Les transports dans le département français des Pyrénées-Atlantiques présentent de nombreuses caractéristiques originales.

En premier lieu, le département se situe le long de la frontière franco-espagnole, au trafic transfrontalier intense mais gêné par le relief de la chaîne des Pyrénées : deux points de passage principaux existent, mais celui situé le long de la côte (autoroute A63, ligne de Bordeaux-Saint-Jean à Irun) a nettement pris l'ascendant sur celui du col du Somport (franchi par le tunnel routier du Somport, au trafic modeste, et la ligne de Pau à Canfranc (frontière), en partie désaffectée).

En second lieu, l'éloignement des principales métropoles françaises et en particulier de Paris, couplé à son attractivité touristique, expliquent le trafic aérien élevé du département, qui compte deux des 25 aéroports les plus fréquentés de France.

Enfin, l'ouest du département est couvert par l'une des autorités organisatrices de la mobilité au ressort territorial le plus vaste de France : des transports en commun urbains sont ainsi organisés sur un territoire de près de .

Transport routier Infrastructures routières

Les deux axes autoroutiers principaux du département sont l'autoroute A63, qui relie Bordeaux à la côte basque et à l'Espagne, et l'autoroute A64, qui relie la première au niveau de Bayonne à Pau et Toulouse. La première, qui cumule trafic international, trafic national ou régional et trafic local au sein de l'agglomération du Pays basque, accueille jusqu'à par jour sur son tronçon le plus chargé ; la seconde a un trafic de à selon les sections dans le département.. En revanche, l'autoroute A65, ouverte en 2010 entre Langon et Pau, avait un trafic de seulement deux ans après son ouverture..

Les autres axes routiers du département ont une vocation régionale ou locale. La route nationale 134, qui franchit les Pyrénées par le tunnel routier du Somport, dans le prolongement de l'autoroute A65, constitue un axe transfrontalier très peu fréquenté par rapport à l'axe littoral ; elle est essentiellement utilisée pour des trajets de moyenne distance entre la Nouvelle-Aquitaine et l'Aragon.

+ Identifiant  Origine Principales agglomérations desservies dans le département Fin Remarques Autoroute A63 Frontière espagnole vers Saint-Sébastien Hendaye, Saint-Jean-de-Luz, Biarritz, Bayonne Autoroute A630 (rocade de Bordeaux) à Pessac près de Bordeaux Autoroute concédée et payante à 2x3 voies dans le département. Autoroute A64 Autoroute A63 à Saint-Pierre-d'Irube près de Bayonne Briscous, Puyoô, Orthez, Mourenx, Pau, Soumoulou Autoroute A620 à Toulouse Autoroute concédée à 2x2 voies dans le département, gratuite de Saint-Pierre-d'Irube à Urt et payante au-delà. Autoroute A65 Autoroute A62 à Auros près de Langon, vers Bordeaux Garlin Autoroute A64 à Lescar près de Pau Autoroute concédée et payante à 2x2 voies dans le département. Route nationale 10 Paris-Porte de Saint-Cloud Bayonne, Anglet, Saint-Jean-de-Luz, Hendaye Frontière espagnole vers Saint-Sébastien Déclassée en 2006 en RD 810 dans le département. Route nationale 10A Route nationale 10 à Anglet Biarritz Route nationale 10 à Biarritz-La Négresse Déviation de la RN 10 par le centre-ville de Biarritz, déclassée dans les années 1970 en RD 910. Route nationale 10B Route nationale 10A à Biarritz Route nationale 10 à Bidart Autre déviation de la RN 10, déclassée dans les années 1970 en RD 911. Route nationale 10C Route nationale 10 à Ciboure Hendaye Frontière espagnole vers Irun Alternative à la RN 10 passant par la Corniche basque, déclassée dans les années 1970 en RD 912. Route nationale 111 Route nationale 10C à Hendaye, à 200 mètres de la frontière espagnole Autoroute A63 à Biriatou Déclassée dans les années 1970 en RD 811. Route nationale 117 Avant 1972 : PerpignanAprès 1972 : Toulouse Soumoulou, Pau, Artix, Orthez, Puyoô Bayonne Déclassée en 2006 en RD 817. Route nationale 132 Jusqu'aux années 1950 : BordeauxDes années 1950 aux années 1970 : Langon Bayonne, Cambo-les-Bains Jusqu'aux années 1950 : Saint-Jean-Pied-de-PortDes années 1950 aux années 1970 : Cambo-les-Bains La RN 132 était en tronc commun avec la RN 10 de Saint-Geours-de-Maremne à Bayonne. Le tronçon Cambo-les-Bains - Saint-Jean-Pied-de-Port a été renommé RN 618 dans les années 1950, puis déclassé dans les années 1970 en RD 918. Le tronçon restant entre Bayonne et Cambo-les-Baisn est déclassé dans les années 1970 en RD 932. Route nationale 133 Route nationale 21 à Bergerac Orthez, Salies-de-Béarn, Saint-Palais, Saint-Jean-Pied-de-Port Frontière espagnole vers Pampelune Déclassée dans les années 1970 en RD 933 (sauf le court tronc commun avec la RN 117). Route nationale 134 Pau(avant 1972 : route nationale 132 à Roquefort, vers Langonet de 1972 à 2006 : Route nationale 10 à Saugnac-et-Muret, vers Bordeaux) Garlin (avant 2006),Pau, Gan, Oloron-Sainte-Marie, Bedous Frontière espagnole vers Jaca (tunnel routier du Somport) Déclassée en 2006 au nord de Pau en RD 834. Route nationale 134BIS Route nationale 134 à Gan, vers Pau Arudy, Laruns Frontière espagnole vers Sabiñánigo (col du Pourtalet) Déclassée dans les années 1970 en RD 934. Route nationale 263 Route nationale 10 à Bayonne Anglet, Bayonne Autoroute A63 à Bayonne Route nationale créée à la fin du sur un ancien tronçon de la RN 132, pour relier l'A63 aux centres de Bayonne et Anglet. Déclassée en 2006 dans la voirie communale sous le nom de boulevard d'Aritxague. Route nationale 417 Pau Route nationale 117 à Lescar, vers Bayonne Route nationale créée à la fin du , lorsque la RN 117 a été déviée en-dehors du centre de Pau, et déclassée en 2006. Route nationale 618 Saint-Jean-de-Luz Saint-Pée-sur-Nivelle, Cambo-les-Bains, Saint-Jean-Pied-de-Port, Mauléon-Licharre, Arette, Arudy, Laruns Argelès-sur-Mer « Route des Pyrénées » créée dans les années 1930. Elle possédait plusieurs troncs communs avec d'autres routes nationales ; le tronçon Cambo-les-Bains - Saint-Jean-Pied-de-Port était nommé RN 618 jusqu'aux années 1950. Déclassée dans les années 1970 en RD 918. Route nationale 618A Route nationale 618 à Aramits, près d'Arette Oloron-Sainte-Marie Embranchement de la RN 618, déclassé dans les années 1970 en RD 919. Route nationale 618B Route nationale 134 à Herrère, vers Oloron-Sainte-Marie Route nationale 618 à Arudy Embranchement de la RN 618, déclassé dans les années 1970 en RD 920. Route nationale 636 Bayonne Briscous, Bidache, Sauveterre-de-Béarn, Navarrenx, Oloron-Sainte-Marie, Nay, Pontacq Route nationale 21 à Juillan, près de Tarbes Déclassée dans les années 1970 en RD 936. Route nationale 637 Pau Coarraze Route nationale 135 à Montgaillard, vers Bagnères-de-Bigorre Déclassée dans les années 1970 en RD 937. Route nationale 640 Route nationale 117 à Soumoulou, vers Pau Pontacq Lourdes Déclassée dans les années 1970 en RD 940. Route nationale 643 Pau Morlaàs, Lembeye Auch Déclassée dans les années 1970 en RD 943. Route nationale 644 Route nationale 133 à Saint-Sever, vers Mont-de-Marsan Arzacq-Arraziguet Route nationale 134 à Auriac, vers Pau Déclassée dans les années 1970 en RD 944. Route nationale 645 Route nationale 133 à Sault-de-Navailles, au nord-est d'Orthez Pau Déclassée dans les années 1970 en RD 945. Route nationale 646 Route nationale 643 à Bassoues, vers Auch Garlin, Arzacq-Arraziguet Route nationale 117 à Castétis, vers Orthez Déclassée dans les années 1970 en RD 946. Route nationale 647 Route nationale 10 (auj. A63) à Castets, vers Bordeaux Orthez Route nationale 636 à Navarrenx, vers Oloron-Sainte-Marie Déclassée dans les années 1970 en RD 947. Route nationale 648 Route nationale 618 à Saint-Martin-d'Arrossa, vers Cambo-les-Bains Saint-Étienne-de-Baïgorry Frontière espagnole vers Pampelune (NB : le prolongement côté espagnol n'a jamais été construit, la traversée de la frontière se faisant par la RD 58) Déclassée dans les années 1970 en RD 948. Route nationale 648A Route nationale 648 à Saint-Étienne-de-Baïgorry Frontière espagnole vers Elizondo (col d'Ispéguy) Déclassée dans les années 1970 en RD 949.

Transport collectif de voyageurs

Les Pyrénées-Atlantiques sont desservies par le réseau des cars régionaux Nouvelle-Aquitaine, qui compte une quinzaine de lignes régulières dans le département. Ce réseau ne dessert que la moitié est du département : en effet, le territoire de la communauté d'agglomération du Pays Basque, qui couvre près de 40% du département, est desservi par le réseau Txik Txak (qui relève juridiquement du transport urbain, voir ci-dessous).

Jusqu'en 2017 (loi NOTRe), le conseil général des Pyrénées-Atlantiques organisait le Réseau interurbain des Pyrénées-Atlantiques desservant le département. Le conseil général des Landes organisait quant à lui le réseau XL'R desservant ce dernier département, mais aussi certaines communes des Pyrénées-Atlantiques.

Covoiturage et autopartage

Transport ferroviaire Historique Bayonne est la première ville desservie, en 1855, par une ligne en provenance de Bordeaux. Plusieurs lignes ouvertes en 1863-1864 permettent ensuite au chemin de fer d'atteindre Pau et la frontière espagnole à Hendaye.

Le réseau d’intérêt général a été développé dans le département par la Compagnie des chemins de fer du Midi et du Canal latéral à la Garonne : en plus des lignes de piémont, quelques lignes remontaient les vallées vers l'intérieur du massif des Pyrénées. À la fin du , le chemin de fer d’intérêt général atteignait la plupart des villes et bourgs du département, dont Arudy, Bayonne, Biarritz, Cambo-les-Bains, Hendaye, Laruns, Mauléon-Licharre, Oloron-Sainte-Marie, Orthez, Pau, Puyoô, Saint-Étienne-de-Baïgorry, Saint-Jean-de-Luz, Saint-Jean-Pied-de-Port, Saint-Palais, Salies-de-Béarn et Sauveterre-de-Béarn. En 1928, le réseau atteint son apogée avec l'ouverture du tunnel du Somport, reliant le Béarn à l'Espagne, qui n'atteindra jamais le trafic que ses promoteurs espéraient.

Les Pyrénées-Atlantiques ont également été desservies par plusieurs réseaux de chemins de fer d’intérêt local, pour la plupart à écartement métrique et créés essentiellement dans les premières années du . Le plus important était celui du Chemin de fer de Pau-Oloron-Mauléon, dont les lignes reliaient Pau à Aire-sur-l'Adour, Lembeye, Monein et Pontacq, et Oloron à Mauléon-Licharre et Sauveterre-de-Béarn. Le réseau basque de la compagnie des Voies Ferrées Départementales du Midi desservait la côte basque, et possédait également deux lignes de nature originale à l'intérieur des terres, le chemin de fer à crémaillère de la Rhune et la ligne fret de Saint-Jean-Pied-de-Port à Mendive. La Compagnie des tramways à vapeur de la Chalosse et du Béarn reliait Orthez à Dax et Aire-sur-l'Adour. Le chemin de fer Bayonne-Anglet-Biarritz (BAB), enfin, possédait un caractère résolument urbain. La plupart des lignes de ces réseaux ont fermé avant la Seconde Guerre mondiale.

La Compagnie du Midi, disposant d'un réseau à fortes rampes, éloigné des gisements de charbon mais proche de la ressource hydroélectrique, électrifie la totalité de son réseau dans les Pyrénées-Atlantiques entre les années 1910 et le début des années 1930, alors que la traction électrique est encore absente dans une grande partie du pays. Son réseau d'intérêt général sera toutefois touché comme les autres par des fermetures nombreuses entre les années 1940 et les années 1970. La plus emblématique est celle de la ligne de Pau à Canfranc (frontière) : les trains ne franchissent plus le tunnel du Somport depuis le déraillement d'un train en 1970, la ligne étant limitée à Oloron. De nombreux acteurs locaux militent pour la réouverture de cette ligne, qui est partiellement effective depuis 2016 jusqu'à Bedous.

Gares et infrastructures ferroviaires

Les principales gares de voyageurs sont celles de Bayonne et Pau, avec une fréquentation annuelle respective de et en 2019 ; suivent Biarritz, Saint-Jean-de-Luz - Ciboure et Hendaye, avec une fréquentation annuelle entre et en 2019..