La Seconde Guerre mondiale amène un conflit généralisé d'une ampleur historique sans précédent entre des pays traditionnellement catholiques comme l'Espagne, la France et l'Italie. L'Église catholique est touchée par la montée du nazisme et des mouvements anticléricaux prônés par l'URSS et favorisés par les mouvements anarchistes.

L'Église catholique est soumise à une forte pression qui va jusqu'à la persécution, de la part des gouvernements fascistes et nazis qui la mettent sous surveillance et n'hésitent pas à arrêter et déporter certains de ses prêtres voire évêques. Une forte activité d'espionnage sur le Vatican a lieu de la part des nazis qui redoutent les prises de parole du pape. Si au début de la guerre le pape Pie XI comme Pie XII prennent la parole pour condamner assez clairement le gouvernement d'Hitler, très vite, Pie XII se tait et s'abstient de toute critique directe pour agir dans le secret. Ce silence, surtout concernant la Shoah sera l'objet de polémiques après-guerre et encore aujourd'hui.

Si de nombreux prélats et religieux s'investissent pour résister à l'occupant et aider les juifs, quelques autres prennent parti pour le régime nazi et vont jusqu'à le soutenir officiellement, comme le prêtre catholique Jozef Tiso devenu président de la République slovaque en 1939 fera participer le pays à la solution finale.

Vatican durant la guerre

Les prises de paroles thumb|Pie XI en 1922, auteur de l'encyclique Mit brennender Sorge en 1937, condamnant clairement le nazisme. En 1934, le Vatican met à l'index le livre nazi d'Alfred Rosenberg, Le Mythe du vingtième siècle. En réaction, ce dernier écrit : , qui est, à son tour, mis à l'Index..

Au Vatican, le pape Pie XI dénonce le nazisme dans l'encyclique Mit brennender Sorge le . Ce texte, rédigé en allemand (fait rarissime pour une encyclique) est lu à la messe dans toutes les églises d'Allemagne. Il met au moins autant l'accent sur les persécutions dont sont victimes les prêtres catholiques que sur celles de la communauté juive, et condamne très clairement toute discrimination liée à la race..... .. Certains accusent de d'en altérer la lisibilité.

Cette opération, parfaitement menée va prendre totalement au dépourvu le SD, et le régime nazi qui déclenchent en représailles de violentes répressions. Des centaines d'arrestations de prêtres et religieux (dont 304 déportations à Dachau), l'exil de Joannes Baptista Sproll, le saccage des évêchés de Munich, Rottenburg am Neckar et Fribourg-en-Brisgau ont lieu en riposte..Lors de l'invasion de la Pologne, cinq évêques disparaissent, plusieurs centaines de prêtres sont condamnés aux travaux forcés, sont . Voir . (). ()..

En , le Syllabus contre le racisme signé de Pie XI condamne la thèse de l'inégalité des races. Cet ouvrage se veut une réponse théologique aux thèses raciales professées dans le Mein Kampf d'Hitler..

La première encyclique du pape Pie XII, durant la guerre, Summi Pontificatus est promulguée le .. Dans ce texte qui condamne le racisme, les violences faites aux juifs, les gouvernements totalitaires et le matérialisme, Pie XII condamne ouvertement le nazisme..Pierre Milza commente le texte ainsi : (). : (Act., XVII, 26-27.).

Dans son message de Noël 1940, le pape se félicite d'avoir pu . Dans son message de Noël 1942, le pape évoque, sans prononcer le mot juif, .. Si dans son texte, le pape n'utilise pas le mot , il utilise le mot italien que les italiens utilisaient comme un euphémisme pour désigner les juifs.. Si les Alliés , ce n'est pas l'absence du mot qui les a gêné, mais bien celui de qui n'a pas non plus été cité.

Le silence face à la Shoah

Après la guerre, plusieurs personnes se sont émues ou déclarées choquées que le pape n'ait pas, durant la guerre, dénoncé les persécutions et le génocide juif mené par les nazi. Les historiens ont rapporté que le pape avait reçu la consigne de plusieurs interlocuteurs de ne pas opposer de protestations publiques pour ne pas mettre en danger des vies, et que finalement Pie XII s'était rangé à leurs arguments.... Le gouvernement allemand avait également directement et fermement menacé le pape de réaction brutale s'il venait à émettre une protestation publique..

Josef Müller lui-même confirmera, après la guerre, à L'agent américain transmettra ces explications à sa hiérarchie et à son gouvernement. que c'est la résistance allemande qui avait demandé à Pie XII de s'abstenir de faire des déclarations publiques dénonçant et condamnant les nazis. Les opposants à Hitler redoutaient qu'une réaction violente des nazis ne complique leur action souterraine, que les catholiques ne soient encore plus mis sous surveillance par la Gestapo, et qu'ils ne soient ainsi bloqués dans leurs actions de résistance et tentatives de coup d’État.

Les Alliés eux-mêmes, au début de la guerre, ont demandé au pape . Le diplomate Sir D'Arcy Osborne a influé sur le pape et l'a convaincu de ne pas . Mark Riebling explique que . Et Riebling de conclure que Pie XII, soumis à des pressions contradictoires, s'abstint de parler en public.

En , le pape apprend d'un témoin l'ampleur du génocide des juifs. Fin juillet (ou début août), le pape décide, malgré tout de briser le silence et de publier une protestation officielle dans le journal L'Osservatore Romano. Le père Leiber découvre le texte par hasard, il s'agit de la . Le prêtre va insister fortement pour que le pape ne publie pas le texte, lui rappelant ce qui est arrivé en : après la publication d'une lettre pastorale de l'épiscopat hollandais, les nazis ont déclenché des rafles systématiques de juifs hollandais dans tout le pays, y compris les convertis au catholicisme, jusque dans les couventsParmi ces juifs convertis déportés, il y a Edith Stein et sa sœur, toutes deux arrêtées dans leur couvent.. Au total hollandais ont été déportés et exterminés. Le père Leiber lui met en avant que si une protestation d'évêques a coûté , combien coûterait une protestation du pape ? Le pape cède et renonce à son texte...

Enfin, le , dans une allocution devant le Collège des cardinaux, le pape vole au secours des victimes de discriminations, . Mais il poursuit . La même année, il écrit à un évêque : .....

L'aide aux juifs Avant la guerre, le pape Pie XI avait tenté d'obtenir des gouvernements d'Amérique (Nord et Sud) des possibilités d'accueillir les juifs persécutés en Allemagne. Ceux-ci avaient refusé. Même les étudiants juifs chassés des universités s'étaient vu refusé la demande (faite par le pape) de poursuivre leurs études dans les universités américaines..

Les interventions du Vatican s'effectuent de fait par le biais des clergés nationaux et des nonces. Les démarches d'Angelo Rotta à Budapest et de Giuseppe Burzio à Bratislava, par exemple, permettent ainsi de sauver plusieurs centaines de milliers de Juifs. Quand le , un millier de juifs de Rome sont raflés, et envoyés à Auschwitz, Pie XII demande à son secrétaire d'État de convoquer l'ambassadeur allemand Ernst von Weizsäcker. Le compromis trouvé est d'échanger le silence du pape contre l'arrêt immédiat de cette rafle. .Lors d'une descente de la Gestapo dans le collège pontifical Russe, ses agents découvrent cachés dans l'établissement. Voir ....

Le père Marie-Benoît, moine capucin réussit à sauver environ , activité pour laquelle il fut, plus tard honoré, par Yad Vashem, du titre de Juste parmi les Nations. Le , le Père Marie-Benoît avait rencontré Pie XII et il faisait l'éloge des encouragements personnels et du soutien que celui-ci lui prodiguait, comme le montre son propre témoignage, conservé à Yad Vashem. En 1976, le Père Marie-Benoît réitère publiquement son éloge de Pie XII, à l'occasion du centenaire de sa naissance, pour ce qu'il avait accompli en faveur des Juifs..

Lors de la libération de la ville de Rome par les troupes américaines, le , sont réfugiés sur le territoire du Vatican, et dans des monastères et couvents romains. Le nombre de juifs déporté par les SS dans la ville de Rome se limite à ..

Différents évêques et religieux en Europe vont intervenir pour aider les juifs à se cacher ou quitter l'Europe occupée par les Allemands, comme Angelo Roncalli (futur Jean XXIII), alors nonce du Vatican en Turquie qui fournit des milliers de faux certificats de baptêmes à des juifs, , leur permettant ainsi de rester en Turquie (qui est neutre). Il aide également des dizaines de milliers de juifs à quitter les pays occupés par les Allemands pour rejoindre la Turquie et la Palestine..On aurait estimé à plus de exfiltrés d'Europe. Plus des prêtres catholiques persécutés par les nazis.. Ou, comme Gabriel Piguet qui vient en aide à des juifs en leur procurant des faux papiers ou en les cachant.

Une filière d'évasion des juifs va être organisée par les résistants de l'Abwehr avec l'aide de l’Église catholique. Canaris monte une exfiltration d'un rabbin de Varsovie vers Brooklyn sous prétexte , et celui-ci va renvoyer de l'argent pour financer des filières d'évasions de juifs d'Europe de l'Est vers la Suisse via un réseau de monastères de la Slovaquie à l'Italie. Les fonds circulent via les comptes du Vatican. Les instigateurs de ce réseau sont membres de la résistance tant militaire que vaticane.. À travers cette filièreCette même filière d'exfiltration hors Europe des juifs sera réutilisée plus tard, pour un certain nombre de criminels nazis. Voir ., le Vatican et les services de l’Église mobilisent leurs moyens financiers pour reverser aux juifs qui tentent de sortir d'Europe les sommes collectées par les communautés juives du monde entier et qui affluent vers le Vatican via des fondations d'aide et de soutien juivesMalheureusement, les communautés juives refusent d'aider financièrement les juifs convertis au catholicisme. Le Vatican dispose alors de moins de moyens financiers pour leur venir en aide. Voir .. La banque du Vatican change en dollars les sommes pour les remettre aux intéressés. Le Vatican va jusqu'à faire des avances de fonds importantes...

Critiques et reconnaissance posthume Les critiques envers l'action de Pie XII et de l'Église catholique se popularisent en 1963 avec la pièce satirique Le Vicaire, de Rolf Hochhuth (qui a fait partie des Jeunesses hitlériennes), dont est tiré en 2001 le film Amen. de Costa-Gavras. Cette pièce de théâtre (à l'origine politique controversée) n'est pas basée sur un travail d'historien... Elle contient des inexactitudes et des incohérences historiques. Pour ne citer que quelques exemples, le personnage de Ricardo Fontana n'a ainsi jamais existé, et Kurt Gerstein n'est jamais allé au Vatican.

Plusieurs représentants juifs ont défendu l'action de Pie XII. À la mort du pape, Golda Meir, Premier ministre d'Israël, déclare : . Plus récemment, en 2001, Le grand rabbin de New York, David Dalin, a déclaré : . À propos des mêmes événements, Albert Einstein affirmait : ...

Les défenseurs du pape indiquent que son action directe et indirecte aurait permis de sauver entre et , et plusieurs institutions juives l'ont remercié à différentes reprises pour ses actes..

En , l'ambassadeur d'Israël au Vatican, Mordechai Lewy, a reconnu l'action de Pie XII et du Vatican lors de la Seconde Guerre mondiale en déclarant : . Et que .. Il a également reconnu ..

Le , le Vatican a publié le document : Nous nous souvenons - Une réflexion sur la Shoah. sous la direction du cardinal Edward Idris Cassidy. Ce document analyse notamment dans quelle mesure les préjugés antijudaïques de nombreux catholiques ont pu influer sur la position et le rôle de l'Église pendant la Seconde Guerre mondiale.

Le lundi , le pape François annonce l'ouverture en des archives secrètes du Vatican sur le pontificat de Pie XII (1939-1958). Les archives sont mises à la disposition des historiens qui cherchent à étudier l'action controversée du souverain pontife pendant la Shoah..