Marseille, de l'an mille au Moyen Âge tardif, voit l'émergence politique et économique de sa bourgeoisie marchande après cent ans d'un système vicomtal. Sachant profiter des situations diverses, des Croisades aux faiblesses politiques des princes d'Anjou, elle parvient à connaitre des périodes d'essor, néanmoins nuancées par les troubles politiques et l'incapacité de la ville à véritablement rivaliser avec les Républiques italiennes en Méditerranée.

La période ici étudiée s'étend de l'apparition du premier Vicomte de Marseille, Guilhem de Marseille, en 977, jusqu'à l'union de la Provence au royaume de France en 1487.

De l'an mil à la fin du , Marseille est divisée entre trois pouvoirs, desquels domine celui des Vicomtes. Après la prise du pouvoir par la bourgeoisie commerçante et une affirmation de sa puissance politique au début du , Marseille passe sous le joug des souverains de Provence à partir de l'imposition par Charles d'Anjou des Chapitres de Paix en 1257. Au , la commune parvient à retrouver une partie de son autonomie politique en s'assurant la protection de la maison d'Anjou, à qui elle jure fidélité lors de la guerre de l'Union d'Aix en 1385. Le sac de Marseille par les Catalans en 1423 et la destruction la ville ont occasionné un profond déclin à la fin du Moyen Âge. Marseille est finalement rattachée à la France par Louis XI en 1482, lors de l'union du Comté de Provence au royaume de France.

Le règne des trois pouvoirs (fin du - ) Après un long déclin à partir de la fin du , la première moitié du marque le début d'une ère de reconstruction de la Provence et de retour de Marseille dans son rôle prépondérant.

Le partage de la ville Depuis le , la Provence est gouvernée par un comte, assisté dans chacune de ses cités par un vicarius ou vicedominus (viguier). Marseille a donc, comme les autres villes du comté, son propre vicedominus Massiliensis (« viguier de Marseille »).

À la fin du , les premiers vicomtes font leur apparition à Marseille. Guilhem de Marseille, fils d'Arlulfe, est le premier à porter ce titre dès 977... Mais avant 972-977, la famille vicomtale contrôle déjà lespiscopatus (« épiscopat »), ce qui implique le contrôle de l'abbatia (« abbaye ») Saint-Victor. Ils ont aussi la main, par leur titre vicomtal, sur tous les biens de la cité et ses abords : fortifications, justice, salines, droits sur le port, etc. Cette richesse explique en partie le rang prééminent qu'ils occupent dans la noblesse provençal. C'est donc une même dynastie familiale qui détient lepiscopatus (le pouvoir religieux) et le comitatus (le pouvoir civil) à ce moment, situation qui perdura jusqu'à la fin du .

La domination des Vicomtes thumb|upright|L’Église_Notre-Dame-des-Accoules devient la cathédrale de la ville basse, dite vicomtaleHistoire de Marseille, de Augustin Fabre, . . À partir des années 1040, les vicomtes recréent un modèle comtal à leur échelle, avec une véritable lignée attachée à la cité. On les appelle désormais les vicecomes Massilie (« Vicomtes de Marseille »). Jouant un rôle dans la restauration de l'abbaye Saint-Victor, il exerce pendant près d'un siècle une domination sur l'épiscopat à travers un réseau familial. En 1060 par exemple, l'évêque Pons II, avec son frère, le Vicomte Geoffroy, font à l’abbaye Saint-Victor le don du monastère féminin de Sainte-Marie-des-Accoules. Mais il n'y a pas pour autant de « Vicomté de Marseille » au sens propre, seulement des maîtres d'une seigneurie et de droits vicomtaux.

Parallèlement, les pouvoirs du vicecomitatus (« vicomté ») et de lespiscopatus s'engagent dans un conflit qui dure plus d'un siècle et débouche sur la division de la ville, en 1069, partagée entre les deux pouvoirs distincts dans le cadre de la réforme grégorienne. La « ville basse », dite vicomtale, passe sous la dépendance des vicomtes de Marseille, tandis que la « ville haute », est quant à elle sous le pouvoir épiscopale, celui de l'évêque de Marseille. Cette réforme met un terme à la domination de la famille vicomtale en lui ôtant le contrôle sur l'abbaye et l'épiscopat.

L'Évêque, une puissance dominée thumb|upright|La Vieille Major, construite au . Le pouvoir épiscopal s'affirme à partir des années 1150, et l'évêque dispose alors d'une pleine seigneurie confirmée par l’empereur Frédéric en 1164. La forteresse de Roquebarde et le serment imposé au vicomte rappellent le pouvoir de l'épiscopat à ce moment. Mais cet apogée ne dure pas longtemps. Concurrencé par son propre Chapitre, l'Évêque s'efface devant les Vicomtes comme il s'effacera devant le pouvoir angevin lors de la prise de la ville par Charles Ier d'Anjou au .

Les sont surtout marqués par la lutte incessante entre episcopatus et vicecomitatus, notamment sur l’exercice des droits publics. Les vicomtes semblent prendre l'ascendant dans ce conflit. En 1162 leur soutien de longue date au pouvoir du Chapitre face à l'évêque conduit à la division de la ville épiscopale en deux parties. Un pouvoir prévôtal (ou canonial), formé des chanoines du Chapitre, siège désormais dans la cathédrale et occupent le littoral de la ville haute, l'Évêque gardant le reste du pouvoir ecclésiastique et de la ville haute.

Les vicomtes conservent par ailleurs le contrôle de beaucoup de domaines de l'Église cathédrale, ce qui représente à la fin du la moitié des castra de la seigneurie épiscopale et prévôtal. En contrepartie, les vicomtes doivent peu à peu

L'abbaye Saint-Victor, le troisième pouvoir thumb|Abbaye Saint-Victor Si l'abbaye est refondée par l'évêque Honorat en 977, il faut attendre l'abbatiat de Guifred (1005-1020) et Isarn (1020-1047) pour que Saint-Victor connaisse un premier essor. Les Vicomtes offrent alors de nombreuses donations et Victor de Marseille devient le saint patron de la dynastie vicomtale.

Lors de la partition de la ville en 1069, l'abbaye Saint-Victor bénéficie d'un avantage exceptionnel en relevant directement du Saint-Siège et non de l’évêque grâce à une bulle du pape Léon IXLouis Antoine de Ruffi, Histoire de la ville de Marseille, contenant tout ce qui s'est passé de plus mémorable depuis sa fondation, durant le temps qu'elle a été république & sous domination des Romains, Bourguignons, Visigots, Ostrogots, Rois de Bourgogne, Vicomtes de Marseille, Comtes de Provence & de nos Rois très chrétiens, Henri Martel éd., Marseille, 1696, 2 volumes, tome II . Cet avantage donné au pouvoir abbatial est confirmé par les papes suivants. La réalisation du grand Cartulaire de Saint-Victor vers 1070-1080 marque l'aboutissement du processus par lequel l'abbaye rompt tous ses liens formels avec l'évêque de Marseille et la famille vicomtale, et s'érige en seigneurie monastique directement soumise au papeFlorian Mazel, La noblesse et l’Église en Provence, fin – début , éditions du CTHS, Paris, 2002, ,.

Mais le fort rayonnement de l'abbaye est surtout dû aux liens qui unissent les abbés de Saint-Victor aux vicomtes de Marseille et à la noblesse provençale, ce qui favorise l'accroissement de son pouvoir temporel et de son patrimoine foncierRégis Bertrand, Le Christ des Marseillais, La Thune, Marseille, 2008, . Le frère de l'évêque Honorat est d'ailleurs le premier vicomte Guilhem de Marseille.

Au à Marseille, toute la rive sud du Vieux-Port appartient désormais aux moines, en particulier la zone sud-est jusqu'à l'actuelle Rue Beauvau, où se trouvent de riches salines. Les abbés de Saint-Victor deviennent au les hommes les plus puissants de la région. En 1073, Raymond, un moine de l'abbaye, devient même évêque de Marseille. L'abbaye acquiert un grand rayonnement dont témoigne le grand nombre de prieurés qui y sont rattachés.

À partir du milieu du , le pouvoir de l'abbaye décline. Des difficultés apparaissent lorsque la Provence devient un enjeu entre les comtes de Toulouse et les Rois d'Aragon. Les revenus des prieurés et des églises rentrent peu ou mal. L'abbaye doit recourir à des emprunts et se trouve dans le dernier quart du écrasée de dettes.

Reconquête de l'espace urbain thumb|Marseille au milieu du d'après Marc Bouiron. Pendant le premier millénaire, Marseille n'était composée que du Château Babon et du bourg. À partir de l'an mil, la croissance démographique et rurale, ainsi que le lent essor du commerce, provoquent la renaissance de la ville et son extension. Une première extension des enceinte est opérée en 1040, mais Marc Bouiron pense que ce nouveau rempart est plus destiné à protéger la ville comtale et le Tholonée qu'à répondre à un accroissement démographique. En effet, l'explosion de la population arrivera plus tard au début du .

Entre l'an mil et la fin du , la ville opère une reconquête de l'espace dans le cadre du renouveau monastique qui traverse l'Occident. Le monastère de Sainte-Marie des Accoules est recréé en 1030 et on assiste, comme partout en Occident, à une progression démographique dont témoignent l'apparition des premières paroisses

À la partition de la ville en 1069, Marseille se trouve divisée entre la ville haute, épiscopale, et la ville basse, vicomtale. Après son départ de la cathédrale, l'Évêque de Marseille a édifié son pouvoir dans un nouveau Palais épiscopal sur la butte des Carmes. La ville haute, alors habitée par quelques pêcheurs, est surnommée Villa turrium car flanquée de tours. La partie littorale de la ville haute est occupée par le pouvoir prévôtal, qui siège dans la cathédrale.

La ville basse est la plus peuplée et le centre névralgique de la ville. Les Vicomtes vivent d'abord dans le palais du Tholonée, un lieu de péage qui leur assure une source de revenu. La cour de justice y est logée et il est souvent le lieu de la signature des actes officiels. Avec les agrandissements successifs du milieu du et surtout de la fin du , il perd sans doute sa fonction première et, à la mort de Roncelin en 1215, il sera brûlé par les Marseillais. La seconde résidence des Vicomtes est le Castrum Babonis (Château Babon) qu'ils occupent une trentaine d'années.

Le partage de la ville sépare également en deux la juiverie de Marseille, entre une « juiverie basse » où vivent les Juifs les plus aisés, et une « juiverie haute », qui s'étend autour du Palais épiscopal et qui accueille les plus pauvres.

Une lente reprise du commerce L'invasion sarrasine avait interrompu les échanges avec l'Italie, l'Espagne et même l'Orient, et il faut attendre la fin du et le début du pour constater à Marseille un renouveau de la prospérité économique. La navigation redevient possible et les routes intérieures sont de nouveau sûres.

Résumé 977 : Guillaume devient le premier vicomte de Marseille. Son frère Honorat refonde l'abbaye Saint-Victor 1030 : le monastère de Sainte-Marie des Accoules est refondé 1069 : division de Marseille entre la ville de l'Évêque et la ville des Vicomtes 1073 : Raymond, un moine de l'abbaye Saint-Victor, devient évêque de Marseille 1162 : séparation de la ville haute entre l'Évêque et les prévôts. 1189 : troisième croisade

Essor commercial et spirituel (fin du - début du ) À partir de la fin du , l'essor de la vie économique entraîne l’accroissement de la population marseillaise, qui atteint au début du son apogée médiévale.

Cette période marque la montée des revendications politique de la bourgeoisie marchande marseillaise, qui défie les trois anciens pouvoirs et déclare de manière éphémère la République de Marseille indépendante. Cette dernière est vite dissoute par le retour du pouvoir comtal, les seigneurs de Provence s'engageant à la fin du dans la reconquête des cités provençales.

Une ville florissante intégrée dans le bassin méditerranéen