vignette|278x278px|Armoiries de Messine. Messine est fondée par les Grecs, selon Eusèbe de Césarée en sous le nom de Zancle, qui signifie « faucille » en langue sicule. Toutefois, cette date entre en contradiction avec les écrits de Thucydide qui, sans mentionner l'année de sa fondation, attribuent à la cité des origines chalcidiennes et cuméennes. La fondation de la polis de Cumes, d'où proviennent les œcistes, en 750 av. J.-C. étant par définition antérieure à celle de Zancle, l'inexactitude des faits énoncés par l'historien chrétien apparaît d'autant plus évidente. Conquise par Anaxilas, tyran de Rhêgion, la cité est repeuplée de colons messéniens et reçoit le nom de Messéné. Elle subit les ravages de l'expédition athénienne en Sicile et, lors de la troisième guerre gréco-punique, la cité est détruite et ses habitants massacrés sur ordre d'Himilcon II en représailles de la sanglante bataille de Motyé (397 av. J.-C.).
Les Romains s'emparent de la ville en 264 av. J.-C. et, à la suite de la chute de l'Empire romain d'Occident, elle passe successivement aux mains des Byzantins puis des Arabes. Elle atteindra son apogée sous le règne de Roger II de Sicile et de ses successeurs, jouant un rôle crucial tout au long de l'histoire du royaume de Sicile.
En 1060, le comte le Grand arrache Messine à l'émirat de Sicile, alors en profond déclin. Elle intègre par la suite le royaume de Sicile (qui comprend toute l'Italie méridionale jusqu'en 1283), dont elle devient la deuxième ville, et connaît un développement sans précédent sous les dynasties souabe et angevine. Après les Vêpres siciliennes, Messine renoue avec sa prospérité passée et dispute à Palerme le titre de capitale du royaume de Sicile alors que son port florissant en fait l'une des cités les plus riches et peuplées de la mer Méditerranée. Elle demeure la capitale économique de la Sicile et la deuxième ville du Mezzogiorno italien après Naples pendant de nombreux siècles.
Messine s'embrase en 1674 à l'occasion d'une rébellion face à la couronne d'Espagne et subit en conséquence une cruelle répression. Elle est fortement éprouvée par le tremblement de terre de 1783. À la suite de l'expédition des Mille menée par Garibaldi, elle intègre le royaume d'Italie bien que la citadelle de Messine ne tombe pas avant le 12 mars 1861. En 1908, elle est de nouveau détruite par un terrible séisme avant d'être la cible d'intenses bombardements au cours de la Seconde Guerre mondiale.
Des origines sicules à la cité gréco-sicéliote vignette|Implantation des Sicules, des Sicanes et des Élymes au vignette|261x261px|Buste d'Anaxilas, musée régional de Messine. Le détroit de Messine est mentionné dans l'Odyssée d'Homère qui y situe la tanière des créatures monstrueuses Charybde et Scylla.
Les trouvailles archéologiques attestent de la présence dès l'âge du bronze d'un village sicane sur le port naturel. À partir du , les Sicules, venus de la péninsule italienne, s'implantent en Sicile ; ce sont eux qui confèrent au site le nom de Zancle, désignant dans leur langue la « faucille », en référence à la forme du bras sablonneux de San Raineri qui verrouille le port naturel.
La colonie grecque homonyme est fondée vers 730 av. J.-C., ce qui en fait l'une des plus anciennes implantations helléniques de Sicile. Dans un premier temps, la polis conserve le nom sicule de Zancle. D'après l'historien Thucydide, les œcistes provenaient de la colonie chalcidienne de Cumes (conduits par Périérès), en Grande-Grèce, ainsi que de leur métropole, Chalcis (menés par Cratéménès), sur l'île d'Eubée. Selon le géographe Strabon, ils venaient plutôt de Naxos, première colonie chalcidienne de Sicile. La cité est fondée près de l'extrémité nord-orientale de l'île, emplacement stratégique de première importance face au continent. Peu après, les Chalcidiens fondent une nouvelle colonie sur la rive opposée du détroit, Rhêgion, l'actuelle Reggio de Calabre, leur permettant de maîtriser ce bras de mer séparant les bassins oriental et occidental de la Méditerranée.
En 497 av. J.-C., Hippocrate, tyran de Gela, conquiert les cités de Zancle, Naxos et Léontinoi, où il installe d'autres tyrans à sa solde. Cependant, quelques années plus tard, Anaxilas, tyran de Rhêgion, chasse Hippocrate des lieux grâce au soutien de réfugiés ioniens fuyant la conquête de leurs cités d'origine par les Perses. À cette occasion, une nouvelle vague de colons, principalement des Samiens et des Messéniens, s'installent à Zancle sur invitation d'Anaxilas. Ce dernier, lui même originaire de Messénie et autoproclamé tyran des deux cités du détroit, donne à la cité conquise le nom de Messéné. Malgré cela, la région du détroit passe sous la mainmise de Hiéron de Syracuse et, après la mort d'Anaxilas, ses deux fils sont chassés de leurs cités, permettant à Syracuse d'accroître son emprise sur Messéné.
La population de la cité est alors composée des factions ionienne, messénienne et sicule qui cohabitent de manière relativement pacifique et finissent par se métisser pour former un peuple homogène qui, par la langue comme la culture, peut être défini comme « sicéliote » (dont l'identité est renforcée par le Congrès de Gela en 424 av. J.-C.). Ce processus de fusion des cultures grecque et indigène est commun à toutes les poleis sicéliotes. Sur le plan territorial, Messéné contrôle toute la pointe nord-est de la Sicile : sa chora (emprise urbaine) s'étend sur les rivages tyrrhénien, du cap Peloro au cap Milazzo, et ionien, jusqu'au promontoire Arghennon Akron, en passant par les monts Péloritains à l'intérieur des terres. Sur le littoral et dans les collines, de nombreux villages d'agriculteurs ou de pêcheurs tels que Mylae, Nauloque, Élis ou Phoinix sont pour ainsi dire assujettis à Messéné, qui exploite également d'abondants gisements d'or et d'argent sur le versant ionien des monts Péloritains, près du village de Nisa. Les sommets montagneux, densément boisés, abritent essentiellement des villages de bergers sicules dont le plus important est Mankarru.
En 405 av. J.-C., Denys l'Ancien, tyran de Syracuse, se proclame « archonte de Sicile » et parvient à unifier fermement sous son contrôle la moitié orientale de l'île, à l'est du Salso, dont Messéné représente l'extrémité nord.
En 396 av. J.-C., lors de la troisième guerre sicilienne opposant les poleis gréco-sicéliotes à Carthage, Himilcon II, général carthaginois, afin de prévenir l'arrivée de renforts grecs depuis la péninsule italienne, capture et fait détruire Messéné avant de faire marche vers le sud pour assiéger Syracuse. Lors du siège de la capitale sicéliote, l'armée carthaginoise est décimée par une épidémie, ce qui offre à Denys l'opportunité de lancer une contre-offensive victorieuse, repoussant ce qu'il reste de l'armée d'Himilcon en Afrique. Le tyran syracusain fait ensuite redresser et repeupler la cité de Messéné.
En 344 av. J.-C., après le bannissement de Denys le Jeune, dernier souverain de la dynastie dionysienne, la démocratie est restaurée dans toute la région sous le « buon governo » (bon gouvernement) de Timoléon. Messéné intègre alors la Symmachie, une confédération de cités sicéliotes sur lesquelles Syracuse garde l'ascendant, tout en conservant une certaine autonomie.
Cette stabilité apparente ne perdure que jusqu'en 316 av. J.-C., lorsque Agathocle, par un coup d'État, renverse le régime démocratique des successeurs de Timoléon à Syracuse. De nombreux opposants à cette usurpation du pouvoir trouvent refuge à Messéné, ce qui va inciter le nouveau tyran à conquérir la cité pour écraser l'opposition. Victorieux et désormais maître incontesté de Syracuse et d'une grande partie de l'île, Agathocle constitue le « royaume de Sicile », unifiant sous une seule monarchie toute la Sicile à l'est du Platani ; il soumet également les populations sicules et sicanes établies à l'intérieur des terres. Agathocle, souhaitant poursuivre la politique impérialiste de Denys l'Ancien, est le premier homme à se proclamer « Basileus tes Sikelìas », c'est-à-dire « roi de Sicile ». Le royaume sicéliote d'Agathocle s'étend non seulement sur la moitié orientale de la Sicile jusqu'à Agrigente, mais aussi sur la Calabre méridionale et quelques autres cités grecques plus au nord non encore soumises à Rome. Messéné se trouve ainsi au centre d'un vaste royaume hellénistique qui, bien qu'ayant Syracuse pour capitale, s'étend sur une grande partie de la Sicile et de part et d'autre du détroit en Italie méridionale ; seule l'extrémité occidentale de la Sicile reste aux mains des Carthaginois. En 288 av. J.-C., des mercenaires mamertins, d'origine sabellienne, ayant combattu pour Agathocle, s'installent à Messéné. gauche|vignette|255x255px|Territoires romain, syracusain et carthaginois en 264 av. J.-C. à la veille de la première guerre punique. Après la mort d'Agathocle, les Mamertins, établis à Messéné, lancent des raids et font des excursions dévastatrices sur les territoires de leurs voisins jusqu'à l'intervention des Carthaginois, qui prennent la ville et refoulent les mercenaires en Calabre. Peu après, les Mamertins débarquent à nouveau en Sicile et, après avoir anéanti la garnison carthaginoise stationnée à Messéné, requièrent l'aide des Romains, alors en pleine expansion, ce qui déclenchera de la première guerre punique entre Rome et Carthage.
Messana romaine Livrée à Rome par les Mamertins en 264 av. J.-C., Messéné obtient au sortir de la guerre le statut de civitas libera et foederata (cité libre et alliée, formellement indépendante) qu'elle partage avec Tauromenium (Taormine) et Neaiton. Son nom grec, Messené, est traduit en latin par Messana.
Pendant l'époque républicaine, au , elle est attaquée à de multiples reprises lors de la guerre servile, révélatrice de l'insoumission des peuplades siciliennes à la domination romaine. Cicéron, dans ses discours contre Verrès, la qualifie de civitas maxima et locupletissima (cité très grande et très riche). Messana, dont le port accueille la flotte de César, est assaillie par Pompée en 49 av. J.-C. Par la suite, elle devient l'une des places fortes de Sextus Pompée, qui y inflige une défaite à la flotte d'Octave avant d'être pillée par l'armée de Lépide. Elle devient probablement un municipe par la suite ; de son histoire à l'époque impériale, on ne sait presque rien.
Selon la tradition, saint Paul aurait débarqué sur la côte ionienne de la cité pour y prêcher l'Évangile. En 407, sous le règne de l'empereur Arcadius, Messana, érigée en « proto-métropole » de Sicile et de Grande-Grèce, est exemptée de toute imposition fiscale et dotée d'un étendard figurant une croix d'or sur fond rouge. Après la chute de l'Empire romain d'Occident, la ville connaît de brèves et insignifiantes parenthèses de domination barbare sous les Vandales, les Hérules puis les Ostrogoths, avant d'entrer dans l'orbite de l'Empire byzantin, sous lequel la cité devient un pôle de culture hellénique et est gouvernée par ses propres magistrats appelés « stratigots ».
Messine médiévale vignette|287x287px|Carte de l'Italie en l'an 1000. vignette|209x209px|Abside de l'église Annunziata dei Catalani, érigée au . Malgré sa résistance acharnée, Messine est conquise en 843 par les Arabes, qui l'intègrent dans l'émirat de Sicile. Au cours de cette période, la ville sombre dans un profond déclin. La chute de Rometta, dernier bastion byzantin sur l'île, en 965, achève la conquête musulmane de la Sicile. C'est à cette époque qu'est constituée la Milice Sacrée des Verts (« Sacra Milizia dei Verdi »), chargée de protéger et défendre les institutions chrétiennes de la ville telles que les processions rituelles ou l'onction des malades. La légende raconte que ce sont des nobles messinois qui auraient sollicité l'intervention des Normands contre les Arabes. En 1061, la cité est annexée aux domaines du comte le Grand, initiant la reconquête chrétienne de la Sicile.