La guerre de Croatie est un élément marquant de la dislocation de la Yougoslavie qui scelle l'effondrement de la république fédérative socialiste de Yougoslavie. Elle s'est déroulée du au . Elle oppose la Croatie, qui a proclamé son indépendance le à l'Armée populaire yougoslave (JNA) y compris la marine militaire yougoslave (JRM) sous le contrôle du gouvernement fédéral de Belgrade. Ce dernier ne contrôlait plus, à ce moment, que la Serbie, le Monténégro et des Serbes de Bosnie-Herzégovine et de Croatie : selon son point de vue, la république socialiste de Croatie avait « fait sécession » tandis que du point de vue croate, il s'agit d'une guerre d'indépendance, également désignée par les expressions guerre patriotique () ou agression de la Grande Serbie.». Dans les sources serbes, on parle de guerre en Croatie ()..
Au début, la guerre oppose des civils : les forces de police croates et des milices serbes vivant dans la république socialiste de Croatie, qui veulent rester au sein de la Yougoslavie. Comme la JNA est de moins en moins communiste et fédérale, et de plus en plus nationaliste serbe, de nombreuses unités de cette dernière assistent les milices serbes combattant en Croatie..
Puis la JNA tente de mettre fin à la sécession de la Croatie en envahissant son territoire tandis que la JRM bloque les côtes et mine certains chenaux ou portsKadijević 1993, Bjelajac, Žunec, Boduszynski, Draschtak, Graovac, Kent, Malli, Pavlović, Vuić 2009, . L'échec de ce projet pousse les forces serbes à conquérir en Croatie le maximum de territoires ayant une majorité ou une forte minorité serbe et à y établir la république serbe de Krajina (RSK). Ceci, joint à la fondation d'une entité similaire en Bosnie-Herzégovine, sera interprété par les Croates et les Bosniaques comme une volonté de créer une « Grande Serbie » à leur détriment. En 2007, le Tribunal pénal international pour l'ex-Yougoslavie (TPIY) condamnera Milan Martić, un des dirigeants serbes en Croatie, pour ses liens avec Slobodan Milošević en vue de créer un « État serbe unifié ».. À la fin de l'année 1991, la majeure partie de la Croatie est touchée par la guerre, avec de nombreuses villes et villages lourdement endommagés par les combats et le reste faisant face à l'afflux de centaines de milliers de réfugiés. Les indépendantistes croates cherchent des appuis en Europe où nombre d'entre eux ont émigré notamment en Allemagne qui compte déjà des minorités slovène, croate, bosniaque ou encore serbe, datant de l'ex RDA.
A la fin de l'année 1991 un accord est trouvé à Bruxelles entre les ministres des affaires étrangères des Douze Etats Membres de la Communauté Economique Européene (CEE) :
Les anciennes républiques yougoslaves qui souhaitent voir leur indépendance reconnue, doivent démontrer respecter leurs frontières administratives préexistantes (uti possidetis juris), et doivent organiser un référendum recueillant une majorité claire des voix mais doivent également offrir des garanties suffisantes pour la protection des minorités sur leur territoire. Si la Slovénie remplit ces deux critères, en Croatie, la protection de la population serbe est alors jugée insuffisante. Les républiques auront néanmoins jusqu'au pour demander à être reconnues, si elles remplissent les critères exigés par la CEE, comme le respect des Droits de l'Homme ou des droits des Minorités. Si tel est le cas, leur reconnaissance sera automatique.
L’Allemagne reconnaît ainsi avant les autres Etats Membres de la CEE la Croatie comme État indépendant aux côtés de la Slovénie le .
En , un cessez-le-feu est conclu et la Croatie est reconnue par le reste de la communauté internationale. Les lignes de front se stabilisent, la Force de protection des Nations unies (UNPROFOR) est déployée et les combats n'éclateront plus que de façon sporadiques les trois années suivantes. La RSK contrôle alors carrés, c'est-à-dire un quart de la Croatie.
En 1995, la Croatie lance deux offensives majeures, les opérations Éclair et Tempête, qui lui permettent de reconquérir les territoires qui ne sont pas sous son contrôle, mettant ainsi fin à la guerre en sa faveur.
L'Administration transitoire des Nations unies pour la Slavonie orientale, la Baranja et le Srem occidental (UNTAES) est pacifiquement réintégrée au sein de la Croatie en 1998.
Au sujet des crimes de guerre commis par les Croates pendant cette offensive, la cour d'appel du TPIY, le , jugera non coupables de toutes les charges pesant contre les généraux croates Ante Gotovina et , cassant ainsi le verdict de première instance selon lequel ils auraient fait partie d'un groupe militaire et politique croate dont l'objectif aurait été d'expulser les Serbes de Krajina hors de Croatie en .
Cependant, la plus grande partie de la Croatie est dévastée, avec un quart de son économie détruite, et l'ONU estime les dégâts à environ de dollars. Le nombre de morts est estimé à pour les deux camps et il y a eu des réfugiés de chaque côté, les Croates principalement au début de la guerre et les Serbes vers la fin. Depuis lors, la Serbie et la Croatie se sont réconciliées en partie, mais les blessures de la guerre persistent.
Contexte
Montée des nationalismes en Yougoslavie gauche|vignette| La guerre en Croatie est le résultat de la montée des nationalismes, qui mène à la dislocation de la république fédérative socialiste de Yougoslavie dès la mort de son charismatique, non aligné mais autoritaire, Josip Broz dit Tito (1892 -1980). La crise s'aggrave avec l'effondrement du Bloc de l'Est à la fin de la guerre froide, symbolisé par la chute du mur de Berlin en 1989. En Yougoslavie, le parti communiste, officiellement appelé ligue des communistes de Yougoslavie perd sa base idéologique.
Dans les années 1980, les mouvements sécessionnistes albanais au Kosovo et en Serbie entraînent la répression de la majorité albanaise dans les provinces du sud de la Serbie. Les républiques socialistes de Slovénie et de Croatie, plus prospères, aspirent à une plus large décentralisation et à la démocratisation. La Serbie, dirigée par Slobodan Milošević, reste attachée à la centralisation et au pouvoir d'un parti unique, le parti communiste yougoslave. Milošević met d'ailleurs fin à l'autonomie du Kosovo et de la Voïvodine...
Comme la Slovénie et la Croatie tentent d'obtenir une plus large autonomie au sein de la fédération, sous la forme d'une confédération ou d'une indépendance complète, les idées nationalistes commencent à se développer au sein des cercles communistes dirigeants. L'accession au pouvoir de Milošević s'asseoit sur des discours en faveur d'une Yougoslavie unifiée où tous les pouvoirs seraient centralisés à Belgrade. Lors de la commémoration du anniversaire de la bataille de Kosovo Polje le , il avance que si les « batailles et les querelles » actuelles sont pacifiques, la possibilité qu'elles deviennent violentes n'est pas exclue. La situation politique s'aggrave lorsque le futur président du parti radical serbe, Vojislav Šešelj, visite les États-Unis en 1989 et reçoit le titre honorifique de voïvode (duc) des mains de Momčilo Đujić, un chef des Chetniks de la Seconde Guerre mondiale au cours d'une commémoration de la bataille de Kosovo Polje. Des années plus tard, le chef des Serbes de Croatie, Milan Babić, assure que Momčilo Đujić a financièrement soutenu les Serbes de Croatie dans les années 1990..
En , la crise redouble d'intensité après l'adoption d'amendements à la constitution serbe, qui permettent au gouvernement serbe de reprendre le contrôle total des provinces autonomes du Kosovo et de Voïvodine. Jusqu'à présent, certaines décisions politiques sont prises au sein de ces provinces et elles disposent du droit de vote à l'élection du président de la république fédérative socialiste de Yougoslavie (six voix pour les différentes républiques et deux pour les régions autonomes). La Serbie, gouvernée par Slobodan Milošević obtient trois des huit voix et la quatrième est celle du Monténégro dont le gouvernement a échappé à un coup d'État en mais est tombé en . Une fois acquis le contrôle par la Serbie de quatre des huit votes fédéraux, elle est en mesure de bloquer les décisions n'allant pas dans son sens et rend le système administratif inefficace. Cette situation énerve les autres républiques (Slovénie, Croatie, Bosnie-Herzégovine et Macédoine) qui appellent à une réforme de la fédération yougoslave.
Changements électoraux et constitutionnels
L'affaiblissement du régime communiste permet aux divers nationalismes de renforcer leur influence politique y compris au sein de la ligue des communistes de Yougoslavie. En 1989, les partis politiques sont autorisés et beaucoup sont créés dont l'Union démocratique croate () (HDZ), menée par Franjo Tuđman, qui deviendra par la suite le premier président de la république de Croatie. Tuđman réalise des visites à l'étranger à la fin des années 1980 pour gagner le soutien de la diaspora croate.
En , la ligue des communistes se divise sur la question des républiques autonomes. Au cours du congrès extraordinaire de la ligue des communistes de Yougoslavie, le , les différentes délégations ne peuvent s'accorder sur les principaux problèmes au sein de la fédération. Les délégations croates et slovènes demandent la mise en place d'une fédération plus souple mais cette idée est rejetée par la délégation serbe menée par Milošević. En conséquence, les délégués croates et slovènes quittent le congrès.
En , fonde le Parti démocrate serbe (SDS) à Knin. Son programme avance que « la division régionale de la Croatie était obsolète » et qu'« elle ne correspondait pas aux intérêts du peuple serbe ». Le parti souhaite un redécoupage des subdivisions pour correspondre à la composition ethnique des zones et revendique le droit des territoires possédant une « composition ethnique spéciale » à devenir autonomes. Ce programme fait écho à la position de Milošević qui veut redessiner les frontières intérieures de la Yougoslavie pour permettre à tous les Serbes de vivre au sein d'un même pays. Les dirigeants les plus influents du SDS sont Milan Babić et Milan Martić qui deviennent des officiels de haut rang au sein de la république serbe de Krajina (RSK). Au cours de son procès, Babić avance qu'il a été la victime de la propagande de Belgrade visant à démontrer que les Serbes de Croatie sont menacés de génocide par la majorité croate. Le , Serbes se rassemblent à Petrova Gora pour soutenir Milošević et s'opposer à Tuđman et aux autres Croates.
Les premières élections libres en Croatie et en Slovénie sont prévues quelques mois plus tard. Le premier tour des élections en Croatie a lieu le et le second le . Le HDZ base sa campagne sur la question d'une plus grande autonomie pour la Croatie en s'opposant à l'idéologie centraliste yougoslave, alimentant le sentiment au sein de la population croate que seul le . Il remporte les élections (suivi par les communistes réformés du Parti social-démocrate de Croatie d'Ivica Račan) et doit mettre en place un nouveau gouvernement croate.
L'atmosphère est électrique en 1990, particulièrement dans la période précédant les élections. Le , un match de football est organisé à Zagreb entre le Dinamo Zagreb et l'Étoile rouge de Belgrade. Le match dégénère en émeute entre les supporters et la police.