thumb|upright=1.3|Herbier de posidonies, Posidonia oceanica, en Méditerranée. thumb|upright=1.3|Un herbier de Syringodium isoetifolium à La Réunion : on voit une partie des racines à nu, preuve qu'il s'agit de plantes marines (phanérogames) et non d'algues. thumb|upright=1.3|right|Herbier de Thalassia dans les eaux des côtes de Floride.
Les herbiers marins sont des prairies sous-marines qui poussent dans la plupart des mers du globe, en environnement strictement salin. Ils sont composés de plantes à fleurs (phanérogames marines) et non d'algues. Ces plantes appartiennent à l'une des quatre familles suivantes : Zosteraceae, Posidoniaceae, Cymodoceaceae et Hydrocharitaceae.
Ces Magnoliophytes marines (classe des monocotylédones) sont polyphylétiques et donc, selon le système de classification utilisé, ces plantes sont placées : soit dans l'ordre des Alismatales ; soit dans les ordres des Najadales et des Hydrocharitales .
Ces herbiers sont un habitat côtier ou péri-insulaire ayant un rôle écologique et halieutique et donc économique important dans le monde. Ils contribuent à la fixation du fond marin, à la clarification de l'eau et abritent une biodiversité spécifique. Ils ont un rôle dans l'atténuation et l'adaptation au dérèglement climatique et soutiennent la pêche côtière en tant que zone de reproduction et/ou nurserie pour de nombreuses espèces d'intérêt halieutiqueBas Ventín, L., de Souza Troncoso, J., & Villasante, S. (2016). Towards adaptive management of the natural capital: Disentangling trade-offs among marine activities and seagrass meadows. Marine Pollution Bulletin, 101(1): 29–38. DOI: 10.1016/j.marpolbul.2015.11.031. "Science for Environment Policy" (2016)Local participation in marine planning can help achieve conservation outcomes without compromising fisheries, publié le 07 octobre 2016, n°473, European Commission DG Environment News Alert Service, Ed : University of the West of England, Bristol.. Leur position et faible profondeur les rend
Leur étendue diminue de plus de 10 % par décennie.
Écologie Les herbiers marins jouent un rôle majeur dans les écosystèmes des proches rivages marins de tous les continents excepté l'Antarctique.
Des prairies sous-marines thumb|upright=1.1|Cymodocea nodosa en fleurs, en Corse. Ces curieuses plantes à fleurs sous-marines constituent des groupements appelés « herbiers », car leurs feuilles sont longues et étroites, vertes la plupart du temps, et parce que ces plantes poussent souvent sous la forme de grandes « prairies » qui ressemblent à des pâturages. En d'autres termes, nombre des plantes qui constituent les herbiers marins ressemblent à première vue à des graminées terrestres de la famille des Poaceae, même si elles n'en font en réalité pas partie (toutes sont des plantes à fleurs).
Ce sont génétiquement des plantes semblables aux plantes terrestres, mais dont les ancêtres sont redevenus marins il y a environ .. Elles comportent des racines, des tiges horizontales ou verticales, et des feuilles qui assurent, comme celles des plantes terrestres, la fonction chlorophyllienne.. Ces phanérogames marines peuvent couvrir de vastes étendues et ont un rôle écologique important : stabilisation des sédiments, réduction de la vitesse des courants, oxygénation de l’eau, stockage de carbone, apport de nourriture pour certaines espèces, nourricerie pour d’autres, abri pendant la période de repos, etc..
Du fait que ces plantes doivent effectuer leur photosynthèse, elles sont limitées dans leur habitat et ne peuvent vivre qu'immergées dans la zone photique (elles nécessitent donc des eaux claires), et la plupart de ces plantes poussent dans les eaux côtières protégées et peu profondes, enracinées dans le sable ou la vase, parfois sur substrat rocheux. L'ensemble de leur cycle vital, en particulier la pollinisation, s'effectue en milieu sub-aquatique.
Des prairies souvent poly-spécifiques
thumb|Poisson-ballon Arothron hispidus souvent trouvé sur les herbiers tropicaux.
Les herbiers marins forment des prairies extensives qui peuvent être soit mono-spécifiques (renfermant une seule espèce), soit multi-spécifiques (plusieurs espèces coexistent).
Environ 70 espèces formant ces herbiers ont été décrites dans les mers du globe Le catalogue 2009 retient 67 espèces : Cymodoceaceae (16), Hydrocharitaceae (16), Posidoniaceae (9) et Zosteraceae (27), bien que la taxonomie de ce groupe de plantes soit encore discutée. Par exemple, Phillipps et Menez (1988) ne reconnaissent que 48 espèces..
Dans les zones tempérées généralement, un nombre restreint d'espèces dominent, voire une seule (comme la zostère Zostera marina dans l'Atlantique Nord), alors que les prairies tropicales sont généralement plus diversifiées, avec un maximum de 13 espèces dans un seul herbier enregistré dans les Philippines Page 248 « Les communautés mixtes d'herbiers du Sud-Est de l'Asie comptent jusqu'à 13 espèces...»". L'Australian Institute of Marine Science évalue à 30 le nombre d'espèces dans l'ensemble des eaux australiennes « Over 30 species can be found within Australian waters.».
Les eaux du seul détroit de Torrès, au nord de l'Australie, hébergeraient 11 espèces.
En Méditerranée, on dénombre 5 espèces : Posidonia oceanica, Zostera marina, Zostera noltii, Cymodocea nodosa et depuis peu Halophila stipulacea. Cette dernière est une espèce de mer Rouge et de l'océan Indien nouvellement introduite en Méditerranée Collectif. Guide des algues des mers d'Europe [Algues et Phanérogames marines], Paris, Delachaux et Niestlé, 1992 : 231 p. , vraisemblablement via le canal de Suez, d'où le nom « d'espèce lessepsienne » parfois donné à une espèce issue de cette migration, en référence à Ferdinand de Lesseps, promoteur du canal.
Des écosystèmes très riches thumb|upright=1.1|right|La tortue verte (Chelonia mydas) se nourrit en grande partie de phanérogames marines, et les juvéniles fréquentent souvent les herbiers. thumb|upright=1.1|right|Un groupe d'oursins rouges (Astropyga radiata) dans un herbier peu profond au Kenya. Les oursins figurent parmi les principaux brouteurs de phanérogames marines. Les herbiers sont des écosystèmes hautement diversifiés et productifs. Ils peuvent héberger des centaines d'espèces associées appartenant à tous les phylums du vivant, par exemple des poissons juvéniles et adultes, des oursins (qui sont souvent les principaux brouteurs dans les herbiers), des mollusques, des vers polychètes, des nématodes mais aussi des algues épiphytes ou des algues libres macroscopiques ou microscopiques (foraminifères...). Peu d'espèces ont été initialement considérées comme se nourrissant directement des feuilles d'herbiers, en partie en raison de leur contenu nutritionnel faible, mais des publications scientifiques et l'amélioration des méthodes de travail ont montré que les herbivores marins constituent un maillon très important dans la chaîne alimentaire, avec des centaines d'espèces qui se nourrissent sur les herbiers des mers du monde, notamment les dugongs, les lamantins, des poissons, des oies, des cygnes, des oursins et des crabes. Les feuilles en décomposition sont également dégradées par une grande quantité d'organismes détritivores, notamment des holothuries (« concombres de mer »).. .
Les herbiers marins sont parfois appelés « ingénieurs d'écosystème », car ils créent en partie leur propre habitat : les feuilles ralentissent les courants, augmentant la sédimentation ; les racines et les rhizomes stabilisent le substrat du fond marin. Leur importance pour les espèces associées est due principalement à la fourniture d'abris (de par leur structure en trois dimensions dans la colonne d'eau), et au taux extraordinairement élevé de leur productivité primaire Collectif. Préservation et conservation des herbiers à Posidonia oceanica. Accord RAMOGE, 2006, Page 27 : Cette production primaire [celle des Magnoliophytes marines] est comparable ou supérieure aux autres milieux à forte production, qu'ils soient terrestres [...] ou océaniques [...].. En conséquence, les herbiers apportent aux zones côtières un certain nombre de biens et services d'écosystèmes, encore appelés services écologiques, par exemple : enrichissement des zones de pêche, protection mécanique contre les vagues et donc limitation de l'érosion côtière, production de dioxygène... Ils sont également un élément important des réseaux de corridors biologiques sous-marins.
Utilisation Les herbiers marins sont récoltés comme engrais pour amender les sols sablonneux. Ce fut une activité importante dans le Ria de Aveiro, au Portugal, où les plantes recueillies étaient nommés Page 6. Le « moliço » est un mélange d'algues et d'herbes marines récoltées dans le Ria de Aveiro.. Au début du , des plantes issues d'herbiers marins ont été utilisées notamment en France Paul Gloess. Les Plantes marines. Leurs utilisations. Bull. Inst. Océanogr. No 350, Monaco, 1919. en guise de rembourrage de matelas, et . .
Perturbations et menaces qui pèsent sur les herbiers Facteurs de perturbations
Les perturbations naturelles telles que le broutage des herbivores, les tempêtes, les dégradations par la glace et la dessiccation font partie intégrante de la dynamique des écosystèmes marins. Les herbiers marins affichent un degré extrêmement élevé de plasticité phénotypique, s'adaptant rapidement aux variations des conditions de l'environnement.
Les herbiers marins sont toutefois en déclin global, avec quelque , notamment du fait de la pression anthropique sur ces milieux. La principale raison de ce déclin est ainsi la perturbation occasionnée par l'homme, notamment l'eutrophisation, la destruction mécanique de l'habitat et la surpêche. L'apport excessif de nutriments (azote, phosphore) est directement toxique pour les herbiers, mais plus grave, il stimule la croissance des épiphytes et des algues flottantes macroscopiques et microscopiques. Cela se traduit par une diminution de la quantité de lumière solaire pouvant atteindre les feuilles des plantes, ce qui réduit leur photosynthèse et donc leur production primaire. La décomposition des thalles des algues et l'eutrophisation entraînent la prolifération des algues (efflorescence algale), d'où un effet rétroactif positif. Cela peut conduire à une réorganisation complète de l'écosystème, lequel peut passer d'une dominance des herbiers à une domination des algues. La surpêche des grands poissons prédateurs pourrait indirectement augmenter la croissance des algues, réduisant ainsi la régulation que permet le broutage des invertébrés herbivores, tels que les crustacés et les gastéropodes, par un phénomène de cascade trophiqueCIRAD. La régulation des populations aux différents niveaux trophiques, page consultée le 8 février 2016..
Enfin, l'introduction de nouvelles espèces, comme Caulerpa taxifolia peut également avoir un impact négatif sur la diversité au sein des herbiers.
Mesures de protection Pour protéger et restaurer les herbiers, les mesures les plus fréquentes sont la cartographie (parfois collaborative et participative) des herbiers, l'étude de leur état écologique, puis des mesures de sensibilisation et de travaux de réduction des niveaux de nutriments et de pollution marine, la préservation éventuellement grâce à une aire marine protégée, voire des travaux de restauration par la transplantation de plans d'herbiers.
Le gouverneur de l'État de Floride dont les eaux hébergeraient 7 espèces de ces magnoliophytes marinesUne espèce des genres Thalassia, Syringodium, Halodule, Ruppia, et 3 espèces du genre Halophila, a édicté une charte de sensibilisation à la protection des herbiers, « Seagrass Awareness Month ».
Un vaste programme de surveillance des herbiers marins baptisé "Seagrass-Watch" a été initié depuis 1998 en Australie. Ses objectifs sont multiples : Éduquer une large communauté sur l'importance des ressources représentés par les des herbiers marins Sensibiliser aux questions de la gestion des zones côtières