vignette|Liste des objectifs de la conférence de Wannsee Pendant la Seconde Guerre mondiale, comme dans les autres Pays baltes, la Shoah en Lituanie occupée aboutit entre 1941 et 1944 à la presque extermination de la communauté juive de ce pays, forte de près de personnes en lors de l'invasion nazie. Alors contrôlé par le Reichskommissariat Ostland, on estime que 80 % des Juifs de Lituanie ont été tués avant 1942. Les survivants, Juifs, ont été concentrés dans les ghettos de Vilnius, de Kaunas, de Šiauliai et de Švenčionys et forcés de travailler pour l'industrie militaire allemande. Le , Heinrich Himmler ordonne de vider tous les ghettos juifs et de transférer les survivants dans des camps de concentration. Le ghetto de Vilnius est ainsi détruit, alors que ceux de Kaunas et de Šiauliai sont transformés en camps de concentration. Les Juifs survivants sont envoyés dans les camps de Stutthof, Dachau, et Auschwitz. Seulement environ à Juifs lituaniens ont pu être libérés de ces camps. Le taux de génocide des Juifs en Lituanie a atteint 95 à 97 %, soit l'un des plus élevés d'Europe.
Annexion soviétique et invasion allemande (juin 1940 - juin 1941)
Après le pacte germano-soviétique et l'invasion conjointe de la Pologne en , l'Union soviétique signa un traité avec la Lituanie le , remit au pays la ville majoritairement polonaise et juive de Wilno (rebaptisée Vilnius), en échange de concessions militaires, annexant par la suite la Lituanie qui fut contrainte de céder après un ultimatum en . Quand les Pays baltes sont occupés par l'Union Soviétique en , la population juive a augmenté de façon considérable en raison de l'afflux de réfugiés venus de Pologne occupée. Le , soit deux jours après le début de l'opération Barbarossa, les Allemands arrivent à Vilnius. L'invasion allemande, qui survient après une année d'occupation soviétique, aboutit à des déportations de masse à travers les pays baltes la semaine suivant le début de l'opération. Les nazis sont accueillis comme des libérateurs et reçoivent le soutien de la milice irrégulière lituanienne contre les forces soviétiques en retraite. Beaucoup de Lituaniens pensaient que l'Allemagne permettrait le rétablissement de l'indépendance du pays. Afin d'apaiser les Allemands, certaines personnes exprimèrent des sentiments antisémites significatifs. L'Allemagne nazie, qui s'était emparée des territoires lituaniens dès la première semaine de l'offensive, utilisa cette situation à son avantage et permit, dès les premiers jours, l'établissement d'un gouvernement provisoire lituanien du Front militant lituanien, avec pour Premier ministre Juozas Ambrazevičius. Pendant une brève période, il sembla que les Allemands allaient accorder à la Lituanie une autonomie significative, comparable à celle accordée à la République slovaque. Cependant, après environ un mois, privé par l'occupant nazi de tout pouvoir réel et donc réduit à un rôle de marionnettes, ce gouvernement s'auto-dissout le .
Destruction de la communauté juive lituanienne vignette|Carte issue du rapport adressé au RSHA à Berlin par Stahlecker en , intitulé « Exécutions des Juifs menées par l'Einsatzgruppe A ». Selon cette carte, l'estimation du nombre de Juifs tués en Lituanie à cette période est de .
Estimation du nombre de victimes Avant l'invasion allemande, la population juive était estimée à environ personnes, bien que, selon les données du département des statistiques lituanien, au , environ Juifs aient été recensés. Lorsque les troupes soviétiques réoccupent la Lituanie en 1944, à ont été assassinés en trois ans d'occupation allemande, soit 95 à 97 % de la population juive du pays. Cette estimation est fondée sur l'émigration d'avant-guerre des Juifs lituaniens vers l'URSS (environ ), du nombre d'évadés des ghettos de Kaunas et de Vilnius ( à ), ainsi que le nombre de survivants des camps de concentration ayant été libérés par l'Armée rouge (-), soit au total à rescapés.
Il est difficile d'estimer le nombre exact de victimes et les dernières estimations ne peuvent être définitives ou indiscutables. Les chiffres donnés par les historiens diffèrent significativement de à , le nombre le plus élevé incluant probablement des Juifs non lituaniens parmi d'autres dissidents (empiriques) du Reich étiquetés comme Juifs tués en Lituanie.
Événements de l'Holocauste vignette|300px|La structure administrative du Reichskommissariat Ostland, 1942. Chronologiquement, le génocide en Lituanie peut être divisé en trois phases: la phase 1) été - fin 1941; phase 2) - ; phase 3) - mi-. La ville portuaire lituanienne de Klaipėda (Memel en allemand) faisait historiquement partie de la ligue hanséatique allemande et appartenait à l'Allemagne et à la province de Prusse-Orientale avant 1918. La ville était semi-autonome pendant la période d'indépendance de la Lituanie et sous la supervision de la Société des Nations. Environ Juifs vivaient à Memel lorsque la ville fut rattaché au par le Reich le . Ses résidents juifs furent expulsés et la plupart s'enfuirent en Lituanie . En 1941, les Einsatzgruppen allemands suivirent l'avancée des unités de l'armée allemande, commençant aussitôt les massacres des Juifs. gauche|vignette|200x200px|Le Neuvième Fort à Kaunas. La plupart des Juifs lituaniens périrent lors de la première phase, pendant les premiers mois d'occupation et avant la fin de 1941. La première action notable des Einsatzgruppen (Einsatzgruppe A) se déroula le , dans la ville frontalière de Gargždai, qui était l'une des plus anciennes communautés juives du pays, à seulement de Memel. Environ 800 Juifs furent abattus ce jour-là dans ce qu'on appelle le massacre de Garsden. Une centaine de Lituaniens non juifs furent également exécutés, notamment pour avoir tenté d'aider et de cacher leurs voisins juifs. Environ Juifs furent tués en octobre et environ à la fin de l'année. La majorité des Juifs de Lituanie n'étaient pas parqués dans des ghettos ni envoyés dans les camps de concentration nazis qui, à cette époque, en étaient aux premières étapes de leur opération. Ils furent alors fusillés dans des fosses communes (connu sous le nom de Shoah par balles) près de leur lieu de résidence; les massacres les plus tristement connus auront lieu dans le Neuvième Fort (massacre du 29 octobre 1941), près de Kaunas et dans la forêt de Ponary, près de Vilnius. On estime que 80 % des Juifs de Lituanie furent tués avant 1942.
Les survivants, Juifs, furent concentrés dans les ghettos de Vilnius, de Kaunas, de Šiauliai et de Švenčionys et forcés de travailler pour l'industrie militaire allemande. Il s'agira de la deuxième phase, où les massacres se feront moins nombreux.
À partir du , Heinrich Himmler ordonne de vider tous les ghettos juifs et de transférer les survivants dans des camps de concentration. En , le ghetto de Vilnius est en grande partie liquidé. Sept mille Juifs sont exterminés à Ponary et plus de sept mille « travailleurs » sont envoyés dans des camps de travail en Estonie. Les ghettos de Kaunas et de Šiauliai sont transformés en camps de concentration. Environ Juifs lituaniens survivants sont déportés vers des camps de Stutthof, Dachau, et Auschwitz.
Deux facteurs ont contribué à la destruction rapide de la communauté juive lituanienne. Le premier était le soutien significatif à la « dé-juification » de la Lituanie venant de la population lituanienne. Le deuxième était le plan allemand pour la colonisation précoce de la Lituanie - qui partageait une frontière avec la province de Prusse-Orientale allemande - conformément à leur Generalplan Ost ; d'où la haute priorité donnée à l'extermination de la communauté juive lituanienne relativement petite.
Participation de collaborateurs locaux vignette|Des soldats allemands et des locaux observent une synagogue lituanienne en train de brûler, le . Pendant que l'administration allemande dirigeait et soutenait le massacre organisé des Juifs lituaniens, des auxiliaires lituaniens locaux assuraient la logistique pour la préparation et l'exécution des meurtres sous la direction nazie. Le SS-Brigadeführer Franz Walter Stahlecker arrive à Kaunas le et prononce des discours dans la ville incitant au meurtre de Juifs. Dans un rapport du , Stahlecker écrit : « nous avons réussi à dissimuler les actions de l'unité d'avant-garde (Vorkommando) en faisant croire que c'était l'initiative de la population locale. »Des groupes de partisans et d'unités civiles d'affiliation anti-soviétique nationaliste d'extrême-droite prirent contact avec les Allemands dès leurs entrées dans les territoires lituaniens. Une unité d'insurgés dirigée par , encouragée par la Sicherheitspolizei et le Sicherheitsdienst, effectuèrent des pogroms anti-juifs à Kaunas entre le 25 et le 27 juin 1941. Plus de mille Juifs périrent les jours suivants dans ce qui fut le premier pogrom en Lituanie occupée par les Nazis. Différentes sources mentionnent entre et le nombre de victimes massacrés par des pogroms les jours suivants dans d'autres villes de la région.
Le , la police de sécurité lituanienne (Lietuvos saugumo policija), subordonnée à la Sicherheitspolizei et à la Kriminalpolizei, est créée. Cette organisation fut impliquée dans de nombreuses actions contre les Juifs et d'autres ennemis du régime nazi. L'unité lituanienne la plus notoire est le Ypatingasis būrys (une subdivision du SD allemand) active de la région de Vilnius, massacrant des dizaines de milliers de Juifs, Polonais et autres lors des massacres de Ponary. Une autre organisation lituanienne impliquée dans l'Holocauste fut la Garde du travail lituanienne. De nombreux partisans lituaniens de la politique nazie venaient de l'organisation fasciste Loups de Fer. Dans l'ensemble, l'administration nationaliste lituanienne s'intéressait à la liquidation des Juifs en tant qu'ennemis perçus et rivaux potentiels des Lituaniens ethniques. Ainsi, l'administration ne s'opposait pas à la politique nazie de l'Holocauste, mais l'adoptait comme la leur. gauche|vignette|200x200px|Anciennes fosses communes près de la ville de Jonava. Une combinaison de facteurs permet d'expliquer la participation de certains Lituaniens au génocide contre les Juifs. Ces facteurs comprennent de nombreuses traditions et valeurs nationales, y compris l'antisémitisme, courantes dans toute l'Europe centrale contemporaine, et un désir lituanien spécifique d'un État-nation lituanien « pur » avec lequel la population juive serait considérée comme incompatible. Un bon nombre de facteurs supplémentaires, comme les graves problèmes économiques et la pauvreté d'une majeure partie de la population à cette époque, conduisit à l'assassinat de Juifs juste pour des biens personnels. De plus, les Juifs furent considérés comme des traîtres ayant soutenu le régime soviétique en Lituanie pendant la période 1940-1941. Pendant la période précédant l'invasion allemande, les Juifs furent blâmés par certains pour tous les malheurs et catastrophes ayant frappé la Lituanie.
L'implication de la population et des institutions locales, en nombre relativement élevé, fut un facteur déterminant de l'Holocauste en Lituanie. Toutefois, la majorité de la population lituanienne n'a pas soutenu les tueries. Sur une population de près de d'habitants (80 % de Lituaniens ethniques), seuls quelques milliers prirent une part active aux massacres, tandis que plusieurs centaines risquèrent leur vie en abritant les Juifs. Israël reconnut 891 Lituaniens (au ) comme Justes parmi les Nations pour avoir risqué leur vie en sauvant des Juifs. En outre, de nombreux membres de la minorité polonaise en Lituanie aidèrent également à abriter les Juifs. Les Lituaniens et Polonais cachant des Juifs furent persécutés et souvent exécutés par les nazis.
Historiographie et analyses