Peuplées depuis la seconde moitié du premier millénaire, les différentes îles des Comores ont suivi une histoire très voisine sans être pour autant commune (voir Histoire de l'archipel des Comores). C'est la France, puissance coloniale, qui unit administrativement les îles avant de les séparer à nouveau après 1976 avec le maintien de Mayotte sous administration française tandis qu'est fondée la république fédérale islamique des Comores. Cette dernière connaît ensuite une instabilité politique chronique marquée par une trentaine de coups d'État pendant plus de vingt ans. La république, après une crise économique puis de graves troubles politiques, se réforme et devient l'union des Comores en 2001.
Pour les périodes d'avant l'indépendance, voir : Archipel des Comores, Histoire de l'archipel des Comores Territoire des Comores (1946-1975), liste des dirigeants des Comores de 1946 à 1975 Histoire de Mayotte
La marche vers l'indépendance du Territoire des Comores Aux Comores comme dans de nombreux pays africains, la question de l'indépendance se pose ouvertement depuis la fin de la Seconde Guerre mondiale. Cependant, pour la première génération des élites comoriennes occupant des postes dans l'administration française, l'heure n'est pas venue dans les années 1960 pour la réclamer. Le pouvoir, partagé entre ces élites et le pouvoir central français, éloigne initialement les plus indépendantistes du Mouvement de libération nationale des Comores (Molinaco), par exemple à Zanzibar.
Ces leaders comoriens, députés ou sénateurs français, réclament à de nombreuses reprises une aide plus importante pour les Comores, la création d'école et de lycée, la création d'infrastructure, etc. Ils soulignent également la disparité des aides entre les Territoires d'outre-mer. Said Mohamed Cheikh (1904-1970), le plus important de ces leaders, homme qui exerce autoritairement, témoigne même d'un certain désillusion. Les leaders de Grande-Comore et d'Anjouan travaillent à obtenir davantage d'autonomie, les leaders mahorais en revanche prônent le contraire. Cheick et le prince Said Ibrahim (1911-1975), son principal opposant, adoptent pour mot d'ordre : « pas d'indépendance sans indépendance économique ». Ils obtiennent cette autonomie en 1961, et davantage encore en 1968. Les leaders grand-comoriens et anjouanais plus jeunes, en revanche, sont plus revendicatifs. Cheikh meurt en 1970, Ahmed Abdallah (1919-1989) obtient le leadership du parti Vert. Said Ibrahim devient président du conseil en , mais Abdallah arrive à le mettre en difficulté début 1972. Devant l'impossibilité de former un nouveau gouvernement en octobre, la dissolution du conseil général est prononcée mi-. Le nouveau conseil est majoritairement favorable aux thèses d'Abdallah. Celui-ci prône un accompagnement rapide de la France vers l'indépendance. vignette|Défilé pour la fête de l'indépendance à Mutsamudu. D'un commun accord en 1973, dans un objectif d'indépendance concerté, un référendum est planifié. Les leaders politiques de Grande-Comore et d'Anjouan se prononcent tous pour l'indépendance alors que les leaders mahorais optent pour le maintien au sein de la République française. Les Sorodas (pro colonisation), s'organisent et empêchent les leaders indépendantistes de mener campagne à Mayotte. Les leaders mahorais n'ont en revanche aucune audience en dehors de Mayotte. Peu de temps après sa prise de pouvoir fin 1973, les opposants à Abdallah dénoncent déjà son attitude despotique.
La France organise la consultation du 22 décembre 1974.
Mayotte ne s'exprime pas comme les trois autres îles (à 65 % pour le maintien alors qu'il est à 95 % contre pour les autres îlesMinistère de l'Outre-Mer (Mayotte))). Plusieurs explications sont données pour expliquer ce choix :
L’influence de la France sur Mayotte, notamment en facilitant la naturalisation et l’envoi de Sakalaves pour maintenir une majorité pro-française. L'interêt stratégique de la France pour Mayotte, une île située dans une zone maritime stratégique, ce qui justifie son maintien sous domination pour des raisons géopolitiques. Les tensions internes créées par la France à travers le soutien a des groupes locaux, comme les Sorodas, pour diviser les populations et favoriser le maintien du controle colonial.
L'île se retrouve donc prise dans une contradiction entre deux principes fondamentaux du droit international : le droit des peuples à disposer d’eux-mêmes (en faveur d'une Mayotte française) et le droit à l’intégrité territoriale des États (en faveur d'une Mayotte comorienne).. La France quant à elle, estime qu'il est important de rester sur une de ces îles au cœur canal du Mozambique. Une unité de la Légion étrangère continue à y être stationnée.
Indépendance (1975), État comorien, et premier coup d'État thumb|Drapeau de l'État comorien sous Ali Soilih (1975-1978) État comorien En réaction à la volonté de la France de traiter Mayotte d'une façon particulière, l’Anjouanais Ahmed Abdallah, président du gouvernement, proclame unilatéralement l'indépendance de l'archipel le . Les membres mahorais de l'assemblée territoriale font savoir qu'ils ne veulent pas siéger à l'assemblée des Comores. Le 17, Abdallah demande le départ des forces militaires françaises, qui s'exécutent. Le gouvernement français prend acte de cette décision en faisant adopter la loi du relative aux conséquences de l'autodétermination des îles des Comores, qui stipule que les îles de la Grande-Comore, Anjouan et Mohéli cessent de faire partie de la République française, tout en prévoyant l'organisation d'un nouveau référendum à Mayotte.
Tous les leaders comoriens dont Ali Soilih (1937-1978) sont critiques vis-à-vis de la déclaration d'indépendance et Said Ibrahim « ne décolère pas », considérant que l’attitude d'Abdallah allait rendre la relation avec la France difficile. Il considérait également qu'Abdallah ne respectait pas les termes de la consultation, qui proposait une indépendance accompagnée, et que dès lors il trompait la population.
Quelques jours après l'indépendance, le , Ali Soilih renverse le président Abdallah. Celui-ci s'est réfugié sur l'île d'Anjouan, d'où il apparaît indélogeable. Ali Soilih fait alors appel à un mercenaire français impliqué dans de nombreux coups d'État en Afrique, Bob Denard (1929-2007), pour renverser le capturer. Ahmed Abdallah est ainsi contraint à l'issue d'une opération aéroportée par une centaine de mapinduzi (militaires militants) encadrés par une cinquantaine de mercenaires de quitter l'île d'Anjouan et part en exil en France. Ali Soilih accède au pouvoir.
En février 1976, Mayotte vote à nouveau pour le maintien dans la République française.
Les trois îles sont pour leur part passées sous la responsabilité d'Ali Soilih, qui met en place un régime marxiste révolutionnaire. Les relations entre la jeune république et l'ancienne puissance coloniale se tendent rapidement.
Vers la fin du mois de décembre 1976, un massacre se déclenche contre les populations d'origine comoriennes à Mahajanga et à Diego-Suarez, à Madagascar, perpétré par les Betsimisaraka et des Antandroy, deux tribus malgaches. Ce massacre est désigné sous le nom de Rutaka ou Kafa la Mjangaya (en comorien). Le bilan s’élèverait à plus de 500 morts. Le gouvernement des Comores décide de rapatrier les quinze mille Comoriens. Les premières évacuations ont eu lieu début janvier 1977 par des bateaux, Ville de Tuliéar et Ville de Manakara, enfin par la ligne aérienne belge Sabena. Ces Comoriens, bien souvent métissés, installés sur la côte nord-ouest de Madagascar depuis des générations, forment un cinquième groupe culturel constituant la population comorienne et sont appelés les « Sabénas ».
République fédérale islamique des Comores (RFIC), sous Ahmed Abdallah (1978-1979) thumb|200px|Drapeau de la RFI utilisé entre 1996 et 2001En 1977, Ahmed Abdallah réfugié à Paris sollicite Bob Denard pour l'aider à retrouver son fauteuil de président. République fédérale islamique des Comores Le 13 mai 1978, Denard débarque avec ses hommes aux Comores et renverse le président Ali Soilih qui avait fait appel à lui trois ans plus tôt... et rétablit Ahmed Abdallah au pouvoir le . Ali Soilih est tué, vraisemblablement exécuté. Abdallah est accueilli de façon triomphale et annonce à des journalistes occidentaux médusés : « Il faut que je me refasse ». Seul candidat, il est élu le président de la république fédérale islamique des Comores.
Bob Denard décide cette fois de rester aux Comores pour en faire sa base arrière et crée la Garde présidentielle (GP), force de police et militaire qui compte de près de 600 hommes, dont 17 des officiers sont français. Pour la financer, il se tourne rapidement vers l'Afrique du Sud en échange de la fourniture de facilités. Ainsi, les soldes de la GP sont versées en grande partie par le Directorate of Military Intelligence (DMI)(?) du régime sud-africain. L'Afrique du Sud pour sa part se sert de l'aéroport de Moroni pour ses opérations militaires, et met en place une importante base d'écoute à Itsandra, sur la côte occidentale de la Grande Comore. Une dizaine de personnels s'y employaient à intercepter les communications en provenance du Mozambique et de l'Angola. Elle fait ainsi transiter par les Comores d'importantes quantités d'armement à destination de l'Iran. Cette situation n'est pas sans agacer les autorités françaises.
En 1981, avec l'élection de François Mitterrand, Denard perd le soutien de la France et crée la SOGECOM.
En 1982, Abdallah dissout tous les partis politiques et crée le parti unique Union comorienne pour le progrès. Le régime connaît une dérive autoritaire, soutenu par les mercenaires de Denard qui contrôlent le pays et empêchent plusieurs tentatives de coup d'État. Le Front démocratique de Moustoifa Cheikh est notamment démantelé, accusé d'activités subversives, tandis que ses militants sont jetés en prison et torturés.
Réélu le , le parti bleu remporte la totalité des sièges à l'Assemblée fédérales le . Il ouvre son pays aux investisseurs étrangers, surtout sud-africains, dans les domaines du tourisme et de la pêche, mais se met aussi au service du régime de l'apartheid pour l'aider à contourner l'embargo sur les armes. Moroni devient également une base arrière pour des opérations de l'Afrique du Sud, notamment contre le Mozambique.
Abdallah entretient des rapports ambigus avec les mercenaires, à la fois fidèles serviteurs et maîtres ; la corruption se développe de façon considérable. Jusqu'à la mort d'Abdallah, de la sécurité duquel il la charge, et même si ses apparitions publiques se faisaient très rares après 1985, Denard jouera un rôle considérable en coulisse dans la vie publique comorienne.
Fuite puis retour de Bob Denard (1978-1979) En 1989, pressentant un nouveau coup d'État, Abdallah demande à Denard de désarmer mais est tué dans son bureau par un militaire de la garde. Denard, blessé, impopulaire et accusé de meurtre négocie son départ pour l'Afrique du Sud. A la demande du président par intérim, Saïd Mohamed Djohar (1918-2005), le demi-frère de Soilih, des parachutistes français sont envoyés à Moroni pour assurer le maintien de l'ordre (opération Oside).
Djohar, alors président de la Cour suprême, est ensuite élu le président dans un scrutin au résultat contesté contre Mohamed Taki Abdoulkarim (1936-1998). Il devient ainsi le premier président à arriver au pouvoir à l'issue d'un vote sans ingérence militaire.
Le , Denard débarque en Grande-Comore et le renverse. Cette fois, les autorités françaises réagissent et, le , est lancée l’opération Azalée. 600 hommes sont déployés pour neutraliser les 33 mercenaires et 300 dissidents. Denard, qui a appelé ses hommes à ne pas opposer de résistance, est fait prisonnier et est placé en résidence surveillée en France.