Le canal du Rhône au Rhin, également appelé canal de Franche-Comté, est un canal français qui relie la Saône, affluent navigable du Rhône, au Rhin, par la vallée du Doubs et son prolongement en Haute Alsace jusqu'à Niffer sur le Rhin, un autre prolongement rejoignant Strasbourg par la canalisation de l'Ill.
Il est conçu comme un maillon nécessaire pour connecter les ports maritimes du nord de l'Europe avec ceux de la Méditerranée en créant une liaison fluviale Rotterdam-Marseille en passant par l'Allemagne. Pendant sa réalisation, le canal a changé plusieurs fois de nom et dans la période récente on parle de la mais la dénomination a prévalu pendant près de cent cinquante ans. La société le gérant fut parmi les premières cotées à la Bourse de Paris. Il est aujourd'hui géré par l'établissement public national Voies navigables de France.
Histoire L'idée de relier le bassin du Rhône à celui du Rhin par des voies navigables est ancienne puisque Colbert et Vauban l'avaient évoquée sous après l'annexion de la Franche-Comté et de l'Alsace, mais c'est au que le projet prend forme.
Les travaux de la jonction entre la Saône et le Doubs de Saint-Symphorien-sur-Saône en Côte-d'Or à Dole dans le Jura sont réalisés avec des temps d'arrêt liés à la Révolution entre 1784 et 1802 par l'ingénieur Philippe Bertrand. Ils sont poursuivis avec des interruptions de 1804 à 1832 en direction du Rhin sous la direction de Joseph Liard. Par la suite, le canal est mis au gabarit Freycinet (péniche de ) entre 1882 et 1921 mais son trafic restant limité, sa mise au grand gabarit européen de est commencée à la fin des années 1970 : celle-ci n'est cependant effectuée que dans la partie orientale, entre Niffer (sur le Rhin) et Mulhouse ainsi qu'entre Montbéliard et Étupes. Le projet, contesté par les écologistes et certains économistes, est en effet abandonné en 1997 sous l'impulsion de Dominique Voynet, ministre de l'Aménagement du territoire et de l'Environnement et députée de la troisième circonscription du Jura, territoire concerné par le projet d'extension. Dès lors, le canal s'est orienté vers la navigation de plaisance et le développement touristique des régions traversées avec de nombreux aménagements dans les années 2000-2010.
Les projets thumb|Carte simplifiée du canal du Rhône au Rhin. Au début du , la ville de Dole qui cherche à permettre les échanges avec Lyon s'attache à rendre navigable la partie inférieure du Doubs jusqu'à Verdun-sur-le-Doubs mais elle se heurte à diverses oppositions (péages, villes défendant leur octroi, société de coches) qui font cesser le trafic. Pour contourner les difficultés, un magistrat de la ville avance alors en 1719 l'idée d'un canal entre Dole et Saint-Jean-de-Losne.. L'idée est reprise quelques décennies plus tard par Claude-Quentin La Chiche, officier du génie né à Dole le , mort général de brigade à Paris le . Il observe dès 1744 que le bassin du Doubs peut facilement être relié au bassin du Rhin à Valdieu-Lutran où se situe la ligne de partage des eaux et que le Doubs aménagé peut permettre la liaison de la Saône au Rhin. Des ingénieurs alsaciens confirment ces observations dans un rapport en 1754.
Le , La Chiche fait parvenir un mémoire à M. de Beaumont, intendant de Franche-Comté, dans lequel « après avoir indiqué le point de partage et le tracé du canal jusqu'au Doubs, près de Montbéliard, il s'étend principalement sur les avantages d'un canal de dérivation qui relierait directement la ville de Dole à la Saône, à la hauteur de Saint-Jean-de-Losne, débouché dès lors assigné au futur canal de Bourgogne ». Il lui est répondu que ces travaux ne seraient profitables qu'à Dole tant que l'ensemble ne serait pas réalisé et que les finances publiques ne permettaient pas d'envisager un tel chantier. Un deuxième mémoire envoyé à Choiseul en 1765 ne donne pas de meilleurs résultats.
Mais l'idée est maintenant dans l'air et Philippe Bertrand, chef du service des ponts et chaussées de Franche-Comté, arrive aux mêmes conclusions concernant une liaison entre la Saône (et donc le Rhône) et le Rhin. Il établit, sans connaître les travaux de La Chiche, en 1774 puis en 1777, plusieurs rapports favorables à l'utilisation du cours du Doubs entre Dole et Montbéliard en mettant en avant la priorité à accorder au canal de dérivation de Saint-Symphorien (Côte-d’Or) à Dole (Jura). Finalement la décision concernant ce canal de dérivation est prise le : Bertrand est chargé des travaux en Franche-Comté et Émiland Gauthey en Bourgogne, province qui prend en charge un tiers des coûts. Le , un arrêté du Conseil du Roi confirme ces engagements et l'adjudication des travaux du canal de Franche-Comté a lieu au début de 1784 pour .
De son côté Claude-Quentin La Chiche poursuit ses études sur l'ensemble de la liaison Saône-Rhin et revendique la paternité du projet dans de nombreux mémoires de 1778 à 1791 : une commission mixte d'ingénieurs civils et militaires mandatée par l'Assemblée nationale reconnaît son zèle et sa justesse dans l'idée générale mais sa pertinence technique est mise en cause pour le tenir à l'écart du projet qui avance sans lui.
La réalisation vignette|Le canal à Mulhouse en 1828 – visite du roi Charles X. vignette|Échelle d'écluses de Valdieu. vignette|Le canal à Mulhouse en 1900. Louis V Joseph de Bourbon-Condé, gouverneur de Bourgogne, inaugure le à Saint-Jean-de-Losne en même temps les travaux du tronçon-est du canal de Bourgogne qui devait relier la Saône à la Seine (partie Saône – Dijon, ) et du canal de Franche-Comté qui reçoit la dénomination de « canal de Monsieur » en l'honneur du gouverneur que l'on dénommait Monsieur le Prince. Arrêtés au début de la Révolution, les travaux sont relancés en 1792 alors que la dénomination change : Philippe Bertrand est nommé à cette date directeur du canal du Rhône au Rhin et promu en 1798 directeur en chef du projet du canal de jonction du Rhône au Rhin. Poursuivis de manière intermittente, les travaux entre Saint-Symphorien-sur-Saône et Dole (sur le Doubs) sont à peu près achevés en 1802/1803 sous le Consulat quand l'ingénieur Aimable Hageau réalise l'écluse de Dole. L'inauguration a lieu le (?).
Il faut attendre 1804 (décret du , complété par celui du ) pour que les travaux se poursuivent en direction du Rhin : Philippe Bertrand assure le contrôle général du projet qui implique aussi des ingénieurs militaires préoccupés des questions de défense du territoire, mais c'est Joseph Liard, né le à Rosières-aux-Salines, Meurthe-et-Moselle, mort le à Besançon, qui est le véritable réalisateur de la portion du canal entre Dole et le Rhin. Celui-ci prend le nom de canal Napoléon et les travaux de terrassement du Doubs (effectués en partie par des prisonniers de guerre espagnols) sont à peu près achevés en 1814.
De nouveau interrompue par les événements historiques, la réalisation du canal reprend sous la Restauration : il retrouve le nom de canal Monsieur (ordonnance royale du ) en l'honneur du futur , frère du roi qui effectue un voyage dans les départements de l'Est), avant de recevoir sous la monarchie de Juillet, en 1830, le nom de canal de jonction du Rhône au Rhin (ordonnance du )..
Les travaux se poursuivent avec certaines difficultés de tracé et de réalisation. (à Besançon ou au franchissement de la ligne de partage des eaux à Valdieu-Lutran par exemple). La navigation est établie jusqu'à Besançon en 1820 et jusqu'à Mulhouse en 1830, et finalement, c'est le que le premier navire de commerce rejoint le Rhin depuis la Saône. L'inauguration officielle du canal du Rhône au Rhin n'aura lieu que le .
Le canal a été affermé à une compagnie privée jusqu'en 1853 quand l'État en a repris le contrôle. Après des difficultés lors de l'annexion de l'Alsace par l'Allemagne en 1871, période durant laquelle il n'est plus exploité, le canal sera mis au gabarit Freycinet ( de long avec une capacité de ) entre 1882 et 1921 sur les de Saint-Symphorien-sur-Saône à Strasbourg. La branche nord du canal, qui doublait le Rhin et qui reliait l'Île Napoléon à Strasbourg (l'extrémité nord du canal ne se jette pas directement dans le Rhin, mais dans l'Ill qui entoure une partie de Strasbourg et qui ne communique plus directement avec le Rhin)., a été déclassée dans les années 1960 à la suite de la construction du grand canal d'Alsace et de l'écluse de Kembs-Niffer. Cette branche du canal est encore utilisée pour l'irrigation des cultures de la plaine d'Alsace, mais n'est plus navigable : plusieurs ouvrages interdisent la navigation, en particulier un siphon qui permet au canal de passer sous l'autoroute A36, à hauteur de Sausheim.
Le projet de mise à grand gabarit De grands espoirs étaient fondés sur un développement du trafic marchandise qui avait fortement subi la concurrence du chemin de fer. On pensait en particulier au transport du charbon allemand et de la potasse d'Alsace vers le sud. Le percement du tunnel du Rove commencé en 1911, terminé en 1923 et mis en service en 1926, avec sa largeur de , son mouillage de et son tirant d'air de , était le prélude à une liaison à grand gabarit entre Marseille et Strasbourg. Mais en 1936 le trafic marchandises vers le sud ne s'élève qu'à : il est constitué essentiellement de potasse d'Alsace, de fer et de produits industriels de Lorraine et Franche-Comté dont la moitié est destinée à Lyon. Dans le sens nord, le trafic est de l'ordre de dont du canal de Bourgogne et de venues du sud, surtout de la houille de Montceau-les-Mines et aussi de l'huile et du savon en provenance de Marseille.. Les questions du gabarit du canal ainsi que de l'amélioration nécessaire de la navigabilité du Rhône et de la Saône sont alors posées. La Compagnie nationale du Rhône voit le jour le avec pour mission d'aménager le Rhône : elle construira sur le Rhône entre 1945 et 1988. vignette|Écluse à grand gabarit. La réflexion refait surface dans les années 1950 et le projet du canal à grand gabarit Rhin-Rhône est inscrit au Plan en 1961 (la dénomination change encore une fois). En 1976 la mise à grand gabarit est décidée : L'objectif est de faire naviguer des convois poussés de et le tracé est défini : « Entre le Rhin et Mulhouse, la nouvelle voie empruntera le canal actuel de Huningue, qui sera conservé avec quelques adaptations. Une nouvelle écluse devra être construite à Niffer pour doubler l'écluse actuelle qui n'a que de longueur. De Mulhouse à Voujeaucourt, près de Montbéliard, le nouveau canal empruntera un tracé confondu avec celui du canal actuel du Rhône au Rhin ou très voisin. La darse actuelle du port de Bourogne sera élargie et approfondie pour servir de port-refuge aux convois. De Voujeaucourt à Dole, la nouvelle voie sera constituée par une canalisation du Doubs, avec quelques dérivations. La canalisation de cette dernière rivière aura, en outre, pour effet de soustraire aux submersions une partie du lit majeur et de favoriser l'écoulement des crues. De Dole à la Saône, le nouveau canal sera très voisin de l'ancien jusqu'à Tavaux, mais il aura un tracé nouveau aboutissant à Laperrière-sur-Saône ».
À partir de la fin des années 1970, des travaux sont réalisés sur la Saône avec de nouvelles écluses de au gabarit européen de (écluses à grand gabarit de Seurre, Écuelles, Ormes, Dracé et Couzon) en même temps qu'on transforme la partie orientale du canal, entre Niffer (sur le Rhin) et Mulhouse ainsi qu'entre Montbéliard et Étupes.
Controverses environnementales et critiques des études d’impact (années 1970/ 1980)