Le virus H5N1 de la grippe aviaire présentait jusqu'en 2004 en Asie un pic de novembre à mars, mais en 2004, une seconde vague de flambées a repris en juillet-août malgré les mesures sanitaires. Moins sévère, cette vague a cependant inquiété les experts, car le virus y acquiert progressivement des caractéristiques éventuellement pré-pandémiques, alors que la volaille est particulièrement difficile à surveiller dans un archipel fragmenté où seraient élevés environ 300 millions de poulets de basse-cour par 30 millions environ de familles. De plus le commerce des poulets ou canetons de 1 jour s'est développé dans le pays.Un variant du virus semble avoir trouvé une nouvelle niche écologique dans ces élevages et devient quasi-endémique en Asie, touchant une surface de plus en plus vaste et augmentant ainsi ses chances de muter, ou se recombiner avec un virus de la grippe saisonnière pour devenir plus contagieux pour l'homme, tout en conservant une forte pathogénicité.

Autre fait inquiétant : en 2006, une souche humaine du virus H5N1 semble diverger de la souche aviaire en Indonésie. La grande majorité des virus humains indonésiens séquencés les 6 premiers mois de 2006 avaient un site de clivage différent sur le gène Ha, de type RERRRKKR (insertion d’un S) que les virologues n'ont trouvé que dans le génome de virus humains récents, et chez un chat, mais jamais chez des virus aviaires, y compris autour des foyers humains. Cette séquence nouvelle n’a pas non plus été trouvé dans aucun des isolat des bases de données (GenBank et Los Alamos) venant d'autres pays. Elle ne semble pas a priori avoir rendu le virus plus dangereux, mais laisse penser que les cas humains du printemps et de l’été 2006 ne sont pas liés à la volaille, ce qui pose question.

L’Indonésie est un des pays où les situations sanitaires et vétérinaires sont jugées les plus préoccupantes en 2006. Ce pays vaste et fragmenté est situé sur d'importantes voies migratoires pour les oiseaux, dont l'une concerne l'Alaska au Nord et l'Australie au Sud. De nombreux cas ont pu être confondus avec le paludisme ou la dengue qui sévissent dans ces régions. Avec un mort tous les deux jours et demi en , l'Indonésie est devenu le pays le plus touché par le H5N1 après le Viêt Nam.

Au , il y avait eu en six mois 32 humains reconnus infectés (depuis ), dont 26 sont morts). Mi 2006, depuis le début de l’épidémie, 50 indonésiens ont été officiellement infectés (dont 38 sont morts). En , l'Indonésie a dépassé le Viêt Nam pour le nombre de morts. De plus, le nombre de cas humains et animaux y a probablement été (très ?) sous-estimé. 220 millions d'habitants sont éparpillés les d'Indonésie dont habitées, avec de nombreux gouvernements locaux et autorités traditionnelles et/ou religieuses qui interfèrent. Cette situation, ajoutée à un niveau réputé élevé de corruption et à certains trafics (bois, animaux..) rendent très difficiles les contrôles par le gouvernement central, l'OMS et l'OIE, d’autant que les services vétérinaires indonésiens ne disposent pas d’un réseau couvrant les d'est en ouest du territoire. Le contexte d'activité sismique élevée et « post-Tsunami » ne facilite pas le travail de terrain.

En , 4 infirmières ont déclaré des symptômes grippaux après avoir soigné des malades dont deux sont morts du H5N1. Leurs tests ont donné des résultats négatifs, mais certains se demandent s’il y a eu tests sanguins et pas seulement analyse d’écouvillonnages nasaux ou buccaux (le virus peut ne se développer que dans le fond des poumons).

Le pays est mal préparé : L'OMS avait recommandé des stocks d'antivirus pour 25 % de la population, mais l'Indonésie ne disposait que d'à peine doses de Tamiflu fin 2005. Le gouvernement disposait mi- 60 millions de doses de vaccins pour volailles, mais il en faudrait plus de 300 millions reconnaît-il. De plus, le vaccin industriel est adapté aux éleveurs industriels, mais pas aux particuliers, et s'il est mal utilisé, sans volailles sentinelles, il pourrait cacher des foyers d'infection avicole.

Le dispositif en 2006 Les soins hospitalier sont gratuits avec une priorité pour les personnes testées positives au H5N1. Un dispositif de tests sur les animaux est actif autour de la capitale, Djakarta où ont été détectés les cas humains les plus nombreux. Un dispositif de tests aléatoires concerne les provinces les plus peuplées, dont l'île de Java où il faut dans le même temps réparer les dégâts du volcan du Merapi. Une nouvelle loi d'urgence devrait permettre aux autorités d'intervenir plus facilement Le pays fait partie de l'ASEAN, qui organise des exercices et développe la coopération.

Budgets À Jakarta en , lors de la conférence internationale sur la grippe aviaire, l'Indonésie a demandé à l'ONU une aide de 900 millions de dollars pour les 3 ans à venir.

Contexte aggravant

De janvier à , le pays est victime d'une grande flambée de dengue (plus de cas et plus de 650 morts) qui a été traité en priorité par les services sanitaires. La grippe aviaire a lors pu s’étendre discrètement dans les élevages (pas de données concernant les oiseaux sauvages). Il y aurait environ 1,3 milliard de poulets (début 2006) dans le pays, qui vivent depuis toujours avec la population. Les combats de coqs sont populaires. La sensibilisation semble difficilement pénétrer les communautés éloignées de paysans. Selon Jakarta Post (), beaucoup d’indonésiens pensent encore que le H5N1 n’existe pas. Faute d'information officielle gagnant les campagnes, début 2006, les habitants ne savent généralement pas si le virus est (encore) présent, ni s’il a été maîtrisé ou s’il faut traiter ou vacciner, si du Tamiflu est disponible, ou s’il vaut mieux tuer les oiseaux ou les vacciner. On ignore les précautions à prendre pour l’élevage ou la mise à mort et préparation des volailles, pour la désinfection des poulaillers, ou la gestion des abats, etc. Les fonctionnaires du pays semblent eux-mêmes donner des avis divergents, quand ils sont informés de la stratégie nationale ou locale que d'aucuns jugent peu claire. Le gouvernement central est accusé de n’avoir souvent presque rien fait quand les poulets commençaient à mourir. Il n’a pas selon la presse fait de rapports publics sur le sujet, mais les médias eux-mêmes reconnaissent n’avoir pas relayé le travail de la Commission nationale sur la grippe aviaire créée en 2006, dont le Djakarta Post, qui en appelle de ses vœux une information « constante, alarmiste et instructive » plutôt que « fragmentaire, confuse et tardive ».

L'exploitation effrénée de la forêt et des écosystèmes localement très dégradés favorisent les maladies émergentes. Le tourisme commence à se développer, y compris pour les Indonésiens eux-mêmes ajoutant ses flux à ceux engendrés par l'exode rural et les trajets domicile-travail. Les échanges commerciaux et flux de véhicules sont intenses, alors que les villes sont caractérisées par une population dense, nombreuse et vivant dans une forte promiscuité, y compris avec les volailles. Le volcan du Merapi qui a détruit une partie du centre de Java le continue à expulser des nuées ardentes, des laves et des nuages de gaz sulfureux. Des tremblements de terre sont fréquents, et le contexte de l'après-tsunami ne facilite pas la bonne gestion des élevages. Des élevages industriels de poussins de 1 jour ont été délocalisés d'occident dans ce pays. Le contexte politique n'est pas favorable à la transparence et à l'efficacité. Les efforts du gouvernement n'ont pas été à la mesure du problème. La Banque asiatique de développement estimait en que seuls 14 millions de dollars (11 millions d'euros) avaient été affectés à la lutte contre la grippe aviaire, alors que le gouvernement lui-même reconnaissait qu’au moins 30 fois plus étaient nécessaires. L’ONU évalue le besoin d’aide d’urgence à 103 millions de dollars (78 millions d'euros) dans les 6 mois. L’OMS estime que ce gouvernement et les organisations internationales présentes dans le pays de 220 millions d'habitants, éparpillés sur îles n’ont pas les moyens d’agir, étant notamment freinés par un triple niveau d’autorité, local, régional et national.

Chronologie

Avant 2006

Mercredi : 3 premiers décès imputés au H5N1 sont enregistrés dans le pays (un père et ses 2 filles tombés malades début ). Des porcs sont abattus près de Jakarta (ce qui n'avait été fait dans aucun autre pays), pour freiner l'épidémie due au H5N1. Selon la presse, il était question de d'abord tuer 200 animaux, chiffre diminué à la suite de querelles entre responsables sur les moyens de limiter la maladie. Dimanche : Dix-huit porcs, atteints du virus H5N1 ont été tués dimanche dans deux exploitations agricoles des faubourgs de Djakarta selon la presse

2006

Vendredi : victime confirmée : un homme de 23 ans, mort à Jakarta 10 jours auparavant. Samedi : victime confirmée : une femme de 27 ans (Yulia) morte lundi , mais dont le décès n’a été annoncé que mercredi 22 (Source : ministère indonésien de la santé). Mercredi : À Bandung, selon le journal le nombre de malades suspectés de grippe aviaire est passé de 11 à 66. Jeudi : Dans l’île de Batam, on pulvérise des désinfectant dans le village de Panglong (district de Nongsa) après que des tests en laboratoire ont montré que des volailles étaient atteintes du H5N1 (sur au moins huit poulets trouvés morts avec les têtes bleues et gonflées) Les autorités indonésiennes informent qu'un garçon de 10 ans (Nandya Kurniawan) et sa sœur de 13 ans (Hanif Cahaya Fitri), sont morts dans la province de Java, avec des symptômes proches de ceux de la grippe aviaire après que les deux enfants eurent des contacts avec des poulets malades dans un élevage voisin. Le garçonnet est mort le mardi à l'hôpital de Boyolali, sa ville natale, au sud de Solo et sa sœur est morte le lendemain mercredi au soir, après neuf jours de traitement à l'hôpital Moewardi de la ville de Solo. Des analyses doivent confirmer la cause du décès. Vendredi Sous réserve de confirmation par l’OMS, un garçonnet de trois ans semble mort de la grippe aviaire dans le centre de l'île de Java, après avoir apparemment été en contact avec des volailles. Ce serait dans ce cas la victime. Les autorités n’auraient pas massivement abattu les volailles des zones touchées, arguant d'un manque de fonds. Le journal Jakarta Post annonce une augmentation à « un taux alarmant » du nombre de cas humains suspects de grippe aviaire à : Surakarta au centre de Java, Madiun et à Malang dans l’Est de Java Dans l’île de Batam dans l’archipel de Riau, formé de 3214 îles et îlots. Plusieurs cas auraient été en contact avec des volailles ou des cailles. Le journal ajoute que des milliers de cailles mortes chaque jour ont été jetées dans un fleuve voisin. L’administration demande alors à la population de la prévenir en cas de mortalité massive de volailles. A Madium, un enfant de 12 ans est encore dans un état grave. Et à Malang un enfant de sept ans est hospitalisé avec les symptômes du H5N1. Lundi , la presse annonce deux nouveaux morts avec des symptômes évoquant la grippe aviaire : Yani Mulyani, habitant Jakarta, âgée de 25 ans et enceinte de cinq mois, qui avait été en contact avec six volailles malades, morte le lundi , et un garçon de 10 ans habitant dans le district de Boyolali au centre de l'île de Java, mort le samedi . Vendredi : L’OMS confirme qu’un garçon de 3 ans soigné depuis presque une semaine à Semarang (Java) est mort du H5N1 ainsi qu’une fillette de 12 ans morte le à Solo également sur l’île de Java), portant à 22 le nombre de morts recensés dans ce pays. Lundi : Le Ministère de la Santé confirme que le H5N1 est à l'origine de la mort le d'une adolescente de 12 ans de Boyolali (Java Centre). Les premiers symptômes (fièvre) datent du , quelques jours après que des poulets sont morts dans l'élevage familial. Elle n'a été hospitalisée que le .