Cet article couvre l'histoire du territoire du Bénin depuis le , pour la zone géographique incluse en 1960 dans ce qui a été appelé à l'époque la république du Dahomey avant de devenir la république populaire du Bénin.
Premiers habitants Dans la chaîne de l'Atacora, au nord-ouest du Bénin, des prospections et des fouilles systématiques ont identifié des grottes, des abris sous roche et des sites de plein air présentant des industries lithiques couvrant l'âge de la pierre ancien, l'âge de la pierre moyen et l'âge de la pierre récent. Ces sites ont livré divers artefacts, dont de grands éclats et des nucléus associés à des technologies de l'âge de la pierre moyen, ainsi que des microlithes, des meules, des haches polies et de la céramique indiquant des occupations de l'âge de la pierre récent et du Néolithique dans la région. Une synthèse plus large des sites pléistocènes d'Afrique de l'Ouest inclut des localités situées dans l'actuel Bénin, confirmant l'insertion du pays dans la dynamique régionale de l'occupation de l'âge de la pierre.
Etudes génétiques Une étude publiée en 2015 par Maarten Larmuseau et ses collaborateurs a examiné la diversité génétique paternelle de populations du golfe du Bénin, en se concentrant sur quatre groupes de l'actuel Bénin : les Fon, les Yoruba, les Bariba et les Dendi. À partir de marqueurs du chromosome Y, les auteurs mettent en évidence une forte diversité génétique entre ces populations, reflets d'une histoire démographique complexe faite de migrations et d'interactions. L'étude indique notamment que les Yoruba du Benin présentent une différenciation génétique marquée, à la fois par rapport aux groupes voisins et par rapport aux Yoruba du Nigeria, ce qui suggère des lignées paternelles et des trajectoires historiques en partie distinctes.
La sphère culturelle gbe Les peuples locuteurs des langues gbe, ancêtres de près de huit millions de locuteurs actuels du continuum linguistique adja-ewe, occupent une place centrale dans l'histoire culturelle de la Côte des Esclaves. Le gbe appartient à la branche des langues kwa de la famille des langues nigéro-congolaises et se subdivise en cinq groupes principaux : aja, ewe, fon, gen et phla-phera. Ces langues sont parlées de l'est du Ghana au sud du Bénin, les locuteurs phla-phera étant dispersés le long des côtes du Togo, du Bénin et de l'ouest du Nigeria. Les traditions orales font remonter de nombreuses entités politiques gbe à des dispersions dynastiques issues de la ville de Tado, que l'on pense fondée par des migrants venus d'Oyo ou de Ketu au XIIIe siècle.
Des revendications dynastiques de descendance à partir de Tado apparaissent dans plusieurs royaumes, notamment le royaume de Notsé, Grand-Popo, le royaume houéda et Allada, et s'étendent jusqu'au Dahomey et à Porto-Novo. Ces traditions orales suggèrent que les souverains régionaux ont fondé de nouvelles entités politiques par la conquête et par l'alliance, plutôt qu'elles ne reflètent des mouvements de population massifs. Les données linguistiques, notamment les études de glottochronologie, indiquent que la différenciation des langues gbe est probablement intervenue bien avant le XIIIe siècle, peut-être dès 3000 av. J.-C., ce qui fragilise les théories d'une dispersion récente et de grande ampleur.
Plutôt que de refléter des liens généalogiques concrets, les récits dynastiques ont pu servir d'outils idéologiques pour légitimer des élites émergentes par la référence à des origines prestigieuses. Ainsi, les communautés de la Côte des Esclaves sont mieux comprises comme faisant partie d'une sphère d'interaction commune, caractérisée par des mythes politiques et des pratiques culturelles partagés. Akinjogbin a identifié au moins quinze petits royaumes à la veille du contact européen, idéologiquement liés par un ordre politique fondé sur la parenté, la "théorie sociale ebi", qui présentait les monarques comme des figures paternelles au sein de fédérations de lignages autonomes.
Les royaumes africains (~1500-~1850) Les trois royaumes d’Allada, de Porto-Novo et de Dã Homè - dans le ventre du serpent Dã (dan) - sont fondés par les Fons, qui occupent le sud du pays (le nom de Dahomey est donné à l’ensemble du pays après la conquête française). Selon la légende, la fille du roi de la ville de Tado (sur le fleuve Mono, Pays-Adja) fut fécondée par un léopard, alors qu'elle allait puiser de l'eau. Le fils qu'elle met au monde est le fondateur de toute la dynastie. Ses descendants fondent un royaume à Allada au : royaume d'Ardra.
Le siècle suivant, trois frères se disputent le trône : le premier, Kopkon garde le royaume d'Allada, le deuxième, Do-Aklin (Gangnihessou) fonde Abomey et le troisième, Adjache qui devient plus tard Porto-Novo. Le royaume d'Abomey est fondé en 1625. Entre 1645 et 1685, il devient un État puissant. Le roi Aho Houegbadja, petit-fils de Do-Aklin, veut annexer un État voisin dont le roi, Dã, le défie de s'installer sur son ventre. Dã est défait, décapité à Abomey, et dans son ventre est installé le pieu central du palais royal, signe que le roi d'Abomey a pris son adversaire au mot.
Au , Allada et Ouidah sont annexés. Les Européens développent des forts sur la côte comme des bases militaires afin d'imposer aux ethnies côtières une menace militaire pour qu'elles leur fournissent des esclaves (même si c'est l'or qui intéresse surtout les Portugais, lors des premières implantations colonisatrices dans le golfe de Guinée).
Le roi Ghézo (règne : -) consolide le royaume en attaquant régulièrement les Yorubas au Nigeria, se procurant ainsi des esclaves. Son successeur, le roi Glélé (règne : 1858-1889), irrite cependant les Français par son attitude belliqueuse et par son non-conformisme. Par le traité de 1863, il autorise les Français à s'installer à Cotonou.
Mais la présence des Français, ainsi que leur captation des droits de douane qui lui revenaient antérieurement , excède le roi Gbê han zin (1845-1906, règne : 1890-1894, Béhanzin) qui lutte contre les Français pour recouvrer la souveraineté du royaume. Une statue géante du roi à l'entrée de la ville d'Abomey illustre et rappelle cette lutte face à l'envahisseur : Gbê han zin fait figure de résistant et jouit d'une haute estime en Afrique Noire. Béhanzin fait donc la guerre aux Français, mais il n'est pas le seul des douze rois à s'être dressé contre l'envahisseur.
Le traité de Ouidah (1890), signé en , place Porto-Novo et Cotonou sous tutelle française. Ce même traité prévoit le versement par la France d'une pension au roi du Dahomey. Le roi Béhanzin et les Danxoméens considèrent le roi Toffa de Porto-Novo comme un traître, qui a fait alliance avec les Français. Battu militairement, s'étant enfui, Béhanzin, soucieux de son peuple, demande à discuter avec le président français d'alors. Ainsi il se rend en 1894 au général Alfred Amédée Dodds, et est déporté aux Antilles. Le Trésor de Béhanzin est pillé. Abomey devient alors un protectorat français. Allada et Porto-Novo, eux aussi sous protectorat, forment avec Abomey la colonie du Dahomey.
La colonie du Dahomey (1894-1958)
Au début du , les trois royaumes cessent d'être autonomes et sont confondus dans un ensemble divisé en cercles gérés par des administrateurs et cantons gérés par des chefs africains. Pendant la Première Guerre mondiale, des troubles éclatent dans le nord du pays après l'envoi de troupes autochtones sur le front européen. À la fin de la guerre, la colonie se structure : les moyens de communication se développent, la production agricole se rationalise et la scolarisation augmente. Sous l'influence de missions catholiques et protestantes d'une part, de l'enseignement laïc d'autre part, un enseignement primaire et secondaire se met en place. Intégrés dans l'Afrique-Occidentale française (AOF), les Dahoméens entrent dans la fonction publique et servent dans d'autres territoires de la fédération ; le pays est alors souvent qualifié de Quartier latin de l'Afrique.
La Conférence de Brazzaville
Le se termine à Brazzaville une conférence réunissant les dix-huit gouverneurs et gouverneurs généraux de l’AOF, de l’Afrique-Équatoriale française, de la Côte française des Somalis, de Madagascar et de La Réunion. Sous la présidence de René Pleven, commissaire aux Colonies du Comité français de libération nationale, cette réunion a pour mission d’émettre des recommandations sur la future législation coloniale. La présence du général Charles de Gaulle et la tenue d’une telle réunion alors que la guerre est loin d’être terminée montre le réel intérêt porté à l’avenir de ces territoires qui apparaissent alors comme l’incarnation de la permanence de la République hors du territoire métropolitain. Il ressort de Brazzaville l’idée d’une participation accrue de la population africaine à la vie politique et le désir d’abandonner les régimes d’exceptions auxquels elle est alors soumise comme le code de l’indigénat.
Les réformes et les élections de 1945-1947 Par trois décrets publiés en août et en , le gouvernement provisoire fixe à trente-trois. le nombre de députés pour l’outre-mer sur un total de cinq cent quatre-vingt-six à l'Assemblée constituante. Le double collège est généralisé, le premier regroupant les citoyens français et le second les sujets de l’Empire colonial français. Le scrutin est uninominal à deux tours, le Dahomey et le Togo forment une seule circonscription qui obtient deux sièges.
Lors des élections constituantes françaises tenues le , Sourou Migan Apithy, candidat des Comités électoraux, remporte, dès le premier tour, le siège du second collège en arrivant largement en tête devant sept autres candidats. Le siège au premier collège revient au révérend-père Francis Aupiais, autre candidat des Comités électoraux, élu au second tour le . Mais cette victoire des Comités électoraux, présentant un front uni face aux échéances électorales à venir, n’a été possible qu’en évitant d’afficher une orientation politique claire. Ainsi, Apithy s’inscrit dans le groupe de la Section française de l'Internationale ouvrière (SFIO) au Palais Bourbon, alors qu’Aupiais s’inscrit au Mouvement républicain populaire (MRP). Le décès de ce dernier, dans la nuit du 14 au , entraîne une élection partielle le . Seul candidat, le révérend-père Jacques Bertho est élu au premier collège et s’inscrit à son tour au MRP.
La Constituante adopte le , la loi n° 46-645, dite loi Houphouët-Boigny, portant sur l’abolition du travail forcé ou obligatoire dans les colonies françaises, étend le code pénal métropolitain aux colonies le et accorde le la citoyenneté française « à tous les ressortissants des territoires d’outre-mer sans qu’il soit porté atteinte au statut personnel » (Loi Lamine Guèye). Mais le référendum du 5 mai, dont le vote est limité au premier collège, est rejeté.
Une nouvelle élection législative est organisée le . Sourou Migan Apithy et Jacques Bertho sont, dès le premier tour, élus députés. Le , la Constitution de la Quatrième République est adoptée par référendum, encore limité au premier collège.
Au niveau fédéral, l’année 1946 est marquée par le congrès fondateur du Rassemblement démocratique africain (RDA) à Bamako (Soudan français devenu depuis le Mali). Sourou Migan Apithy, Émile Derlin Zinsou et Louis Ignacio-Pinto forment la délégation du Dahomey. Apithy est élu vice-président du nouveau parti et signe le manifeste, alors que Pinto est élu président de la Commission de politique générale. Mais, Zinsou refuse le poste de secrétaire général mettant en cause l’affiliation du RDA au Parti communiste français (PCF), seul parti métropolitain invité à Bamako. Si la position de Zinsou est soutenue par la majorité des membres du Comité directeur des Comités électoraux, l’importance prise par Apithy, qui est élu à la première législature de la Quatrième République le , limite les moyens de pressions à son encontre.