thumb|Emblème du commissariat de la Marine.
L'ancien service du commissariat de la Marine française organisait et coordonnait le soutien logistique des forces maritimes dans les domaines suivants : rechanges navals, matériel courant combustible de navigation, habillement, ravitaillement en vivres. À compter du , il est dissous, et une grande partie de ses attributions est reprise par la direction centrale du service du commissariat des armées.
Il assurait également l’administration financière du personnel militaire de la Marine, élaborait la réglementation et avait la charge de la vérification (audit) des formations de la Marine. Le commissariat de la Marine exerçait enfin une fonction générale d’expertise juridique au profit de la Marine : élaboration des textes relatifs au droit de la mer, participation au soutien juridique des opérations navales, instruction de dossiers de contentieux. Le corps des officiers du corps technique et administratif de la Marine dont 60 % environ servent directement dans les forces (bâtiments, états-majors embarqués ou à terre). Ces officiers étaient formés en école sur le site de la Lanvéoc-Poulmic (Finistère), où est implantée l'École navale.
À compter de 2013, les commissaires des armées, devenu corps unique, sont formés à l'École des commissaires des armées implantée à Salon-de-Provence.
thumb|Élèves de l'école des officiers du commissariat de la Marine.
Histoire du commissariat de la Marine La genèse, au Le commissariat de la Marine est né d’une obligation vitale pour toute force navale : celle de disposer d’approvisionnements et de lieux de réparation. Le premier arsenal, le Clos des galées, créé sous Philippe le Bel dans un faubourg de Rouen à la fin du , a donc donné naissance à une administration. Charles V, puis ont par la suite ébauché une organisation qui, après avoir partagé la responsabilité des côtes françaises entre quatre amirautés, a vu progressivement apparaître des personnels chargés de réaliser les approvisionnements, de gérer les magasins et de veiller aux intérêts du Roi, dans les ports comme à bord des vaisseaux.
L’existence des commissaires est pour la première fois mentionnée dans un édit de par lequel Henri III tente d’organiser l'ensemble des activités maritimes. Sur 130 officiers, une bonne moitié d'agents est chargée d'administrer, de compter ou de surveiller. Avec les guerres de religion, tous les efforts d’organisation s’avèrent ruinés et le déclin est donc indéniable lorsque Richelieu parvient aux affaires en 1624.
Le siècle des fondateurs : Richelieu et Mazarin Richelieu s'installe dans la fonction de grand maître, chef et surintendant de la navigation en 1626, puis réunit entre ses mains les amirautés et la charge des galères. Fort de ces pouvoirs, le Cardinal de Richelieu contrôle, construit et administre. Sous l'autorité de l'intendant général de la Marine, huit lieutenants généraux contrôlent les provinces littorales, assistés chacun de deux commissaires qui doivent s’assurer de la bonne observation des ordonnances de la Marine. Les ports de Brest, Brouage, Le Havre sont développés et le rôle de Toulon confirmé. L'édit du précise que désormais l'armement des vaisseaux ne sera plus à la charge des capitaines, mais à celle de « l'État » qui en gardera l'entière propriété. Dans chacun des ports, leur conservation et leur entretien sont confiés à un commissaire général. Mazarin poursuit l'œuvre administrative et prépare la voie aux grandes ordonnances de Colbert et Seignelay. Un édit de 1650 nomme vingt commissaires pour veiller au recrutement des équipages. Il leur appartient de verser les avances de solde, d'assurer vivres et logement jusqu'au lieu d'embarquement et de solder les comptes lors du licenciement.
En , à Toulon, pour la première fois, un intendant « de justice, police et finances » est désigné dans un port. Il reçoit du roi délégation générale pour veiller à l'observation des règlements et ordonnances de la Marine.
Sous Colbert Chargé des finances depuis 1661, secrétaire d'État à la Marine en 1669, Colbert est son propre ordonnateur. Il est détenteur de tous les pouvoirs et n'a de compte à rendre qu'au roi. Il concentre son œuvre sur l'organisation des arsenaux et la gestion des moyens, celle des hommes comme celle des approvisionnements.
Pour les arsenaux, Colbert veut l'économie. L'exemple de Toulon, où l'intendant installé en 1659 a obtenu des résultats satisfaisants, est étendu sur le quai aux vivres à Rochefort en 1666, puis à Brest en 1674. Peu à peu, des corderies sont bâties ainsi que les bassins, les fonderies de canons, les forges aux ancres, les magasins, les fours à pain... Dans le même temps, la décision est prise de confier la charge des approvisionnements en vivres à un munitionnaire général choisi par une adjudication annuelle, tandis qu'une grande ordonnance sur les eaux et forêts met le royaume en coupe au profit de la Marine, grosse consommatrice de bois. Des commissaires visiteront les provinces pour marquer les arbres propres aux constructions, surveiller les adjudications, les coupes et, dans les arsenaux, veiller au stockage des grumes et à la démolition des vaisseaux condamnés
Parallèlement, un projet de conscription se dessine. Le système des classes s'applique à la population maritime du littoral divisée en une multitude de « quartiers » placés sous la responsabilité d'un commissaire, avant que d'autres ne soient créés plus tard dans les bassins intérieurs de la Loire et de la Garonne. La Marine est donc omniprésente, jusqu'aux colonies dont l'administration n'est qu'une transposition pure et simple de l'administration navale avec ses intendants, commissaires, écrivains et commis.
L'œuvre immense de Colbert est résumée après sa mort dans l'ordonnance de 1689 promulguée par Seignelay, son fils et successeur. Elle distingue le vaisseau à la mer et le vaisseau dans le port. Le premier est confié aux officiers militaires. Le second est l'objet de l'attention presque exclusive des officiers civils chargés de l'administration. Secondé par un commissaire général, l'intendant des grands ports est confirmé dans ses fonctions de justice, police et finances. Il est assisté par des commissaires compétents dans l'ordre technique et administratif placé à la tête des services de l'arsenal : magasin général, constructions, radoubs et carènes. Chaque armée navale dispose enfin d'un commissaire général ; un écrivain du roi figure dans l'état-major des bâtiments de plus de cinquante-neuf hommes ; il est l'œil du maître, le roi ; ses rapports font foi.
Avec les guerres de la Ligue d'Augsbourg et de Succession d'Espagne, les difficultés grandissent et deviennent pratiquement insurmontables. L'argent manque et le système des classes s'en trouve compromis.
Au thumb|upright|Un commissaire général en 1776.
C’est alors que s’exacerbe la lutte de la « plume » et de l’« épée » qui voit les intendants et commissaires s’opposer aux officiers de marine. Ces derniers, qui admettent mal les prérogatives du corps de l’administration, ne vont avoir de cesse que d’affirmer leur autorité. En 1765, après les désastres navals de la guerre de Sept Ans, les dispositions prises par Choiseul, ministre de la Marine, amorcent une première réorganisation tendant à donner la prééminence aux officiers de vaisseau. C’est ainsi qu’en 1765, Choiseul place ainsi chaque port sous l'autorité d'un commandant de la Marine. Puis, viennent les ordonnances de Sartines qui consacrent définitivement la prééminence des officiers de vaisseau. Certes, si durant la guerre d'indépendance d'Amérique, on dénombre ainsi les succès des Suffren, de Grasse, Guichen, Lamotte-Picquet et d'Estaing, force est de constater qu’ils ont été remportés sur un arrière-plan de gabegie financière et de désordre administratif. À la fin du conflit, il est ainsi impossible de justifier l'emploi d'un milliard et demi de livres et, en 1789, l'apurement définitif des comptes des marins n'a pu encore être fait.
Il revient alors au Maréchal de Castries de remettre de l’ordre. Progressivement, il réglemente la nourriture des équipages, revoit le système des classes et l'administration des ports. Les ordonnances du reconsidèrent presque tous les aspects de la vie de la Marine et, le , un Conseil permanent d'administration du Département de la Marine est créé où siègent quatre intendants parmi les dix membres.
Sous la Révolution Alors que l’indiscipline gagne les ports dès 1789, l'Assemblée nationale veut réformer: l’administration est « civilisée », et l’intendant supprimé. La Convention tente alors de promouvoir un « ordonnateur » placé dans les grands ports, responsable unique pour tous les travaux, les approvisionnements, les comptabilités, la police et l’inscription maritime qui succède au système des classesMarie-Odile Woytt, De l'Ordonnateur au Préfet maritime ou l'Administrateur du port de Toulon de 1789 à 1800, Provence historique, Université d'Aix-en-Provence, 1971.
L’ordre impérial thumb|upright|L’administration de la Marine sous l’Empire : un commissaire en petit uniforme, en service.
Le règlement de Floréal an VIII, à la rédaction duquel ont participé les administrateurs Redon de Beaupréau et Najac, fonde l'organisation de la Marine consulaire puis impériale. Dans chacun des arrondissements maritimes est institué un préfet maritime, autorité unique réunissant entre ses mains de très larges pouvoirs administratifs et militaires, comme jamais l'intendant ne les avait détenus. Six anciens intendants, ordonnateurs ou commissaires en occuperont les fonctions, parmi lesquels Redon de Beaupréau à Lorient, Lescallier à Brest, Malouet à Anvers et Charles-Henri Bertin à Toulon. L'efficacité de l'organisation mise en place dans les ports devient indéniable et sera maintenue dans ses grandes lignes durant plusieurs décennies.
L’administration de la Marine qui a certes perdu depuis 1791 ses attributions diplomatiques et une partie des attributions commerciales et financières qui lui étaient confiées depuis Colbert, n’en demeure pas moins dotée de compétences plus vastes que n’importe quel autre département ministériel. L’examen des chapitres du budget donne un aperçu de la variété de ses domaines d’action : militaire et maritime, bien sûr, mais aussi financier (administration de la caisse des Invalides), judiciaire (cours de justice et tribunaux maritimes), agricole et commercial (pêche,…)… Au-delà des mers, elle étend son administration sur toutes les terres colonisées. À tous ses niveaux, des officiers du commissariat assurent ainsi des responsabilités diverses, tandis que dans les ports on les voit assurer la centralisation des questions administratives pour l’ensemble des services.
L’avènement des techniciens Après la guerre de 1870, le rattachement des colonies à la Marine ne se justifie plus à mesure que l'Empire s'enfonce à l'intérieur des continents. En 1889, les services coloniaux sont rattachés au ministère du Commerce, de l'Industrie et des Colonies puis, en 1894, au nouveau ministère des Colonies. Bientôt, les commissaires du cadre des colonies sont ainsi séparés de ceux qui sont destinés à servir dans les ports et sur les vaisseaux. Peu après, en 1902, ce seront les commissaires affectés à l'inscription maritime qui feront à leur tour sécession.
Au début du , Le commissariat de la Marine n’exerce ainsi de compétence que sur un domaine exclusivement militaire, dans des conditions radicalement nouvelles par rapport aux décennies antérieures.
thumb|Officiers du commissariat en 1850 : du commis de Marine au commissaire général.
En effet, à la même époque, le vent de réformes qui souffle sur l'organisation des armées n'épargne pas la Marine.