Dans cette liste, ne sont pas considérés les animaux préhistoriques (dinosaures, etc.), mais uniquement les animaux des temps historiques (période de l'histoire allant de l'Antiquité à l'époque moderne). Sont aussi exclues les sous-espèces, la signification de leur disparition pouvant être très différente.
Beaucoup d'espèces éteintes durant cette partie de l'histoire ont été exterminées directement (par la chasse) ou indirectement (destruction de l'habitat naturel, importation ou introduction d'espèces étrangères, ou invasives) par l'homme.. Pour un classement chronologique, non par espèces, voir Chronologie des extinctions au cours de l'Holocène.
Mammifères Cétacés Nom vernaculaire et Nom scientifiqueDate ou période d'extinctionContinentDauphin de Chine (Lipotes vexillifer)2007 (incertain, classé "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Asie
Marsupiaux Noms commun et scientifiqueDate ou période d'extinctionContinentThylacine (Thylacinus cynocephalus)1936OcéanieRat-kangourou du désert (Caloprymnus campestris)1935OcéaniePotorou à face large (Potorous platyops)1875OcéanieOnychogale croissant (Onychogalea lunata)1956OcéanieBandicoot du désert (Perameles eremiana)1943OcéanieLièvre-wallaby de l'Est (Lagorchestes leporides)1889OcéanieLièvre-wallaby du Centre (Lagorchestes asomatus)entre 1940 et 1970OcéanieBandicoot-lapin à queue blanche (Macrotis leucura)années 1950OcéanieBandicoot à pied de porc du Nord (Chaeropus yirratji)années 1950OcéanieBandicoot à pied de porc (Chaeropus ecaudatus)années 1950OcéanieWallaby de Grey (Macropus greyi)1939OcéanieOpossum gracile à ventre rouge (Cryptonatus ignitus)1962Amérique du SudOpossum à rayure unique (Monodelphis unistriata)1899 (incertain, classé "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Amérique du SudBettong de Nullarbor (Bettongia pusilla)inconnueOcéanieCouscous des Telefols (Phalanger matanim)1997 (incertain, classé "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Océanie
Chiroptères Noms commun et scientifiqueDate ou période d'extinctionContinentChauve-souris frugivore de Porto Rico (Phyllonycteris major)InconnueAmérique du NordPipistrelle de Sturdee (Pipistrellus sturdeei)2000AsiePipistrelle de l'île Christmas (Pipistrellus murrayi)2009AsieRoussette à nez en tube de Nendo (Nyctimene sanctacrucis)1907 (incertain, classée "données insuffisantes" par l'UICN)OcéanieRenard volant d'Aru (Pteropus aruensis)1992 (incertain, classé "en danger critique d'extinction par l'UICN)OcéanieRenard volant de l'île Percy (Pteropus brunneus)1874OcéanieRenard volant d'Okinawa (Pteropus loochoensis)Inconnue (incertain, classé "données insuffisantes" par l'UICN)AsieGrand renard volant des Palaos (Pteropus pilosus)1874OcéanieRoussette rougette (Pteropus subniger)entre 1864 et 1873AfriqueRenard volant de Guam (Pteropus tokudae)années 1970OcéanieGrande chauve-souris à queue courte de Nouvelle-Zélande (Mystacina robusta)1965 (incertain, classée "en danger critique d'extinction" par l'UICN)OcéanieChauve-souris sombre à nez en tube (Murina tenebrosa)1962 (incertain, classée "en danger critique d'extinction" par l'UICN)AsieChauve-souris à grandes oreilles de Lord Howe (Nyctophilus howensis)1972OcéanieChauve-souris des hauteurs à tête de singe (Pteralopex pulchra)années 1990 (incertain, classée "en danger critique d'extintion" par l'UICN)OcéanieChauve-souris des Hauts (Scotophilus borbonicus)1902AfriqueChauve-souris à longues oreilles de Lord Howe (Nyctophilus howensis)vers 1972Océanie
Insectivores Noms commun et scientifiqueDate ou période d'extinctionContinentNésophonte d'Atalaye (Nesophontes hypomicrus)inconnueAmérique du NordNésophonte de l'ouest de Cuba (Nesophontes micrus)Amérique du NordNésophonte de Saint Michel (Nesophontes paramicrus)Amérique du NordNésophonte haïtien (Nesophontes zamicrus)Amérique du NordPetit nésophonte de Cuba (Nesophontes submicrus)inconnueAmérique du NordNésophonte de Porto Rico (Nesophontes edithae)Amérique du NordNésophonte des Iles Caïmans (Nesophontes hemicingulus)entre 1504 et 1774Amérique du NordNésophonte effilé de Cuba (Nesophontes longirostris)inconnueAmérique du NordGrand nésophonte de Cuba (Nesophontes major)Amérique du NordNésophonte cubain (Nesophontes superstes)inconnueAmérique du NordSolénodon géant (Solenodon arredondoi)inconnueAmérique du NordSolénodon de Marcano (Solenodon marcanoi)inconnueAmérique du NordMusaraigne géante de Corse (Asoriculus corsicanus)inconnueEuropeMusaraigne de l'île Christmas (Crocidura trichura)1985 (déclaré éteint en 2025 par l’UICN)AsieMusaraigne de Wimmer (Crocidura wimmeri)1976 (incertain, classée "en danger critique d'extinction" par l'UICN)AfriqueTaupe dorée de De Winton (Cryptochloris wintoni)1937 (incertain, classée "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Afrique
Primates Noms commun et scientifiqueDate ou période d'extinctionContinentLémurs koalas (genre Megaladapis)entre 1280 et 1420AfriqueArchéoindris (Archaeoindris fontoynontii)vers 350 av. J.-C.AfriqueArchéolémurs (genre Archaeolemur)entre 1047 et 1280AfriqueBabakotia (Babakotia radiofilai)inconnueAfriqueAye-aye géant (Daubentonia robusta)vers l'an 1000AfriqueHadropithèque (Hadropithecus stenognathus)entre 444 et 772AfriqueMésopropithèques (genre Mesopropithecus)entre 570 et 679AfriquePachylémurs (genre Pachylemur)entre 680 et 960AfriquePaléopropithèques (genre Palaeopropithecus)entre 1300 et 1620AfriqueSinge de la Jamaïque (Xenothrix mcgregori)vers 1100Amérique du NordSinge d'Hispaniola (Antillothrix bernensis)Amérique du NordSinge d'Haïti (Insulacebus toussaintiana)inconnueAmérique du NordColobe rouge de Miss Waldron (Piliocolobus waldronae)inconnue (incertain, classée "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Afrique
Lagomorphes Noms commun et scientifiqueDate ou période d'extinctionContinentPika sarde (Prolagus sardus)EuropeLapin à queue blanche (Sylvilagus insonus)inconnue (incertain, classée "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Amérique du Sud
Rongeurs Noms commun et scientifiqueDate ou période d'extinctionContinentSouris épineuse de Chypre (Acomys nesiotes)2007 (incertain, classée "données insuffisantes" par l'UICN)AsieRat des grottes d'Oriente (Boromys offella)inconnueAmérique du NordRat des grottes de Torre (Boromys torrei)inconnueAmérique du NordRat comestible d'Haïti (Brotomys contractus)inconnueAmérique du NordRat comestible d'Hispaniola (Brotomys voratus)inconnueAmérique du NordRat géant de Tenerife (Canariomys bravoi)vers 1000 av. J.-C.AfriqueRat géant de la Grande Canarie (Canariomys tamarani)inconnueAfriqueRat-lièvre à pieds blancs (Conilurus albipes)1857OcéanieRat-lièvre des grottes du Capricorne (Conilurus capricornensis)inconnueOcéanieRat de Buhler (Coryphomys buehleri)inconnueAsieLapin cubain (Geocapromys columbianus)Amérique du NordHutia de la Petite Ile Swan (Geocapromys thoracatus)1955Amérique du NordHutia géant à dents plates (Elasmodontomys obliquus)vers 460 av. J.-C.Amérique du NordRat cavernicole antillais (Heteropsomys antillensis)inconnueAmérique du NordRat cavernicole insulaire (Heteropsomys insulans)inconnueAmérique du NordFaux hutia (Hexolobodon phenax)inconnueAmérique du NordHutia des hauteurs (Isolobodon montanus)inconnueAmérique du NordHutia de Porto Rico (Isolobodon portoricensis)Amérique du NordSouris de Candango (Juscelinomys candango)1960Amérique du SudPetit rat des brindilles (Leporillus apicalis)1933OcéanieRat musqué de Barbuda (Megalomys audreyae)inconnueAmérique du NordRat musqué de la Martinique (Megalomys desmarestii)1902Amérique du NordRat musqué de Sainte-Lucie (Megalomys luciae)1881Amérique du NordRat géant des Galapagos (Megaoryzomys curioi)inconnueAmérique du SudRat sombre de Zuniga (Melanomys zunigae)1949 (incertain, classé "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Amérique du SudRat de Bramble Cay (Melomys rubicola)2015OcéanieHutia nain (Mesocapromys nanus)1937 (incertain, classé "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Amérique du NordHutia de San Felipe (Mesocapromys sanfelipensis)1978 (incertain, classé "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Amérique du NordCampagnol endémique de Corse (Microtus henseli)inconnueEuropeHutia de Garrido (Mysateles garridoi)1989 (incertain, classé "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Amérique du NordRat des bois d'Anthony (Neotoma anthonyi)inconnueAmérique du NordRat des bois de Bunker (Neotoma bunkeri)années 1930Amérique du NordRat des bois de Saint Martin (Neotoma martinensis)années 1950Amérique du NordSouris de Darwin (Nesoryzomys darwini)années 1930Amérique du SudSouris de Santa Cruz (Nesoryzomys indefessus)années 1930Amérique du SudSouris d'eau éthiopienne (Nilopegamys plumbeus)1928 (incertain, classée "en danger critique d'extinction" par l'UICN)AfriqueRat de Vespucci (Noronhomys vespucii)Amérique du SudSouris sauteuse d'Australie à queue courte (Notomys amplus)1896OcéanieSouris sauteuse d'Australie à longue queue (Notomys longicaudatus)1901OcéanieSouris sauteuse d'Australie à grandes oreilles (Notomys macrotis)1843OcéanieSouris sauteuse des Darling Downs (Notomys mordax)années 1840OcéanieGrande souris sauteuse (Notomys robustus)inconnueOcéanieRat pygmée de Saint-Vincent (Oligoryzomys victus)1892Amérique du NordRat de la Jamaïque (Oryzomys antillarum)Amérique du NordRat des Tres Marias (Oryzomys nelsoni)1897Amérique du NordRat arboricole géant de Verhoeven (Papagomys theodorverhoeveni)inconnueAsieRat de Niévès (Pennatomys nivalis)inconnueAmérique du NordSouris de l'île Angel de la Guarda (Peromyscus guardia)1991 (incertain, classée "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Amérique du NordSouris de Puebla (Peromyscus mekisturus)années 1950 (incertain, classée "en danger critique d'extinction" par l'UICN)Amérique du NordSouris de Pemberton (Peromyscus pembertoni)1931Amérique du NordSouris à grandes oreilles (Pseudomys auritus)OcéanieSouris bleue-grise (Pseudomys glaucus)1956OcéanieSouris de Gould (Pseudomys gouldii)1857OcéanieHutia à dents blanches (Plagiodontia araeum)inconnueAmérique du NordHutia de Samaná (Plagiodontia ipnaeum)inconnueAmérique du NordRat de Maclear (Rattus macleari)1903AsieRat bouledogue (Rattus nativitatis)1903AsieMulot endémique corse (Rhagamys orthodon)inconnueEuropeRat à queue nue des îles Florida (Solomys salamonis) (incertain, classé "données insuffisantes par l'UICN)OcéanieRat à queue nue de Buka (Solomys spriggsarum)inconnueOcéanieRat des cavernes de Florès (Spelaeomys florensis)inconnueAsieRat géant d'Emma (Uromys emmae)années 1990 (incertain, classé "en danger critique d'extinction" par l'UICN)OcéanieRat impérial (Uromys imperator)inconnue (incertain, classé "en danger critique d'extinction par l'UICN)OcéanieRat de Guadalcanal (Uromys porculus)1888 (incertain, classé "en danger critique d'extinction par l'UICN)Océanie
Xénarthres Noms commun et scientifiqueDate ou période d'extinctionContinentParesseux géants des Antilles (genres Acratocnus, Megalocnus, Neocnus)inconnueAmérique du Nord
Proboscidiens Noms commun et scientifiqueDate ou période d'extinctionContinent(s)Eléphant nain de Sicile (Elephas falconeri)vers 500 av. J.-C.EuropeMammouth laineux (Mammuthus primigenius)vers 1800 av. J.-C.Europe, Asie, Amérique du Nord
Artiodactyles Noms commun et scientifiqueDate ou période d'extinctionContinent(s)Aurochs (Bos primigenius)1627Europe, Asie, AfriqueKouprey (Bos sauveli)années 1970 (incertain, classé "en danger critique d'extinction" par l'UICN)AsieBuffle géant (Pelorovis antiquus)vers 3000 av. J.-C.AfriqueChèvre des cavernes des îles Baléares (Myotragus balearicus)vers 3000 av. J.-C.Hippotrague bleu (Hippotragus leucophaeus)1799 ou 1800AfriqueGazelle rouge (Eudorcas rufina) (validité du taxon incertaine, classée "données insuffisantes" par l'UICN)AfriqueGazelle de la Reine de Saba (Gazella bilkis)1951AsieGazelle saoudienne (Gazella saudiya)2008AsieCerf de Schomburgk (Cervus