité tend également à s’accroître avec une mortalité qui augmente. Il serait, en particulier, responsable de près de en 2011 dans ce paysLessa FC, Mu Y, Bamberg WM et al. Burden of Clostridium difficile infection in the United States, N Engl J Med, 2015;372:825-834 et le coût annuel de sa prise en charge dépasserait cinq milliards de dollarsDesai K, Gupta SB, Dubberke ER, Prabhu VS, Browne C, Mast TC, Epidemiological and economic burden of Clostridium difficile in the United States: estimates from a modeling approach, BMC Infect Dis, 2016;16:303-303.
L’endémie évolue parfois en poussées épidémiques, l’une des plus notables étant celle de 2003 au Canada avec un quadruplement des cas Pépin J, Valiquette L, Alary ME. « » CMAJ 2004;171:466-72.. Elle s'est étendue en quelques années à l'EuropeFreeman, J., Vernon, J., Morris, K., Nicholson, S., Todhunter, S., Longshaw, C., & Wilcox, M. H. (2015). Pan-European longitudinal surveillance of antibiotic resistance among prevalent Clostridium difficile ribotypes. Clinical Microbiology and Infection, 21(3), 248-e9. et à une grande partie du monde où presque toutes ces souches hautement pathogènes (RT027 et RT078 notamment) viennent d'une même lignée de C. difficile [ribotype 027 (RT0272)]He, M. et al. Emergence and global spread of epidemic healthcare-associated Clostridium difficile |Nature Genet. 45, 109–113 (2013). |résumé.
Bactériologie Le spore est la forme de C. difficile permettant la survie dans un milieux contenant de l'oxygène. On retrouve des spores du dans le sol, dans les hôpitaux et dans les foyers pour personnes âgées. Une fois en milieux anaérobie, la bactérie peut germiner pour reprendre sa forme active dite « végétative ». La forme végétative de la bactérie ne se retrouve qu’au niveau du tractus digestif.
Au microscope, après coloration de Gram, ce sont des bacilles allongés avec une extrémité légèrement renflée. Le germe lui-même est gram positif. Sa culture est optimale dans un milieu à base d’agar-agar à . Lorsque les conditions deviennent difficiles, la bactérie produit alors des spores pouvant survivre dans ces cas.
est un germe de la flore commensale digestive (c’est-à-dire, qu’il y est retrouvé de manière courante, sans que cela soit anormal). Ses formes émergentes sont multi-résistantes (se sont adaptées à la plupart des antibiotiquesSpigaglia, P., Barbanti, F., Mastrantonio, P., European Study Group on Clostridium difficile (ESGCD), Ackermann, G., Balmelli, C., … & Drudy, D. (2011). Multidrug resistance in European Clostridium difficile clinical isolates. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 66(10), 2227-2234.) et en cas de perturbation de la flore digestive par l’administration de ces derniers, il peut alors se développer de façon importante.
Une nouvelle souche, appelée « BI », « NAP1 », ou « », est apparue depuis 2003, causant des infections plus sévères (probablement en raison d’une production plus importante de toxines) et plus récidivantes John G. Bartlett. « » Ann Intern Med. 2006;145:758-64.Kuijper, E. J., van den Berg, R. J., Debast, S., Visser, C. E., Veenendaal, D., Troelstra, A., … & Notermans, D. W. (2006). Clostridium difficile ribotype 027, toxinotype III, the Netherlands. Emerging infectious diseases, 12(5), 827..
Physiopathologie C. difficile s'introduit dans le tube digestif sous forme de spore. Une fois dans l'intestin, les acides biliaires jouent un rôle dans sa germination. En effet, les acides biliaires sont produits par le foie puis délivrés dans le tube digestif. À ce stade, ils sont dits « primaires ». Une fois dans le tube digestif, ils sont modifiés par les bactéries du microbiote et sont alors dits « secondaires ». Les acides biliaires primaires stimulent la germination, alors que les acides biliaires secondaires l'inhibent. La perte d'une grande partie des bactéries digestive, typiquement lors d'une antibiothérapie, peut alors augmenter la proportion d'acides biliaires primaires et donc la germination de C. difficile.
se développe dans une flore intestinale affaiblie par l’antibiothérapie et secrète deux toxines, A et B. La première, une entérotoxine, provoque l’altération de la perméabilité de l’épithélium intestinal ; la seconde, une cytotoxine, s’attaque directement aux cellules de l’épithélium. L’effet combiné des deux toxines est la diminution du temps de transit intestinal et de l’absorption intestinale, ce qui provoque une diarrhée. Certaines souches produisent une troisième toxine, la toxine binaire ou C. difficile transferase (CDT). Ces dernières années, une attention a été portée au rôle des toxines de C. difficile infligeant des dommages également au niveau extraintestinal.
Mécanismes de transmission La transmission se fait de manière féco-orale. L’antibiothérapie, l’âge avancé du patient, l’immunodépression sont tous des facteurs précipitants de l’infection. La forme sporulée permet au germe de persister longtemps dans le milieu extérieur sur à peu près n’importe quelle surface. Une fois la spore ingérée, elle passe sans encombre l’estomac, résistant à l’acidité locale, et se transforme en bactérie active, se multipliant dans le côlon.
Importance en pathologie humaine Il est le principal agent responsable de la diarrhée secondaire à l’administration d’antibiotiques (clindamycine et ampicillines dans les années 1970, essentiellement céphalosporines depuis), redoutable en raison de son potentiel de contagion très élevé. Bien qu’environ 5 % de la population soient porteurs asymptomatiques (c’est-à-dire sans symptôme apparent) de la bactérie, ses manifestations sont étroitement reliées à un séjour à l’hôpital. L’usage judicieux d’antibiotiques et le respect strict des mesures de prévention et d’hygiène (dont principalement l’hygiène des mains) demeurent les principaux moyens de lutte contre le germe.
Manifestations cliniques La diarrhée (définie généralement comme l’excrétion d’au moins trois selles liquides en ) est la manifestation la plus commune de l’infection. Les selles sont habituellement très abondantes et présentent une odeur caractéristique. L’infection à doit être d’autant plus suspectée si le patient a reçu une antibiothérapie à spectre large (quinolone Emergence of fluoroquinolones as the predominant risk factor for Clostridium difficile-associated diarrhea : a cohort study during an epidemic in Quebec J. Pepin, N. Saheb, MA.. Coloumbe, etc – Clinical Infectious Diseases – 1;41(9):1254-60 – Novembre 2005, céphalosporines ou clindamycine en particulier). La colite pseudo-membraneuse est la forme la plus sévère de la maladie qui est accompagnée d’une diarrhée très importante, de crampes abdominales, de fièvre et d’hyperleucocytose. Cette forme de la maladie peut évoluer vers un mégacôlon toxique, une urgence chirurgicale pouvant devenir fatale. En effet, en cas de perforation du côlon, une péritonite s’installe et nécessite une intervention chirurgicale urgente par laparotomie.
Méthodes diagnostiques Le diagnostic repose sur l’impression clinique et la détection, par diverses méthodes, de toxines dans les selles du patient. De façon tout à fait exceptionnelle, on effectuera une coloscopie. Le scanner abdominal peut montrer un épaississement du côlon, avec parfois des nodules, une ascite.
La recherche du dans les selles est faite, les résultats sont donnés en moins de , solution moins douloureuse que la coloscopie.
De plus, le patient peut être un porteur sain du germe (ne présentant pas de signe de la maladie) dans près de 10 à 30 % des cas hospitaliers LV McFarland, ME Mulligan, RY Kwok, WE Stamm. « » N Eng J Med. 1989;320:204-10..
Moyens de lutte La prise en charge de cette infection a fait l'objet de la publication de recommandations. Celles de l'« American College of Gastroenterology » datent de 2021Kelly CR, Fischer M, Allegretti JR et al. ACG clinical guidelines: prevention, diagnosis, and treatment of Clostridioides difficile infections, Am J Gastroenterol, 2021;116:1124-1147.
Prévention Les spores sont résistantes à la majeure partie des désinfectants utilisés et survivent des mois sur les surfaces.