L'histoire des Açores est très brève pour la présence humaine. Par contre, l'histoire géologique du plateau des Açores est très ancienne, et très active, comme en témoignent le point chaud des Açores et l'anticyclone des Açores.
Avant le La mythologie grecque évoque des Champs Élysées, mais aussi le fabuleux jardin aux pommes d'or ou jardin des Hespérides, nymphes du Couchant, à la limite occidentale du monde, de l'autre côté du détroit de Gibraltar (Colonnes d'Atlas, Colonnes d'Héraclès, Colonnes d'Hercule, Djebel al Tarik). À partir d'Hésiode, il est question d'Îles des Bienheureux (Macaronésie) ou Îles Fortunées, où les âmes vertueuses goûtent un repos parfait après leur mort.
Le thème se retrouve dans d'autres civilisations : en mythologie celtique irlandaise, le genre Immram évoque Tír na nÓg (La Terre des Jeunes) et Mag Mell (La Plaine du Plaisir). La mythologie celtique brittonique offre Annwvyn, l'irlandaise Sidh, la légende arthurienne propose Avalon. La mythologie slave a également son île légendaire de la mer océane : Boyana.
Ptolémée, dans sa Géographie, place ces îles à la limite ouest du monde habité et y fait passer le méridien zéro, point de départ de ses mesures de longitude, à l'instar de Greenwich aujourd'hui. Ces îles, telles qu'elles sont mentionnées par Ptolémée, sont classiquement identifiées aux îles Canaries, rarement aux îles du Cap-Vert, jamais aux Açores.
Il existe également l'hypothèse hasardeuse de contacts trans-océaniques précolombiens, les supposés hypogées de Corvo, les supposées , les récits légendaires de missionnaires chrétiens, comme saint Brendan (vers 530) ou de voyageurs arabo-andalous, comme Khachkhach Ibn Said Ibn Aswad, qui aurait effectué un voyage périlleux et bénéfique en Atlantique en 889, et enfin, plus au nord, l'histoire du Vinland.
En 2021, une équipe internationale de chercheurs découvre des traces de feu de bois et d'excréments de bétail dans des sédiments reposant au fond de lacs situés sur cinq îles (Corvo, Flores, Pico, Terceira, São Miguel), prouvant ainsi une présence humaine temporaire et non mentionnée dans les sources écrites, environ 700 ans avant leur re-découverte par les Portugais, c'est-à-dire entre 700 et 850 après Jésus-Christ.
Pour apprécier l'état, à cette époque, des cartes de cette zone de l'Atlantique, il convient de se reporter à : Histoire de la géographie, Histoire de la cartographie Figure de la Terre dans l'Antiquité, Mappemondes anciennes Figure de la Terre au Moyen Âge Géographie et cartographie dans le monde arabo-musulman médiéval, Liste de géographes musulmans Grandes découvertes, Républiques maritimes, royaume de Majorque (1229-1715)
Au , différents récits signalent de possibles îles atlantiques. serait le découvreur supposé de la "Rivière d'Or" en 1346. Vers 1350-1400 Henry Sinclair, les frères Zeno, navigateurs vénitiens, seraient à l'origine de la Carte Zeno (publiée en 1558). Le Libro del Conoscimiento, manuel héraldique et géographique, témoignerait d'un voyage supposé réalisé par un moine franciscain vers 1350.
L'hypothèse de la circumnavigation chinoise (thèse pseudo-historique de 2002), avec ou sans exploration/découverte d'îles atlantiques s'appuie sur la personnalité de l'amiral chinois Zheng He (1371-1433) et surtout sur la carte Kangnido (1402, Corée) d'authenticité douteuse.
L'hypothèse d'exploration et/ou de découverte arabo-musulmane d'îles atlantiques ne s'appuie encore sur aucun document authentique de navigation.
Les républiques maritimes, principalement italiennes, sont commercialement très actives.
L'École majorquine de cartographie produit des cartes maritimes, cartes-portulans, pour l'essentiel de la Méditerranée (et de la Mer Noire). Les îles de l'Océan Atlantique au large de l'Afrique en sont généralement absentes : îles fantômes, îles imaginaires, dont Antillia.
Les seules apparitions crédibles sont rares. L'origine des informations reste inconnue. Une source supposée serait le rapport d'un voyage exploratoire de 1341, sous , à partir des Îles Canaries (découvertes par Lancelot Maloisel vers 1325-1339). L'île de Madère, vraisemblablement connue depuis l'Antiquité, , notée dès 1351 sur un portulan de Florence et dans des documents géographiques arabes, est déclarée portugaise en 1419. Les îles du Cap-Vert sont découvertes par des explorateurs génois et portugais en 1456.
En ce qui concerne les Açores, rien n'est assuré avant le .
Le royaume de Portugal (1139-1910) décide vers 1400 de prendre sa part dans la navigation et le commerce, avec une population d'environ . Le prince Henri le Navigateur (1394-1460) et son frère Pierre de Portugal (1392-1449) sont politiquement à l'origine des découvertes portugaises et de l'Empire colonial portugais (1415-1999). Le navigateur vénitien Alvise Cadamosto (1432-1488) semble avoir joué un rôle de premier plan.
Diogo de Silves est le découvreur supposé en 1427, sans débarquement. Gonçalo Velho Cabral, en 1427 ou 1431, reconnaît le groupe des îlots rocheux des Formigas (au nord des Açores), puis est l'explorateur de l'archipel à partir de 1432, et le premier capitaine-donateur de São Miguel, où il introduit du petit bétail (moutons, chèvres, porcs, poulets).
Vers 1437, la compréhension du volta do mar (retour de mer), partie des vents d'ouest constants dans la zone, permet d'améliorer grandement la navigation retour, après la navigation aller par le courant des Canaries.
Vers 1440, une éruption volcanique au Sete Cidades (São Miguel) modifie l'ouest de l'île. Une seconde éruption du Sete Citades aurait eu lieu en 1460. Le peuplement de île de São Miguel commence en 1443, lentement, avec apport de bétail, d'oiseaux, de semences (blé, légumes), d'outillage agricole, et exemption de taxes pour cinq années. Le temps du défrichement, l'hébergement se fait en huttes de paille et de foin. Le recrutement se fait plus large : Portugal, Madère, Bretagne, Flandre, France, Normandie, minorités (Maures, juifs, néo-chrétiens). La charte royale du exempte les habitants des îles de l'archipel de la dîme sur tous les produits en provenant. Les exportations se font à destination des garnisons militaires portugaises au Maroc (blé, pour Mazagão et Ceuta), et de la Flandre (canne à sucre, teintures (pastel, bruyère), cèdre, if). Les produits de la pêche et de la chasse ne sont alors guère exportés, et suffisent à la consommation locale et au ravitaillement des bateaux.
Vers 1452, l'île de Flores (Ilhas das Flores) et de Corvo (Ilhas Floreiras) sont reconnues par Diogo de Teive. L'île reçoit un peuplement de moutons en 1475, par Fernão Telles de Meneses, dont la veuve accorde au Flamand de s'y installer (1478-1480). L'île se peuple enfin de 1504 à 1510, sous l'autorité de João Fonseca.
Les îles de Faial (« île de l'Aventure » (« Ilha da Ventura »), puis « île de Saint-Louis » (« Ilha de São Luís »)), Pico (« Ilha do Pico ») et São Jorge (« Ilha de São Jorge ») sont peuplées vers 1460-1465, sous le gouverneur flamand , dont la ville capitale porte le nom d'Horta.
Sur Santa Maria, vers 1472, Vila do Porto et Vila Franca do Campo reçoivent la charte de cité. En 1480, Vila do Porto subit la première attaque connue de corsaires ou pirates barbaresques, qui vont longtemps sévir sur cet abri de bateaux en transit, désormais carrefour atlantique, relevant de la découverte du Brésil et de la colonisation portugaise de l'Amérique : réapprovisionnement en nourriture et en eau, transbordements, entrepôts, regroupement de bateaux en convois, protection contre les pirates ().
Dès 1472, une expédition portugaise, financée par des armateurs danois, menée par Alvaro Martins Homem (1430-1482) et João Vaz Corte-Real (1450c-1501), vers le nord-ouest de l'océan Atlantique, cherche à trouver une route occidentale vers l'Asie : au cours de cette navigation, l'expédition passe au large d'une île dite Terra Nova do Bacalhau (littéralement, Terre-Neuve des moruesFrutuoso, Saudades da Terra : E vindo GASPAR CORTE REAL do descobrimento da Terra Nova dos Bacalhaus... (« Et GASPAR CORTE-REAL, revenant de découvrir la terre neuve des morues... ») ; cf. par ailleurs Colón, ultimo en America.). Le second voyage, en 1474, s'effectue vers cette île de Bacalhau (« Tierra de los Bacallao »), jamais identifiée avec certitude, peut-être Terre-Neuve, ce qui ferait de Corte-Real le précurseur de Christophe Colomb de plus de vingt ans, sans aucune notation de nouveau continent. Au retour, le roi du Portugal fait don à João Vaz Corte-Real de terres sur l'île de Terceira et le nomme Capitão-Donatário de Angra do Heroísmo.
Le traité d’Alcáçovas (), puis le traité de Tordesillas (), textes fondateurs dans l’histoire du colonialisme, formalisent explicitement le fait que les Européens s’attribuent le pouvoir de diviser le reste du monde en « sphères d’influence » et d’en coloniser les territoires, considérés comme terrae nullius, sans se soucier du consentement d’éventuels peuples autochtones.
Les Açores sont inhabitées à leur découverte.. Le premier peuplement humain connu est d'origine européenne. Aux Açores, à l'époque, le terme « açores » semble désigner un oiseau courant, peut-être importé, la buse variable (Buteo buteo). L'adjectif latin tardif, azureus (azuré) (donc bleu), tiré du mot d'origine arabe azur (azur en gallégo-portugais médiéval), paraît une origine plus probable.
L'esclavage de type colonial apparaît au milieu du , lorsque les Portugais, sous la direction d'Henri le Navigateur, capturent ou achètent des captifs africains pour les déporter vers leurs colonies de Madère et du Cap-Vert. La traite atlantique débute en 1441 par la déportation de captifs africains vers la péninsule Ibérique pendant plusieurs décenniesGomes Eanes De Zurara, Chronique de Guinée, éd. IFAN, Dakar, 1960. La première vente de captifs noirs razziés des côtes atlantiques a lieu en 1444, dans la ville portugaise de LagosGomes Eanes de Zurara, Chronique de Guinée, éd. IFAN-Dakar, 1960, chap. XXIV & XXV. En 1455, le pape autorise le roi du Portugal à soumettre les populations musulmanes d'Afrique, à la suite des conquêtes de l'Empire ottoman qui ferment à l'Occident l'accès à l'Asie. L'esclavage passe par les îles atlantiques ..
Les territoires d'outre-mer portugais sont soumis à la juridiction spirituelle de l'ordre du Christ (« Ordem de Cristo », 1319-1910) : d'abord depuis le siège de Tomar, puis de l'évêché de Funchal dès sa création (1514), puis de l'évêché de São Miguel (1533), avec diocèse d'Angra (et des Îles des Açores) (1534, Angra do Heroísmo) : foi populaire, culte du Saint-Esprit, croyances mystiques et millénaristes, dont témoigne par exemple le pèlerinage des Medeiros à São Miguel.
Alvise Cadamosto (1432-1488), Navigatio ad terras ignotas (1507-1508, en vénitien), devenu célèbre en traduction latine Novus orbis regionum ac insularum veteribus incognitarum (1532) Giovanni Battista Ramusio (1485-1557), Description de l'Afrique Léon l'Africain (1494-1554 ?), Description de l'Afrique (vers 1530)
La Graciosa est peuplée un peu avant 1510, sous la direction de et .
L'administration territoriale de l'empire colonial portugais se fait sous forme de capitainerie, avec contrôle des terres, collecte des taxes (dont 10 % reviennent au responsable), monopole des moulins, du commerce du sel et des fours à pain.