Human Metabolome Database (HMDB) est une base de données de métabolites humains de petite taille. Elle a été fondée par Génome Canada Wishart, David S.; Tzur, Dan; Knox, Craig; Eisner, Roman; Guo, An Chi; Young, Nelson; Cheng, Dean; Jewell, Kevin; Arndt, David; Sawhney, Summit; Fung, Chris; Nikolai, Lisa; Lewis, Mike; Coutouly, Marie-Aude; Forsythe, Ian J.; Tang, Peter; Shrivastava, Savita; Jeroncic, Kevin; Stothard, Paul; Amegbey, Godwin; Block, David; Hau, David D.; Wagner, James; Miniaci, Jessica; Clements, Melisa; Gebremedhin, Mulu; Guo, Natalie; Zhang, Ying; Duggan, Gavin E.; Macinnis, Glen D.; Weljie, Alim M.; Dowlatabadi, Reza; Bamforth, Fiona; Clive, Derrick; Greiner, Russ; Li, Liang; Marrie, Tom; Sykes, Brian D.; Vogel, Hans J.; Querengesser, Lori (January 1, 2007). "HMDB: the Human Metabolobe Database". Nucleic Acids Research. 35 (D1): D521–D526. ..
La première version de la base de données a été mise en ligne en janvier 2007. La version 5.0 a été publiée en 2022 Release notes sur le site de l'HMDB (site visité le 7 septembre 2026).
Dans HMDB, une MetaboCard est une fiche descriptive détaillée consacrée à un métabolite unique. Chaque MetaboCard regroupe des centaines de données sur une molécule spécifique présente dans le corps humain. Elle contient des données chimiques (nom, formule, structure moléculaire et propriétés physiques), des données spectrales avec des spectres de référence pour l'analyse en laboratoire comme la RMN ou la spectrométrie de masse, des données biologiques comme le rôle du métabolite dans l'organisme, les voies métaboliques et la localisation dans les tissus ou les fluides et des données cliniques avec des maladies associées et des enzymes ou gènes liés. Elle contient aussi des liens externes vers d'autres bases de données telles que ChemSpider, KEGG ou PubChem.
Voir aussi Métabolome, l'ensemble des métabolites d'un organisme ou une matrice Bovine Metabolome Database, une autre base de données, sur le métabolome des bovins Foroutan A, Fitzsimmons C, Mandal M, et al., The Bovine Metabolome. Metabolites. 2020 Jun 5;10(6):E233. .
Références
Lens externes
Catégorie:Base de données en médecine Catégorie:Métabolite humain