L'histoire de l'Yonne est celle d'un département créé à la Révolution française, le et dont le territoire recouvrait une partie des Anciennes provinces de France qu'étaient la Bourgogne (qui n'était plus le Duché de Bourgogne), la Champagne, le Nivernais, l'Orléanais et l'Île-de-France (avec le Gâtinais français).
Faisaient initialement partie de la Bourgogne : le comté d'Auxerre, le bailliage d'Avallon, l'enclave de Noyers, la baronnie de Tanlay. Étaient en Champagne : les comtés de Joigny et de Tonnerre. Le Nivernais, bien que dépendant du royaume de France, n'avait pas été rattaché au domaine royal en 1789 et comprenait Vézelay, les baronnies de Saint-Sauveur et Saint-Fargeau. Sans doute dans l'Orléanais : Rogny-les-Sept-Écluses, Bleneau, Champcevrais et peut-être aussi les communes de la basse vallée de l'Ouanne. Le Comté de Sens était annexé depuis 1055 à l'Ile-de-France.
Les découpages de l'autorité ecclésiastique étaient eux différents (avec la province ecclésiastique de Sens, les diocèses d’Auxerre, d’Autun et de Langres). Ils ont permis aux archevêques de Sens d'acquérir richesses et puissance comme en témoigne encore actuellement leur ancien palais archiépiscopal et peut-être la volonté des révolutionnaires, en 1790, de le transformer en diocèse de l'Yonne et celle du Concordat de 1801 de le rayer de la carte pour le réunir au diocèse de Troyes, l'archevêque de Paris héritant alors du titre d'archevêque de Sens.
Ne peut-on en conséquence penser qu'avant 1790, les habitants de ce territoire n'étaient absolument pas Icaunais dans leurs têtes et que leurs mentalités n'avaient rien à voir avec celles qui peuvent être les leurs au , quand bien même la vie actuelle d'un habitant de Quarré-les-Tombes ne doit pas être comparable à celle d'un habitant de Sens ? Et si tant est que les législateurs de 1790 aient obtenu ce qu'ils souhaitaient : ...effacer jusqu’aux dernières traces des anciens préjugés ; substituer à l’amour-propre de province l’amour véritable de la patrie ; asseoir les droits de chaque homme et de chaque canton, en raison de leurs rapports avec la chose publique.
Préhistoire et Antiquité
Préhistoire Paléolithique droite|thumb|Pendeloque en os du Châtelperronien d'Arcy-sur-Cure (largeur 32 mm).
Le territoire actuel du département a été occupé par les hommes dès le Paléolithique inférieur, comme l'indiquent les travaux d'Augusta Hure dans le Sénonais et ceux d'André Leroi-Gourhan dans les grottes d'Arcy-sur-Cure.
Dans la région de Sens, les plateaux aux points d'eau nombreux, riches en silex, offraient des habitats propices aux chasseurs paléolithiques. Ces habitats ont perduré entre la glaciation du Riss et celle du Wurm. Les industries lithiques vont de l'Acheuléen moyen jusqu'à la fin du Moustérien.
Les premières fouilles archéologiques sont menées dans les grottes d'Arcy-sur-Cure par le marquis de Vibraye dès le . Au , André Leroi-Gourhan continue les travaux archéologiques et découvre dans les grottes voisines du Renne et du Bison des restes dentaires néandertaliens (mandibule et maxillaire) pouvant être datés entre 80 000 et 35 000 av. J.-C.. Ses travaux ont permis de dater le début de l'occupation du site, qui remonte au Paléolithique moyen, il y a environ 200 000 ans, concerne plutôt les petites salles ouvrant sur l'extérieur (grottes de l'Hyène, du Loup, du Bison) ou les porches (grotte du Renne), que les galeries profondes.
Grâce à des conditions de conservation meilleures dans les grottes que sur les sites de plein air, les fouilles menées dans les grottes d'Arcy ont permis de découvrir plusieurs restes néandertaliens et de mettre au jour une stratigraphie aussi riche que celle des grottes de Dordogne.
Vers 35 000 av. J.-C., au début du Paléolithique supérieur marqué par un climat plus rigoureux, la population semble diminuer dans l'Yonne et se concentre dans les grottes du sud de la région. À Arcy-sur-Cure, la civilisation chatelperronienne est attestée. Elle se caractérise sur ce site par l'utilisation d'os de mammouths pour la chasse et la construction de hutte. Ce sont les premières habitations dans le département.
Vers 28 000 av. J.-C., la présence d'outils caractéristiques de l'Aurignacien indique l'arrivée à Arcy de l'Homme moderne. C'est à lui qu'on attribue la réalisation des peintures pariétales découvertes en 1990 dans la grande grotte, à plusieurs centaines de mètres de l'entrée. Ces peintures, représentations d'animaux, de mains négatives et de signes géométriques, ont été datées pour les plus anciennes à 28 000 BP ce qui en fait les plus anciennes de France après celle de la grotte Chauvet. La destruction de près de 80 % des peintures de la grotte, causée par le nettoyage des parois à l'aide d'un jet d'acide à haute pression dans les années 1970, n'en est que plus regrettable.
Sur le site de Marsangy, des fouilles effectuées dans les années 1970 ont mis au jour un campement de six tentes. Cet habitat temporaire, situé au bord de l'Yonne est attribué aux derniers Magdaléniens qui profitaient du radoucissement climatique, annonciateur de la fin de la dernière glaciation, et chassaient les troupeaux de rennes en parcourant les vallées de l'Yonne.
Néolithique
La révolution néolithique débute dans l'Yonne vers 4000 av. J.-C., avec l'arrivée de populations en provenance de l'est de l'Europe, le long du Danube. Ces premiers néolithiques rencontrent les derniers chasseurs-cueilleurs qui perpétuent le mode de vie paléolithique (site fouillé près de Saint-Julien-du-Sault ou de Véron). Les colons appartiennent à la culture rubanée, dont le nom fait référence aux décors en rubans des poteries. Leurs villages regroupent des grandes maisons de bois (habitat des Ormes à Charmoy). Le Rubané de l'Yonne présente des similitudes avec celui du Bassin parisien. À Gurgy, la nécropole des Noisats a permis de mettre en évidence au néolithique moyen un peuplement familial étendu sur sept générations, avec un système de patrilocalité.
À partir de 3500 av. J.-C., la culture rubanée évolue sur place, influencée par les échanges avec d'autres populations et par des traditions locales. Des particularismes se développent et l'unité culturelle se fragmente, tandis que le groupe de Cerny, présent en Île-de-France, déborde sur l'Yonne. Des vestiges de cette culture ont été retrouvés à Charmoy, à Chaumont, à Passy-Richebourg ou encore à Villeneuve-la-Guyard. Des monuments religieux, et surtout funéraires commencent à apparaître. Le site de Villeneuve-la-Guyard semble avoir connu une occupation importante au cours du Néolithique.
Au néolithique moyen, vers 3000 av. J.-C., on assiste dans l'Yonne comme sur l'ensemble du Bassin parisien à l'épanouissement d'une nouvelle culture bien caractérisée : le Chasséen septentrional. D'origine méridionale, elle tire son nom du site de Chassey-le-Camp (sud de la Bourgogne). De nouvelles terres sont mises en culture : fonds de vallées, plateaux (site de la Grotte de Nermont à Saint-Moré). Dans la même période est attestée la mise en place d'une culture en provenance du Rhin : le Michelsberg. Enfin, les influences d'une culture de Côte-d'Or se font sentir : le Néolithique Moyen Bourguignon (Sermizelles, Escolives-Sainte-Camille).
Antiquité thumb|upright=1.3|Le trésor de Villethierry exposé au musée de Sens. thumb|upright=1.3|Bassin de captage permettant de recueillir les eaux salées aux Fontaines Salées et d'exploiter le sel. thumb|upright=1.3|Les principales voies romaines en Gaule, la Via Agrippa qui parcourt l'Yonne est représentée avec la couleur cyan. thumb|upright=1.3|La Fosse Dionne, vestige de l'époque gallo-romaine, située à Tonnerre.
De l'âge du bronze à l'époque gauloise
À l'époque de l'âge du bronze, l'Yonne ne bénéficie pas de la présence de minerai de cuivre ou d'étain. Les populations locales doivent donc faire venir ces éléments depuis les régions voisines, c'est dans ce contexte qu'une poterie renfermant 867 bijoux a été découverte sur le site de Villethierry. C'est également à cette époque que des nécropoles, possédant de nombreuses offrandes, sont créées sur les sites de Chichery, Guerchy, Sainte-Pallaye et Villeneuve-la-Guyard.
Quelques objets datant de l'époque d'Hallstatt ont également été trouvés dans le département (une épée en fer à Champlay, un trépied en bronze près d'Auxerre) et permettent d'attester que probablement la route de l'étain passaient par l'Yonne. Au Hallstatt, les populations sont peu nombreuses dans la région, elles s'installent souvent sur des hauteurs (camp de Cora à Saint-Moré ou au Mont-Avrollot près d'Avrolles) ou dans des vallées (Gurgy, Villeneuve-la-Guyard).
Quelques vestiges archéologiques datent de cette période, dans l'Avallonnais principalement, avec dix-neuf captages en troncs de chêne évidés retrouvés sur le site des Fontaines Salées afin d'extraire le sel à partir d'eau salée ou dans le Sénonais, avec la découverte de nécropoles à Lailly, Fontaine-la-Gaillarde, Serbonnes, Sergines et Villeperrot contenant des objets en fer (épées et boucliers, fibules, pointes de lance et torques). À Guerchy, outre des armes de l'époque, les fouilles archéologiques ont permis de découvrir une statuette de cheval.
À partir de l’époque celte, des oppida, c'est-à-dire des noyaux urbains situés sur des hauteurs commencent à se créer sur différents sites (Mont Avrollot, Tonnerre et Avallon) le long des principaux axes de communication. Le territoire de l'actuel département est alors occupé par deux peuples gaulois : les Sénons et les Lingons, qui ont par ailleurs leur propre monnaie. Les Sénons pillent Rome en 390 av. J.-C. sous la direction de Brennus, même s'il est difficile aujourd'hui de prouver que les Sénons partis à la conquête de Rome venaient bien de Sens.
C'est de cette période que les habitants du département de l’Yonne ont gardé leur nom d’Icaunais provenant du nom de la rivière divinisée (icauna en latin).
Époque romaine
Après la victoire romaine remportée par Jules César sur les Gaulois de Vercingétorix en 52 av. J.-C. à la bataille d'Alésia, les Romains s'installent dans le département. Ils occupent rapidement les oppida situés au Mont Avrollon ou au camp de Cora, mais construisent également des villes le long des voies romaines qui parcourent l'Yonne.
Le réseau des voies romaines suit un axe bien particulier en allant du sud-est vers le nord-ouest à travers la célèbre Via Agrippa reliant Lyon à Boulogne-sur-Mer et qui passait par Sainte-Magnance, Avallon (Aballo), Saint-Moré, Auxerre (Autessioduro), Héry et Avrolles (Eburobriga). Un deuxième axe principal parcourait le département d'Entrains-sur-Nohain à Auxerre. Les principaux vestiges de ces voies romaines ont été découverts à l'occasion de fouilles préventives lors de la construction des réseaux ferroviaires et routiers actuels.
Les Romains ont édifié plusieurs villes dans le département, les plus importantes étant Agedincum (Sens) et Autessiodurum (Auxerre) : À Sens, la ville comportait à l'époque un amphithéâtre, des thermes possédant des sculptures, un forum, ainsi que de maisons avec des salles sur hypocauste et de nombreuses mosaïques. Au , la ville se dote d'une enceinte fortifiée de trois kilomètres bâtie à partir des pierres des monuments romains détruits de la ville ou des monuments funéraires. La ville devient à la fin du , la capitale de la province de la quatrième Lyonnaise. À Auxerre, la présence de riches villae est attestée, ainsi que la probable existence de thermes. Un castrum, puis une muraille sont construits après les invasions des Bagaudes et des Francs, à partir des pierres des anciens monuments.