La Préhistoire de Malte n'est bien connue qu'à partir du Néolithique. La présence humaine sur l’archipel maltais avant 5500 n'a à ce jour pas encore été établie de manière certaine. L'étude de la céramique retrouvée sur les principaux sites archéologiques et celle de l'architecture des temples mégalithiques de l'archipel ont permis par contre de définir un cadre chronologique assez détaillé de la fin du Néolithique jusqu'à l'Âge du bronze.
Historiographie de la Préhistoire de Malte
Avant le , l’histoire de l’humanité était consignée dans les textes religieux et dans quelques textes classiques. On considérait alors qu'un âge des métaux avait précédé un âge classique, dont étaient issues les civilisations. Ces origines mythiques avaient encore cours dans le royaume de France à la Renaissance, où, d’après Lemaire de BelgesÉpitre du roy à Hector de Troye de Lemaire de Belges (1473-1525) ou RonsardFranciade de Ronsard., la royauté française avait comme origine Hector de Troie. Les pierres taillées n’étaient encore que des « céraunies », des pierres dues aux impacts de la foudre.
Michel Mercati (1541-1593), directeur du jardin botanique pontifical sous Sixte Quint, est le premier à envisager dans sa Metallotheca une origine humaine aux pierres taillées : « Les plus anciens hommes eurent pour couteaux des éclats de silex.
Au , dans l’esprit des Lumières, le père Bernard de Montfaucon et le comte de Caylus révolutionnèrent « les antiquités ». Le premier, dans L’Antiquité expliquée et représentée en figure en latin et en français, après un voyage en Italie de 1698 à 1701, prône le voyage d’étude sur le terrain et dans les cabinets de curiosités en complément de l’étude des textes. Le second, dans Recueil d’antiquités égyptiennes, étrusques, grecques, romaines et gauloises, clarifie la distinction entre historien et antiquaire. L’antiquaire ne devait pas illustrer son texte de vestiges mais devait faire des vestiges les objets même de ses études. Ainsi Montfaucon, en publiant la sépulture mégalithique découverte en 1685, près d’Évreux, fit des recherches pour retrouver tout ce qui avait été écrit sur des sépultures de ce genre. C’est l’occasion de réformer la chronologie admise en introduisant un âge du cuivre entre l'âge de la pierre et l'âge du fer à la suite des anciens comme Pausanias ou Homère. Le comte de Caylus affirme l’antériorité des mégalithes par rapport à l’époque romaine et parle pour la première fois de « l’immensité des générations qui se sont succédé depuis l’invention du feu et de la roue.
thumb|Ħaġar QimGravure de Jean-Pierre Houël de 1776.
À la fin du , à la suite de la jeunesse aristocratique anglaise, le « Grand Tour » conduit le « savant » sur les routes de Grèce, d’Italie et de Sicile. Le tour allait quelquefois jusqu’à Malte, l’île des Chevaliers, conservatoire de la noblesse européenne. Jean-Pierre Houël est le premier à s’y rendre, par deux fois en 1770 et en 1776. Il en rapporte dix-huit estampes dont quatre représentent les vestiges mégalithiques sur un total de 264 estampes en partie achetées par Catherine II de Russie et conservées au Musée de l'Ermitage.. Il est suivi de peu, en 1778, par Louis Ducros, jeune artiste suisse, accompagné de Ten Hove, Willem Carel Dierkens, Willem Hendrik van Nieuwerkerke (trois Hollandais) et l’Anglais Nathaniel Thornbury. Il illustre le rapport de ses compagnons de route, Voyage en Italie, en Sicile et à Malte – 1778, de quatre aquarelles du temple Ġgantija « monument phénicien ou carthaginois, appelé vulgairement Tour des Géants » aujourd’hui au Rijksmuseum d’Amsterdam.
En 1833, George Grondet, adjudant-ingénieur du génie, finit sa vie à Malte et rédige un ouvrage, L’Atlantide di Giorgio Grognet di Vassé, dans lequel il soutient que les monuments de Malte sont les vestiges de l’Atlantide. Il établit le relevé du mur de Melita et le transmet à l’abbé Petit-Radel, auteur de la « théorie des monuments pélagiques ». Petit-Radel est conservateur de la bibliothèque Mazarine où il collectionne des modèles en plâtre de monuments mégalithiques réalisés par Étienne Poulin. Dès 1792, il émet l’hypothèse que Pélagos, mentionné par Pausanias comme étant celui qui apprit aux hommes à se nourrir, à se vêtir et l’art de bâtir, appartenait à une époque antérieure à l’Antiquité classique. Selon lui l’humanité avait connu avant l’Histoire, une période de vie nomade et pastorale et son passage à la vie civile et politique avait été marqué, bien avant l’Antiquité, par les premières constructions mégalithiques, les monuments pélagiques.
thumb|Cercle de BrochtorffAquarelle de Charles de Brochtorff de 1825.
Sous la colonisation britannique, les premières fouilles de l’archipel maltais sont réalisées par le colonel Gouverneur de Gozo, Otto Bayer sur le site de Xagħra sous le regard de l'artiste maltais Charles de Brochtorff qui lui laissera son nom. En 1827, quand il dégage le temple de Ġgantija, le dessinateur Louis Mazzara montre le dégagement du temple, publié sous le titre de Temple ante-diluvien dit des Géants, découvert dans l’île de Calypso, aujourd’hui Gozo, près de Malte. En 1839, Ambroise Firmin Didot lève le plan du temple que publie Frédéric Lacroix dans le chapitre Malte et Gozo du tome IV de la collection L’Univers pittoresque paru en 1848. C’est le premier guide français décrivant en détail les îles de Malte et Gozo ainsi que les monuments « préhistoriques ». En 1841, dans Histoire de Malte, Miège, ancien consul de France à Malte, attribue encore les temples mégalithiques aux Phéniciens.
Il faut attendre la découverte de l’hypogée de Ħal Saflieni en 1902 pour que l’archéologie maltaise prenne un vrai départ sous l’impulsion de Themistocles Zammit qui sera le premier directeur du Museum. De formation médicale, T. Zammit introduit les méthodes scientifiques dans les fouilles maltaises ; de Ħaġar Qim en 1909, de Mnajdra en 1910, de Tarxien en 1914, de Ta’ Hagrat en 1923. Il faut attendre 1952, pour que John Davies Evans relance les études archéologiques maltaises. Il fonde en 1954, la Société d’archéologie dont il devient le premier président. En 1958, comme président du musée d’archéologie, il inaugure les nouveaux locaux du musée à l’Auberge de Provence à La Valette et en 1960 le musée d’archéologie de Gozo à la Casa Bondì. Depuis 1989, l’archéologie maltaise est sous la responsabilité d'Anthony Bonanno, chercheur à l’Université de Malte et vice-président de la Société d’archéologie.
Malte au Paléolithique
En archéologie, la période du Paléolithique correspond à l'époque géologique du Pléistocène, c'est-à-dire une période marquée cycliquement par des glaciations. Elle débute il y a d'années, pour se terminer autour de 10000 av. J.-C.. Pendant cette période, le climat se caractérise par des cycles de glaciations au cours desquels les calottes glaciaires s'étendent du pôle jusqu’aux environs du nord. Près du tiers de la surface de la terre est recouvert d’inlandsis. Ceux-ci mobilisent une telle quantité d’eau que le niveau des mers baisse de 100 à , découvrant les plateaux océaniques, exondant ainsi des isthmes entre les îles et les continents. La Méditerranée orientale ne communique avec la Méditerranée occidentale que par un mince détroit qui sépare la Tunisie de la péninsule sicilo-maltaise...
thumb|upright=1.2|Présence de l'Homo sapiens en dehors de Malte.
La Préhistoire maltaise reste mal connue pour les périodes précédant le . Les îles maltaises n’ont livré, à ce jour, aucun témoignage préhistorique humain antérieur au Néolithique. Les autres grandes îles de Méditerranée occidentale ont d'ailleurs connu une fréquentation humaine assez tardive (Sardaigne, Corse, Baléares). La présence de chasseurs-cueilleurs paléolithiques est pourtant établie sur la péninsule italienne jusqu'en Sicile (gisement de l’abri de Fontana Nuova di Ragusa daté de l’Aurignacien), comme il est établi qu'à cette époque l'archipel maltais était rattaché à la Sicile et que la faune chassée en Sicile était présente à Malte. Malgré cette identité de biotope, les indices de présence humaine au Paléolithique demeurent inconnus dans l'archipel maltais ; il est peu probable que cela traduise une absence effective mais le manque de preuve oblige les scientifiques à la réserve. Un espoir se fit jour dans les années 1980 quand des peintures rupestres furent découvertes à Gar Hassan, dans les falaises sud-est de l'île de Malte, ainsi que des outils trop rapidement attribués au Paléolithique. En fait, aucune preuve scientifique véritable ne permet d'attester de la présence de l'homme paléolithique dans l'archipel, même si sa présence est plus que probable pour certains archéologues.. Beaucoup pensent que la réutilisation rapide des principales grottes maltaises en hypogée a nettoyé celles-ci de toute trace antérieure. Il faut donc, en l’état des connaissances, reconnaître que, malgré l'existence d’une faune susceptible d'être chassée, les vagues successives de peuplement de la péninsule européenne ont ignoré l’archipel maltaisEarly Man and Island environments, Symposium international d'archéologie, Oliena, Sardaigne (1988). Aucune publication d'ensemble des travaux de ce symposium n'a été publiée..
Malte au Néolithique
Colonisation de Malte
thumb|Outils lithiques et osseux de la phase Għar Dalam (Musée national d'archéologie de La Valette).
Les premiers habitants de l'archipel maltais arrivent par mer depuis la Sicile, distante d'environ au nord, vers 5000 av. J.-C.. Ce sont des porteurs de la culture de Stentinello. Ils implantent l'économie néolithique dans les îles en important du bétail (moutons, chèvres, porcs) et des plantes cultivées (orge, blé, lentilles et pois). Leurs outils sont fabriqués dans des roches dures importées : couteaux en silex et haches polies en roches vertes provenant de Sicile, notamment des gisements des monts Hybléens dans le sud-est de l'île, lames en obsidienne des îles de Pantelleria et de Lipari, meules et broyeurs en basalte de l'Etna.
La céramique de Stentinello avec sa riche ornementation comprenant des figures géométriques (lignes circulaires, guirlandes, chevrons, zigzags) a été découverte en plusieurs points de l'archipel maltais (Għar Dalam, Ta Hagrat, Santa Verna, Xewkija). Le site de Santa Verna sur l'île de Gozo, fouillé dès 1908 par T.E. Peet et en 1911 par T. Ashby et R.N. Bradley, a livré deux squelettes complets et des éléments isolés appartenant à d'autres individus dont un enfant. Les plus anciennes sépultures maltaises sont datées d'environ 5000 av. J.-C. La fin du est marquée par l'arrivée en provenance de Sicile d'une nouvelle vague de cultivateurs possédant la culture de la céramique de San Cono-Piano-Notaro. Ces nouveaux arrivants vont vivifier la culture existante de l'archipel. La statuaire est constituée de représentations anthropomorphes stylisées rappelant les statues-menhirs de Sardaigne et de France méridionale. Ce rapprochement est particulièrement énigmatique car aucune autre relation n'est établie avec ces cultures..