thumb|Intendencia de Yucatán. Au le territoire du Yucatán, correspondant aux États mexicains actuels de Campeche, de Quintana Roo et de Yucatán, décida de rechercher son indépendance par rapport au Mexique, car les Yucatèques souhaitaient un gouvernement fédéraliste, et non centraliste, comme l'était devenu le Mexique sous la présidence de Santa Anna.
Histoire Précédents thumb|Division administrative de la république du Yucatán. Depuis 1617, le Yucatán était considéré comme étant une « Capitanía » générale de la Nouvelle-Espagne, mais du fait de sa situation géographique, le territoire gardait une certaine autonomie. La province de Yucatán s'étendait alors sur les territoires actuels des États de Campeche, Quintana Roo, Tabasco et Yucatán, et sur le nord du Petén (Guatemala) et de Belize. En 1786, l'Espagne appliqua au Mexique le régime des intendances et le territoire devint alors l'Intendencia de Yucatán.
Lors de l'indépendance du Mexique, un groupe de notables citoyens du Yucatán se réunit dans l'église de San Juan à Mérida, pour discuter les nouvelles sur la guerre d'indépendance qui se déroulait dans le centre du Mexique. Quand la Constitution de Cadix fut promulguée, ce groupe se joignit à un autre groupe fondé par Vicente María Velázquez, prêtre de l'église de San Juan, Manuel Jiménez Solís, Lorenzo de Zavala et José Matías Quintana, père de Andres Quintana Roo. Ce groupe sera connu après par le nom des sanjuanitas.
Le terme « république » apparut pour la première fois dans la Constitution politique du Yucatán de 1825 :
Lors de l'adoption d'un système central par le Mexique en 1835, la condition de république fédérée qui correspondait au Yucatán disparut. Ceci provoqua le mécontentement au sein de la population de la péninsule où l'on commença à penser à une république entièrement indépendante du Mexique.
Le cas de l'Amérique centrale
Quand la Nouvelle-Espagne obtint son indépendance en 1821, elle prit la forme d'un Premier Empire mexicain dont fut couronné empereur Agustín de Iturbide. Profitant du mouvement de libération, quelques régions s'incorporèrent au nouvel empire, comme l'Amérique centrale, pour s'en séparer peu de temps après. Ce fut le cas du Guatemala, bien que la région du Chiapas s'en sépara ultérieurement par un vote pour être incorporée au Mexique.
Le cas texan
Le territoire du Texas rechercha l'indépendance vis-à-vis du Mexique pour la même raison que le Yucatán : l'aspiration à faire partie d'une fédération et à jouir d'une certaine autonomie. Le premier vice-président de la république du Texas (1836-1845), ultérieurement annexée aux États-Unis, était un Mexicain né au Yucatán, Lorenzo de Zavala.
Pacte fédéral Le cas du Yucatán était similaire à celui du Guatemala, il n'avait adhéré à l'éphémère empire d'Iturbide que pour se libérer de l'Espagne et quand cet empire fut dissous et se transforma en république, le Yucatán décida de se joindre au nouveau pacte fédéral, mais d'une manière beaucoup plus sérieuse et moins intéressée. Le Yucatán rejoignit le nouveau pacte tant que la nouvelle république constituerait une fédération et que les décisions du centre « n'affecteraient pas le bonheur des Yucatèques ».
En 1839, dans la Fédération d'Amérique centrale, une rébellion orchestrée par Rafael Carrera (1814-1865) contre le président du Honduras Francisco Morazán (1792-1842) renverse le gouvernement en place. À la fin du mandat du président en 1839 et en 1842, à sa mort, provoquée par sa politique autoritaire, la Fédération se disloque pour donner place à cinq pays bien indépendants : le Guatemala, le Honduras, le Salvador, le Nicaragua et le Costa Rica.
Conflit culturel avec le Mexique Le Yucatán était un État ayant une façon de penser très différente du reste du pays. Cette différence est due à diverses raisons tel que le passé préhispanique : le Mexique est héritier d'une culture aztèque, le Yucatán est héritier des Mayas ; Mexico-Tenochtitlan fut conquis par Hernán Cortés, Yucatán par Francisco de Montejo. Le Yucatán a toujours été un territoire où les idées libérales dominaient et fut le premier État au Mexique à décréter la liberté de culte et à défendre ardemment le fédéralisme.
Fédéralistes et centralistes Au sein du gouvernement mexicain, deux politiques se disputaient la primauté à cette époque. Les fédéralistes ont plaidé pour l’équilibre des pouvoirs entre les trois branches de l’État: exécutif, législatif et judiciaire. Les centralistes ont centré toute autorité sur le président de la République. Les fédéralistes ont gouverné le Mexique depuis la naissance de la République jusqu’en 1835, ce qui correspond à des relations calmes et pacifiques entre le Mexique et le Yucatán. En 1835, les centralistes prirent le pouvoir au Mexique et nommèrent le gouverneur du Yucatán. Comme le Yucatán perdait de plus en plus son autonomie, son peuple envisageait plus sérieusement la possibilité de sa propre indépendance et de la formation d’une seconde république
La république indépendante de Yucatán La Constitution fédérale de 1824 avait satisfait pleinement les désirs des Yucatèques, définissant les états comme des entités souveraines et ayant le pouvoir de s'autogouverner, tout en restant réunis dans la nation mexicaine. Les fédéralistes défendent la Séparation des pouvoirs et les centralistes se concentrent sur la défense des pouvoirs et de l'autorité du président de la république.
En 1835, les centralistes prennent le pouvoir et depuis la ville de Mexico, le gouverneur du Yucatán est nommé. De plus le gouvernement central exige des paysans yucatèques de lutter dans la guerre contre le Texas ; ce qui détériore la situation économique et indigne la population en général. Les fédéralistes se soulèvent contre le gouvernement mexicain.
La déclaration d'indépendance Les troupes fédéralistes du Yucatán, commandées par le capitaine Santiago Imán, prennent la ville de Valladolid et, le , émettent un acte dans lequel est exigé le rétablissement du fédéralisme comme forme de gouvernement pour lutter contre la pauvreté sur le territoire. L'acte demande la restauration de la Constitution de 1824.
Six jours plus tard, les troupes de la garnison de Mérida (capitale de la péninsule), sous le commandement d'Anastasio Torrens suivi de nombreux sympathisants, signent l'acte qui appuie le mouvement de Valladolid et proclament l'indépendance du territoire yucatèque tant que le gouvernement centraliste mexicain ne reconnait pas que l'État du Yucatán est libre et indépendant et tant que la Constitution fédérale n'est pas restaurée. La ville de Campeche (appartenant au Yucatán) se rend aux fédéralistes en juin après un siège militaire.
Le gouvernement centraliste déclare la guerre au Yucatán. Le , la Chambre des députés locale approuve l'Acte d'indépendance de la Péninsule du Yucatán. Le premier article de l'acte déclare :
Don Andrés Quintana Roo Les incessants soulèvements militaires qui ont lieu au Mexique finissent par affaiblir le gouvernement du président Anastasio Bustamante. Santa Anna (1794-1876) réunit tous les rebelles à Tacubaya et occupe la présidence en .
Le Yucatán n'appuie cependant pas ledit mouvement, respectant l'accord qui spécifie de refuser d'obéir aux mandats mexicains tant qu'il n'y a pas de gouvernement fédéraliste. Santa Anna charge Andrés Quintana Roo (1787-1851, né à Mérida, dans l'État du Yucatán) d'établir un dialogue avec les autorités yucatèques et le « Congrès Yucatèque » afin de réincorporer l'État au Mexique.
Apparemment, le travail de Quintana Roo aboutit et les traités des 28 et sont signés. Par ceux-ci, le Yucatán conserve ses lois et droits de douane, ainsi que la libre circulation des marchandises aux frontières de la République entre autres avantages pour l'État du Yucatán.
Plan de Tacubaya Dans la ville de Mexico, siège du gouvernement centraliste de Santa Anna, les traités restent lettre morte. Le gouvernement centraliste exige que le Yucatán retourne au Mexique et accepte pleinement le (1857), et que le territoire yucatèque se soumette aux lois du Congrès établies par Santa Anna. De plus, il est exigé que le Yucatán rompe toute relation avec le Texas, le Mexique étant en guerre contre les Texans. Différentes voies diplomatiques sont empruntées, mais toutes échouent.
Le drapeau mexicain amené Le , le premier Pouvoir Municipal Constitutionnel de Mérida est rassemblé, quand un groupe de personnes entre dans la salle dirigé par Miguel Barbachano y Terrazo (1807-1859, futur gouverneur de l'État). Sans violence et sans armes, il est demandé au Conseil Municipal que soit envoyée au Congrès la demande d'indépendance du Yucatán. L'acceptant, le Conseil Municipal déchaine l'euphorie du groupe et selon le récit, un tonnerre d'applaudissements unanimes s'ensuit. En pleine euphorie, quelques membres du groupe enlèvent le drapeau mexicain, et lèvent le drapeau yucatèque. Officiellement, quelques jours plus tard, le drapeau mexicain est enlevé des bateaux et édifices en faveur du drapeau yucatèque.
Invasion armée de la péninsule Le général Santa Anna envoie des forces militaires dans la péninsule afin d'abattre les fédéralistes. En août 1842, un escadron militaire mexicain se présente sur les côtes de l'île de Carmen, escadron composé de quatre navires de guerre commandés par le capitaine Tomás Marín venu exiger la réincorporation du Yucatán à la République mexicaine. En peu de jours, ils prennent contrôle de la ville sans rencontrer de résistance militaire.
Les voies d'accès du Yucatán pour le Mexique central sont alors forcément par voie navale, les communications terrestres étant inexistantes, la voie navale étant aussi plus rapide depuis la ville de Mexico (via le port de Veracruz).
Les troupes santanistes sont renforcées par amenés de Veracruz et avançaient vers leur objectif : Campeche, ville protégée par ses murs construits pour se défendre des attaques des pirates. Ils prennent la ville de Champotón, et, après plusieurs tentatives de prendre Campeche, se décident à se diriger vers la capitale, Mérida. Ils débarquent dans le port de Telchac, et prennent une par une les villes de Motul, Tixkokob et Tixpéhual. Les troupes mexicaines arrivent à Pacabtún dans les environs de Mérida. L'armée du gouvernement centraliste apprend que les Yucatèques se préparent à défendre Mérida, et attend un renfort de 11 000 indiens mayas. Le , les généraux Peña et Barragán (centralistes mexicains) se décident à retirer leurs troupes par la mer jusqu'à Tampico.
Constitution de 1841 La Constitution du Yucatán est novatrice pour son époque, proposant entre autres innovations : droits individuels : droits fondamentaux pour tous les habitants de l'État, nationaux ou étrangers, liberté de culte dans son article 79 (), la religion d'État demeurant le catholicisme, établissement d'un jury populaire (en son article 69), suppression des privilèges civils ou militaires (dans l'article 73), (et surtout) figure de l'« amparo » (procédure constitutionnelle visant à garantir les libertés individuelles contre les décisions étatiques de quelque niveau qu'elles soient, incluse dans l'article 8 et l'alinéa I de l'article 62).
Réincorporation temporaire au sein du Mexique Santa Anna refuse de reconnaître l'indépendance du Yucatán et interdit l'entrée de navires avec le drapeau yucatèque sur le territoire mexicain, interdisant aussi le transit de navires mexicains au Yucatán. Ce geste anéantit tout le commerce de la péninsule avec le Mexique et l'économique yucatèque en est profondément affectée.
L'économie yucatèque est très touchée et, sans le commerce avec le Mexique, la situation devient difficile. Barbachano, sur la base de la défaite militaire de Santa Anna, décide de négocier avec le gouvernement centraliste.