thumb|Le général et gouverneur de Tucumán Antonio Domingo Bussi, condamné à la peine perpétuelle pour crimes contre l'humanité en août 2008, peine modifiée en surveillance à domicile.
Les poursuites judiciaires en Argentine contre les crimes commis lors de la dictature ont connu deux phases principales. La première, sous la présidence de Raul Alfonsin (1983-89) s'est concrétisée dans le Juicio a las Juntas, au cours duquel furent condamnés les plus hauts dignitaires de la dictature militaire ainsi que plusieurs guérilleros. En revanche, deux lois, la loi du Point final du , et la loi d'Obéissance due du , couvrirent le reste des militaires de toute poursuite (à l'exception du vol de bébés), invoquant l'amnistie jugée politiquement nécessaire et le principe de hiérarchie militaires:es:Ley de Obediencia Debida et Loi de point final . En 1989 et 1990, le président Carlos Menem amnistia l'ensemble des personnes condamnées lors du Procès à la Junte.
Les poursuites furent ainsi bloquées tout au long des années 1990 et ne furent rouvertes qu'après l'impulsion internationale donnée par l'arrestation de l'ex-dictateur chilien Augusto Pinochet à Londres en . Plusieurs hauts responsables avaient alors fait l'objet de procès et de condamnation en Europe (Allemagne, Italie, France). En , le président Nestor Kirchner abrogea certains décrets d'amnistie, soumettant la non-extradition des militaires argentins requise par le magistrat espagnol Baltasar Garzon à leur inculpation en Argentine. Puis, en 2005, la Cour constitutionnelle déclara anti-constitutionnelles les deux lois d'amnistie de 1986 et 1987, ouvrant ainsi la possibilité de nouveaux procès.
Si la réouverture des affaires concernait presque exclusivement des faits commis lors de la dictature militaire de 1976-1983, certains faits commis avant firent aussi l'objet d'enquêtes, en particulier le massacre de Trelew de 1972 et les « décrets d'annihilation de la subversion » signés par la présidente Isabel Martínez de Perón et Italo Luder en 1975.
Une soixantaine de condamnations pour crimes contre l'humanité furent prononcées entre 2005 et fin 2009, le crime de disparition forcée (les desaparecidos) étant expressément qualifié de tel. Par ailleurs, les tribunaux condamnèrent à maintes reprises la prétendue « guerre sale » comme un véritable « plan systématique d'extermination » visant tant les civils que les personnes accusées d'être impliquées dans la lutte armée. La justice argentine parla pour la première fois de « génocide » lors du procès de Miguel Etchecolatz, ex-directeur des enquêtes de la police de la province de Buenos Aires, jugé pour crimes contre l'humanité en 2006. Deux témoins payèrent de leur vie, dans les années 2000, leur déposition en justice : Julio López, desaparecido en 2006, et Silvia Suppo, assassinée en .
Le Procès à la Junte (1985) et l'amnistie de Menem
Les chefs de la junte Jorge Rafael Videla et Emilio Eduardo Massera furent ainsi condamnés, en , à la prison perpétuelle pour crimes contre l'humanité ; l'amiral Roberto Eduardo Viola fut condamné à de prison ; Armando Lambruschini à de prison ; Orlando Ramón Agosti à de prison. Omar Graffigna, les amiraux Leopoldo Galtieri et Jorge Isaac Anaya, et Basilio Lami Dozo bénéficièrent de non-lieux « faute de preuves ».
Plusieurs guérilleros furent également condamnés et des personnalités politiques péronistes furent également inculpées, en vertu de la « théorie des deux démons », qui prétendaient mettre sur un même plan les actes des Montoneros et de l'ERP avec le terrorisme d'État. Ainsi, l'ex-gouverneur péroniste fut arrêté sur ordre du juge Siro de Martini (qui était resté en poste sous la dictatureRoberto Baschetti, Compañero Oscar Raúl Bidegain, biographie-chronologie, mis en ligne le , et qui défendit par la suite le capitaine Alfredo Astiz, lors du Procès à la Junte, 12 août 1985, Nunca Mas) et condamné lors du Procès à la junte pour « association illicite » avec les Montoneros.
Également visé par cette inculpation, l'ex-gouverneur Oscar Bidegain repartit en exil peu après être revenu à la faveur du retour au pouvoir des civils, avant d'être amnistié par Menem.
En effet, en 1989 et 1990, à la suite, en particulier, des velléités putschistes des carapintadas, les secteurs les plus extrémistes de l'armée, le président Carlos Menem pour des crimes commis lors de la dictature.
Les poursuites hors d'Argentine
Confronté à l'amnistie en Argentine, les organismes de droits de l'homme et les associations de familles de desaparecidos cherchèrent de l'aide hors d'Argentine pour obtenir la vérité et la justice. Ils contribuèrent ainsi à la formulation du principe de compétence universelle limitée, selon lequel des actes commis à l'étranger par des étrangers peuvent être jugés par des tribunaux nationaux si les victimes sont ressortissants de ce dernier pays.
Depuis 1985, des informations judiciaires ont été ouvertes en Italie pour les desaparecidos dotés de la citoyenneté italienne. Le premier procès s'est conclu à Rome le avec la condamnation à perpétuité des généraux Carlos Guillermo Suárez Mason et Santiago Omar Riveros. Lors de ce jugement, le tribunal de Rome condamna également à de prison Juan Carlos Gerardi, José Luis Porchetto, Alejandro Puertas, Héctor Oscar Maldonado et Roberto Julio Rossin, coupables d'homicide dans l'affaire Martino Mastinu.
En France aussi, un procès eut lieu pour l'enlèvement et l'assassinat des deux nonnes françaises, Léonie Duquet et Alice Domon. Le lieutenant de frégate Alfredo Astiz, surnommé « L'ange de la mort », fut condamné par contumace à la prison à perpétuité ; un nouveau procès fut ouvert en Argentine, en sa présence.
En Espagne, les procès débutèrent en 1996. Au bout de plus de huit ans, le verdict rendu le condamna à la prison à perpétuité l'ancien capitaine de frégate Adolfo Francisco Scilingo, qui avait décrit les « vols de la mort » auxquels il avait participé.
En Allemagne, le , le tribunal de Nuremberg émit un mandat d'arrêt international pour le général Carlos Guillermo Suárez Mason, inculpé de l'assassinat de la sociologue allemande Elisabeth Kaesemann en à Buenos Aires. Plus tard, le , le même tribunal ordonna l'arrestation de l'amiral Emilio Eduardo Massera, du colonel Pedro Alberto Durán Saenz et du général Juan Bautista Sasiain, pour leur responsabilité dans l'assassinat d'Elisabeth Kaesemann.
Cependant, les demandes d'extradition furent rejetées par la justice argentine. Le , à la demande de la Cour de Nuremberg, le tribunal ordonna l'arrestation de l'ex-président de la junte, Jorge Videla, de l'amiral Massera et de Carlos Guillermo Suárez Mason, inculpés de l'assassinat des citoyens allemands Elisabeth Käsemann et Claus Zieschank.
Les jugements en Europe jouèrent un rôle important de pression sur le pouvoir judiciaire et sur le gouvernement argentin, qui finirent par annuler, après le coup d'État, les lois d'impunité, pour juger dans leur propre pays les accusés de crime contre l'humanité sous la dictature militaire, et ainsi éviter les extraditions réclamées par d'autres pays comme l'Italie, la France, l'Espagne ou l'Allemagne.
Les « procès pour la vérité »
Les Procès pour la vérité (Juicio por la Verdad) sont un dispositif juridique établi en 2000, à la suite d'un accord à l’amiable entre l’Argentine et la Commission interaméricaine des droits de l'homme, visant à établir les faits sans toutefois entraîner de sanctions judiciaires. Le Centre d'études légales et sociales (CELS), créé en 1979 et qui fut tout au long de ces années l’un des acteurs majeurs, avec les Mères de la place de Mai, de la lutte contre l’impunité, participa à ce procès et aux suivants.
Le tournant de 2005
Malgré la mobilisation, dès les années de la dictature, des Mères de la place de Mai, les militaires argentins échappèrent ainsi à toutes poursuites jusqu’en 2005, date à laquelle la Cour constitutionnelle argentine déclara anti-constitutionnelle les lois d’amnistie passées sous Menem. Cette décision s'appuya sur l'arrêt de la Cour interaméricaine des droits de l'homme (CIDH) concernant le massacre de Barrios Altos de 1991 au PérouWerner Petrot, Un pastor que abandonó a su rebaño, Página/12, 30 septembre 2009..
L'inculpation d'Augusto Pinochet par l'Espagne, en 1998, puis l'arrivée au pouvoir de Nestor Kirchner, qui abrogea en certains décrets d'amnistie, ne furent pas étrangères à ce revirement. Kirchner révoqua également le commandant suprême des forces armées, le lieutenant-général Juan Carlos Mugnolo (remplacé par Jorge Alberto ChevalierOrganigramme de l'armée argentine : le chef de l'état-major conjoint est actuellement Jorge Alberto Chevalier, précédé par Mugnolo. chef de l'état-major général de l'Ejercito, soit de l'armée de terre, et a également été remplacé.), et mis à la retraite les trois-quarts de l'état-major, épurant ainsi les forces armées, de même que la police fédérale, où de nombreux responsables avaient été en fonction sous la dictature ; ces derniers étaient aussi impliqués dans de nombreuses affaires de corruptionSandrine Lefranc, « L’Argentine contre ses généraux : un charivari judiciaire ? », Critique internationale , janvier 2005, .. Enfin, il rompit avec la logique souverainiste, qui prévalait jusque-là en matière d'extradition.
Par ailleurs, Kirchner nomma en Esteban Righi, l'ex-ministre de l'Intérieur d'Héctor Cámpora (mai-), procureur de la NationJulio Blanck, Esteban Righi, un hombre marcado por sus palabras, Clarín, 6 juin 2004., donnant ainsi un signal fort de son engagement dans la politique des droits de l'homme.
Une soixantaine de personnes ont ainsi été condamnées, entre 2005 et , pour violation des droits de l'homme (contre 277 au Chili)Juan Forero, Argentina puts officials on trial over the abuses of the 'Dirty War', Washington Post, 28 décembre 2009., le premier étant Miguel Etchecolatz, main droite du général Ramón Camps, chargé de la Police de la province de Buenos Aires, qui avait déjà été inculpé et amnistié dans les années 1980, l'amnistie n'ayant toutefois pas couvert le « vol de bébés ». Sa condamnation à la prison perpétuelle, en 2006, s'accompagna de la « disparition » choquante du témoin principal, Jorge Julio López, qui n'a à ce jour pas été retrouvé.
150px|thumb|Carte des zones militaires de l'Argentine sous la dictature. Les généraux suivants ont été, à un moment ou un autre, chef d'une de ces zones: Guillermo Suárez Mason (zone 1); Ramón Genaro Díaz Bessone, Leopoldo Fortunato Galtieri, Luciano Adolfo Jáuregui (zone 2) ; Luciano Benjamín Menéndez, Antonio Domingo Bussi, José Antonio Vaquero (zone 3); José Montes, Cristino Nicolaides, Santiago Omar Riveros, Fernando Humberto Santiago (zone 4) ; Abel Teodoro Catuzzi, José Antonio Vaquero (zone 5).
L'ex-ministre de l'Économie, José Alfredo Martínez de Hoz, inculpé de la disparition forcée d'un fonctionnaire et d'avoir pris part à l'organisation du coup d'État, demeure à ce jour amnistié par le décret de Menem, lequel est contesté devant la justice argentinePedido a la Corte por el indulto a Martínez de Hoz, Página/12, 22 mars 2010..
Avant l'arrêt de la Cour suprême, Adolfo Scilingo avait été jugé et condamné pour crimes contre l'humanité en Espagne — le juge Baltasar Garzon, le même qui avait inculpé Pinochet à Londres en 1998, ayant été chargé de l'affaire.