thumb|Sultanat d'Ifat (1285-1415) vignette|droite|Sultanat d'Adal (1415–1577) et Royaume d'Aksoum (Empire éthiopien (990-1974)) avant l'expansion turque, vers 1500. vignette|Éthiopie, vers 1540. vignette|La province ottomane d'Égypte (1517-1867) vers 1840. vignette|Sultanat Awsa vers 1850. vignette|Égypte et pays voisins, vers 1880. vignette|Golfe d'Aden et Djibouti, vers 1890.
L'histoire de Djibouti commence avec la ville de Tadjourah sur le golfe du même nom, qui paraît avoir constitué assez tôt une des rares agglomérations permanentes sans doute liée au sultanat d'Ifat puis d'Adal entre les . Mais le territoire correspondant à l'actuelle république de Djibouti s'est surtout constitué au fil de l'extension de l'occupation française à partir de 1885 : territoire d'Obock et dépendances jusqu'en 1896, puis côte française des Somalis jusqu'en 1967, puis territoire français des Afars et des Issas avant de gagner son indépendance le sous le nom de république de Djibouti. Ce pays est aujourd'hui membre de l'Union africaine (UA) et de la Ligue arabe.
Un espace de la Corne de l'Afrique L'espace autour du golfe de Tadjourah ne constitue pas un territoire spécifique et autonome avant l'installation coloniale. Aride et désertique, il est parcouru par des pasteurs transhumants qui suivent le rythme des pâturages, et des caravanes qui relient la côte aux hautes terres de l'intérieur, Harar, Choa (Shewa), etc. Il semble que deux lieux ont fait l'objet d'un habitat permanent sur la côte, les villes de Tadjourah au nord et Zeilah au sud, en relations commerciales avec l'Éthiopie, l'Ogaden et le Yémen.
L'histoire antérieure au reste encore peu connue. Selon les sources, le peuple afar s'est installé dans la zone, sans qu'il soit possible de préciser les circulations, confrontations, échanges… entre les différents groupesJean Doresse, Histoire sommaire de la Corne orientale de l’Afrique, Paris, Paul Geuthner, 1971, 389 p. ; Ali Coubba, Les Afars, de la préhistoire au , Paris, L’Harmattan, 2004, 253 p. ; Didier Morin, Dictionnaire historique afar (1288-1982), Paris, Karthala, 2004, 303 p.. Les villes côtières, Zeila et Tadjourah, sont en contact avec l'Islam dès le . Les territoires sont sans doute liés au sultanat d'Ifat puis d'Adal entre les .
Les récits des voyageurs européens qui traversent la zone à partir de 1839 (Isemberg et KraftKarl Wilhelm Isemberg, Ludwig Krapf, Journals, London, Frank Cass & co, 1843, réed. 1968, 529 p., Rochet d'Héricourt Rochet d’Héricourt, Voyage sur la côte orientale de la mer Rouge, dans le pays d’Adel et le Royaume de Choa, Paris, Arthus Bertrand, 1841, 439 p. et Second voyage sur les deux rives de la mer Rouge, dans le pays des Adels et le Royaume de Choa, Paris, Arthus Bertrand, 1846, 406 p., HarrisW. Cornwallis Harris, The Highlands of Æthiopia, described during eighteen months’ residence of a British Embassy at the Christian Court of Shoa, London, 1844, 3 vol. (428, 430 & 436 p.)., KirkR. Kirk, « Report on the route from Tadjoura to Ankobar, Travelled by the Mission to Shwá, under charge of Captain W. C. Harris, Engineers, 1841 (close of the dry season) », Journal of the Royal Geographical Society of London, vol. 12, 1842, . et JohnstonCharles Johnston, Travels in Southern Abyssinia, London, 1844, rééd. 1969, 2 vol.) permettent de voir un espace structuré politiquement entre Tadjourah d'une part, une alliance autour de Lo’oytá vers le sud-ouest d'autre part, et l'AwsaSimon Imbert-Vier, « Afars, Issas… and Djiboutians : Toward a History of Denominations », Northeast African Studies, vol. 13, , 2013, ..
La ville de Tadjourah est occupée par des troupes égyptiennes entre 1875 et 1884. Le port de Zeilah paie des taxes à l'Empire ottoman puis à l'Égypte jusqu'aux années 1880Marc Fontrier, Abou-Bakr Ibrahim, Pacha de Zeyla - Marchand d’esclaves, Paris, Aresae, L’Harmattan, 2003, 275 p.. Les parties occidentales de l'actuel territoire djiboutien étaient en lien avec le sultanat d'Awsa.
Colonisation française Premiers comptoirs et traités Le , le commerçant réunionnais et ancien agent consulaire de France à Aden, Henri Lambert (1828-1859), est assassiné dans le golfe de TadjourahRoger Joint Daguenet, Aux origines de l'implantation française en mer Rouge, L'Harmattan, 1992, 347 p., chapitre 13, .. Une mission navale dirigée par le vicomte Fleuriot de Langle arrête les coupables présumésIdem, chapitre 15, ., et envoie en France des représentants de l'autorité politique du pays, le sultanat afar de Tadjourah . C'est avec cette délégation qu'est signé le un traité cédant à la France « les ports, rade et mouillage d'Obock (…) avec la plaine qui s'étend depuis au sud jusqu'à au nord ».
C'est cependant seulement vingt ans plus tard, après l'installation de quelques commerçants et l'interdiction d'Aden aux navires de guerre français durant la guerre du Tonkin, qu'une mission exploratoire est confiée à la fin de 1883 à un jeune administrateur, Léonce Lagarde (1860-1936), et au commandant de l'Infernet, le capitaine de frégate ConneauL'ordre de mission se trouve au Service historique de la Marine (Château de Vincennes) BB4-1507, lettre du 15/1/1884. Le rapport de Conneau sur sa mission est du 29/04/1884.. À la suite de ce repérage, Léonce Lagarde est nommé « commandant à Obock » le , où il prend ses fonctions le .
Une colonie française Rapidement, il étend le territoire sous souveraineté française, signant un protectorat avec le sultan de Tadjourah (où se trouve une garnison égyptienne jusqu'au ), et occupe toute la côte nord du golfe de Tadjourah. L'emprise française s'étend sur la côte sud, avec la signature d'un traité avec les « chefs somalis issas » le Les originaux de ces traités se trouvent aux Archives nationales d'Outre Mer (ANOM) à Aix-en-Provence, Traités 7., formant le « protectorat d'Obock et dépendances ».
Un échange de notes franco-britannique des 2 et , fixe la limite côtière entre les colonies respectives à Loyada et ouvre aux négociants de deux pays les routes commerciales vers Harar. C'est alors que commence le transfert du centre de gravité du territoire du nord (Obock) au sud (Djibouti), achevé en 1896 lorsque cette dernière ville devient le chef-lieu du territoire, qui prend alors le nom de côte française des Somalis (CFS). Au nord, les limites côtières sont fixées à Douméra dès 1891, et précisées par un accord franco-italien de 1900-1901Simon Imbert-Vier, « Invention et réalisations de la frontière djibouto-érythréenne », Africa 6, Rome, 2009..
Vers l'intérieur, le territoire s'étend avec la construction du chemin de fer vers l'Éthiopie : partie de Djibouti en octobre 1897 elle atteint en décembre 1902 la ville de Dire Dawa, créée de toutes pièces pour le chemin de fer Appelé alors « Addis Harar ».. Le partage de l'Éthiopie en sphères d'influence entre l'Italie la Grande-Bretagne et la France par le traité du Bahru Zewde, A History of Modern Ethiopia - 1855-1974, 1991, 244 p., parle alors d'une semi-souveraineté de l'Éthiopie indépendante. permet de continuer la construction de la ligne. Les travaux reprennent en 1910, et Addis-Abeba, le terminus, est atteint en 1917.
Le port de Djibouti se développe ensuite au rythme du commerce avec l'Éthiopie et des besoins de la navigation colonialeSur l'évolution économique de Djibouti, voir Colette Dubois, Djibouti, 1888-1967 - Héritage ou frustration, 1997, Paris, L’Harmattan, 516 p.. L'invasion puis l'occupation de l'Éthiopie par l'Italie entraîne un bref boom économique à Djibouti, avec un très important accroissement du trafic du port et des liaisons vers Addis-Abeba entre 1936 et 1938.
Il faut attendre la fin des années 1920 pour que la conquête de l'intérieur du territoire par l'administration coloniale commence, symbolisée par la mort de l'administrateur Albert Bernard le J.M. Comte, Vie et mort d'un jeune sovoyard tombé pour l'Afrique, Les Marches, La fontaine de Siloé, 1993, 160 p.. Elle aboutit en 1943, après de durs affrontements avec les tribus nomades, et de nombreuses exactions, à l'installation d'un poste français à AfamboSimon Imbert-Vier, « La conquête de la Côte française des Somalis et le “massacre des Kabbobàs” (1943) », Cahiers d’études africaines, n° 238, 2020, p. 349-368, voir en ligne.. Il faut ensuite dix ans de négociations avec l'Éthiopie (1945-1955) pour que la frontière du territoire soit tracée à l'est des lacsSimon Imbert-Vier, Tracer des frontières à Djibouti. Des territoires et des hommes aux , Paris, Karthala, 480p..
Seconde Guerre mondiale
vignette|Afrique orientale italienne en 1936. vignette|Défilé militaire, Djibouti, 1938. vignette|Poste militaire de Loyada, occupé par les Italiens en 1940. thumb|Le général Legentilhomme passant les troupes en revue.
De la guerre à l'armistice Les forces armées françaises appuient leur allié britannique en Somalie britannique jusqu'à l'armistice du 24 juin 1940. Les Potez 25 TOE de l'escadrille de la côte française des Somalis mènent en des missions de reconnaissance en Éthiopie et en Somalie. Ils bombardent le poste italien de DeweleVital Ferry, Croix de Lorraine et Croix du Sud, 1940-1942 : aviateurs belges et de la France Libre en Afrique, Ed. du Gerfaut, 2005, , , lors de la conquête italienne du Somaliland britannique. La Regia Aeronautica bombarde Djibouti du 21 au Alexis Rousselot, Combats au-dessus de la Corne de l'Afrique, les opérations aériennes en Afrique orientale italienne en 1940-1941 ; 21 juin 1940 ; 22 juin 1940 ; 23 juin . ou le seul Lukian Prijac, Le Blocus de Djibouti, Paris, L'Harmattan, 2015, ..
En , Paul Legentilhomme, commandant supérieur des troupes françaises en Côte des Somalis, refuse les armistices signés par la France avec l’Allemagne (armistice du 22 juin 1940) et l’Italie (armistice du 24 juin 1940) et souhaite poursuivre le combat aux côtés de l’Angleterre. Mais il ne parvient pas à entraîner la colonie qui préfère faire acte d’allégeance au gouvernement de Vichy. Il passe au Somaliland britannique le pour rejoindre de Gaulle. Vichy et le blocus de Djibouti Le gouverneur vichyste Pierre Nouailhetas, en place depuis le , est confronté au blocus maritime et terrestre par les forces britanniques. Le général britannique Archibald Wavell pensait ainsi forcer l'administration de la colonie à rallier les gaullistes. Le blocus s'intensifia surtout après le mois d', coïncidant à la fin de l'occupation italienne en Éthiopie. Les Britanniques qui contrôlent alors l'Éthiopie, coupent le ravitaillement terrestre de Djibouti. Des avions de l'escadrille de la côte française des Somalis (CFS) exécutent des missions de ravitaillement, mais le tonnage reste insuffisantVital Ferry, Du trimoteur au quadrijet : le transport aérien en Afrique noire francophone, 1940-1961, Éd. du Plaisancier, 2006 , .. L'administration coloniale décide alors d'expulser de la ville les « bouches inutiles » autochtones (en particulier les femmes, enfants et personnes âgées) pour limiter les besoins en approvisionnement. Cette mesure augmente les difficultés alimentaires de la population, au point que certains parlent de famine.
Malgré cela, les Britanniques ne purent imposer un blocus total, ne pouvant interrompre les réseaux commerciaux sur terre et sur mer. En effet, ces événements faisaient monter les prix des denrées, et l'administration participait au financement de la contrebande. Le passage dans le camp allié