En France, on appelle guerres de Religion les huit guerres civiles d'origine qui se sont succédé dans le royaume de France de 1562 à 1598, opposant partisans du catholicisme et partisans du protestantisme (les « huguenots ») dans des opérations militaires pouvant aller jusqu'à la bataille rangée. Les catholiques sont en général soutenus par le pouvoir royal et son armée, mais les deux camps disposent de leurs propres forces militaires, la noblesse française étant divisée entre les deux confessions, y compris la haute noblesse.
Le fondement religieux de cette division est le mouvement de réforme de l'Église catholique commencé en 1517 par le moine allemand Martin Luther, excommunié et mis au ban de l'Empire en 1520, mais qui, soutenu contre l'empereur Charles Quint par plusieurs princes allemands (surnommés « protestants » à partir de 1529), est à l'origine d'un long conflit dans le Saint-Empire, conclu en 1555 par la paix d'Augsbourg qui permet à chaque prince de choisir la confession de ses États, selon le principe du . En France, le protestantisme, réprimé dès les années 1520, ne se développe que dans les années 1540 avec le calvinisme, lancé par le Français Jean Calvin, chef religieux des réformés (calvinistes) français.
À la fin du règne d', il se forme deux factions : une protestante et une catholique. L'affaiblissement du pouvoir royal après la mort d', sous la régence de Catherine de Médicis, accentue l'antagonisme entre protestants et catholiques qui dégénère en guerre civile. Les conflits se succèdent dès lors, entrecoupés de périodes de paix précaire, après la promulgation d'un édit de pacification autorisant plus ou moins le culte protestant. Les plus extrémistes, notamment la famille de Guise qui dirige la faction catholique, refusent cette solution.
La huitième guerre de Religion est particulièrement longue et violente, car dès 1584, il s'agit pour la faction catholique devenue un parti (la Ligue catholique) d'empêcher Henri de Navarre, chef de la faction protestante, de devenir roi de France à la mort d'. Après l'assassinat du roi en 1589 par Jacques Clément, un frère mendiant, catholique radical, le roi protestant monte sur le trône avec le soutien d'une partie de la noblesse catholique. Ce n'est cependant qu'après sa conversion au catholicisme (1593) et au bout de neuf ans de combats qu'a lieu la reddition des derniers rebelles : vainqueur le du duc de Mercœur retranché dans Nantes, promulgue en avril le huitième édit de tolérance, l'édit de Nantes, qui, cette fois, est respecté.
Par la suite, le siège de La Rochelle et la paix d'Alès, en 1629, privent les protestants de leur potentiel militaire. En 1685, l'édit de Fontainebleau révoque l'édit de Nantes (1598), constatant que « la meilleure et la plus grande partie de nos sujets de ladite Religion Prétendue Réformée ont embrassé la catholique […] ». Les persécutions continuent avec la guerre des Camisards au début du , jusqu'à leur suspension par en 1787 (édit de Versailles).
Contexte des guerres de Religion Les oppositions religieuses thumb|Territoires contrôlés par les protestants lors des guerres de Religion (1562-1598) sur les frontières en 1685. L'Église catholique est confrontée depuis les années 1520 au mouvement de la Réforme, d'abord incarné par le moine allemand Martin Luther (à partir de 1517), très puissant dans l'Empire dès les années 1520 (paix d'Augsbourg, 1555), puis par le Français Jean Calvin, dont la doctrine touche les cantons suisses, les provinces des Pays-Bas, l'Écosse et la France.
En France, le calvinisme pénètre une partie importante de la noblesse, y compris la haute noblesse, entraînant un vaste mouvement de conversion d'une partie de la noblesse française à partir de 1555, ainsi que certaines villes, particulièrement dans le sud (La Rochelle, Montauban, Nîmes) et l'ouest (Saumur, Fontenay-le-Comte) et dans certaines régions (Cévennes). puis ont mené une politique répressive mais n'ont pas réussi à juguler le protestantisme.
Les catholiques sont divisés entre les partisans de la tolérance (acceptant en particulier la liberté de conscience), issus de l'humanisme érasmien, et les partisans de la répression de ce qu'ils considèrent comme une hérésie. Un des enjeux de cette division est la liberté du culte (public) à accorder aux protestants. Pour les intransigeants, si un culte public est autorisé, ce ne peut en aucun cas être à l'intérieur des villes (l'édit de Nantes énumère les villes où le culte protestant ne peut avoir lieu que hors les murs, voire à une certaine distance). Le massacre de la Saint-Barthélemy (1572) est pour une part issu de la révulsion des catholiques parisiens au spectacle de la noblesse protestante venue assister au mariage de l'hérétique Henri de Navarre avec la catholique Marguerite de Valois (Henri est d'ailleurs contraint d'abjurer le protestantisme pour échapper au massacre).
Du côté protestant, il y a aussi des intransigeants mais étant donné que les protestants sont minoritaires dans la population, ils sont moins influents que dans le camp catholique.
L'affaiblissement du pouvoir royal thumb|200px|Carte du grand tour de France de .
Ces troubles coïncident avec un affaiblissement de l’autorité royale, alors que et avaient mis en place un régime qui ne souffrait aucune contestation de leur pouvoir.
Lorsqu' meurt accidentellement le , à l'âge de 40 ans, il laisse quatre fils encore très jeunes : François (1544-1560), Charles (1550-1574), Henri (1551-1589) et François-Hercule (1555-1584).
Le règne de est très court. La reine-mère Catherine de Médicis (1519-1589) devient officiellement régente à l'avènement de , encore très jeune, et continue de jouer un rôle important par la suite. Entre les deux camps opposés, Catherine de Médicis hésite entre tolérance et répression.
Parallèlement, l'absence d'héritier mâle chez les enfants d'Henri II fragilise encore la royauté, surtout sachant que le premier prince du sang à partir de 1562 (mort d'Antoine de Bourbon) est Henri de Navarre, dont la mère, Jeanne d'Albret, est une calviniste convaincue. Ce problème deviendra crucial dans les années 1580.
Le caractère encore féodal du pays apparaît nettement avec l'indépendance croissante des princes et des partis qui augmentent dangereusement le réseau de leurs clientèles.
Les États généraux, réunis à quatre reprises (1560, 1561, 1576, 1588) sous les derniers Valois, sont l'expression de cet affaiblissement de l'autorité royale puisque le roi tente d'obtenir l'appui de ses sujets pour pouvoir faire respecter ses décisions. À cette occasion, le pouvoir royal est remis en cause par qui aspirent à une subordination du roi à l'égard de ces assemblées. C'est par exemple le cas de François Hotman, penseur calviniste auteur de la Franco-Gallia en 1573, après le massacre de la Saint-Barthélemy.
Les clans nobiliaires Les rois successifs étant en minorité, trois clans nobiliaires, liés par divers liens de famille, tentent de s’imposer pour contrôler le pouvoir royal. Ces trois clans s'identifient plus ou moins à une tendance religieuse : les ultra-catholiques (Guise) ; les catholiques modérés (Montmorency) ; les protestants (Bourbon, et leur branche cadette des Condé ; Châtillon-Coligny).
Les Guise, chefs du parti catholique 50px|left
La maison de Guise est issue de la maison de Lorraine, le premier duc de Guise, Claude (1496-1550), étant le fils cadet du duc de Lorraine (1451-1508).
Ils connaissent une ascension politique notable à la cour de France, notamment grâce au mariage de Marie Stuart (1542-1587), fille de Marie de Guise (1515-1560), reine d'Écosse (fille de Claude), avec le dauphin François (1544-1560), futur .
Si l'hostilité manifestée par les Guise à l'encontre de la politique de tolérance religieuse de Catherine de Médicis cause parfois leur mise à l'écart sous le règne de , cette intransigeance catholique leur permet de cultiver une grande popularité auprès du peuple. Loués pour leur rôle de champions de la foi, ils reviennent triomphalement sur le devant de la scène sous grâce à la Ligue. En 1588, les ligueurs parisiens parviennent à chasser de la capitale, ce qui renforce considérablement l'influence des Lorrains. Catherine de Médicis, elle-même, finit par « prier » son fils de « rendre content » le duc de Guise. L'année suivante, la Ligue destitue le roi à la suite de l'assassinat des deux chefs de la maison ; leur frère survivant, Charles, duc de Mayenne, devient le principal opposant à l'avènement du roi protestant .
Les membres les plus importants de la maison de Guise durant les guerres de Religion sont : François de Guise (1519-1563), , fils de Claude, il meurt durant la première guerre de religion ; le cardinal Charles de Lorraine (1524-1574), frère de François de Guise ; Henri de Guise (1550-1588), « le Balafré », , fils de François ; assassiné à Blois, à l'occasion des États généraux, sur l'ordre d' ; Catherine (1552-1596), sœur d'Henri de Guise ; épouse en 1570 le Bourbon (catholique) (1513-1582) ; « duchesse de Montpensier », c'est une ligueuse acharnée à partir de 1585, notamment à l'encontre d' ; Charles, duc de Mayenne (1554-1611), frère d'Henri de Guise.
Parmi les autres membres du clan, on trouve Philippe-Emmanuel de Lorraine (1558-1602), duc de Mercœur, petit-fils du duc Antoine de Lorraine (fils et successeur de ) ; gouverneur de Bretagne résidant au château de Nantes, il est le dernier ligueur à faire sa soumission en 1598, peu avant la promulgation de l'édit de tolérance de 1598 : l'édit de Nantes.
En revanche, Louise de Lorraine-Vaudémont (1553-1601), qui épouse en 1575, lui accorde un soutien indéfectible et, en 1594, demande à de châtier sa cousine la duchesse de Montpensier, ce qu'il refuse.
Les Montmorency left|50px
Les Montmorency sont une famille ancienne qui tire sa fortune de l'ascension du connétable Anne de Montmorency (1493-1567) sous le règne de .
Elle est liée à la famille de Coligny, (1470-1522) ayant épousé la sœur du connétable, Louise de Montmorency (1496-1547).
Bien que partagés entre catholiques et protestants, les Montmorency et les Coligny s'unissent à l'occasion pour lutter contre l'influence des Guise.
Sans réduire les guerres de Religion à un conflit privé entre ces deux familles, leur concurrence dans la course au pouvoir mobilise leurs vastes clientèles respectives, réparties sur l'ensemble du royaume.
François de Montmorency (1530-1579) et Henri de Montmorency-Damville (1534-1614) sont deux fils du connétable qui ont joué un rôle important pendant les guerres de Religion.
Dans la famille de Coligny, on trouve : (1519-1572), fils de , amiral de France ; tué lors du massacre de la Saint-Barthélemy ; François de Coligny d'Andelot (1521-1569), fils de , mort après la bataille de Jarnac, mais d'une fièvre ; Odet de Coligny (1517-1571), le « cardinal de Châtillon », fils de , converti au calvinisme en 1562, mort en exil à Southampton ; François de Coligny (1557-1591), fils de .
Les Bourbon left|50px
Issus en ligne agnatique de Robert de Clermont, fils de saint Louis, les Bourbon sont des princes du sang. Ils ont donc la préséance sur tous les autres gentilshommes du royaume et siègent non loin du roi dans les cérémonies.
À l'époque des guerres de Religion, la famille est représentée par les fils de Charles de Bourbon, duc de Vendôme (1489-1537) : Antoine, Charles (sans descendance) et Louis et leurs familles (branches « Bourbon », « Condé », « Conti »), dont les membres sont soit des protestants, soit des catholiques partisans de la Réforme, soit des catholiques conservateurs : Antoine de Bourbon (1518-1562), roi (consort) de Navarre et duc de Vendôme, catholique adepte de la Réforme ; mort au service du roi durant la première guerre de Religion ; son épouse, Jeanne d'Albret (1528-1572), reine de Navarre, calviniste ;