Marseille, au haut Moyen Âge, connaît d'abord un essor commercial et spirituel important, avant de décliner à partir de la conquête de la ville par Charles Martel à la fin du .
La période ici étudiée s'étend de la création de l'abbaye Saint-Victor en 416 à l'apparition du premier vicomte de Marseille en 977.
Marseille connaît un essor commercial du . Héritière de la ville romaine, elle entretient des rapports étroits avec le Levant et notamment Byzance. La cité phocéenne jouit par ailleurs d'une relative sécurité pendant les occupations barbares, et l'importance de son port en font un enjeu politique et une porte d'entrée de la Gaule jusqu'aux Mérovingiens.
Le début du et l'arrivée au pouvoir des Carolingiens marque un profond déclin. Plusieurs fois victime de pillage et écartée des choix politiques, la ville se replie sur elle-même jusqu'à la fin du et l'émergence de la dynastie des vicomtes de Marseille.
Un centre religieux et de commerce ( - ) Âge d'or du spiritualisme chrétien Marseille a sans doute été, au début du christianisme, une « église mère » pour les cités avoisinante, y compris Arles, et dont l'influence sur une partie de la Provence est comparable à l'église de Lyon sur d'autres régions de la Gaule au même moment.
Christianisation de Marseille et structuration de l'Église () D'après Grégoire de Tours, les débuts de la mission chrétienne en Gaule remontent au milieu du . Les travaux les plus récents des historiens confirment cette présence active des premiers chrétiens à partir du à Marseille, et placent les récits de la venue de Marie Madeleine, de Lazare ou des martyrs des au rang des légendes.
À l'époque grecque puis romaine, sur la rive sud du Vieux-Port, s'est établi un lieu de sépultures s'étendant sur une zone assez vaste et qui devient le troisième lieu de sépultures de la villeManuel Molinier, « Les Nécropoles grecques et romaines de Marseille » dans Marc Bouiron (dir.) et Henri Tréziny (dir.), Marseille : trames et paysages urbains de Gyptis au Roi René, Marseille, Édisud, coll. « Études massaliètes » (no 7), 2001 . Sur cette vaste nécropole est établie une fondation paléochrétienne qui aurait pu recevoir les corps de martyrs et le nom de la rue Sainte conserve d'ailleurs le souvenir de cette implantation. thumb|L'épitaphe de Volusianus et Fortunatus, dans les cryptes de l'Abbaye Saint-Victor de Marseille. L'Église marseillaise se structure au tout début du , comme en témoigne la présence d'un évêque de Marseille, Oresius, au Concile d'Arles en . Premier évêque mentionné dans la ville, nous ne connaissons ni ses prédécesseurs ni ses successeurs immédiats. On sait seulement qu'il assiste au grand concile convoqué par l'empereur Constantin pour examiner la cause des donatistes.
Les vestiges d'un important baptistère datant du sur le site de la cathédrale Sainte-Marie-Majeure de Marseille, retrouvés lors des fouilles effectuées au et décrites par François Roustan en 1905, attestent de la présence d'une communauté chrétienne significative dans la ville.
Le martyre de Saint Victor (303) Ce personnage, aussi notable que mal connu, serait un officier chrétien mis à mort vers 290 sur ordre de l'empereur Maximien. Certains repoussent la date de son martyre au ou 304.
Le dépôt lapidaire dans la crypte de l'abbaye Saint-Victor contient une plaque de marbre retrouvée en 1839 sur laquelle figure une inscription renommée. Incomplète sur ses deux bords, celle-ci fait l’objet d'une controverse depuis de nombreuses années, car elle peut, selon l'interprétation qu'on lui donne, démontrer l'ancienneté du martyrologe marseillais. Il aurait aussi pu être enterré dans le cimetière paléochrétien de la vie sud.
Fondation de l'abbaye Saint-Victor (416)
thumb|Monastère de Saint-Victor, fondé en 416 par Jean Cassien. L'un des premiers évêques, Proculus (380-430), construit au un bâtiment constitué par l'actuelle chapelle Notre-Dame de la Confession et l'Atrium ; et qui sera transformé au en crypte à l'édification de l’église abbatiale. Proculus veut ainsi affirmer le rôle prééminent de Marseille face à Arles, pourtant principale place religieuse de la province Viennoise, au sein du duché de Bourgogne. Cette rivalité religieuse et politique entre Marseille et Arles va marquer l'histoire de Saint-Victor jusqu'à l'intégration de la Provence dans le royaume de France au , à la mort du roi René.
Selon la tradition, le monastère de Saint-Victor est fondé par Jean Cassien en 416. Après un long séjour auprès des moines anachorètes d'Égypte, ce grec pontique de Mésie débarque à Marseille, amené par Lazare, évêque d'Aix qu'il aurait rencontré l'année précédente en Palestine au concile de Diospolis.
Cassien reste à Marseille jusqu'à sa mort entre 433 et 435, où il rassemble des disciples et écrit d'importants ouvrages qui servent de règle de vie et de base de réflexion à ceux qu'attire le monachisme, comme les Instructions cénobitiques ou les Conférences des pères. Ses œuvres connaissent un tel retentissement qu'elles sont recommandées par saint Benoît à ses disciplesSaint Benoît y fait allusion dans le dernier chapitre de sa règle : «… quel est le livre des saints Pères catholiques qui ne nous enseigne le droit chemin pour parvenir à notre Créateur ? Et de même, les Conférences des Pères, leurs Institutions et leurs Vies… ». (Règle de saint Benoît, ch.73, v. 4 & 5).
Il aurait fondé à Marseille deux monastères : un pour les femmes, l’abbaye Saint-Sauveur qui se situait au sud de la place de Lenche, l'autre pour les hommes au sud du Vieux-Port, l’abbaye Saint-Victor.
Marseille, haut lieu spirituel et intellectuel thumb|Jean Cassien La visibilité de ces monastères en ont rapidement fait des lieux de formation importants et prestigieux, contribuant à la renommée de la vie spirituelle de Marseille au . Les positions doctrinales développées par ces penseurs marseillais, le semi-pélagianisme, ont contribué à créer une véritable école des « prêtres de Marseille » et susciter de nombreux débats théologiques.
La richesse spirituelle de la ville se traduit par l'émergence d'autres penseurs chrétiens comme Salvien de Marseille, prêtre théologien et « maître des évêques » selon Grennade. Ce dernier est par ailleurs l'auteur d'une précieuse biographie relatant la vie de nombreux chrétiens. Marseille est alors un centre religieux qui attire aussi les nobles d'autres régions de Gaule en quête d'ascétisme, comme Prosper d'Aquitaine ou Paulin de Pella.
En 533, la ville accueille le Concile de Marseille, convoqué par Césaire d’Arles à des fins disciplinaires contre Contumeliosus, l'évêque de Riez accusé de mœurs dépravées et d'avoir détourné des biens d'Église.
Occupation barbare et rattachement au royaume franc À partir de la fin du , Marseille est un des théâtres des « invasions barbares » qui secouent l'ensemble de l'Empire romain d'Occident. Même si les mouvements de populations durant cette période ont été qualifiés d'« invasions », il ne s'agit pas d'expéditions militaires mais plutôt de migrations de peuples entiers qui vont se métisser avec les gallo-romains.
Les occupations ostrogoths, puis franques, sont loin de présenter une rupture civilisationnelle pour Marseille qui conserve une grande partie de son héritage romain jusqu'au .
La pax ostrogothica left|thumb|Conquête de Marseille de la Provence par les Ostrogoths. thumb|317x317px|Royaumes wisigoth et ostrogoth au début du . Marseille passe successivement sous la domination de plusieurs seigneurs « barbares » en quelques décennies. Le roi des Wisigoths Euric conquiert la ville en 476, puis c'est Gondebaud, roi des Burgondes, qui s'en empare en 486.
En 508, le roi ostrogoth Théodoric le Grand profite de la nouvelle conjoncture politique qui se dessine en Gaule après la bataille de Vouillé qui affaiblit les Wisigoths, pour s’emparer de la Provence et protéger l’Italie de la poussée franque. Le royaume ostrogoth comprend alors la Gaule du Sud et l’Italie : la Provence constitue un verrou pour le contrôle de ce vaste espaceÉdouard Baratier - Histoire de la Provence, page 90.. Un comes civitatis est aussitôt désigné à Marseille. Théodoric y envoie Marabadus, mentionné d'abord comme comte puis comme vir illustris, rang prestigieux dans la hiérarchie romaine du Bas Empire. Si cette fonction semble avoir disparu au moment du rétablissement de la préfecture des Gaules, Marseille continue à jouir de nombreux privilèges puisqu'elle se voit confirmer en 510 des d'exemptions d'impôt envers les Ostrogoths, chose normalement réservée aux villes ravagées par les armées. thumb|L'empereur Justinien triomphant des Ostrogoths, probablement vers 540-550. Musée du Louvre. Plusieurs hypothèses s'affrontent pour expliquer ce comportement particulier envers Marseille. Jean-Louis Jouanaud estime que la ville a pu accueillir une opération maritime de débarquement des troupes pendant l'expédition ostrogothe à travers les Alpes. Si les chroniqueurs de l'époque n'en font pas mention, sa théorie selon laquelle Marseille ait pu mettre ses greniers publics à la disposition de Théodoric semble probable, et des mentions par Cassiodore d'envois de navires transportant des vivres depuis l'Italie vont dans ce sens. Mais surtout, l'importance de Marseille dans le commerce méditerranéen et sa prospérité économique aux en font une place stratégique pour tous les seigneurs barbares qui la gouvernent. Cette Pax ostrogothica dure jusqu'en 536, date à laquelle la Provence passe aux mains des rois Francs mérovingiens.
Rattachement au royaume des Francs Menacés à l'est par les aspirations de reconquête de l'empereur Justinien, les Ostrogoths finissent par céder la Provence aux Francs contre en 536. Il aurait été risqué pour eux de devoir combattre sur deux fronts en même temps. Justinien, qui veut faire des Francs ses alliés, reconnaît la possession de la Provence par le roi franque Thibert . Après avoir soumis les Burgondes l'année suivante, celui-ci est alors à la tête d'un vaste royaume allant jusqu'aux rives méditerranéennes.
Il est difficile de comprendre comment a été gouvernée Marseille à l'arrivée des rois francs. Si Parthénius semble avoir acquis une position importante en Provence au sein des royaumes ostrogoths et francs, et si des patrices (patricius) de Provence sont mentionnés, comme Namatius ou Placidus, aucun d'entre eux n’est signalé comme attaché de manière spécifique à Marseille. Aussi, le titre de « patrice » n’est pas celui du gouverneur (rector) mais plutôt une distinction « romaine » qui rattache la Provence à son passé proche. On observe plutôt le maintien au pouvoir d'une puissante aristocratie gallo-romaine qui tient le gouvernement provençal, autre héritage du Bas Empire.
L'enjeu marseillais thumb|326x326px|Le royaume des Francs et le « couloir austrasien » en 567. À la mort de Clotaire en 561, le royaume est divisé entre ses fils et deux d'entre eux se partagent la Provence : Sigebert gouverne le royaume de Reims (l'Austrasie, en bleu sur la carte), tandis que Gontran règne sur le royaume d'Orléans (en vert). En raison de l'importance de l'ouverture méditerranéenne, Sigebert obtient un « couloir austrasien » reliant l'Auvergne à Marseille. Cette dernière est elle-même divisée entre les deux rois et devient un enjeu politique et diplomatique d'importance.
Il est probable que Marseille, de par sa position, ait aussi représenté un enjeu pour le projet de conquête de l’Italie entrepris par Thibert (v.552 † 573), le fils du roi Chilpéric . De nombreux notables et lettrés chrétiens viennent également s'y installer, sans doute grâce à l'influence politique franque et au milieu monastique florissant autour de Saint-Victor.
Une cité florissante
Un fort héritage romain thumb|476x476px|Marseille au . Selon Marc Bouiron.