L’ordre de Saint-Jean de Jérusalem, présent à Malte de 1530 à 1798, est un ordre religieux qui a existé depuis les environs de l’année 1080 — quelques années avant la première croisade — jusque vers 1800 et qui est plus connu sous les noms d’« ordre hospitalier de Saint-Jean de Jérusalem », d’« ordre de l'Hôpital », d’« ordre hospitalier » ou plus simplement des « Hospitaliers ».

Apparu autour de 1080 à Jérusalem, peu avant la première croisade, l'ordre joue ensuite un rôle important, aux côtés des Templiers, dans la défense des États latins de Terre sainte, et, après l'éviction des croisés en 1291, s'installe à Chypre puis à Rhodes (1310), île dont il est expulsé par la conquête turque en 1522. L'ordre s'installe alors à Malte grâce à la protection de Charles Quint et devient une puissance maritime souveraine. Il est expulsé de Malte en 1798 par Bonaparte et se place sous la protection de Paul de Russie. Mais rapidement se produit une crise qui aboutit à l'éclatement de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem en ordres concurrentsSur l'ensemble de l'histoire de l'ordre : voir la page Ordre de Saint-Jean de Jérusalem.

Durant la troisième et dernière période de son existence, qui dure près de trois siècles, l'ordre des Hospitaliers joue un rôle important en Méditerranée à partir de sa base maritime de Malte.

De la perte de Rhodes au siège de Malte (1523-1565)

Une période d'errance (1523-1530)

Après six mois d'affrontements, les Hospitaliers capitulèrent et durent quitter Rhodes, le , avec les honneurs de la guerre rendus par Soliman. Ils embarquent avec armes, bagages, trésor, archives et reliques (la vierge de Philerme). Les Hospitaliers emmènent, sur une trentaine ou quarantaine de navires, tous leurs blessés et tous les occupants de l'hôpital, ils sont accompagnés de à qui préfèrent ne pas rester sous la coupe des OttomansB. Galimard Flavigny (2006) 124.. Ils commencent une longue errance de sept années.

L'installation à Malte et Tripoli (1530) thumb|upright|Portrait de Jean de Valette, grand maître de l'ordre Finalement l'empereur Charles Quint, qui est aussi roi d'Espagne et roi de Naples, maître de la Sardaigne et de la Sicile, comprend l'utilité d'un ordre militaire expérimenté en Méditerranée, alors que la poussée ottomane se prolonge jusqu'en Afrique du Nord : le Penon face à Alger est pris en 1529 par Khayr ad-Din Barberousse, qui a placé la régence d'Alger, sous tutelle ottomane dès 1521. Le , Charles Quint cède à l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem la possession de l'archipel de Malte, dépendance du royaume de Sicile, ainsi que la place de Tripoli occupée par les Espagnols depuis 1510 (un des gouverneurs de Tripoli sera le futur grand maître Jean de Valette).

Malgré les défauts qu'ils trouvent à Malte : la petitesse des îles, le manque de ressources agricoles et d'eau, les réticences de la population ; les Hospitaliers acceptent restant ainsi aux avant-postes de la Chrétienté et entretenant l'espoir de reprendre pied à Rhodes. Rapidement cet espoir tombera et les Hospitaliers pensent plutôt développer leur implantation de Tripoli. C'est à partir de la perte de Tripoli en 1551 que les Hospitaliers renoncent définitivement à un retour en Orient. À Malte, ils s'installent non pas au centre de l'île, dans l'ancienne capitale des Arabes, L-Imdina, mais au plus près du port, à Borgho (Il-Birgu) protégé par le Castrum maris (fort Saint-Ange). En 1551/1552, le grand maître hospitalier Juan de Homedes met l'île en défense, il fait construire le fort Saint-Elme et le fort Saint-Michel.

Peu après leur installation à Malte, Barberousse s'empare de Tunis, mais Charles Quint lance une expédition qui le chasse dès 1535, établissant un protectorat sur le sultan hafside (Tunis sera conquise par les Ottomans en 1574).

La perte de Tripoli (1551) thumb|upright|Territoires de l'Ordre de 1530 à 1551 et de 1551 à 1798. L'attaque ottomane sur Tripoli vient en représailles à l'opération menée par les Espagnols contre Dragut à Africa (actuelle Mahdia en Tunisie). Dragut ayant pris cette petite ville au début de 1550 à partir de sa base de Djerba, constitue une menace directe pour le préside espagnol de La Goulette, près de Tunis ; dès , une escadre espagnole reprend Africa et l'occupe. En , les Turcs demandent officiellement aux Espagnols de quitter AfricaBraudel, 1982, tome 2, ., ce qui est refusé.

En juillet, la flotte ottomane vient menacer le port de Malte, ravage Gozo, puis se dirige sur Tripoli qui est assiégée et tombe assez facilement, les soldats de la garnison s'étant révoltés. Les chevaliers sont libérés immédiatement sur intervention de l'ambassadeur de France à Constantinople, présent à Tripoli aux côtés des TurcsLa France étant en guerre contre l'Espagne et alliée à l'Empire ottoman..

Cet échec entraîne des débats à Malte pour déterminer les responsabilitésBraudel, , évoque, sans détails, des accusations de trahison contre le chevalier Gaspar de Vallier et d'imprévoyance contre le grand maître Juan de Homedes..

À la suite des événements de 1551, le grand maître Juan de Homedes fait renforcer les protections du port de Malte : il lance la construction du fort Saint-Elme à l’extrémité de la Péninsule de Xiberras, située face à Borgo de l'autre côté du Grand Port et du fort Saint-Michel du côté de Borgo. Ces travaux sont achevés par son successeur, Claude de La Sengle.

La Réforme et l'appauvrissement de l'ordre Durant ces décennies, la Réforme protestante porte en Europe du Nord un grand coup aux possessions des Hospitaliers. Dans les États dont les princes deviennent protestants, leurs commanderies sont sécularisées et certains grands prieurés cessent purement et simplement d'exister, comme ceux de Suède et de Danemark. En 1540, le roi d'Angleterre Henri VIII supprime de facto la Langue d'Angleterre. C'est dans ce contexte difficile que l'ordre doit faire face à la plus grande épreuve de son histoire : le « grand siège » de 1565.

Malte dans le conflit hispano-turc de 1560 à 1565 À la fin des années 1550, la conjoncture internationale se modifie du fait du retour à la paix en Allemagne (paix d'Augsbourg, 1558) et entre la France et l'Espagne (traité du Cateau-Cambrésis, 1559). Tout cela est favorable à l'Espagne de Philippe II confrontée aux Ottomans en MéditerranéeSur le conflit hispano-turc, voir Braudel, 1949 (édition 1986, tome 2, , « Les six dernières années de la suprématie turque »..

L'expédition contre Dragut (1560) : le désastre de Djerba Dès 1559, le vice-roi de Sicile et le grand maître Jean de Valette (1557-1568), élaborent un projet d'attaque contre le corsaire Dragut qui tient Djerba et Tripoli ; Philippe II donne son accord à l'expédition.

Après de longs mois de préparatifs, celle-ci quitte Messine seulement en et est obligée par le mauvais temps à relâcher pendant deux mois et demi à Malte.

En , la flotte se dirige d'abord vers Djerba qui est facilement occupée ; la construction d'un fort est entreprise. Mais le gouvernement ottoman réagit en envoyant une flotte qui arrive à Djerba dès le mois de mai. Une bonne partie de la flotte chrétienne est prise et la garnison du fort se rend après quelques semaines de siège (), sans avoir reçu de secoursBraudel, 1982, tome 2, ..

Le « grand siège » (1565)

La flotte turque se présente devant Malte le B. Galimard Flavigny (2006) 165. avec une force de plus de cent soixante galères et trente mille hommes. Les Hospitaliers ne peuvent opposer que huit cents chevaliers et que le grand maître Jean de Valette a convoqués.

Les Ottomans débarquent sur la presqu'île de Sciberras qui domine le grand port. Face à la presqu'île, de l'autre côté du port, le retranchement hospitalier est défendu par le fort Saint-Elme ; deux autres forts, Saint-Ange et Saint-Michel, défendent les autres accès. Birgu est tenue par et quelques centaines d'hommes.

thumb|Le Siège de Malte (1565) Les Ottomans décident de neutraliser d'abord le fort Saint-Elme ; l'attaque du fort est menée par le corsaire Dragut qui espère s'en rendre maître en cinq jours. Les cinquante canons turcs, débarqués des galères, pilonnent le fort ; les Ottomans partent à l'assaut, mais les chevaliers résistent. Rapidement, le fort Saint-Elme est isolé, encerclé côté mer par les galères ottomanes, et côté terre les troupes débarquées. La faiblesse numérique des chevaliers les empêche de lancer une contre-attaque pour briser l'encerclement. Les chevaliers, affamés, renforcés par les quelques soldats qui parviennent à rejoindre le fort à la nage, tiennent plusieurs semaines mais la situation devient critique et le fort Saint-Elme tombe le ; deux cents chevaliers y trouvent la mort. Pour démoraliser les chevaliers défendant Birgu, le commandant ottoman, Moustapha Pacha, lance dans la rade des radeaux portant les corps crucifiés de défenseurs du fort Saint-Elme. En réponse, Jean de Valette fait décapiter les prisonniers ottomans et bombarde les lignes ennemies de leurs têtes. L'Ordre a cependant mis à profit le temps perdu par les Turcs au fort Saint-Elme pour demander de l'aide dans toute l'Europe chrétienne.

Moustapha Pacha lance l'attaque contre Birgu en juillet ; les Turcs parviennent à y entrer le , mais ils sont repoussés. La situation des assiégés est tout de même très critique mais ils réussissent à tenir jusqu'au , date de l'arrivée du « grand secours », l'armée espagnole en provenance de Sicile. Les Ottomans sont contraints de lever le siège et se replient, laissant environ sur le terrain. Les pertes chrétiennes ne s'élèvent qu'à dont . C'est un échec pour l'Empire ottoman et cette victoire de l'Ordre ouvre une longue période de prospérité pour Malte.

Après l'échec du siège, l'Ordre se retrouve au centre des attentions des puissances catholiques européennes.

La nouvelle ville de La Valette

Dès le mandat de Claude de La Sengle existe un projet de construction d'une ville nouvelle sur la Péninsule de Xiberras, juste en deçà du fort Saint-Elme, projet poursuivi par Jean de Valette après son élection en 1557.

La construction n'a cependant lieu qu'après le Grand Siège de 1565, mais elle bénéficie alors d'une aide extérieure considérable. Le plan définitif est établi par Francesco Laparelli, ingénieur militaire, ancien collaborateur de Michel-Ange, secondé par Gabrio Serbelloni, architecte du roi Philippe II d'Espagne, et par un architecte maltais Ġlormu Cassar. Laparelli dirige les travaux de 1566 à 1569, puis la responsabilité revient à Cassar jusqu'à sa mort en 1586.

La nouvelle ville reçoit un nom se référant au grand maître, mort en 1568 : Humilissima Civitas Vallettae, « la très humble cité de La Valette ».

De la bataille de Lépante à la perte de Malte (1571-1798) 200px|thumb|La Bataille de Lépante (1571) Lépante

Quelques années après leur échec à Malte, les Ottomans subissent un revers encore plus grave à Lépante, le .

Les Hospitaliers s'illustrent pendant cette bataille navale, où la flotte de la sainte Ligue, commandée par don Juan d'Autriche, détruit la flotte ottomane.

Désormais, l'Empire ottoman n'a plus la capacité d'intervenir hors de Méditerranée orientale ; mais cela n'empêche pas les flottes « barbaresques » d'Afrique du Nord de poursuivre leurs activités en Méditerranée, et même dans l'Atlantique. Les Hospitaliers participent cependant à une importante bataille navale le , au large de Damiette en ÉgypteAndré Plaisse, La Grande Croisière du bailly de Chambray contre les Turcs, revue Marins et Océans III, « Économica », 1992.

L'esclavage à Malte

Après Lépante, l'Ordre se lance à nouveau, comme à Rhodes, dans le corso, la guerre de course, qui de contre-attaque qu'elle était à l'origine, devient vite un moyen pour les chevaliers de s'enrichir grâce à l'arraisonnement de cargaisons mais surtout par le commerce d'esclaves, dont La Valette devient le premier centre dans le monde chrétien.