La seconde guerre civile soudanaise a commencé en 1983, même si elle est plus précisément une suite de la première guerre civile soudanaise de 1955 à 1972. Elle s'est déroulée principalement dans le Soudan du Sud et fut l'une des guerres les plus longues et les plus meurtrières du . En effet, le bilan s'évaluait à de morts, les rebelles séparatistes du Sud s'étant opposés au gouvernement central, et plus de d'habitants du sud ont été forcés d'abandonner leur foyer. Le nombre de victimes civiles est l'un des plus élevés de toutes guerres, depuis la Seconde Guerre mondiale. Le conflit a officiellement pris fin avec la signature d'un accord de paix en .
Le conflit a été marqué par de nombreuses violations des droits de l'homme. Parmi celles-ci figurent l'esclavage et des massacres.
Origines et causes Cette guerre est habituellement représentée comme un combat entre les populations du Sud, non Arabes, et celles du Nord, contrôlées par un gouvernement arabe. Les royaumes et les grandes puissances situées le long du Nil combattent les populations Soudanaises depuis des siècles. Depuis au moins le , les gouvernements centraux arabes ont essayé de réguler et d'exploiter les catholiques du Sud et du centre du SoudanLee J.M. Seymour, Review of Douglas Johnson, The Root Causes of Sudan’s Civil Wars. African Studies Quarterly, African Studies Quarterly, Volume 7, Numéro 1, Printemps 2003 (TOC). Consulté le 10 avril 2007.. vignette|Carte du Soudan.
Durant la domination coloniale britannique du Soudan anglo-égyptien, ceux-ci administraient les provinces du nord et du sud séparément. Le Sud était considéré comme similaire aux autres colonies est-africaines — Kenya, Tanzanie, et Ouganda — alors que le nord du Soudan s'apparentait plus aux colonies arabes (Égypte). Les Arabes du nord ne pouvaient obtenir des positions de pouvoir dans le sud catholique dominé, et des barrières au commerce entre les deux régions étaient mises en place.
Cependant, en 1946, les Britanniques cèdent à la pression du nord pour réunifier les deux régions. L'arabe devint la langue administrative au sud, et les populations du nord commencèrent à y obtenir des postes de pouvoir. Les élites du sud, anglophones, ressentirent ce changement comme une mise à l'écart de leur propre gouvernementWhat's happening in Sudan?, Sudanese Australian Integrated Learning (SAIL) Program. Archivé le 27 décembre 2005 sur l'Internet Archive. Consulté le 10 avril 2007.. Après la décolonisation, la plupart des pouvoirs fut donnée aux élites du nord, basées à Khartoum, causant des troubles dans le sud.
En 1955, le ressentiment des populations du sud par rapport à la domination du nord arabe musulman culmina lors d'une mutinerie des troupes du sud dans la province d'Équatoria-Central. Ces troupes se révoltaient contre le gouvernement de Khartoum car celui-ci n'avait pas tenu sa promesse faite aux britanniques de créer un système fédéral. Durant les 17 années suivantes, la région du sud se retrouva confrontée à un conflit civil, et plusieurs leaders du sud militèrent pour l'autonomie ou la sécession.
Un autre élément d'explication de la seconde guerre civile tenait en la présence de nombreuses sources de pétrole, particulièrement dans le sud. Les revenus du pétrole constituaient près de 70 % des gains du Soudan à l'exportation. Du fait des nombreux affluents du Nil et des précipitations plus importantes dans le sud du Soudan, celui-ci a un meilleur accès à l'eau, et est de ce fait bien plus fertile. Le nord du pays est situé au commencement du désert du Sahara. Le désir des populations du nord de contrôler ces ressources, et de celles du sud d'en conserver la maîtrise, contribua à la guerre. Une guerre parallèle entre les Nuer et les Dinka fait aussi rage au sud.
Déroulement De la reprise de la guerre à l'accord d'Addis-Abeba de 1988 vignette|Gaafar Nimeiry, président soudanais de 1971 à 1985, en 1976 En début d'année 1983, après la découverte d'importants gisements pétroliers au sud, le général Gaafar Nimeiry au pouvoir au Soudan abroge les accords de paix d'Addis-Abeba signés en 1972 qui mettait fin à la première guerre civile soudanaise ; ce qui provoque plusieurs soulèvements dans le sud du pays. En mai, le capitaine soudanais John Garang, chrétien et dinka comme la majorité de la population sud-soudanaise, est envoyé par le gouvernement pour calmer la mutinerie d'une garnison, le bataillon 105 de à , stationnée à Bor. Sur place, John Garang désobéit aux ordres du gouvernement, se rallie aux mutins, et fonde avec eux le Mouvement populaire de libération du Soudan (SPLM) et sa branche armée, l'Armée de Libération du Peuple du Soudan (SPLA). La plupart des soldats qu'il commandait dans l'armée soudanaise se rallient. Le , à la suite de plusieurs rencontres entre différents opposants au gouvernement, John Garang proclame le « Manifeste du Mouvement Populaire Soudanais », avec pour objectif de lutter pour l'établissement du Soudan, « uni, laïc et démocratique ». Son objectif est aussi économique, que les ressources pétrolières du sud du pays bénéficient davantage aux populations qui habitent sur ces terres. Le SPLM est d’emblée soutenu par l'Union soviétique et par le régime éthiopien de Mengistu Haile Mariam qui lui permet d'installer son quartier général à Addis-Abeba. vignette|Drapeau de la SPLA en 1983. Le Gaafar Nimeiry impose la loi islamique à l’ensemble du Soudan, enfonçant le Soudan dans la deuxième guerre civile. En les groupes rebelles du sud attaquent les installations pétrolières de Chevron et le chantier du canal de Jonglei conduit par l’entreprise Grands travaux de Marseille, leur reprochant l'exploitation de leurs terres et de leurs ressources pour le compte du gouvernement central. Le mois suivant, Gaafar Nimeiry proclame l'état d'urgence.
Le , confronté à des contestations croissantes et à des revers militaires dans le sud du pays, Gaafar Nimeiry en visite à Washington, est renversé par un coup d'État organisé par son Ministre de la Défense, le général Swar-ed-Dahab. Ce dernier prend la présidence du Conseil militaire de transition et invite John Garang à venir à Khartoum pour prendre part au gouvernement provisoire. Mais le colonel sudiste, méfiant, refuse cette offre qui implique que les rebelles déposent les armes, évoquant une ressemblance du nouveau gouvernement militaire en place et son prédécesseur. Abdel Rahman Swar al-Dahab démissionne pourtant l'année suivante et un nouveau gouvernement, civil cette fois-ci lui succède sous la présidence d'Ahmed al-Mirghani qui nomme Sadeq al-Mahdi Premier ministre. Après une première rencontre infructueuse entre ce dernier et John Garang à Kampala, capitale de l'Ouganda le , un accord de paix est finalement signé entre les deux hommes à Addis-Abeba le . Entre-temps, la SPLA remporte une série de succès militaires au sud du pays. Cet accord prévoit la réunion d'une conférence constitutionnelle, un gel des lois islamiques, une levée de l'état d'urgence, et une dénonciation des pactes militaires. Mais Sadeq al-Mahdi, affaibli par une crise économique, voit son pouvoir être contesté par les islamistes, qui l'obligent à associer au gouvernement le « National Islamic Front » d'Hassan Al-Tourabi ; cela ne suffit pas à le maintenir au pouvoir.
Coup d'État d'Omar el-Béchir et reprise du conflit
vignette|Omar el-Béchir, à la tête du Soudan de 1989 à 2019, en 1990. Le , Sadeq el-Mahdi est à son tour renversé par un coup d'État qui ramène au pouvoir un gouvernement militaire et islamiste dirigé par Omar el-Bechir et Hassan Al-Tourabi.. Une coalition politique soudanaise laïque et démocratique se forme en opposition à ce nouveau gouvernement, la « National Democratic Alliance » (NDA), rassemblant des forces sudistes comme nordistes, que la SPLA rejoint en 1990.. John Garang obtient le commandement de la branche militaire de la NDA, étant donné que c'est lui qui dirige le groupe d’opposition armée le plus puissant. Mais la NDA, tout en se targuant de rassembler toutes les forces d’opposition, peine à s’affirmer sur le terrain politique.
Décennie 1990 : scission de la SPLA et changements alliances internationaux vignette|John Garang en 1989 reçoit la visite du membre du Congrès des États-Unis Gary Ackerman dans son camp entrainement au sud du Soudan Sur le front de la guerre civile soudanaise, dans les deux années qui suivent la prise de pouvoir d'Omar el-Béchir, aucun changement significatif n’est constaté dans le rapport des forces. Mais sur la scène internationale, d'importants bouleversements impactent cette guerre. Après avoir été dans un premier temps reconnu par les États-Unis et les pays arabes du Golfe, le gouvernement d'Omar el-Béchir décide de soutenir le gouvernement irakien de Saddam Hussein lors de l'invasion du Koweït puis de la guerre du Golfe. En conséquence, ses relations se tendent avec Washington ainsi qu'avec Riyad (soutiens diplomatiques et militaires du Koweït) qui supprime une importante aide financière accordée à Khartoum. Parallèlement, le gouvernement d'Omar el-Béchir accroît sa coopération avec le régime islamique iranien devenu son allié depuis sa prise de pouvoir en 1989.
En 1991, l'appui du gouvernement soudanais aux nationalistes érythréens et tigréens leur permet de prendre le pouvoir à Asmara et à Addis-Abeba, renversant le régime éthiopien de Mengistu Haile Mariam, principal soutien étranger de la SPLA. Pendant deux ans, de 1991 à 1993, la SPLA se retrouve donc sans allié extérieur, mais tient l'essentiel de ses positions, malgré des avancées de l'armée soudanaise qui profite de ses bonnes relations avec le nouveau gouvernement éthiopien de Meles Zenawi pour passer par son territoire pour attaquer des villes sud-soudanaises frontalières. Mais les années suivantes, le régime soudanais, accusé de soutenir des mouvements fondamentalistes islamistes armés en dehors de ses frontières, se coupe peu à peu de ses voisins africains : l'Érythrée et l’Ouganda dans un premier temps qui rompent leurs relations diplomatiques avec le Soudan, puis l’Éthiopie et l’Égypte. Cette dernière reproche au gouvernement soudanais une complicité dans une tentative d'assassinat contre le président Hosni Moubarak à Addis-Abeba en .