Le TER Pays de la Loire, ou Aléop en TER depuis 2019, est l'ensemble de lignes TER qui couvre la région administrative des Pays de la Loire. Il représente quatre-cent-vingt circulations de trains par jour de pleine semaine, totalisant train-km. Des lignes routières organisées par le Conseil régional des Pays de la Loire ainsi que des lignes d'autocars TER complètent l'offre ferroviaire. Elles représentent environ cent-vingt circulations d'autocars ou véhicule-km par jour de pleine semaine. Cent-vingt-trois gares sont ouvertes à la disposition des voyageurs, auxquelles s'ajoutent cent-dix-sept points d'arrêt routiers..
Les Pays de la Loire sont autorité organisatrice de transports depuis 1998. Le budget de la région consacré aux transports collectifs régionaux et aux infrastructures ferroviaires était de en 2008, soit 16,8 % du budget global.
Histoire Le transport régional avant la décentralisation
En 1960, le trafic régional et local est assuré surtout par les trains omnibus, qui incluent les trains directs ou semi-directs. Dans l'actuelle région Pays de la Loire, ce trafic est alors moyennement développé et comporte généralement trois à cinq aller-retours quotidiens par ligne. Une densité de trafic supérieure avec six à neuf aller-retours est constatée sur l'axe Paris - Nantes, entre Connerré - Beillé, Le Mans et Sablé ainsi qu'entre Angers et La Possonnière. Dans ce dernier cas, l'explication est le tronc commun de deux lignes, à l'instar des deux sections de la transversale Redon - Bordeaux présentant également une densité de l'offre supérieure. Il s'agit de Nantes - Clisson et de Nantes - Savenay. Mais la même transversale ne conserve qu'une desserte omnibus résiduelle de deux aller-retours par jour entre La Roche-sur-Yon et La Rochelle. Six lignes de moindre importance ont également une desserte de ce modeste niveau, à savoir La Roche-sur-Yon - Commequiers, La Flèche - Saumur, Cholet - Bressuire, Saumur - Thouars, Cholet - Clisson et Bressuire - La Roche-sur-Yon. Seules les trois dernières subsistent à ce jour (2012). Deux lignes ne sont desservies que par un unique aller-retour par jour, à savoir Pont-Château - Montoir-de-Bretagne et Château-du-Loir - Saumur. Elles aussi ont été fermées458..
Dans un contexte de motorisation individuelle galopante et d'investissements limités dans les transports en commun, le « contrat de programme » État - SNCF d' vise, entre autres, à décharger la SNCF des services déficitaires sans mettre officiellement en question l'obligation de service public. Moyennant, notamment, le transfert de services omnibus sur la route, la suppression de lignes déficitaires parcourues uniquement par des omnibus et la réorganisation des services subsistants, l'équilibre budgétaire de la SNCF devra ainsi être atteint de nouveau en 1974. Un programme de fermeture portant à l'origine sur de relations omnibus est élaboré. Bientôt, l'objectif sera porté à , mais nombre de fermetures ne seront finalement pas mises en œuvre ou le seront beaucoup plus tard, jusque dans les années 1990. Finalement, entre et de lignes seront fermées au service voyageurs, le plus souvent avec substitution par un service d'autocar sous la responsabilité de la SNCF. Dans l'actuelle région Pays de la Loire, ces fermetures concernent : La Flèche - Vivy (), Niort - Fontenay-le-Comte (), et Velluire - Fontenay-le-Comte () au ; La Roche-sur-Yon - Commequiers () au ; et Château-du-Loir - Saumur () au .
Le conventionnement du transport régional de voyageurs avant la naissance du TER vignette|Fréquence des dessertes au moment de l'instauration des SRT, trains équivalents aux TER et Intercités.
La SNCF n'ayant pu atteindre l'équilibre financier à la fin de l'exercice 1973, le ministère des Finances fixe l'objectif de reporter les services omnibus sur de voies ferrées sur la route, chiffre bientôt porté à . Quand Jacques Chirac devient Premier ministre le , il décrète rapidement l'arrêt des transferts sur route autoritaires et propose d'attendre tout d'abord l'élaboration des premiers schémas régionaux de transport (SRT) décidée le . Six régions sont choisies comme régions pilotes, dont les Pays de la Loire font partie. Ensuite le principe est progressivement étendu sur toutes les régions jusqu'en 1977. Les régions vont se voir confier l'organisation des dessertes omnibus, avec l'idée sous-jacente qu'elles fermeront des lignes rurales, pour utiliser les économies réalisées pour l'amélioration des dessertes déclarées d'intérêt régional par le SRT. Le but global est l'amélioration des transports collectifs sans coûts supplémentaires pour la collectivité. Les Pays de la Loire entameront l'élaboration de leur SRT en 1975, soit avec un an de retard 150-152., les élus hésitant à s'engager dans une voie les amenant à prendre des responsabilités pour des dessertes SNCF. L'élaboration du SRT s'avère laborieuse168-170..
Sans attendre l'achèvement du SRT, une opération de réorganisation des dessertes est menée autour de Cholet à partir de 1975, dans le but d'améliorer son accès aux centres régionaux que sont Nantes et Angers. Depuis le , la ligne de Clisson à Cholet est privée de son service omnibus ; à l'instar des lignes voisines de Cholet à Bressuire et de Bressuire à Parthenay, elle n'est plus parcourue que par l'autorail express Nantes - Limoges et retour. Cet express est assuré par un X 2400 dont le niveau de confort est peu compatible avec une liaison aussi longue. En dépit des bonnes correspondances assurées, la rame n'est occupée que par trente-huit voyageurs en moyenne, dont quinze seulement font le trajet de bout en bout. Le trafic marchandises étant devenu négligeable, cet unique aller-retour voyageurs supporte la quasi-totalité des frais d'infrastructure selon la comptabilité SNCF de l'époque, et engendre un déficit annuel de . La SNCF souhaite supprimer ce service, mais préfère se concerter avec la Chambre de commerce et la municipalité de Cholet. Au bout de longues et difficiles négociations, les instances obtiennent de la SNCF deux aller-retours et demi Angers - Cholet supplémentaires, ainsi que deux aller-retours directs Nantes - Cholet. En échange, l'autorail express Nantes - Limoges est reporté sur la route entre Nantes et Poitiers, avec un allongement du temps de parcours d'une demi-heure. Ces modifications prennent effet le (sauf la fermeture Parthenay - Neuville-de-Poitou, différée par la région Poitou-Charentes jusqu'au ). La SNCF ne demande pas de financement pour le renforcement de la desserte Angers - Cholet. Par contre, pour la desserte Nantes - Cholet, elle obtient des subventions à concurrence de 50 % des déficits encourus, de la part de la DATAR - pour une période d'essai à titre d'expérimentation - et du Conseil régional des Pays de la Loire. Bien que ces subventions soient motivées par un encouragement des transports en commun, leur justification interne est le retard dans la construction d'une voie rapide entre les deux villes concernées, et le chemin de fer n'est vu que comme solution provisoire. Au bout de deux ans, la Région décide quand même de doubler la desserte par train Nantes - Cholet, qui passe ainsi à quatre aller-retours, et de supprimer la desserte parallèle par autocars SNCF 168-170 et 180..
Pour l'élaboration du SRT, la procédure demande la création d'une commission mixte composée d'élus, de membres de la mission régionale préfectorale, de l'Oréam Nantes / Saint-Nazaire et de la direction régionale de l'Équipement, ainsi que de représentants des transporteurs. Les réunions commencent par l'exploitation des statistiques de trafic routier et ferroviaire pour réaliser une analyse de la demande. Ensuite les services omnibus de la SNCF sont examinés. Ainsi la commission procède à un diagnostic de la situation qui débouche, comme prévu, sur des propositions de réorganisation de certaines dessertes et de transferts sur route d'autres dessertes. Les membres de la commission hésitent toutefois à proposer les fermetures de lignes, les réactions hostiles à la suppression de l'express Nantes - Limoges les incitant à être prudents. L'État s'impatiente, rappelle le délai ultime d' pour bénéficier du décret, et menace de fermer des lignes d'office en l'absence de mesures prises par la Région. Mais malgré cet ultimatum, l'opposition de la Vendée est si vive, avec par exemple une campagne de presse d'envergure, que le projet de fermeture de la ligne de La Roche-sur-Yon à Saumur est finalement abandonné. Le transfert sur route des omnibus de la ligne de La Roche-sur-Yon à La Rochelle est décidé en faveur d'une amélioration de la desserte par autocars de Fontenay-le-Comte. En outre, la desserte de l'axe Nantes - Saint-Nazaire - Le Croisic est envisagée. Avec ces concessions, le SRT est adopté le 168-170 et 178..
Ensuite, l'État ayant été déçu par les SRT et le peu de fermetures enclenchées, le nouveau contrat d'entreprise entre État et SNCF de donne à la SNCF les moyens de décider d'elle-même de la fermeture de lignes. C'est ce qu'elle s'apprête à faire avec la ligne de La Roche-sur-Yon à Thouars, tout juste sauvée, et la ligne de Nantes à Châteaubriant (), où les trains sont occupés que par trente-quatre personnes en moyenne. Bien que cette valeur dépasse celle des autres dessertes omnibus supprimées en 1980 (vingt-trois au total), la Région donne son aval après consultation par la SNCF. En effet, elle craint que l'État ne la sanctionne en suspendant le versement des économies en vertu du décret de 1973 et du SRT. Il est vrai aussi que les dépenses dépassent huit fois les recettes et que le déficit est de . En revanche, la Région refuse la fermeture de La Roche - Thouars ; bien que la SNCF ne soit pas obligée de lui demander son accord, la Région sait qu'avec la fermeture de Thouars - Niort, la société nationale n'osera pas fermer une deuxième ligne dans la même zone. Les lignes Nantes - Châteaubriant et Thouars - Niort sont fermées le 187-195..