La primatiale Saint-Jean-Baptiste-et-Saint-Étienne (dite aussi, plus simplement, cathédrale Saint-Jean) est le siège épiscopal de l'archidiocèse de Lyon. Elle a rang de cathédrale et de primatiale : l'archevêque de Lyon a le titre de primat des Gaules.
Elle est située dans le cinquième arrondissement de Lyon, au cœur du quartier médiéval et Renaissance du Vieux Lyon, dont elle est un des éléments marquants. Au Moyen Âge, elle faisait partie d'un complexe d'églises et d'autres bâtiments ecclésiaux, le groupe cathédral, qui comprenait entre autres les églises Saint-Étienne et Sainte-Croix, détruites à la Révolution, ainsi que l'actuelle manécanterie.
Originellement, l'église a été consacrée sous le patronage de saint Étienne, tandis que son baptistère était consacré sous celui de saint Jean-Baptiste, mais, comme cela est fréquent, le vocable du baptistère s'est ensuite appliqué dans la désignation courante. La première cathédrale dont l'existence est attestée, et que les sources de l'époque se contentent d'appeler , c'est-à-dire la « grande église », a été bâtie par Patient. La seconde, plus grande et datée du , est l'œuvre de Leidrade.
L'édifice actuel est un projet de longue haleine, porté dans sa conception par trois archevêques successifs au moment où l'architecture occidentale bascule du roman au gothique : Guichard de Pontigny envisage et entame la construction d'une église romane, Jean Belles-mains entame la transformation de l'édifice en un ouvrage gothique dont les ressorts techniques ne sont pas encore pleinement maîtrisés, enfin Renaud de Forez transforme le projet, grâce à l'évolution des savoir-faire, pour donner à la cathédrale son aspect actuel. La construction s'étale sur trois siècles, de 1175 à 1480. Le site contraint, entre colline et rivière, ainsi que les luttes politiques entre les différentes puissances régentant Lyon au Moyen Âge central, ont empêché la cathédrale de disposer d'un terrain aussi vaste et aussi favorable que ses concepteurs l'auraient souhaité. Par ailleurs, l'absence du savoir-faire particulier des bâtisseurs de cathédrale du Bassin parisien est une des causes de la relative modestie des dimensions et de l'ornementation de Saint-Jean.
Fortement endommagée par les guerres de Religion en 1562, puis par la Révolution française et le siège de Lyon en 1793, la primatiale est restaurée au . Les premiers travaux sont assez modestes et fortement empreints de classicisme ; mais cette politique change vigoureusement avec l'arrivée d'un nouvel architecte, Tony Desjardins, qui donne un élan inédit à la restauration. De son point de vue, non seulement les travaux doivent rendre à l'église son aspect médiéval, mais cet aspect est à sublimer pour faire de Saint-Jean une reflétant l'esprit gothique du . Ces travaux de modification de l'aspect de la cathédrale comprennent un relèvement de la charpente et l'ajout de flèches. Devant les critiques virulentes, ils ne sont pas tous réalisés. Au , les travaux d'embellissement et de réparation se poursuivent, mais la guerre interrompt les travaux. En , le retrait des troupes allemandes s'accompagne de sabotages, qui touchent indirectement l'édifice, brisant la plupart de ses vitraux. La remise en état des verrières, puis des façades et de l'aménagement intérieur, constitue l’essentiel des actions menées durant la seconde partie du et le début du .
La primatiale est classée monument historique depuis 1862. Outre cette protection, elle est intégrée depuis le dans le premier secteur sauvegardé de France. Enfin, le , elle a été reconnue patrimoine mondial au titre de sa localisation dans le site historique de Lyon.
Lieu de culte et de prière, la cathédrale est la première église de l'archidiocèse de Lyon, mais aussi une des églises paroissiales du Vieux Lyon. Elle est demeurée durant des siècles le lieu par excellence de l'expression du rite lyonnais, un des rites de l'Église catholique, notamment du fait de l'attachement du chapitre des chanoines à cette forme liturgique. Cette particularité locale vaut notamment à la primatiale d'avoir été la dernière cathédrale française à se doter d'un orgue (en 1841), et explique en partie la modestie de celui-ci.
C'est aussi un lieu touristique fort prisé, pour sa localisation, pour les animations particulières qui y sont organisées, notamment durant la fête des Lumières, mais également pour son horloge astronomique du (restaurée en 2021).
Titre et dédicace
La cathédrale est dédiée à saint Jean-Baptiste, cousin de Jésus, prophète et martyr. Toutefois, sa dédicace complète est « Saint-Jean-Baptiste-Saint-Étienne », car elle reprend la dédicace de l'église voisine, ancien baptistère de la cathédrale et de la cité, dédiée à saint Étienne, l'un des sept premiers diacres, également martyr..
Elle est non seulement cathédrale, c'est-à-dire lieu de la cathèdre (siège de l'évêque), mais également primatiale des Gaules, ce qui signifie un rang métropolitain (aujourd'hui simplement honorifique) sur toutes les autres cathédrales de France des quatre provinces ecclésiastiques de 1079 (Lyon, Rouen, Tours et Sens). Cette prééminence est fondée sur l'ancienneté de l'adoption du christianisme à Lyon, sur le martyre de nombreux et célèbres chrétiens, ainsi que sur l'importance théologique des écrits de l'un d'entre eux, saint Irénée..
La primauté de Saint-Jean en tant que cathédrale de Lyon a été contestée, en particulier au Moyen Âge, par les bourgeois de la presqu'île, affirmant que Saint-Nizier est la première cathédrale dont la ville se soit dotée. Les documents l'affirmant, tous rédigés aux , ont été pris comme témoignages historiques au , alors qu'ils ne sont que les témoins d'une falsification au profit des habitants de la presqu'île cherchant à s'émanciper de la tutelle du chapitre..
Depuis le , l'archevêque de Lyon est Olivier de Germay....
Histoire Avant l'actuel édifice vignette|alt=Photographie couleur montrant une tour de l'actuelle cathédrale prise à travers une arche.|La cathédrale Saint-Jean vue à travers une des arches de l'ancienne église Sainte-Croix.
Le nom de , c'est-à-dire église de l'évêque, ne commence à être donné qu'au . Avant, si l'église d'un diocèse possède une prééminence particulière, les termes utilisés sont plutôt ou . C'est le cas à Lyon, qui est une des premières villes de Gaule équipées d'un tel édifice, avec Trèves, Tours, Auxerre ou Clermont..
L'édifice de Patient La première est construite en 469 par Patient ou Patiens, évêque de Lyon entre 449 et 494, qui fait rénover l'église voisine Saint-Étienne ; il semblerait, d'après le témoignage de Sidoine Apollinaire, qu'elle était déjà dédiée à saint Jean-Baptiste, alors que son baptistère était dédié à saint Étienne. La est décrite ainsi : .. Cette église est détruite ou du moins fortement endommagée par les invasions sarrasines entre 725 et 737..
L'église de Leidrade vignette|droite|alt=Ruines d'une église situées dans un jardin. En arrière-plan, la façade nord de la cathédrale actuelle.|Vestiges de l'église Sainte-Croix dans le jardin archéologique Girard Desargues.
Une nouvelle église est bâtie par Leidrade, dernier évêque de Lyon au début du . Ce nouvel évêque, bavarois, est nommé expressément par Charlemagne pour restaurer une Église en déshérence, dont lui-même dit, dans un courrier adressé à l'empereur : . Leidrade s'attaque aux deux chantiers qu'il juge prioritaires : tout d'abord, dans la lignée du cinquième concile d'Aix-la-Chapelle (817) réglant certains aspects de la vie des religieux, à la formation du clergé cathédral ; d'autre part, à la restauration ou la reconstruction des édifices religieux. En priorité, il faut rebâtir la . Une des actions que l'évêque mène est particulièrement parlante sur l'état du culte lyonnais avant son arrivée : il fait bâtir une palissade () autour de son église, afin que les animaux n'y pénètrent pas.. Leidrade en dit : .
Les textes médiévaux et les fouilles récentes indiquent un édifice assez important pour les techniques architecturales d'alors, doté d'une nef de probablement plus de dix mètres de largeur. Il était cependant tout entier contenu dans l'actuelle cathédrale. Il est probable que c'est à cette époque que le baptistère, tombé en désuétude depuis que le baptême est donné essentiellement à des enfants, est remplacé par l'église Saint-Étienne, que Leidrade restaure également..
Sous Leidrade, grâce au concours de Charlemagne, la cathédrale s'enrichit de reliques des saints Cyprien (évêque de Carthage), Spérat (un des martyrs scillitains) et Pantaléon de Nicomédie (médecin à la cour de l'empereur Maximien) ; enrichie matériellement, la « grande église » gagne surtout un prestige spirituel considérable. Devenant de ce fait une église du peuple, elle se fait iconographique, afin de transmettre l'Évangile par la décoration, de manière pédagogique. Ces décorations consistent en de nombreuses et vastes mosaïques, la plupart réalisées sous Agobard..
L'édifice carolingien de Leidrade reçoit un clocher au , offert par le doyen Fredaldus, mais le doute subsiste aujourd'hui quant à sa nature : clocher-porche ou tour de croisée. Entre 1064 et 1083, le doyen Richo conduit la réfection du toit et la consolidation d'un mur qui est doublé. Enfin, l'église désormais nommée « cathédrale » est décorée d'autres mosaïques (sur le sol de l'abside) et de plaques de marbre (sur les bancs du clergé) par l'archevêque Gaucerand..
Construction de la cathédrale actuelle
La cathédrale actuelle s'élève sur l'emplacement de l'ancien complexe épiscopal d'époque mérovingienne dont les historiens modernes ont pu se faire une idée assez précise grâce aux écrits de Sidoine Apollinaire et aux fouilles menées sur le site lui-même.
L'emplacement de l'édifice : une source de conflits vignette|gauche|alt=Plan noir et blanc, montrant la superposition de plusieurs époques de la cathédrale.|Plan du complexe épiscopal mérovingien. Un conflit entre l'archevêque et le chapitre éclate au moment de la construction de la nouvelle cathédrale : les chanoines ont élu comme archevêque Dreux de Beauvoir, clunisien. Le pape impose alors à Lyon un cistercien, Guichard de Pontigny. Tout oppose les deux hommes : l'un est rallié à l'empereur et à l'antipape , l'autre est l'homme du pape ; le premier aime le faste et la liturgie pompeuse de Cluny, l'autre l'austérité bernardine ; Dreux est issu du chapitre lyonnais et fait tout pour le favoriser, Guichard est au contraire envoyé par le pontife pour réformer le chapitre et lui redonner une simplicité plus proche de sa vocation initiale..