De nouvelles espèces vivantes sont régulièrement définies chaque année. L'apparition d'une nouvelle espèce dans la nomenclature peut se faire de trois manières principales : découverte dans la nature d'une espèce totalement différente de ce qui est connu jusqu'alors, nouvelle interprétation d'une espèce connue qui s'avère en réalité être composée de plusieurs espèces proches mais cependant bien distinctes. Ce mode d'apparition d'espèce est en augmentation depuis qu'il est possible d'analyser très finement le génome par des méthodes d'étude et de comparaison des ADN, ces méthodes aboutissant par ailleurs à des remaniements de la classification par une meilleure compréhension de la parenté des taxons (phylogénie). Pour ce type de création de nouvelles espèces, deux circonstances sont possibles : soit une sous-espèce déjà définie est élevée au statut d'espèce, auquel cas le nom, l'auteur et la date sont conservés, soit il est nécessaire de donner un nouveau nom à une partie de la population de l'ancienne espèce, découverte d'une nouvelle espèce par l'étude plus approfondie des spécimens conservés dans les musées et les collections.
Ces trois circonstances ont en commun d'être soumises au problème du nombre de spécialistes mondiaux compétents capables de reconnaître le caractère nouveau d'un spécimen. C'est une des raisons pour lesquelles le nombre d'espèces nouvelles chaque année, dans une catégorie taxinomique donnée, est à peu près constant.
Pour bien préciser le nom complet d'une espèce, le (ou les) auteur(s) de la description doivent être indiqués à la suite du nom scientifique, ainsi que l'année de parution dans la publication scientifique. Le nom donné dans la description initiale d'une espèce est appelé le basionyme. Ce nom peut être amené à changer par la suite pour différentes raisons.
Dans la mesure du possible, ce sont les noms actuellement valides qui sont indiqués, ainsi que les découvreurs, les pays d'origine et les publications dans lesquelles les descriptions ont été faites.
2006 Espèces vivantes décrites en 2006 Marsupiaux Philander deltae Lew, Pérez-Hernandez et Ventura, 2006 Marsupial didelphidé découvert dans le delta de l'Orénoque au VenezuelaJournal of Mammalogy, 87 (2) : 224-237.. Philander mondolfii Lew, Pérez-Hernandez et Ventura, 2006 Marsupial didelphidé découvert au Venezuela et en Colombie.
Afrosoricidés Microgale jobihely Goodman, Raxworthy, Maminirina et Olson, 2006 Tenrécidé découvert à MadagascarJournal of Zoology 270 (2) : 384-398 (octobre 2006)..
Chauves-souris Hipposideros khasiana Thabah, Rossiter, Kingston, Zhang, Parsons, Mya Mya, Zubaid et Jones, 2006 Chiroptère hipposidéridé découvert en IndeBiological Journal of the Linnean Society 88 : 119-130.. Hipposideros khaokhouayensis Guillén-Servent et Francis, 2006 Hipposidéridé découvert au LaosA new species of bat in the Hipposideros bicolor group (Chiroptera : Hipposideridae) from central Laos, with evidence of convergent evolution with sundaic taxa, Acta Chiropterologica 8 (1) : 39-61.. Thyroptera devivoi Gregorin, Gonçalves, Lim et Engstrom, 2006 Thyroptéridé découvert en GuyanaJournal of Mammalogy 87 (2) : 238-246.. Harpiola isodon Kuo, Fang, Csorba et Lee, 2006 Vespertilionidé découvert à Taïwan The definition of Harpiola (Vespertilionidae : Murininae) and the description of a new species from Taiwan, Acta Chiropterologica 8 (1) : 11-19.. Scotophilus marovaza Goodman, Ratrimomanarivo et Randrianandrianina, 2006 Vespertilionidé découvert à MadagascarA new species of Scotophilus (Chiroptera : Vespertilionidae) from western Madagascar, Acta Chiropterologica 8 (1) : 21-37.. Plecotus strelkovi Spitzenberger in Spitzenberger et al., 2006 Vespertilionidé découvert en Asie centraleZoologica Scripta 35 : 187-230 (2006).. Eptesicus taddeii Miranda, Bernardi et Passos, 2006 Vespertilionidé découvert au BrésilA new species of Eptesicus (Mammalia: Chiroptera: Vespertilionidae) from the Atlantic Forest, Brazil, Zootaxa 1383 : 57-68 (2006).. Pipistrellus raceyi Bates, Bates, Ratrimomanarivo, Harrison et Goodman, 2006 Vespertilionidé découvert à MadagascarActa Chiropterologica 8 (2) : 325-359.. Carollia benkeithi Solari et Baker, 2006 Phyllostomidé découvert au Pérou<ref>Mitochondrial DNA sequence, karyotypic and morphological variations in the Corollia castanea species group complex (Chiroptera Phyllostomidae), with description of a new species, Occasional Papers, The Museum of Texas Tech University, 254 : 1-16.</ref>.Emballonura tiavato Goodman, Cardiff, Ranivo, Russel et Yoder, 2006 Emballonuridé découvert à MadagascarA new species of Emballonura (Chiroptera : Emballonuridae) from the dry regions of Madagascar, American Museum Novitates 3538 (1) : 1-24 (octobre 2006)..Myzopoda schliemanni Goodman, Rakotondraparany et Kofoky, 2006 Myzopodidé découvert dans l'ouest de MadagascarThe description of a new species of Myzopoda (Myzopodidae: Chiroptera) from western Madagascar, Mammalian Biology (18 octobre 2006).
PrimatesTarsius lariang Merker et Groves, 2006 Découvert aux Sulawesi (Indonésie) Tarsius lariang : a new primate species from western central Sulawesi, International Journal of Primatology, 27 (2) : 465-485..Microcebus jollyae Louis, Coles, Andriantompohavana, Sommer, Engberg, Zaonarivelo, Mayor et Brenneman, 2006 Lémurien cheirogaléidé découvert à Madagascar. L'épithète spécifique honore Allison Jolly, primatologue de l'Université de PrincetonRevision of the Mouse Lemurs (Microcebus) of eastern Madagascar, International Journal of Primatology, 27 (2) : 347-389..Microcebus mittermeieri Louis, Coles, Andriantompohavana, Sommer, Engberg, Zaonarivelo, Mayor et Brenneman, 2006 Découvert à Madagascar. L'épithète spécifique honore Russel A. Mittermeier, président de Conservation International .Microcebus simmonsi Louis, Coles, Andriantompohavana, Sommer, Engberg, Zaonarivelo, Mayor et Brenneman, 2006 Découvert à Madagascar. L'épithète spécifique honore Lee Simmons, directeur du zoo Omaha Henry Doorly, dans le Nebraska.Microcebus mamiratra Andriantompohavana, Zaonarivelo, Engberg, Randriamampionona, McGuire, Shore, Rakotonomenjanahary, Brenneman et Louis, 2006 Découvert dans l'île de Nosy Be, à MadagascarMouse Lemurs of northwestern Madagascar with a description of a new species at Lokobe Special Reserve, Occasional Papers, Museum of Texas Tech University, 259 (4 août 2006)..Lepilemur aeeclis Andriaholinirina, Fausser, Roos, Zinner, Thalmann, Rabarivola, Ravoarimanana, Ganzhom, Meier, Hilgartner, Walter, Zaromody, Langer, Hahn, Zimmermann, Radespiel, Craul, Tomiuk, Tattersall et Rumpler, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar. Lepilemur randrianasoli Andriaholinirina, Fausser, Roos, Zinner, Thalmann, Rabarivola, Ravoarimanana, Ganzhom, Meier, Hilgartner, Walter, Zaromody, Langer, Hahn, Zimmermann, Radespiel, Craul, Tomiuk, Tattersall et Rumpler, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar.Lepilemur sahamalazensis Andriaholinirina, Fausser, Roos, Zinner, Thalmann, Rabarivola, Ravoarimanana, Ganzhom, Meier, Hilgartner, Walter, Zaromody, Langer, Hahn, Zimmermann, Radespiel, Craul, Tomiuk, Tattersall et Rumpler, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar.Lepilemur ahmansoni Louis, Engberg, Lei, Geng, Sommer, Randriamampionona, Randriamanana, Zaonarivelo, Andriantompohavana, Randria, Ramaromilanto, Rakotoarisoa, Rooney et Brenneman, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar.Lepilemur betsileo Louis, Engberg, Lei, Geng, Sommer, Randriamampionona, Randriamanana, Zaonarivelo, Andriantompohavana, Randria, Ramaromilanto, Rakotoarisoa, Rooney et Brenneman, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar.Lepilemur fleuretae Louis, Engberg, Lei, Geng, Sommer, Randriamampionona, Randriamanana, Zaonarivelo, Andriantompohavana, Randria, Ramaromilanto, Rakotoarisoa, Rooney et Brenneman, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar. Lepilemur grewcocki Louis, Engberg, Lei, Geng, Sommer, Randriamampionona, Randriamanana, Zaonarivelo, Andriantompohavana, Randria, Ramaromilanto, Rakotoarisoa, Rooney et Brenneman, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar. Lepilemur hubbardi Louis, Engberg, Lei, Geng, Sommer, Randriamampionona, Randriamanana, Zaonarivelo, Andriantompohavana, Randria, Ramaromilanto, Rakotoarisoa, Rooney et Brenneman, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar.Lepilemur jamesi Louis, Engberg, Lei, Geng, Sommer, Randriamampionona, Randriamanana, Zaonarivelo, Andriantompohavana, Randria, Ramaromilanto, Rakotoarisoa, Rooney et Brenneman, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar.Lepilemur milanoii Louis, Engberg, Lei, Geng, Sommer, Randriamampionona, Randriamanana, Zaonarivelo, Andriantompohavana, Randria, Ramaromilanto, Rakotoarisoa, Rooney et Brenneman, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar.Lepilemur petteri Louis, Engberg, Lei, Geng, Sommer, Randriamampionona, Randriamanana, Zaonarivelo, Andriantompohavana, Randria, Ramaromilanto, Rakotoarisoa, Rooney et Brenneman, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar.Lepilemur seali Louis, Engberg, Lei, Geng, Sommer, Randriamampionona, Randriamanana, Zaonarivelo, Andriantompohavana, Randria, Ramaromilanto, Rakotoarisoa, Rooney et Brenneman, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar.Lepilemur tymerlachsoni Louis, Engberg, Lei, Geng, Sommer, Randriamampionona, Randriamanana, Zaonarivelo, Andriantompohavana, Randria, Ramaromilanto, Rakotoarisoa, Rooney et Brenneman, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar.Lepilemur wrighti Louis, Engberg, Lei, Geng, Sommer, Randriamampionona, Randriamanana, Zaonarivelo, Andriantompohavana, Randria, Ramaromilanto, Rakotoarisoa, Rooney et Brenneman, 2006 Lémurien lépilémuridé découvert à Madagascar.Avahi peyrierasi Zaramody et al., 2006 Indridé découvert à Madagascar.Cebus queirozi Mendes Pontes et Malta, 2006 Primate cébidé découvert près de Recife, au Brésil. Certains spécialistes considèrent que cette espèce serait la même que celle autrefois décrite et dessinée par Schreber sous le nom de Simia flavia, espèce jamais revue depuis. Seuls 32 spécimens ayant été observés, les auteurs de la description de la nouvelle espèce ont fait le choix de ne pas prélever de spécimensZootaxa, 2006.
RongeursHeteromys nubicolens Anderson et Timm, 2006 Rongeur hétéromyidé découvert au Costa RicaA new montane species of spiny pocket mouse (Rodentia : Heteromyidae : Heteromys) from northwestern Costa Rica, American Museum Novitates, 3509 : 1-38 (16 mars 2006)..Tonkinomys daovantieni Musser, Lunde et Truong Son, 2006 Muridé découvert au VietnamGuy G. Musser, Darrin P. Lunde, Nguyen Truong Son, Description of a new genus and species of rodent (Murinae, Muridae, Rodentia) from the Tower Karst region of northeastern Vietnam, American Museum Novitates, 3517 : 1-41 (2006)..Apomys camiguinensis Heaney et Tabaranza, 2006 Rongeur Muridé découvert dans l'île de Camiguin aux Philippines.Mus (Mus) cypriacus Cucchi, Orth, Auffray, Renaud, Fabre, Catalan, Hadjisterkotis, Bonhomme et Vigne, 2006 Muridé découvert à ChypreZootaxa 1241 : 1-36 (23 juin 2006)..Tokudaia tokunoshimensis Endo et Tsuchiya, 2006 Rongeur muridé découvert dans l'île de Tokunoshima (îles Ryukyu, Japon) A new species of Ryukyu spiny rat, Tokudaia (Muridae : Rodentia), from Tokunoshima Island, Kagoshima Prefecture, Japan, Mammal Study 31 (1) : 47-57..Isothrix barbarabrownae Patterson et Velazco, 2006 Échimyidé découvert en 1999 dans le sud du PérouA distinctive new cloud-forest rodent (Hystrichognathi: Echimyidae) from the Manu Biosphere Reserve, Peru, Mastozoologia Neotropical 13 (2) : 175-191 (2006)..
Espèces fossiles et subfossiles (2006) DocodontesCastorocauda lutrasimilis Ji & al., 2006 Docodontidé. SymmétrodontesAkidolestes cifellii Li et Luo, 2006 Spalacotheriidé du Crétacé de la province du Liaoning en Chine. L'épithète spécifique honore le paléontologue Richard L. Cifelli. VolaticotheriaVolaticotherium antiquum Meng, Hu, Wang (Y.), Wang (X.) et Li, 2006