Selon la tradition, l'abbaye Saint-Victor de Marseille est fondée au par Jean Cassien, à proximité des tombes de martyrs de Marseille, parmi lesquels saint Victor de Marseille († en 303 ou 304), qui lui donne son nom. L'abbaye prend une importance considérable au tournant du premier millénaire par son rayonnement dans toute la Provence. L'un de ses abbés, Guillaume de Grimoard, est élu pape en 1362 sous le nom d'. À partir du , l'abbaye entame un déclin irrémédiable.
Depuis plus de , Saint-Victor est l'un des hauts lieux du catholicisme dans le sud de la France et bien que le monastère ait été démantelé à la Révolution, l'église reste toujours affectée au culte.
En 1968, le maire de Marseille Gaston Defferre fait replacer dans les cryptes de l'abbaye la riche collection de sarcophages de la fin du à la première moitié du que contenait l'église. Ces sarcophages étaient précédemment exposés au musée du château Borély. Ce transfert fait de l'abbaye de Saint-Victor le musée d'art chrétien du premier millénaire le plus important en Provence après celui d'Arles.
L'abbaye fait l’objet d'un classement au titre des monuments historiques par la liste de 1840 et par la liste de 1862.
Histoire de l'abbaye Les premiers établissements chrétiens Le site d'une nécropole grecque et romaine L'église abbatiale est bâtie sur l'emplacement d’une ancienne carrière exploitée à l'époque hellénistique. La galerie à ciel ouvert atteignait sa plus grande profondeur à l’aplomb de l'actuelle chapelle Saint-André, située dans la crypte de l'abbaye sous la tour d'Isarn, où se trouve l'entrée actuelle31.. Cet emplacement sert ensuite à l'époque grecque et romaine de lieu de sépultures s'étendant sur une zone assez vaste et devient le troisième lieu de sépultures de la ville, sur la rive sud du Vieux-Port. Le nom de la rue Sainte conserve le souvenir de cette implantation105.. Plusieurs sites sont découverts non seulement sous et autour de l'abbaye mais également à proximité du bassin de carénage où des tombes sont trouvées au cours de la réalisation de ce plan d’eau et de la gare du tunnel Prado-CarénageManuel Molinier, « Les nécropoles grecques et romaines de Marseille » dans,Marseille, trames et paysages urbains de Gyptis au roi René, Actes du colloque international d’archéologie, 3-5 novembre 1999, Etudes massaliètes Numéro 7, éditions édisud, Aix-en-Provence, 2001, p. 338..
Les signes d'un culte chrétien au thumb|Épitaphe de Volusianus et Fortunatus. Sur ce site, occupé par cette vaste nécropole, est établie une fondation paléochrétienne en partie rupestre qui aurait pu recevoir les corps de martyrsRégis Bertrand, Le patrimoine de Marseille, édition Jeanne Laffitte, Marseille, 2001, p. 38 ..
D'après Grégoire de Tours, les débuts de la mission chrétienne en Gaule remontent au milieu du . Les travaux les plus récents des historiens confirment cette présence active des chrétiens à partir du à Marseille, et placent les citations de la venue de sainte Marie Madeleine, de saint Lazare ou des martyrs des premier et deuxième siècles au rang des légendes100. Édouard Baratier, Histoire de Marseille, Privat, Toulouse, 1990, p. 47..
Le dépôt lapidaire qui occupe l'ancienne sacristie de la crypte de Saint-Victor contient une plaque de marbre retrouvée en 183935 sur laquelle figure une inscription célèbre, incomplète sur ses deux bords. Celle-ci fait l’objet d'une controverse depuis de nombreuses années, car elle peut, selon l'interprétation, démontrer l'ancienneté du martyrologe marseillais.
Deux hypothèses sont envisagées selon la restitution proposée pour le texte manquant. Pour certains, il s'agirait d'une inscription chrétienne rappelant le martyre de Volusianus et Fortunatus ayant péri par le feu durant la persécution de Dèce au milieu du Fernand Benoit, « Le martyrium de Saint-Victor », dans Recueil des actes du congrès sur l'histoire de l’abbaye Saint-Victor de Marseille, 29-30 janvier 1966, Provence Historique, La pensée universitaire Aix-en-Provence, 1966, tome XVI, fascicule 65, p.277-278.. Le symbole de l'ancre que l'on trouve était l'un des signes adoptés par les chrétiens, et les formules employées ne permettraient pas de douteRaoul Busquet, Histoire de Marseille, Robert Laffont, Paris, 1978, p. 42.. Pour d'autres historiens plus récents, il s'agirait simplement d'une inscription commémorant la mémoire de deux marins victimes d'un naufrage.
Dans ce cimetière paléochrétien aurait pu être enterré saint Victor. Ce personnage, aussi célèbre que mal connu, serait un officier chrétien mis à mort vers 290 sur ordre de l'empereur Maximien. Certains repoussent la date de son martyre au ou 304Jean-Claude Moulinier, Autour de la tombe de Saint Victor de Marseille, édition Tacussel, Marseille, 2000, p. 187..
Premières constructions du L'Église marseillaise se structure au tout début du ainsi qu'en témoigne la présence d'un évêque de Marseille, Oresius, au Concile d'Arles en 314. L'un de ses successeurs, Proculus ou Procule (380-430), construit un bâtiment constitué par l'actuelle chapelle Notre-Dame-de-la-Confession et l'atrium et qui sera transformé au en crypte par l'édification de l’église abbatiale. L'axe général de cette construction est nord-sud, donc perpendiculaire à l'orientation est-ouest de l'église supérieure actuelle. Une restitution de ce monument paléochrétien a été proposée par Michel Fixot64.. Proculus veut ainsi affirmer le rôle prééminent de Marseille face à Arles pourtant principale place religieuse de la province Viennoise, au sein du duché de Bourgogne. Cette rivalité religieuse et politique entre Marseille et Arles va marquer l'histoire de Saint-Victor jusqu'à l'intégration de la Provence dans le royaume de France au , à la mort du roi René.
Selon la tradition, le monastère est fondé par Jean Cassien. Après un long séjour auprès des moines anachorètes d'Égypte, il débarque à Marseille en 416, amené sans doute par Lazare, évêque d'Aix qu'il aurait rencontré l'année précédente en Palestine au concile de Diospolis. Cassien reste à Marseille jusqu'à sa mort entre 433 et 435. Il rassemble des disciples et écrit d'importants ouvrages qui servent de règle de vie et de base de réflexion à ceux qu'attire le monachisme. Ainsi les instructions cénobitiques ou les conférences des pèresJean Rémy Palanque, Le diocèse de Marseille, Letouzey & Ané, Paris 1967, p. 22-23. Ses œuvres connaissent un fort retentissement et sont recommandées par saint Benoît à ses disciplesSaint Benoît y fait allusion dans le dernier chapitre de sa règle : « … quel est le livre des saints Pères catholiques qui ne nous enseigne le droit chemin pour parvenir à notre Créateur ? Et de même, les Conférences des Pères, leurs Institutions et leurs Vies… ». Règle de saint Benoît, ch.73, v. 4 & 5..
S'il n'est pas le créateur des monastères en Gaule, puisqu'Honorat d'Arles en avait fondé un à Lérins vers 410 ou saint Martin dans le Nord, comme Ligugé près de Poitiers (361) ou Marmoutier près de Tours (372), il est toutefois le premier à les situer en milieu urbain.
thumb|Stuc en plâtre rose. Il aurait fondé à Marseille deux monastères : un pour les femmes, l’abbaye Saint-Sauveur qui se situait au sud de la place de Lenche, l'autre pour les hommes au sud du Vieux-Port, l’abbaye Saint-VictorGeorges Duby, Édouard Baratier, Ernest Hildesheimer, Atlas historique, Provence, Comtat, Orange, Nice, Monaco, Armand Colin, Paris, 1969, p. 96.. Pour certains historiens, l'emplacement exact de ces monastères n'est pas connuPaul-Albert Février, Michel Bats, Babriel Camps, Michel Fixot, Jean Guton, Jean Riser, La Provence des origines à l’an mil, éditions Ouest-France, 1989, p. 398. ; ces installations sont possibles mais pas prouvées. En revanche, ce qui est certain, c'est l'élévation au sur le site de Saint-Victor d'un bâtiment de pèlerinageRégis Bertrand, Le Christ des Marseillais, La Thune, Marseille, 2008, p. 20-21..
Leur vocation urbaine et visibilité en font rapidement des lieux de formation importants et prestigieux, contribuant à la renommée de la vie spirituelle de Marseille au . Les positions doctrinales, inspirées par le semi-pélagianisme, contribuent à créer une véritable école des prêtres de Marseille et susciter de nombreux débats théologiques109.. La richesse spirituelle de la ville, le retentissement de ses débats qui après les discussions soulevées par Cassien, portent sur les doctrines de Salvien de Marseille ; tout ceci se produit au cœur d'une cité qui continue à se développer au temps des barbares, au long du .
Déclin et abandon () Après cette brillante époque, l'Église de Marseille entre dans une période de turbulences. Pendant les deux tiers du on ne peut citer les noms d'aucun évêque103. Après l'évêque Pierre, attesté au début du , il n'y a plus aucun nom pendant un siècle et demi : il s'agit de la preuve d'un désordre généralisé qui se répercute sur l'abbaye de Saint-Victor115..
De plus, du au milieu du , le monastère de Saint-Victor n'a plus de vie propre et partant plus d'histoire. L'évêque de Marseille s'étant installé à Saint-Victor, un abbé n'y est plus nécessaire. L'abbaye n'a d'ailleurs plus de biens en propre, sa mense et celle de l'église épiscopale sont fondues en une seule que gèrent les prélats marseillaisPaul Masson (sous la direction de), Encyclopédie départementale des Bouches-du-Rhône, Archives départementales des Bouches-du-Rhône, Marseille, 17 volumes parus de 1913 à 1937, tome II p. 217-218..
Avec le , on entre dans une période mouvementée, liée notamment à l'invasion arabo-musulmane. En 736, Charles Martel prend la ville de Marseille où le duc Mauronte s'était allié avec les Sarrasins pour préserver son autonomie123.. Durant la période carolingienne, l'abbaye de Saint-Victor reste sous la gouvernance des évêques, qui obtiennent plusieurs diplômes royaux en faveur de Saint-Victor dans le courant du . Les régions méditerranéennes qui ont porté si longtemps le flambeau de la culture antique, ont subi un déclin irrémédiable à cette époqueÉdouard Baratier, Histoire de Marseille, Privat, Toulouse, 1990, p. 57..
En 838, une flotte sarrasine venue probablement d'Espagne (à la suite de la conquête musulmane de la péninsule Ibérique) pille la ville et emmène en captivité clercs et moniales. Saint-Victor est détruite. En 848, ce sont les pirates grecs qui dévastent la ville. Après cette période, seul le réduit fortifié appelé château Babon, situé vers la place de la Tourette, constitue un abri efficace. En 923, les Sarrasins, débarqués dans le massif des Maures, ne peuvent s'emparer de cette citadelle, mais dévastent à nouveau l'abbaye de Saint-Victor. L'évêque de Marseille quitte la ville pour se réfugier à ArlesÉdouard Baratier, Histoire de Marseille, édition Privat, Toulouse, 1990, p. 59..
Cette longue période de turbulences et d'abandon des monastères s'achève lorsque Guillaume , comte de Provence et d'Arles, surnommé le « Libérateur » repousse définitivement les Sarrasins à La Garde-Freinet en 972. La paix revient en Provence.
Saint Victor, puissance provençale L'âge d'or du monastère (950-1150)