vignette|alt=Carte en relief de l'Estonie.|Carte topographique de l'Estonie. vignette|alt=Carte administrative de l'Europe, montrant l'Estonie en rouge.|Localisation de l'Estonie en Europe.
Cette liste commentée recense la mammalofaune en Estonie. Elle répertorie les espèces de mammifères estoniens actuels et celles qui ont été récemment classifiées comme éteintes (à partir de l'Holocène, depuis donc ). Cette liste comporte 84 espèces réparties en dix ordres et 25 familles, dont une est « en danger critique d'extinction », un autre est « en danger », deux sont « vulnérables » et cinq sont « quasi menacées » (selon les critères de la liste rouge de l'UICN au niveau mondial).
Elle contient au moins huit espèces introduites sur ce territoire, qui sont plus ou moins bien acclimatées. Il peut contenir aussi dans cette liste des animaux non reconnus par la liste rouge de l' (un mammifère ici) et ils sont classés en « non évalué » : cela étant dû notamment au manque de données et à des espèces domestiques, disparues ou éteintes avant le . Il n'existe pas en Estonie d'espèces et de sous-espèces de mammifères endémiques.
Ordre : Primates
Famille : Hominidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Homme moderne)
Linnaeus, 1758Autochtone180px|Aire de répartition de l'Homme moderne100px|Homme moderne
Ordre : Lagomorphes
Famille : Léporidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Lièvre d'Europe)
Pallas, 1778Autochtone180px|Aire de répartition du Lièvre d'Europe100px|Lièvre d'Europe(Lièvre variable)
Linnaeus, 1758Autochtone120px|Aire de répartition du Lièvre variable140px|Lièvre variable
Ordre : Rodentiens
Famille : Castoridés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Castor d'Eurasie)
Linnaeus, 1758Autochtone (Réintroduit)180px|Aire de répartition du Castor d'Eurasie140px|Castor d'Eurasie
Famille : Dipodidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Siciste des bouleaux)
(Pallas, 1779)Autochtone140px|Aire de répartition de la Siciste des bouleaux140px|Siciste des bouleaux
Famille : Cricétidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Campagnol terrestre)
(Linnaeus, 1758)Autochtone140px|Aire de répartition du Campagnol terrestre140px|Campagnol terrestre(Campagnol nordique)
(Pallas, 1776)Autochtone (Disparu)140px|Illustration manquante140px|Campagnol nordique(Campagnol agreste)
(Linnaeus, 1761)Autochtone180px|Aire de répartition du Campagnol agreste120px|Campagnol agreste(Campagnol des champs)
(Pallas, 1778)Autochtone180px|Aire de répartition du Campagnol des champs140px|Campagnol des champs(Campagnol d'Ondrias)
Miller, 1908Autochtone140px|Illustration manquante140px|Campagnol d'Ondrias(Campagnol souterrain)
(de Sélys Longchamps, 1836)Autochtone140px|Illustration manquante120px|Campagnol souterrain(Campagnol roussâtre)
Schreber, 1780Autochtone180px|Aire de répartition du Campagnol roussâtre140px|Campagnol roussâtre(Rat musqué)
(Linnaeus, 1766)Allochtone (Introduit)160px|Aire de répartition du Rat musqué140px|Rat musqué
Famille : Muridés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Mulot rayé)
(Pallas, 1771)Autochtone140px|Illustration manquante140px|Mulot rayé(Mulot à collier)
(Melchior, 1834)Autochtone120px|Aire de répartition du Mulot à collier120px|Mulot à collier(Mulot pygmée)
(Pallas, 1811)Autochtone120px|Aire de répartition du Mulot pygmée140px|Mulot pygmée(Rat des moissons)
(Pallas, 1771)Autochtone180px|Aire de répartition du Rat des moissons140px|Rat des moissons(Souris grise)
Linnaeus, 1758Allochtone (Introduit)180px|Aire de répartition de la Souris grise160px|Souris grise(Rat surmulot)
(Berkenhout, 1769)Allochtone (Introduit)160px|Aire de répartition du Rat surmulot140px|Rat surmulot(Rat noir)
(Linnaeus, 1758)Allochtone (Introduit)160px|Aire de répartition du Rat noir140px|Rat noir
Famille : Gliridés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Lérot commun)
(Linnaeus, 1766)Autochtone120px|Aire de répartition du Lérot commun140px|Lérot commun(Muscardin)
(Linnaeus, 1758)Autochtone120px|Aire de répartition du Muscardin100px|Muscardin
Famille : Sciuridés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Polatouche de Sibérie)
(Linnaeus, 1758)Autochtone160px|Aire de répartition du Polatouche de Sibérie140px|Polatouche de Sibérie(Écureuil roux)
Linnaeus, 1758Autochtone180px|Aire de répartition de l'Écureuil roux140px|Écureuil roux
Ordre : Érinacéomorphes
Famille : Érinacéidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Hérisson d'Europe occidentale)
Linnaeus, 1758Autochtone120px|Aire de répartition du Hérisson d'Europe occidentale140px|Hérisson d'Europe occidentale(Hérisson des Balkans)
Barrett-Hamilton, 1900Autochtone100px|Aire de répartition du Hérisson des Balkans140px|Hérisson des Balkans
Ordre : Soricomorphes
Famille : Soricidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Crocidure des jardins)
(Pallas, 1811)— aucun —Autochtone (Disparu)140px|Aire de répartition de la Crocidure des jardins140px|Crocidure des jardins(Crossope de Miller)
Cabrera, 1907— aucun —Autochtone120px|Aire de répartition de la Crossope de Miller140px|Crossope de Miller(Crossope aquatique)
(Pennant, 1771)Autochtone120px|Aire de répartition de la Crossope aquatique140px|Crossope aquatique(Musaraigne carrelet)
Linnaeus, 1758Autochtone120px|Aire de répartition de la Musaraigne carrelet140px|Musaraigne carrelet(Musaraigne masquée)
Laxmann, 1788Autochtone120px|Aire de répartition de la Musaraigne masquée140px|Musaraigne masquée(Musaraigne naine)
Zimmermann, 1780Autochtone (Disparu)120px|Aire de répartition de la Musaraigne naine120px|Musaraigne naine(Musaraigne pygmée)
Linnaeus, 1766Autochtone120px|Aire de répartition de la Musaraigne pygmée140px|Musaraigne pygmée
Famille : Talpidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Taupe d'Europe)
Linnaeus, 1758Autochtone120px|Aire de répartition de la Taupe d'Europe140px|Taupe d'Europe
Ordre : Chiroptères
Famille : Vespertilionidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Murin de Brandt)
(Eversmann, 1845)Autochtone160px|Aire de répartition du Murin de Brandt100px|Murin de Brandt(Murin des marais)
(Boie, 1825)Autochtone120px|Aire de répartition du Murin des marais140px|Murin des marais(Murin de Daubenton)
(Kuhl, 1817)Autochtone180px|Aire de répartition du Murin de Daubenton140px|Murin de Daubenton(Murin à moustaches)
(Kuhl, 1817)Autochtone120px|Aire de répartition du Murin à moustaches120px|Murin à moustaches(Murin de Natterer)
(Kuhl, 1817)Autochtone120px|Aire de répartition du Murin de Natterer140px|Murin de Natterer(Sérotine de Nilsson)
(Keyserling & Blasius, 1839)Autochtone160px|Aire de répartition de la Sérotine de Nilsson140px|Sérotine de Nilsson(Noctule commune)
(Schreber, 1774)Autochtone180px|Aire de répartition de la Noctule commune100px|Noctule commune(Pipistrelle de Nathusius)
(Keyserling & Blasius, 1839)Autochtone120px|Aire de répartition de la Pipistrelle de Nathusius140px|Pipistrelle de Nathusius(Pipistrelle commune)
(Schreber, 1774)Autochtone180px|Aire de répartition de la Pipistrelle commune140px|Pipistrelle commune(Pipistrelle pygmée)
(Leach, 1825)Autochtone100px|Aire de répartition de la Pipistrelle pygmée140px|Pipistrelle pygmée(Barbastelle d'Europe)
(Schreber, 1774)Peut-être autochtone100px|Aire de répartition de la Barbastelle d'Europe140px|Barbastelle d'Europe(Oreillard roux)
(Linnaeus, 1758)Autochtone100px|Aire de répartition de l'Oreillard roux140px|Oreillard roux(Sérotine bicolore)
Linnaeus, 1758Autochtone160px|Aire de répartition de la Sérotine bicolore100px|Sérotine bicolore
Ordre : Cétacés
Famille : Balænoptéridés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Baleine à bosse)
(Borowski, 1781)Erratique160px|Aire de répartition de la Baleine à bosse140px|Baleine à bosse
Famille : Delphinidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Grand Dauphin commun)
(Montagu, 1821)Erratique160px|Aire de répartition du Grand Dauphin commun140px|Grand Dauphin commun(Lagénorhynque à rostre blanc)
(Gray, 1846)Erratique160px|Aire de répartition du Lagénorhynque à rostre blanc140px|Lagénorhynque à rostre blanc
Famille : Monodontidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Bélouga)
(Pallas, 1776)Erratique160px|Aire de répartition du Bélouga140px|Bélouga
Famille : Phocœnidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Marsouin commun)
(Linnaeus, 1758)Erratique160px|Aire de répartition du Marsouin commun140px|Marsouin commun
Ordre : Artiodactyles
Famille : Bovidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Bison d'Europe)
(Linnaeus, 1758)Autochtone (Disparu)120px|Aire de répartition du Bison d'Europe140px|Bison d'Europe(Taurin)
Linnaeus, 1758Autochtone (Disparu)180px|Aire de répartition du Taurin(Mouflon oriental)
Linnaeus, 1758Allochtone (Introduit)140px|Aire de répartition du Mouflon oriental140px|Mouflon oriental
Famille : Cervidés
Nom binominal, nom vulgaire et citation d'auteurs Nom vulgaire estonien (langue officielle de l'Estonie) Origine et statut en Estonie Aire de répartition Statut UICN mondial Image(Élan)
(Linnaeus, 1758)Autochtone180px|Aire de répartition de l'Élan140px|Élan(Chevreuil européen)
(Linnaeus, 1758)Autochtone120px|Aire de répartition du Chevreuil européen140px|Chevreuil européen(Renne)
(Linnaeus, 1758)Autochtone (Disparu)180px|Aire de répartition du Renne140px|Renne(Cerf élaphe)
Linnaeus, 1758Autochtone140px|Aire de répartition du Cerf élaphe140px|Cerf élaphe(Cerf sika)
Temminck, 1838Allochtone (Peut-être non acclimaté)140px|Illustration manquante140px|Cerf sika(Daim européen)
(Linnaeus, 1758)Allochtone (Introduit)180px|Aire de répartition du Daim européen140px|Daim européen