Ceci est une chronologie de l'affaire Borrel.
1995
Âgé de 40 ans, le procureur Bernard Borrel en poste au Tribunal de Lisieux, Calvados, obtient fin 1993 un poste de magistrat pour une mission de coopération à Djibouti. Sa lettre de mission est claire : il doit corriger le code de procédure pénale, le code pénal, l'adapter à la nouvelle jurisprudence française et conseiller le Ministre de la Justice de Djibouti, Moumin Bahdon Farah..
18 octobre 1995 : Bernard Borrel retire de sa banque l'équivalent de euros en francs djiboutiens qu'il laisse à son domicile de Djibouti, avec au moins deux lettres qui l'accompagnent..
Selon les pompistes de la station d'essence Mobil dans le centre-ville de Djibouti, vers 17 h, le magistrat Borrel se ravitaille en essence qu'il se fait servir dans un jerrican lui appartenant. Le récipient est retrouvé sur les lieux de la découverte du corps. Les trois pompistes de la station confirment que Bernard Borrel est sorti de sa voiture pour se munir du jerrican, mais un seul d'entre eux témoigne de la présence d'une autre personne, un européen, dans la voiture.
19 octobre 1995 : Le corps du magistrat Bernard Borrel est retrouvé à demi-calciné dans la région du Goubet-Al Karab, à 80 km de Djibouti-ville par deux gendarmes français de la prévôté (gendarmerie) d'Arta lors d'une patrouille hebdomadaire. Intrigués par la présence d'un véhicule inoccupé, visible depuis la route, ils découvrent quelques moments plus tard, le corps calciné de Bernard Borrel en contrebas de la route. L'heure de la découverte consignée dans la procédure est 7 h 20. Selon des éléments recueillis en juin 2007 par la juge Sophie Clément, plusieurs responsables de l'armée française étaient au courant dès 5 h 30. Le Chef d'état-major de l'époque, le colonel Sartre, tout comme un officier de renseignement de la DPSD - renvoyé en France pour indiscipline-, déclarent que l'armée française savait dès cette heure qu'il s'agissait du corps de Bernard Borrel. La juge a donc décidé de demander la levée du secret-défense concernant des documents relatifs au mouvement des troupes françaises. « Affaire Borrel : l'armée française, première informée de la mort du juge », Le Monde, 9 juillet 2007 qui ne donnera rien.
Le jour de son départ vers la France, Madame Elisabeth Borrel est interrogée par les gendarmes djiboutiens chargés de l'enquête, et nie avoir trouvé l'argent et les lettres. En effet, les enquêteurs djiboutiens avaient retrouvé la trace du retrait inhabituel en liquide, le dernier acte administratif entrepris par le magistrat de son vivant. Madame Borrel demande aux autres membres de la communauté française interrogés par la police djiboutienne, de ne pas parler de l'argent, ni des lettres. Elle avoue à l'ami de la famille, avoir fait « un faux criminel ».
Le 4 novembre 1995, le corps de Bernard Borrel est rapatrié en France, avec la réquisition des autorités djiboutiennes d'y être autopsié. Le certificat de décès, signé par le médecin militaire français, Hubert Trillat, comporte aussi la mention manuscrite « que les causes exactes de la mort soient déterminées ». Malgré ces deux réquisitions, le corps du juge Bernard Borrel est inhumé dans le cimetière familial à Frouzins, Haute-Garonne, dans la banlieue proche de Toulouse.
Février 1996 : L’enquête djiboutienne conclut au suicide, malgré des éléments incohérents et l'absence d'autopsie. Le juge aurait enlevé son short, se serait aspergé d’essence, aurait jeté le jerrican, puis se serait immolé avant de dévaler une pente à pic. Il se serait écroulé plusieurs mètres en contrebas, après avoir marché pieds nus sur des rochers dit-on escarpés, sans cependant s’abîmer la plante des pieds.
Décembre 1995 : Ouverture d'une information judiciaire à Toulouse pour « recherches des causes de la mort ».
1996
6 février 1996 : Ordonnance d'autopsie et commission rogatoire internationale de la juge Myriam Viargues du Tribunal de Toulouse.
15 février : le corps de Bernard Borrel est exhumé du caveau familial et une autopsie est pratiquée à l'hôpital de Rangueil, à Toulouse par les Drs Telmon et Alengrin. Selon leurs conclusions, transmises un an après, les causes de la mort sont l'asphyxie causée par les brûlures, mais ne trouvent pas de suies dans le larynx, ni dans la trachée. Le corps est en état de putréfaction avancée. Ils ne constatent aucune fracture du rachis cervical, ni hématomes au cerveau. Ils constatent au moins une plaie à la jambe gauche, qu'ils qualifient de post-mortem. Et ils s'étonnent de l'extension des brûlures sur les mains, qu'ils jugent incompatibles avec une auto aspersion, même si l'intensité des brûlures, à la tête et le thorax, le sont.
8 août : les autorités djiboutiennes sont saisies de la commission rogatoire de la juge de Toulouse qui demande la transmission de la totalité du dossier d'instruction djiboutien. Celui-ci sera réuni par le procureur de la République et transmis aux autorités françaises. Pour des raisons peu claires, le dossier ne sera jamais obtenu, ou que partiellement par la juge Viargues. Les photos faites par les gendarmes français et djiboutiens sur les lieux montrant la disposition du corps de Bernard Borrel, ainsi que ses blessures, étaient capitales pour les médecins légistes. C'est la raison pour laquelle les résultats de l'autopsie de Toulouse mettront un an à être communiqués.
1997
8 juillet 1997 : Une étude médico-légale privée franco-suisse menée par le docteur Mangin de l’Institut De Criminologie de Lausanne. affirme que le rapport d’autopsie de Toulouse est « truffé d’erreurs et de contradictions ». Madame Borrel consulte à titre privé, un expert de médecine légale de Bordeaux, enseignant à l'École nationale de la magistrature. Elle lui demande d'étudier le rapport d'autopsie de Toulouse. Le professeur Lazarini constate en premier lieu qu'au vu de l'état de putréfaction du corps, les techniques utilisées par les légistes ont été les bonnes et l'autopsie bien menée.
Il constate néanmoins une contradiction évidente entre les causes de la mort par asphyxie et l'absence de suie dans les voies respiratoires.
31 octobre 1997 : Le dossier Borrel est dépaysé à Paris. En novembre 1999, l'instruction pour le chef d'assassinat est confiée à Marie-Paule Moracchini, un pilier de l'instruction parisienne, bientôt associée à Roger Le Loire. Ce dernier avait travaillé sur un autre dossier franco-djiboutien, l’attentat du Café de Paris de 1990, pour lequel il avait eu à traiter en 1994 avec Bernard Borrel. Moracchini saisit la Brigade anti-terroriste de la Brigade criminelle et lance une commission rogatoire aux autorités djiboutiennes. Elle souhaite reconstituer l'emploi du temps du magistrat Borrel avant la découverte du corps, entendre tous les témoins de son entourage privé et professionnel, entendre les trois pompistes et identifier la personne de race blanche qui aurait été vue en sa compagnie lorsqu'il s'est fait servir de l'essence dans son jerrican.
1999
Mars 1999 : Premier déplacement à Djibouti des juges Marie-Paule Moracchini et Roger Le Loire dans le cadre d’une commission rogatoire internationale.
Septembre 1999 : Rapport de la brigade criminelle qui note que « (...) l’hypothèse de l’assassinat ne peut, à ce jour, être sérieusement retenue ».
Décembre 1999 : Un ex-membre de la garde présidentielle djiboutienne réfugié à Bruxelles, Mohamed Saleh Alhoumekani, affirme avoir entendu, le jour de la mort de Borrel, cinq hommes déclarer à l’actuel président djiboutien Ismaël Omar Guelleh, alors directeur de cabinet de son prédécesseur, que le « juge fouineur est mort et qu’il n’y a pas de trace ».
2000
Mars 2000 : Reconstitution à Djibouti. Un rapport médico-légal français conclut au suicide.
Avril 2000 : Le rapport médico-légal de la directrice de l'Institut Médico-Légal de Paris, le professeur Dominique Lecomte, confirme la thèse du suicide. Madame Lecomte avait récupéré à Djibouti une série de photographies qui s'avèreront capitales à l'instruction, mais curieusement ignorées. Elles avaient été prises lors de la mise en bière du corps de Bernard Borrel, la veille de son rapatriement en France. Elle explique l'absence de suie dans les poumons par le vent qui souffle en permanence au lieu de la découverte du corps du magistrat, provoquant une combustion à l'arrière de la tête de Bernard Borrel et laissant ainsi échapper les suies.
Juin 2000 : Les juges Marie Paule Moracchini et Roger Le Loire refusent d’accorder la contre-expertise demandée par le Syndicat de la magistrature (SM), l'Union syndicale des magistrats (USM) et Élisabeth Borrel, épouse de Bernard Borrel et magistrate à Toulouse. Les deux juges sont dessaisis de l’affaire par la chambre d'accusation de Paris. Un nouveau juge d’instruction est désigné, Jean-Baptiste Parlos.
2002
Juin 2002 : Deuxième exhumation du corps. Les expertises jugent en novembre 2002 le suicide « peu plausible ».
Septembre 2002 : Ali Iftin, supérieur hiérarchique de Mohamed Saleh Aloumekani, déclare que les services secrets djiboutiens l’ont obligé à fournir un témoignage hostile à Aloumekani.
19 novembre 2002 : Plainte d'Elisabeth Borrel pour « subornation de témoin » après les révélations d'Ali Iftin, ancien officier djiboutien, affirmant que Hassan Saïd, chef des services secrets djiboutiens, l'a obligé à mentir.
2004
29 mars 2004 : Le ministère de la Défense transmet à la justice douze notes de la DGSE. L'une d'elles, datée du 21 janvier 2000, fait état de deux témoignages affirmant que l'entourage du président Guelleh a ordonné l'assassinat.
Mai 2004 : Le porte-parole du ministère des Affaires étrangères, Hervé Ladsous, annonce qu’une copie du dossier Borrel sera prochainement remise à la justice djiboutienne. L’Élysée et le ministère des Affaires étrangères ne croient pas à l’assassinat. « Nous sommes persuadés qu’il s’agit d’un suicide. Quand je dis nous, je veux dire l’exécutif », déclare un conseiller.
20 octobre 2004 : La justice de Djibouti réclame la communication du dossier français. Premier refus le 8 février 2005.
2005
Début 2005 : le gouvernement français livre à la juge Sophie Clément deux feuillets de documents secrets sur l'affaire, tout en gardant la confidentialité sur une quarantaine de feuillets. Une nouvelle demande pourrait être formulée par la magistrate pendant l'été 2006.
7 janvier 2005 : La cour d'appel de Versailles ordonne l'audition d'Hassan Saïd et sa confrontation avec Ali Itfin.
17 mai 2005 : La justice française convoque vainement comme témoin le président Ismaël Omar Guelleh.
Juin 2005 : La justice française refuse de transmettre une copie de son dossier à la justice djiboutienne, considérant que cela comporte des risques pour son enquête. Nouveau changement de juge, l'affaire est désormais instruite par la juge Sophie Clément.
19 octobre 2005 : Les avocats d’Elisabeth Borrel évoquent une possible piste liée à un trafic de produits chimiques dangereux et de substances radioactives. Une liste manuscrite de produits chimiques, notamment de l’uranium enrichi, a été retrouvée dans les affaires personnelles de Bernard Borrel, quelques semaines après sa disparition.
2006
Mars 2006 : Ouverture d'une information judiciaire contre un diplomate du ministère des Affaires étrangères, pour « pressions sur la justice » : il avait promis de transmettre le dossier à Djibouti.