CLR, sigle composé des trois lettres C, L et R, peut faire référence à : Common Language Runtime, un composant de machine virtuelle du framework .NET de Microsoft ; Compagnie luxembourgeoise de radiodiffusion, une structure luxembourgeoise aujourd'hui intégrée au groupe RTL ; Liste de révocation de certificats ; Choisy-le-Roi, une commune française du Val-de-Marne ; Central London Railway, une ligne historique du métro de Londres ; CLR, le nom donné au livre Introduction à l'algorithmique, à cause de ses auteurs Cormen, Leiserson et Rivest ; Cercle des libéraux réformateurs, un parti politique gabonais ; Comité Laïcité République, une association française ; Compagnie légère de renseignements, dans l'Armée de terre ; , une catégorie de récepteurs de reconnaissance de motifs moléculaires ayant les caractéristiques d'une lectine de type C.
CLR est aussi un code qui peut faire référence à : , en Californie, aux États-Unis, selon la liste des codes AITA des aéroports.