La crise timoraise de 2006 débute à la suite d'un conflit entre des éléments des Forces de défense du Timor oriental concernant des évènements de discrimination au sein de l'Armée et menant à une tentative de coup d'État qui entraîne des actes de violence à travers tout le pays, mais surtout centrés autour de la capitale Dili. La crise a nécessité l'intervention de plusieurs forces de diverses nations étrangères et a débouché sur la démission du Premier ministre Mari Alkatiri.
Prémisse Le prétexte à la crise provient d'une gestion interne d'un conflit au sein de Forces de défense du Timor oriental (F-FDTL), lorsque des soldats de la partie occidentale du pays déclarent être discriminés par rapport aux faveurs obtenues par les soldats de la partie orientale. Les LorosaeLorosea est un mot tétoum désignant les orientaux forment la plus grande partie du FALINTILFALINTIL: Forças Armadas da Libertação Nacional de Timor Leste ou Forces de libération nationales du Timor Leste, le mouvement de résistance de type guérilla qui avait résisté aux autorités indonésienne durant la période d'occupation et qui demeure la principale force de la F-FDTL après l'indépendance en 2002. En contraste, la LoromonuLoromou est un mot tétoum désignant les occidentaux représentait une frange moins importante de la résistance et donc moins favorisée dans la hiérarchie militaire. Des tensions existaient aussi entre les forces armées et les forces de police, ces dernières étant surtout composées d'Occidentaux et d'anciens membres des Forces armées indonésiennes.
Le , 404 soldats sur désertent leur caserne et sont rapidement rejoints par 177 soldats supplémentaires le . Malgré un ordre de retour dans leur caserne durant le mois de mars, ceux-ci refusent et sont relevés de leurs fonctions. Ces soldats sont par la suite rejoints par des membres des forces de police initialement sous le contrôle du lieutenant Gastão Salsinha.
Le ministre des Affaires étrangères, José Ramos-HortaJosé Ramos-Horta, homme d'État timorais et prix Nobel de la Paix en 1996, annonce tôt en avril qu'un comité sera mis sur pied pour étudier les plaintes des anciens soldats, mais en insistant sur le fait que les mutins ne seront pas réintroduits dans l'armée à l'exception de cas par cas selon les responsabilités individuelles de chacun durant les évènements.
Des motivations politiques peuvent être derrière cette mutinerie. Les initiateurs ayant déclaré leur loyauté au président Xanana Gusmao qui souhaitait remplacer le Premier ministre et chef du Fretilin, Mari Alkatiri.
Violence thumb|left|300px|Carte de Dili et ses environs.
Le , des anciens soldats et des supports civils, en particulier des jeunes sans emploi, marchent et protestent à travers les rues de Dili. Initialement pacifique, la marche tourne à l'émeute lorsque des soldats se mettent à piller un marché tenu par des personnes issues de l'est du pays. La protestation continue pendant plusieurs jours, jusqu'au alors que les forces du FDTL ouvrent le feu sur la foule. De ces évènements, cinq personnes sont tuées, environ 100 bâtiments sont détruits et autour de résidents quittent la capitale.
Le , le major Alfredo Reinado avec vingt membres de la police militaire sous ses ordres se rangent du côté des rebelles en amenant avec eux deux camions remplis d'armes et de munitions. Après s'être joint aux mutins, Reinado s'installe dans la ville d'Aileu située dans les collines au sud-ouest de Dili. Sur place, ils parviennent à surveiller la route menant aux montagnes.
Suivant ces évènements le , les anciens soldats sous les ordres de Salsinha rédigent une déclaration appelant le président Xanana Gusmão à limoger le Premier ministre Mari Alkatiri et abolir le FDTL dans les 48 heures. Lorsque Gusmão contacte Salsinha à propos de la déclaration tôt dans la journée, Salsinha lui déclare que c'est maintenant trop tard.
Les soldats rebelles prennent position dans la colline surplombant la capitale d'où ils engagent de sporadiques combats avec les forces du FDTL pendant les semaines qui suivent. Une vague de violence frappe aussi Dili où des gangs brûlent des maisons et des véhicules. Des camps pour les civils qui ont quitté la capitale sont établis sur les terrains des églises de la capitale.
Le , un officier de police est tué par une foule de près de personnes entourant le complexe gouvernemental du secrétaire d'État régional dans une ville à l'extérieur de Dili. Le , le Premier ministre Mari Alkatiri décrit comme un coup d'État les violences depuis le et ce, dans le but de bloquer les institutions démocratiques, les empêchant de fonctionner de telle sorte que la seule solution serait la dissolution du Parlement national par le Président... ce qui provoquerait la chute du gouvernement. De plus, le , Alkatiri annonce des négociations entre le gouvernement et les soldats rebelles grâce auxquelles ils vont recevoir une compensation similaire à leur ancien salaire et ainsi subvenir aux besoins de leurs familles.
Les Force de maintien de la paix des Nations unies ayant quitté le Timor oriental le et considérant le départ imminent des forces policières de l' pour le , le délai est repoussé à juin dès le . La décision provenait d'une demande du ministre des Affaires étrangères Ramon-Horta au Haut-Commissariat des Nations unies aux droits de l'homme afin d'enquêter sur les violations des droits humains par les forces de l'ordre telles qu'alléguées par l'ONG Human Rights Watch et par le département d'État des États-Unis. Le , le Premier ministre d'Australie John Howard annonce qu'aucune demande officielle d'assistance n'avait été formulée par le gouvernement timorais, mais que les Forces australiennes était prêtes à fournir de l'aide et que les navires et étaient en direction en vue d'une intervention.
L'escalade des violences se poursuit en mai, lorsqu'un soldat du FDTL est tué et cinq autres blessés lors d'une embuscade le . Dès le lendemain, Ramos-Horta envoie alors une demande officielle pour une assistance militaire aux gouvernements australien, néo-zélandais, malaisien et portugais. Le , les premières forces internationales arrivent, alors que certains soldats renégats s'installent à Dili afin d'engager le combat avec le FDTL et les forces policières au cours desquelles douze personnes perdent la vie. Le jour même, des soldats du FDTL désobéissent au cessez-le-feu et, assurés d'un passage sur surveillance du général Taur Matan Ruak, massacrent une dizaine de policiers non armés et en blessent vingt-sept autres.
Intervention vignette|Un C-17 Globemaster III et son équipage aident les forces de défense australiennes à repositionner leurs forces des îles Salomon vers l'Australie pour mieux soutenir les opérations de paix au Timor oriental. Se met alors en action l'opération Astute, réponse militaire internationale à la crise. Menée par les Forces de défense australienne et commandée par le brigadier de la brigade, elle regroupait les forces de quatre autres pays.
Australie Le Premier ministre australien, John Howard, annonce le que les forces australiennes seront déployées au Timor oriental et que leur composition sera négociée au courant des prochains jours. Initialement, l'Australie offrait entre et effectifs d'infanterie, trois navires de la Royal Australian Navy ( et étant déjà sur place et le ), ainsi que d'autres supports. La première unité envoyée est le bataillon, The Royal Australian Regiment Commando.
Durant l'après-midi du , quatre hélicoptères Black Hawks et un C-130 Hercules atterrissent à l'aéroport de Dili avec les premiers effectifs des forces terrestres australiennes. Dès le , toutes les forces australiennes consacrées arrivent au Timor oriental, soit une journée plus tôt que prévu.
Par un concours de circonstances, le déploiement des forces australiennes au Timor oriental coïncidait avec le retrait de 260 militaires des 400 déjà en place aux îles Salomon. Les 140 restants devant rester en support aux forces néo-zélandaises et fidjiennes. De plus, le ministre de la défense Brendan Nelson annonce que le déploiement ne représente pas une extension des forces disponibles que plusieurs autres ressources demeurent disponibles.
Malaisie La Malaisie prévoyait initialement envoyé 219 parachutistes et commandos. Les soldats provenaient de la brigade de parachutistes du camp Terendak de Malacca, ainsi qu'une unité des forces armées spéciales du camp Mersing de Johor, le tout sous le commandement du colonel Ismeth Nayan Ismail. Ces derniers font finalement partie d'un contingent de 275 militaires et 200 officiers de police mis en disponibilité en vue d'un éventuel déploiement. Le , 333 Malaisiens sont stationnés à Dili.
Deux navires de la Marine royale malaisienne, le et le , transportent les troupes malaisiennes avec leurs véhicules blindés et arrivent à Dili le . Les troupes sont alors formées à quelques rudiments de la langue tétoum afin de pouvoir se décrire comme troupes de maintien de la paix auprès de la population.
À leur arrivée, les forces malaisiennes s'activent à sécuriser les ambassades, les ports, les centrales électriques, les dépôts pétroliers et les hôpitaux timorais. La priorité étant d'assurer la sécurité des enclaves diplomatiques. Malgré la demande du président timorais, Xanana Gusmão, que des troupes malaisiennes soient déployées à la frontière avec l'Indonésie afin d'empêcher la population de quitter le pays, le gouvernement refuse la demande.
Vers la mi-juin, la Malaisie annonce un plan d'envoi de 250 officiers de police au Timor oriental. La Police royale malaisienne avait alors été entraînée conjointement avec la police locale pendant les quatre années précédentes. Selon la Radio Televisyen Malaysia, les 250 policiers supplémentaires devaient quitter pour Dili à la fin juin.
Nouvelle-Zélande Le , la Première ministre Helen Clark réclame plus d'explications quant aux besoins exprimés en support à fournir au gouvernement timorais avant d'impliquer l'envoi de troupes. Elle mentionne « qu'il est très important de ne pas entrer dans ce qui est à certains égards un conflit entre factions et de donner l'impression de prendre parti » et également « qu'il est également important de garder à l'esprit que le Conseil de sécurité mène actuellement des consultations ».
Le , les Néo-zélandais déploient 42 troupes avec un second contingent de 120 troupes en partance dès le lendemain de Christchurch pour Townsville dans le Queensland avant leur départ pour le Timor oriental. Clark mentionne que les troupes seront en poste où nécessaire et sous commandement australien.
Portugal Le ministre des Affaires étrangères du Portugal, Diogo Freitas do Amaral, annonce le déploiement initial de 120 gardes républicains le . Ceux-ci se joignent au groupe de huit officiers de haut niveau du Groupe spécial d'opérations de la Polícia de Segurança Pública. Les forces de l'air portugaises s'occupe alors de l'évacuation de 600 ressortissants portugais résidents au Timor.
Le président de la république, Aníbal Cavaco Silva, et le Premier ministre, José Sócrates, appellent à fin des hostilités. Durant un entretien avec les ministres des Affaires étrangères des pays membres de l'Union européenne, le ministre portugais insiste auprès de ses homologues afin qu'ils condamnent les actes de violences des rebelles.
Nations unies et autres délégations Le , UNOTIL ouvre un camp de réfugiés à l'extérieur de Dili devant accueillir jusqu'à personnes. De plus, avec l'augmentation des violences le , les Nations unies annoncent planifier le retrait de leur personnel présent dans le pays.
Le président exécutif de World Vision International Australie, le révérend , annonce le vouloir se rendre à Dili pour faire une évaluation de la situation et venir en aide aux civils déplacés. Il mentionne également avoir été préoccupé par le décès d'une employé de l'organisation lors des affrontements.
Maintien des violences thumb|Personnes déplacées à l'intérieur du pays.