La résistance aux antibiotiques ou antibiorésistance est la capacité d'une bactérie à résister aux effets des antibiotiques. C'est l'une des formes de la pharmacorésistance, différente du phénomène de tolérance aux antibiotiques.
upright=1.2|vignette|Tests de résistance aux antibiotiques : une souche de bactérie cultivée en boîte de Petri est exposée à des disques blancs contenant chacun un antibiotique différent. À gauche, les bactéries sont sensibles à tous les antibiotiques testés (comme le montrent les anneaux sans bactéries autour des disques) alors que dans la boîte de droite, elles ne sont sensibles qu'à seulement trois des sept antibiotiques testés. vignette|redresse=1.2|Staphylococcus croissant dans la lumière d'un cathéter, cause possible de maladie nosocomiale. vignette|upright=1.2|Principe de la résistance aux antibiotiques.
La sélection naturelle a doté les bactéries de mécanismes de résistance ou d'adaptation face à certains stress (rayonnement UV, chaleur, froid) et face à des molécules toxiques auxquelles elles sont confrontées dans leur environnement (métaux lourds, substances antibiotiques sécrétées par des animaux, plantes, bactéries ou champignons pour leur propre défense). Or, la plupart des médicaments antibiotiques proviennent de ces mêmes plantes, bactéries ou champignons ou s'en inspirent. Des biocides synthétiques industriels et agroindustriels suscitent aussi des résistances virales et bactériennes susceptibles d'affecter l'agriculture (culture de plantes ou de champignons), la santé animale (santé des animaux sauvages, d'élevage, d'aquaculture ou domestiques) et la santé publique.
On suppose que l'adaptation naît généralement de mutations génétiques aléatoires, ou fait suite à des échanges de gènes de résistance entre des bactéries (transformation génétique, transduction). La résistance provient souvent d'une perméabilité cellulaire sélectivement renforcée pour l'antibiotique, d'une activité enzymatique détruisant la molécule biocide, ou encore de l'entrée dans une phase de sporulation du microorganisme. Certaines bactéries stressées échangent spontanément des gènes de résistances avec d'autres bactéries proches (échanges dits « horizontaux », car ne nécessitant pas de transmission descendante de mère à fille). L'acquisition de cette résistance apparaît en général une dizaine d'années après l'introduction de l'antibiotique..
Il existe plusieurs niveaux de résistance aux antibiotiques : résistance naturelle (systématique), résistance habituelle ou courante, multirésistance (BMR : bactéries multirésistantes aux antibiotiques, porteuses de plusieurs gènes de résistance pour différents antibiotiques), haute résistance (BHR : bactéries hautement résistantes), ultra-résistance (BUR) et pan-résistance ou toto-résistance (BPR ou BTR).
La généralisation d'une résistance au sein d'une population de bactéries s'explique souvent par une exposition prolongée de cette population à l'antibiotique. La forte consommation humaine et vétérinaire d'antibiotiques en France en fait l'un des pays les plus touchés par l'antibiorésistanceLévi Y (2006) Inquiétudes sur la présence d’antibiotiques et de bactéries antibiorésistantes dans les eaux. Environnement, Risques & Santé, 5(4), 261-265 (résumé)..
Selon un rapport AESA-ECDC publié début 2016, l'antibiorésistance tue environ par an en Europe, et un grand nombre de volailles sont encore, en 2015, contaminées par des antibiotiques et porteuses de bactéries résistantes (poulets et dindes étant les plus concernés)article intitulé en Europe dus à la résistance aux antibiotiques, Frédéric Soumois, journal Le soir, février 2016Selon le rapport AESA-ECDC (2016), une résistance élevée à très élevée à la ciprofloxacine a été observée chez les poulets de chair (69,8 %), ainsi que dans des bactéries issues de l’homme (60,2 %). Une résistance élevée à très élevée à l’acide nalidixique et aux tétracyclines a été signalée dans les poulets de chair. Quant à la salmonellose, deuxième maladie d’origine alimentaire la plus fréquemment signalée, une résistance à des antimicrobiens largement utilisés a été communément détectée dans des bactéries de Salmonella chez l’homme (tetracyclines 30 %, sulphonamides 28,2 %, ampicilline 28,2 %) et dans les volailles.. Les antibiorésistances sont de plus en plus fréquentes, dont en milieu d'élevage et dans l'environnement hospitalierAlmakki A.Q.M (2017) Résistance aux antibiotiques dans des eaux urbaines péri-hospitalières considérées dans un continuum hydrologique (Doctoral dissertation, université Montpellier)..
Histoire Le romancier Alphonse Allais avait imaginé en 1893 dans L'anti-filtre du Captain Cap que la sélection naturelle empêcherait un jour la destruction des microbes à force de les combattre. De fait, des antibiorésistances ont été identifiées dès les années 1940 Randall S Singer, Roger Finch, Henrik C Wegener, Robin Bywater, John Walters, Marc Lipsitch. « Antibiotic resistance—the interplay between antibiotic use in animals and human beings » The Lancet Infectious Diseases, , , janvier 2003, (Résumé)., mais comme de nouveaux antibiotiques étaient alors régulièrement découverts, à un rythme soutenu, l'antibiorésistance n'a pas, dans ce premier temps, attiré l'attention du public ou de l'industrie pharmaceutique. Le tableau suivant indique les dates d'introduction des grandes familles d'antibiotiques dans l'arsenal thérapeutique et les dates d'apparition des premières résistances sur des souches cliniques.
Antibiotique Année d'introduction Apparition des premières résistances Sulfamides 1936 1940 Pénicilline G 1943 1946 Streptomycine 1943 1959 Chloramphénicol 1947 1959 Tétracycline 1948 1953 Erythromycine 1952 1988 Ampicilline 1961 1973 Ciprofloxacine 1987 2006
À la fin du , le consensus existait sur le fait que les impacts de l'usage excessif d'antibiotiques, aggravés par la rareté des nouveaux médicaments mis sur le marché, pouvaient induire un risque de crise sanitaire mondiale à moyen ou à long terme pour certaines maladies.
Si l'utilisation abusive de médicaments en médecine humaine ne fait plus de doute, le recours à de grandes quantités d'antibiotiques dans l'alimentation animale et l'agriculture est une cause d'antibiorésistance passée longtemps inaperçue. Des antibiotiques sont massivement utilisés, et de manière moins réglementée, par des éleveurs, pisciculteurs, agriculteurs et arboriculteurs en actions thérapeutique et prophylactique, et de façon plus controversée comme facteurs de croissance et de gain de masse corporelle.
Il existe un double risque de transmission croissante de bactéries résistantes aux éleveurs et aux consommateurs de viande via la chaîne alimentaire. Les épandages de lisiers et fumiers contenant des microbes devenus résistants aux antibiotiques pourraient ainsi également poser des problèmes écoépidémiologiques et de santé publique.
L'OMS a officiellement invité (en 2003) les éleveurs à ne pas utiliser d'antibiotiques comme facteurs de croissance et à en user prudemment en thérapeutique Clare Kapp « » 2003;362(9384):626. ., mais c'est dans l'Union européenne que la question a d'abord été évoquée et que la réglementation a commencé à freiner cette tendance Vet J. 2011;187(2):143-144. , avec notamment cinq promoteurs de croissance (zinc bacitracine, spiramycine, tylosine, virginiamycine et olaquindox) interdits dans l'alimentation animale dans l'UE à partir de 1999. Des moyens d'analyser plus vite et à moindre coût ces produits dans l'alimentation animale et la viande sont à l'étude C. Situ, E. Grutters, P. van Wichen, C.T. Elliott. « » Analytica Chimica Acta. 2006;561(1-2):62-8. (Résumé).
La résistance croisée contre des biocides à large spectre et des agents antimicrobiens (dont ceux ciblant la paroi cellulaire et la membrane cellulaire des bactéries) est considérée par l'OIE comme une question émergenteOIE. « L’antibiorésistance en santé animale et en santé publique » Revue scientifique et technique avril 2012;31(1)..
Dans les années 2010, diverses campagnes de sensibilisation ont été menées. L'OMS a publié en 2014 un nouveau rapportrapport, intitulé « Antimicrobial resistance: global report on surveillance » [(Résistance aux antimicrobiens: rapport mondial sur la surveillance). sur l'antibiorésistance dans 114 pays, montrant que le monde entier est déjà touché et que la menace est grave pour la santé publique. Le grand public comprend encore mal le phénomène et le sous-estime : en 2015, selon l'OMS, seul un quart des pays ont un plan en cours et les moyens de lutter contre ce phénomène manquent dans tous les paysCommuniqué OMS Les systèmes pour combattre la résistance aux antibiotiques manquent dans toutes les régions du monde, 29 avril 2015. Une enquête OMS réalisée auprès de dans douze paysCes 12 pays sont : Afrique du Sud, Barbade, Chine, Égypte, fédération de Russie, Inde, Indonésie, Mexique, Nigeria, Serbie, Soudan et Viet Nam révèle que 75 % des sondés croient, à tort, que c'est notre organisme qui devient résistant à l'antibiotique, et non le microbe ; 66 % pensent que seuls ceux qui ne prennent pas correctement leur traitement risquent d'être infectés par un microbe antibiorésistant ; 44 % pensent que seuls ceux qui prennent régulièrement des antibiotiques risquent une telle infection. Pire, 32 % estiment qu'un patient peut interrompre son traitement dès lors qu'il se sent mieux, et 64 % pensent que la recherche trouvera une solution Antibiotiques : 75 % des gens pensent que les individus deviennent résistants, Le figaro, par Soline Royle 17/11/2015.
Les biologistes évolutionnistes (et l'expérience) ont montré que les hautes-doses d'antibiotiques (outre qu'elles ont souvent des effets toxiques et écotoxiques) ne peuvent pas réellement aider à longtemps prévenir le développement de l'antibiorésistance. Des chimistes de l'Université de Harvard estiment pouvoir encore créer et utiliser de nouvelles variations de la classe déjà très utilisée d'antibiotiques macrolides.
L'OMS a validé en un puis a lancé (en ) la première , mais pour Keiji Fukuda (Sous-Directeur général OMS pour la sécurité sanitaire), [Le monde risque de sombrer dans une ère post-antibiotiques: le moment est venu de prendre des mesures énergiques], OMS, Keiji Fukuda, 27 mai 2015.
En 2016, l'économiste anglais Jim O'Neill propose au gouvernement britanniqueTACKLING DRUG-RESISTANT INFECTIONS GLOBALLY : FINAL REPORT AND RECOMMENDATIONS THE REVIEW ON ANTIMICROBIAL RESISTANCE CHAIRED JIM O’NEILL ; Présentation du rapport , PDF, 84 pages neuf grandes pistes d'interventions contre l'antibiorésistance, passant notamment par de nouvelles pratiques en matière d'étiquetage de la viande, et 1 milliard de dollars d'incitations pour les sociétés pharmaceutiquesKupferschmidt k (2016) Long-awaited report outlines how to fight antimicrobial resistance—and how to pay for it 18 mai 2016 car, selon une étude prospective, l'antibiorésistance pourrait être responsable en 2050 d'environ 10 millions de morts par an mondialement, soit plus que le cancer (8,5 millions de morts/an en 2050)Voir du rapport de Jim O'Neill.
Origines naturelles de la résistance aux antibiotiques La résistance aux antibiotiques est aussi ancienne que les antibiotiques eux-mêmes. Elle est pour partie antérieure à leur utilisation par l'Homme.
Les molécules antibiotiques actuelles sont en effet souvent issues des micro-organismes (fongiques par exemple) qui doivent depuis des millions d'années se défendre contre les bactéries. De nombreux antibiotiques sont synthétisés par des bactéries de la famille des actynomycètes, comme la streptomycine qui est produite par . Il s'ensuit deux phénomènes :